Avances en las Pruebas Genéticas para Trastornos Inmunitarios
Nuevos métodos en pruebas genéticas revelan información sobre errores innatos de inmunidad.
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- El papel de las Pruebas Genéticas
- Desafíos actuales en las pruebas genéticas
- Esfuerzos de investigación recientes
- Resumen del grupo de pacientes
- El proceso de secuenciación del exoma
- Reanalizando los datos
- Los hallazgos del reanálisis
- La importancia de los hallazgos
- Mirando variantes genéticas específicas
- Direcciones futuras en la investigación genética
- Conclusión
- Fuente original
Los errores innatos de inmunidad (IEI) son un grupo de enfermedades causadas por cambios en genes individuales que interrumpen cómo funciona el sistema inmunológico. Estas condiciones pueden llevar a varios problemas de salud, incluyendo mayor riesgo de infecciones, problemas autoinmunes, alergias e incluso cánceres. Aunque cada tipo de IEI es raro, hay muchos diferentes, con más de 485 genes relacionados con estas condiciones.
Pruebas Genéticas
El papel de lasLas pruebas genéticas juegan un papel crucial en la identificación de IEI. Un método, llamado Secuenciación del Exoma (ES), permite a los científicos examinar todos los genes en el ADN de una persona. Esta técnica se ha vuelto más eficiente gracias a los avances en tecnología y métodos de análisis. Nuevos hallazgos en este campo muestran que muchos casos recientes involucran cambios en genes que aparecen de repente (conocidos como mutaciones de novo) o que ocurren en células del cuerpo en lugar de en óvulos o espermatozoides (llamadas mutaciones somáticas).
Obtener un diagnóstico genético a tiempo puede ayudar a los pacientes a evitar largas esperas por respuestas y permite una mejor gestión de su condición. También proporciona a las familias información importante sobre sus riesgos genéticos.
Desafíos actuales en las pruebas genéticas
A pesar de todos los avances, la tasa de éxito de las pruebas genéticas usando secuenciación del exoma es solo de alrededor del 30%. Esto significa que muchos pacientes no reciben una respuesta clara sobre su condición. Las razones de esta brecha pueden atribuirse a limitaciones en la tecnología misma, que a menudo tiene dificultades para detectar ciertos tipos de cambios genéticos, como variaciones estructurales y regiones no codificantes del ADN.
Además, incluso cuando se identifican cambios, interpretar su significado puede ser complicado. La mayoría de las pruebas genéticas se centran en genes relacionados con enfermedades bien conocidos, lo que puede limitar las opciones para variantes menos comunes que también pueden jugar un papel en la salud de un paciente.
Un enfoque para mejorar las Tasas de Diagnóstico es revisar datos genéticos anteriores usando conocimiento actualizado y mejores herramientas. La investigación ha demostrado que reanalizar resultados de pruebas existentes puede llevar a nuevos diagnósticos en pacientes con otros trastornos genéticos. Sin embargo, aún no está claro cuán efectivo sería esto para las personas con IEI.
Esfuerzos de investigación recientes
En un estudio reciente, los investigadores analizaron los beneficios de reanalizar sistemáticamente datos genéticos de un gran grupo de pacientes con IEI en un centro médico. Revisaron los datos de 1,300 pacientes durante un período medio de aproximadamente cuatro años después de sus pruebas iniciales.
Durante este reanálisis, los investigadores actualizaron los datos genéticos utilizando un método refinado que incluía un panel génico más completo y un sistema mejorado para evaluar cambios genéticos. Revisaron manualmente las Variantes Genéticas para clasificarlas adecuadamente según su posible impacto en la salud.
Resumen del grupo de pacientes
El estudio involucró a pacientes que se sospechaba que tenían IEI y que habían sido sometidos a pruebas genéticas en un centro médico entre 2013 y 2021. Los investigadores obtuvieron el consentimiento de los pacientes y sus familias para analizar sus datos genéticos para este estudio.
La mayoría de los pacientes eran adultos, y sus registros médicos proporcionaron información detallada sobre sus condiciones de salud. El equipo categorizó a los pacientes basándose en pautas establecidas para ayudar con el análisis y manejo de datos.
El proceso de secuenciación del exoma
La secuenciación del exoma implica analizar ADN obtenido de sangre u otros tejidos para identificar cambios en los genes. En este estudio, los investigadores utilizaron tecnologías de secuenciación avanzadas para recolectar datos sobre la composición genética de cada paciente. Verificaron la calidad de los datos para asegurar resultados precisos.
Los investigadores analizaron los datos a través de una serie de pasos automatizados, incluyendo el mapeo de las secuencias de ADN a un genoma de referencia e identificando variaciones. También buscaron patrones en los datos genéticos para detectar duplicaciones o eliminaciones de segmentos de ADN, conocidas como variantes en el número de copias (CNVs).
Reanalizando los datos
Los investigadores querían ver si reanalizar los datos genéticos llevaría a nuevos diagnósticos para pacientes que anteriormente no habían sido diagnosticados. Organizaron un proceso sistemático para filtrar e interpretar las variantes genéticas encontradas durante el primer análisis. Esto incluyó buscar cambios raros en los genes y verificar si esos cambios podrían explicar los problemas de salud de los pacientes.
Para el reanálisis, dividieron los cambios genéticos en varias categorías según el conocimiento actualizado sobre los genes y sus posibles vínculos con problemas de salud.
