Vorstellung des MorbidGenes Panels für genetische Diagnosen

Frühe und genaue genetische Diagnosen können zu besseren Gesundheits Ergebnissen für Leute führen und auch Geld im Gesundheitssystem sparen. Mit dem Anstieg von Exom-Sequenzierungen in Laboren zur Diagnose seltener Krankheiten gibt es einen dringenden Bedarf an einer aktuellen und zuverlässigen Liste von Genen, die für die Diagnose wichtig sind.

#Herausforderungen bei Gen-Panels

Aktuell gibt es krankheitsspezifische Panels, die auf Exom-Daten aufgesetzt sind, aber sie können wichtige Gene übersehen. Das passiert, weil es viel Zeit und Aufwand braucht, um diese Panels aktuell zu halten. Manche Gene sind mit mehreren Krankheiten verbunden, was bedeutet, dass sie in vielen Panels enthalten sein müssen, und das macht die Arbeit noch schwerer. Nur grössere Labore oder Plattformen, die Informationen von vielen Beitragszahlern sammeln, können diese Kurationsarbeit richtig managen, weil kleine Labore oft nicht mithalten können.

In der Praxis scheint es zu funktionieren, kleinere, gut organisierte Panels für diagnostische Prozesse bei spezifischen Bedingungen zu nutzen. Allerdings sollte es auch ein grösseres Panel geben, das alle Gene mit einem gewissen Nachweis für Krankheitsursachen umfasst. Das gilt besonders für Krankheiten, die viele verschiedene Gene betreffen können.

#Vorhandene Ressourcen

Es gibt bereits umfassende Listen von Genen, die für Diagnosen relevant sind, wie das Mendeliome-Panel von PanelApp Australien. Jüngste Bemühungen, die Gene-Krankheit-Verbindungen zwischen diagnostischen Laboren abzugleichen, haben begonnen, aber sie schaffen es immer noch nicht, die Gen-Listen aktuell zu halten. Forschungen zeigen grosse Unterschiede in den Ergebnissen beim Vergleich von Exom-Berichten verschiedener Labore, was den Bedarf für einen konsistenten Ansatz verdeutlicht.

Ein neues System zur Auswahl von Genen für diese Panels wurde geschaffen, aber es hält nicht mit Änderungen über die Zeit Schritt und könnte neue Varianten übersehen, während neue Beweise ans Licht kommen. Diese Lücke motivierte die Erstellung einer neuen Liste, die MorbidGenes Panel genannt wird und die relevante Gene basierend auf verschiedenen Quellen erfassen will.

#So funktioniert das MorbidGenes Panel

Um alle Gene mit irgendeinem Nachweis von Krankheitsursachen zu sammeln, werden jeden Monat Daten aus verschiedenen öffentlichen Datenbanken, wie OMIM, ClinVar, HGMD, PanelApp und GenCC gesammelt. Neuroentwicklungsstörungen sind häufige Gründe für genetische Tests, deshalb wird auch eine Experten-Datenbank namens SysNDD einbezogen.

Gene werden basierend auf den verfügbaren Beweisen bewertet und zu dem Panel hinzugefügt, wenn sie mindestens eines von mehreren Kriterien erfüllen. Zum Beispiel wird ein Gen aufgenommen, wenn es mit einer entsprechenden Krankheit in OMIM verknüpft ist oder wenn es genug krankheitserregende Varianten in ClinVar oder HGMD gibt. Das MorbidGenes Panel wird ständig aktualisiert, sodass Nutzer die Liste nach ihren eigenen Bedürfnissen abrufen und filtern können.

#Merkmale des MorbidGenes Panels

Aktuell sind rund 4.960 Gene im MorbidGenes Panel, mit durchschnittlich 12 neuen Genen, die jeden Monat hinzugefügt werden. Das Panel vergibt einen Score für jedes Gen, der widerspiegelt, wie gut die Beweise über verschiedene Datenbanken hinweg unterstützt werden. Viele Gene haben starke Unterstützung aus mehreren Quellen, was ihre Zuverlässigkeit sicherstellt.

Erwähnenswert ist, dass es 733 Gene im Panel gibt, die nur von einer Quelle unterstützt werden. Einige davon könnten sehr neue Einträge in OMIM haben, die breitere Unterstützung vermissen, während andere auf alten Studien basieren, die begrenzte Beweise liefern. Es gibt auch eine Reihe von Genen, die in PanelApp einen starken Status haben, aber keine passenden Einträge in anderen Datenbanken.

