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Innovative Ansätze zur Normalisierung von Krankheiten

Neue Methoden zielen darauf ab, die Standardisierung von Krankheitsnamen in klinischen Dokumenten zu verbessern.

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Inhaltsverzeichnis

Im medizinischen Bereich ist es super wichtig, Krankheiten und ihre Namen zu verstehen. Die Normalisierung von Krankheiten ist ein Prozess, der die in klinischen Dokumenten verwendeten Namen mit standardisierten Namen aus internationalen Codierungssystemen, wie dem ICD-10, abgleicht. Aber die Normalisierung von Krankennamen ist aus mehreren Gründen eine Herausforderung, darunter verschiedene Schreibstile, begrenzte Daten und komplexe Bedeutungen, die in kurzen Namen stecken.

Herausforderungen bei der Krankheitsnormalisierung

Verschiedene Schreibstile

Ärzte schreiben die Namen von Krankheiten auf unterschiedliche Weise, was zu vielen Variationen für dieselbe Krankheit führt. Diese Vielfalt macht es für Computer schwierig, Namen richtig zu erkennen und abzugleichen.

Begrenzte Daten

In vielen Fällen gibt es nicht genug Daten, um Modelle effektiv zu trainieren. Zum Beispiel kann es bei einem grossen Datensatz mit vielen Krankheiten nur einen kleinen Prozentsatz geben, der genug Beispiele zum Trainieren hat. Das führt dazu, dass Modelle mit Krankheiten kämpfen, die sie noch nicht gesehen haben, was als Few-Shot- oder Zero-Shot-Lernen bekannt ist.

Dichte Bedeutungen

Krankheitsnamen sind oft kurz, was bedeutet, dass jeder Buchstabe eine wichtige Bedeutung hat. Eine kleine Änderung in der Schreibweise kann die Bedeutung der Krankheit dramatisch verändern. Zum Beispiel können sich zwei Krankheitsnamen nur um ein Zeichen unterscheiden, aber sich auf völlig andere Zustände im Körper beziehen.

Das Problem der Datenknappheit

Von den Herausforderungen ist die Datenknappheit die bedeutendste. Sie schränkt die Fähigkeit des Modells ein, effektiv zu lernen. Eine gängige Lösung für Datenknappheit ist die Datenanreicherung, bei der neue Datenproben aus bestehenden erstellt werden. Traditionelle Methoden wie Synonymersatz oder Rückübersetzung können neue Beispiele generieren, schaden aber oft der Leistung bei Krankheitsnamen aufgrund ihrer einzigartigen Struktur.

Die Notwendigkeit spezifischer Datenanreicherung für Krankheiten

Allgemeine Methoden zur Datenanreicherung mögen bei unterschiedlichen Schreibstilen helfen, versagen jedoch bei Krankheitsnamen. Diese Methoden können die Bedeutungen von Krankheitsnamen ändern, anstatt sie zu bewahren. Daher ist es wichtig, Methoden zu entwickeln, die speziell auf die Struktur und die Herausforderungen von Krankheitsnamen zugeschnitten sind.

Vorgeschlagene Methoden

Um den Prozess der Krankheitsnormalisierung zu verbessern, stellen wir eine Reihe von Datenanreicherungstechniken vor, die sich auf die einzigartigen Aspekte von Krankheitsnamen konzentrieren. Unsere Methoden sind darauf ausgelegt, den Modellen zu helfen, bessere Darstellungen von Krankheitsnamen zu lernen und die Gesamtleistung zu verbessern.

Strukturelle Invarianz

Wir glauben, dass Krankheitsnamen eine Eigenschaft der strukturellen Invarianz haben. Das bedeutet, dass Elemente innerhalb eines Krankheitsnamens, wie dessen Ort oder Typ, oft ausgetauscht werden können, ohne die Bedeutung zu verlieren. Indem wir spezifische Komponenten in Krankheitsnamen durch andere ersetzen, die denselben Typ haben, können wir neue Paare von klinischen und standardisierten Namen schaffen, die weiterhin die ursprünglichen Bedeutungen widerspiegeln.