Los hallazgos del reanálisis
Después de reanalizar los datos, los investigadores identificaron variantes genéticas adicionales en 60 de los 1,146 pacientes que no habían recibido ningún diagnóstico anteriormente. Esto representó aproximadamente el 5.2% de esos pacientes. La mayoría de estos hallazgos adicionales fueron clasificados como significativos tras una revisión experta, lo que significa que probablemente impacten en la salud de los pacientes.
En total, 24 pacientes recibieron un diagnóstico claro del reanálisis, mientras que 22 fueron identificados con variantes que tenían efectos inciertos. Esto aumentó la tasa de diagnóstico general del primer análisis del 11.8% al 15.2%, mostrando que revisar los datos genéticos puede ser realmente beneficioso.
La importancia de los hallazgos
El descubrimiento de que casi la mitad de las variantes adicionales estaban relacionadas con nuevos genes que no se incluyeron en los análisis previos enfatiza la necesidad de actualizaciones continuas en el conocimiento genético. Muchas de estas nuevas variantes se consideraron lo suficientemente importantes como para justificar una investigación adicional o implicaciones directas para el cuidado del paciente.
El estudio también demostró que la capacidad para reclasificar variantes previamente examinadas sobre la base de nuevos hallazgos llevó a muchos de los nuevos diagnósticos. Esto sugiere que la educación continua y las actualizaciones en el campo de la genética son cruciales para diagnosticar con precisión enfermedades raras.
Mirando variantes genéticas específicas
El equipo de investigación también investigó genes específicos, como el TNFRSF13B, que está asociado con deficiencias de anticuerpos. Encontraron ciertos cambios genéticos en este gen que eran más comunes entre pacientes con problemas inmunológicos específicos. Estos hallazgos proporcionan información valiosa sobre las conexiones entre estas variantes genéticas y las presentaciones clínicas de los pacientes.
Direcciones futuras en la investigación genética
De cara al futuro, el estudio destaca varias oportunidades para mejorar las pruebas genéticas y el cuidado del paciente. El reanálisis regular de los datos genéticos debería convertirse en una práctica estándar, especialmente dado el ritmo al que se desarrollan nuevos conocimientos genéticos. Este enfoque permite a los proveedores de atención médica mantenerse actualizados y potencialmente encontrar respuestas para pacientes que anteriormente no habían sido diagnosticados.
Además, el uso de tecnologías más avanzadas, como la secuenciación del genoma y mejores herramientas bioinformáticas, puede mejorar la calidad de los datos obtenidos durante las pruebas genéticas. Los investigadores abogan por incorporar estas técnicas en la atención de rutina para mejorar las tasas de diagnóstico.
Por último, la colaboración entre instituciones y el intercambio de datos entre investigadores son cruciales para descubrir nueva información sobre enfermedades raras. Al trabajar juntos, los proveedores de atención médica pueden obtener una comprensión más completa de las variaciones genéticas y su papel en la salud y la enfermedad.
Conclusión
Los errores innatos de inmunidad representan un área compleja y en evolución de la investigación médica. La capacidad para diagnosticar estas condiciones depende en gran medida de los avances en pruebas y análisis genéticos. El reanálisis continuo de datos genéticos no solo ayuda a identificar nuevos diagnósticos, sino que también enfatiza la importancia de la colaboración y el aprendizaje continuo en el campo.
A medida que los investigadores continúan explorando la base genética de estas condiciones, el potencial para mejorar los resultados de los pacientes a través de diagnósticos oportunos y precisos aumenta. Al entender la interacción entre la genética y la función inmunológica, la comunidad médica puede abordar mejor las necesidades de los pacientes con errores innatos de inmunidad y ayudarles a lograr mejores resultados de salud.
Título: Clinical exome sequencing data from patients with inborn errors of immunity: cohort level meta-analysis and the benefit of systematic reanalysis
Resumen: While next generation sequencing has expanded the scientific understanding of Inborn Errors of Immunity (IEI), the clinical use of exome sequencing is still emerging. We performed a cohort level meta-analysis by revisiting clinical exome data from 1,300 IEI patients using an updated in-silico gene panel for IEI. Variants were classified and curated through expert review. The molecular diagnostic yield after standard exome analysis was 11.8%. A systematic reanalysis resulted in the identification of variants of interest in 5.2% of undiagnosed patients, of which 75.4% were (candidate) disease-causing, increasing the molecular diagnostic yield to 15.2%. We find a high degree of actionability in IEI patients with a genetic diagnosis (76.4%). Despite the modest absolute diagnostic gain, these data support the benefit of iterative exome reanalysis in patients with IEI conveying the notion that our current understanding of genes and variants involved in IEI is by far not saturated.
Autores: Alexander Hoischen, E. E. Vorsteveld, C. I. van der Made, S. P. Smeekens, J. H. Schuurs-Hoeijmakers, G. Astuti, H. Diepstra, C. Gilissen, E. Hoenselaar, A. Janssen, K. Roozendaal, J. Sikkema-vanEngelen, W. Steyaert, M. M. Weiss, H. Ijntema, T. Mantere, M. S. AlZahrani, K. van Aerde, B. Derfalvi, E. A. Faqeih, S. S. V. Henriet, E. van Hoof, E. Idressi, T. B. Issekutz, M. Jongmans, R. Keski-Filpulla, I. Krapels, M. te Loo, C. M. Mulder-Manders, J. ten Oever, J. Potjewijd, N. T. Sarhan, M. C. Slot, P. A. Terhal, H. Thijs, A. Vandersteen, E. K. Vanhoutte, F. van de Veerdonk, van W
Última actualización: 2024-06-17 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.06.14.24308832
Fuente PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.06.14.24308832.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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