#Vorteile für diagnostische Labore

Das MorbidGenes Panel dient als hilfreiches Werkzeug für diagnostische Labore, indem es eine aktualisierte Liste von Genen bereitstellt, die für Tests relevant sind. Während es manuell kuratierte Listen wie das Mendeliome-Panel gibt, die wertvoll sind, erfordert die Pflege dieser Listen viel Aufwand und oft ein grosses Team von Prüfern.

Informationen über Gene-Krankheit-Verbindungen über globale Plattformen auszutauschen, ist wichtig, aber diese Bemühungen haben oft nicht die Tiefe und Detailliertheit, die für zeitnahe Updates im Diagnoseprozess nötig sind. Da GenCC keine neuen Beweise liefert, fügt es keine einzigartigen Gene zum MorbidGenes Panel hinzu, bietet aber trotzdem nützliche Übersichten über bestehende Daten.

#Einschränkungen und Überlegungen

Ein Nachteil der Nutzung des MorbidGenes Panels ist, dass es möglicherweise keine detaillierten Informationen über individuelle Gene-Krankheit-Beziehungen liefert, im Gegensatz zu stärker kuratierten Panels. Das Ziel des MorbidGenes Panels ist jedoch nicht, diese Goldstandard-Listen zu ersetzen, sondern als erste Ressource zu dienen, um klinisch wichtige Gene schnell zu identifizieren.

Durch die Anwendung des MorbidGenes Panels in praktischen Szenarien können Labore die Anzahl der Varianten, die bewertet werden müssen, von etwa 60.000 auf ungefähr 20.000 für jedes Exom reduzieren. Das hilft, irrelevante Gene aus der Betrachtung auszuschliessen. Es wird anerkannt, dass das Panel möglicherweise immer noch Gene enthält, die aufgrund veralteter Informationen fälschlicherweise als relevant eingestuft sind.

Der Ansatz hier war, die Logik einfach zu halten, um Gene aufzunehmen und den Bedarf an manuellen Überprüfungen zu minimieren. Daher könnten Gene mit minimalen Beweisen trotzdem aufgenommen werden, wenn sie spezifischen Kriterien entsprachen. Letztlich ist es wichtig, dass jeder Fall individuell bewertet wird, um zu entscheiden, welche Varianten berichtet werden sollten.

#Bedeutung vielfältiger Datenquellen

Eine breite Palette von Datenquellen ist entscheidend, um sicherzustellen, dass keine wichtigen Gene übersehen werden. Das ist besonders wichtig für manuell kuratierte Panels, da bestimmte Gene möglicherweise nur in einer speziellen Datenbank als relevant angesehen werden. Regelmässige Updates sind ebenfalls wichtig, da ständig neue krankheitsverursachende Gene identifiziert werden.

In nur einem Jahr wurden über 130 neue Gene zum MorbidGenes Panel hinzugefügt, was die Bedeutung einer regelmässigen Auffrischung dieser Listen unterstreicht. Gene mit minimalen Beweisen einzuschliessen, ist genauso wichtig wie die Aktualisierung diagnostischer Tests. Beide Elemente können effektiv mit dem MorbidGenes Panel verwaltet werden.

#Fazit

Das MorbidGenes Panel zielt darauf ab, eine umfassende Liste von Genen bereitzustellen, die für die Diagnose relevant sind, indem eine einfache Logik verwendet wird, die die Arbeitslast für die Kuratierung reduziert. Das ermöglicht schnellere Updates und zeitnahen Zugriff auf Daten. Das Panel wurde bereits in einem grossen medizinischen Zentrum in der Praxis eingesetzt, mit Tausenden von genetischen Berichten, die jedes Jahr erstellt werden.

Die Zusammenarbeit innerhalb der Genetik-Community wird gefördert, um sicherzustellen, dass mehr Gene-Krankheit-Beziehungen in öffentlichen Datenbanken verfügbar sind. Das wird dazu beitragen, die Anzahl klinisch signifikanter Gene in automatisierten Panels zu erhöhen, was insgesamt den diagnostischen Prozess verbessert.