Transitivität der Labels

Ein weiteres Prinzip, auf das wir uns stützen, ist die transitive Natur von Krankheitslabels. Eine detailliertere Beschreibung einer Krankheit kann oft einer breiteren Kategorie zugeordnet werden. Zum Beispiel könnte ein spezifischer Typ von Krankheit zu einer allgemeineren Klasse von Krankheiten gehören. Diese Struktur ermöglicht es uns, feinkörnige Krankheiten mit ihren breiteren Gegenstücken zu verknüpfen und dem Modell zu helfen, die Ähnlichkeiten zwischen ihnen zu lernen.

Arten von Datenanreicherungstechniken

Wir führen zwei Hauptarten von Methoden zur Datenanreicherung ein: Achsenwort-Ersatz und Multi-Grain-Aggregation.

Achsenwort-Ersatz

Bei dieser Methode ersetzen wir spezifische Komponenten von Krankheitsnamen, während wir ihre Kernbedeutungen beibehalten. Wir identifizieren verschiedene Elemente innerhalb von Krankheitsnamen, wie das Krankheitszentrum oder die anatomische Lage. Durch selektives Ersetzen dieser Komponenten schaffen wir neue Paare zur Krankheitsnormalisierung.

Verschiedene Arten des Achsenwort-Ersatzes
  1. AR1: Identifiziere ein Paar von Krankheiten, die einen Teil ihrer Struktur teilen, sich jedoch in einem anderen Teil unterscheiden. Ersetze den abweichenden Teil in einer Krankheit durch den entsprechenden Teil aus der anderen Krankheit.

  2. AR2: Bei dieser Methode nehmen wir eine unnormalisierte Krankheit aus unseren Trainingsdaten und eine standardisierte Krankheit aus der ICD-Codierungsliste. Dann finden wir eine weitere passende Krankheit aus der ICD-Liste und ersetzen den abweichenden Teil der ersten Krankheit durch den entsprechenden Teil der neuen Krankheit.

Multi-Grain-Aggregation

Dieser Ansatz nutzt die hierarchische Natur der Krankheitsklassifikation in der ICD-Codierung. Wir können detaillierte Krankheitsbeschreibungen ihren breiteren Kategorien zuordnen, sodass das Modell lernen kann, welche Krankheiten aufgrund gemeinsamer Merkmale ähnlicher sind.

Verschiedene Arten der Multi-Grain-Aggregation
  1. MGA-code: Weisen Sie denselben Label Krankheiten zu, die Komponenten teilen, damit das Modell Verbindungen zwischen Krankheiten auf verschiedenen Granularitätsebenen lernen kann.

  2. MGA-position: Ähnlich wie MGA-code, konzentriert sich diese Methode auf anatomische Lagen und gruppiert Krankheiten, die einen breiteren Ort teilen.

Trainingsprozess

Wir trainieren unsere Modelle sowohl mit dem ursprünglichen Datensatz als auch mit den neu angereicherten Daten, sodass sie in der Trainingsphase mehr semantische Assoziationen lernen können. Der Prozess umfasst:

  1. Verwendung angereicherter Datensätze, um das Modell zu trainieren und ihm zu ermöglichen, aus den zusätzlichen Informationen zu lernen.
  2. Feinabstimmung des Modells auf dem ursprünglichen Datensatz zur Krankheitsnormalisierung.

Experimentelles Setup

Um unsere Methoden zu bewerten, haben wir sie an einem spezifischen chinesischen Datensatz zur Krankheitsnormalisierung namens CHIP-CDN getestet. Dieser Datensatz enthält Paare von unnormalisierten und standardisierten Krankheitsnamen, die es uns ermöglichen, unsere Techniken effektiv zu testen.

Basislinienmodelle

Wir haben unsere Methoden mit mehreren Basislinienmodellen verglichen, darunter:

  • BILSTM: Ein einfaches Modell mit Schichten, die auf das Erkennen von Mustern in Texten ausgelegt sind.
  • BERT-base: Ein komplexeres Modell, das vorhandenes Wissen nutzt, um Sprache zu verstehen.
  • CDN-Baseline: Ein spezialisiertes Modell, das sich auf Aufgaben der Krankheitsnormalisierung konzentriert.

Evaluierungsmetriken

Für unsere Bewertungen verwendeten wir die Genauigkeit für die BILSTM- und BERT-base-Modelle. Für das CDN-Baseline-Modell nutzten wir den F1-Score für eine andere Perspektive auf die Leistung.

Vergleich der Methoden zur Datenanreicherung

In unseren Experimenten fanden wir heraus, dass während einige traditionelle Methoden wie Rückübersetzung verschiedene Daten produzieren können, sie oft die Leistung mindern. Unsere vorgeschlagenen Methoden verbesserten die Ergebnisse regelmässig über verschiedene Modelle hinweg und zeigten ihre Effektivität bei Aufgaben der Krankheitsnormalisierung.

Ablationsstudie

Wir haben unsere vorgeschlagenen Techniken weiter getestet, indem wir jede Anreicherungsmethode nacheinander entfernt haben, um ihre individuellen Beiträge zu verstehen. Die Ergebnisse deuteten darauf hin, dass jede Methode eine entscheidende Rolle bei der Verbesserung der Leistung spielt.

Leistung bei kleineren Datensätzen

Wir haben auch untersucht, wie unsere Methoden bei kleineren Datensätzen abschnitten, wo Datenknappheit stärker ausgeprägt ist. Wir fanden heraus, dass unsere Techniken die Ergebnisse erheblich verbesserten, insbesondere wenn der Datensatz weniger Beispiele enthielt, und hoben ihre Bedeutung bei der Bewältigung von Herausforderungen in der Krankheitsnormalisierung hervor.

Fazit

Zusammenfassend führt unsere Arbeit innovative Methoden zur Datenanreicherung ein, die speziell auf die Aufgaben der Krankheitsnormalisierung in China ausgerichtet sind. Indem wir uns auf die einzigartigen Strukturen und Beziehungen innerhalb von Krankheitsnamen konzentrieren, können wir besser funktionierende Modelle schaffen, selbst angesichts von Herausforderungen wie Datenknappheit und unterschiedlichen Beschreibungen. Unsere Methoden verbessern nicht nur die Leistung auf standardisierten Datensätzen, sondern zeigen auch Potenzial für den Einsatz in verschiedenen medizinischen Anwendungen in der Zukunft.

Zukünftige Richtungen

Während unsere aktuelle Forschung die Effektivität unserer Methoden demonstriert, ist es wichtig, die internen Mechanismen hinter diesen Verbesserungen weiter zu untersuchen. Zudem könnte die Entwicklung fortschrittlicher Methoden zur Filterung von Fehlinformationen aus angereicherten Daten zu noch besseren Ergebnissen in der Zukunft führen. Wir haben vor, diese Bereiche weiter zu erforschen und zur Verbesserung der Bemühungen um die Krankheitsnormalisierung beizutragen.

Originalquelle

Titel: Simple Data Augmentation Techniques for Chinese Disease Normalization

Zusammenfassung: Disease name normalization is an important task in the medical domain. It classifies disease names written in various formats into standardized names, serving as a fundamental component in smart healthcare systems for various disease-related functions. Nevertheless, the most significant obstacle to existing disease name normalization systems is the severe shortage of training data. Consequently, we present a novel data augmentation approach that includes a series of data augmentation techniques and some supporting modules to help mitigate the problem. Our proposed methods rely on the Structural Invariance property of disease names and the Hierarchy property of the disease classification system. The goal is to equip the models with extensive understanding of the disease names and the hierarchical structure of the disease name classification system. Through extensive experimentation, we illustrate that our proposed approach exhibits significant performance improvements across various baseline models and training objectives, particularly in scenarios with limited training data.

Autoren: Wenqian Cui, Xiangling Fu, Shaohui Liu, Mingjun Gu, Xien Liu, Ji Wu, Irwin King

Letzte Aktualisierung: 2024-06-13 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2306.01931

Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2306.01931

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

Vielen Dank an arxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.

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