Neue Einblicke in die Langlebigkeit alter RNA
Forschung zeigt, dass RNA aus getrockneten Proben Jahrhunderte überleben kann.
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Inhaltsverzeichnis
- Die Bedeutung von RNA
- Überraschende Erkenntnisse über RNA
- Probenahme
- Studienmethoden
- Ergebnisse aus experimentellen Proben
- Ergebnisse bei Museumsexemplaren
- Nachweis von Wirt- und viraler RNA
- Variation in der RNA-Rückgewinnung
- Die Rolle der Lagerungsbedingungen
- Neue Entdeckungen aus alten Proben
- Chemische Schäden an RNA
- Einfluss der RNA-Struktur auf das Überleben
- Auswirkungen auf zukünftige Forschungen
- Fazit
- Zukünftige Richtungen
- Danksagungen
- Originalquelle
- Referenz Links
Das Studieren von altem DNA hilft Wissenschaftlern zu verstehen, wie lebende Organismen und ihre Keime sich im Laufe der Zeit verändert haben. Während DNA oft gut erhalten bleibt, ist alte RNA, die von Viren und anderen Quellen stammt, schwerer zu untersuchen. Das liegt daran, dass RNA schnell abgebaut wird, wenn Zellen lebendig sind, und möglicherweise mit der Zeit nicht gut überlebt. In diesem Artikel besprechen wir die Ergebnisse von aktuellen Studien, die untersucht haben, wie gut RNA in getrockneten Insekten, insbesondere Fliegen und Mücken, überdauern kann, selbst wenn sie nicht gefroren oder konserviert sind.
Die Bedeutung von RNA
RNA ist wichtig für viele biologische Funktionen, einschliesslich wie Viren Organismen infizieren. Allerdings ist RNA normalerweise kurzlebig und kann schnell abgebaut werden. Zum Beispiel kann messenger RNA und ribosomale RNA nur Minuten bis Stunden in lebenden Zellen halten. Das wirft Fragen auf, wie RNA viele Jahre in getrockneten Proben überleben kann. Die meisten Studien haben sich auf DNA konzentriert, also gibt es weniger Wissen über RNA, insbesondere aus alten Proben.
Überraschende Erkenntnisse über RNA
Aktuelle Studien haben einige überraschende Ergebnisse über die Haltbarkeit von RNA im Laufe der Zeit hervorgebracht. Einige Wissenschaftler konnten erfolgreich RNA aus Proben zurückgewinnen, die Hunderte oder sogar Tausende von Jahren alt sind, einschliesslich aus Pflanzen und Tieren. Das lässt darauf schliessen, dass RNA länger bestehen kann, als bisher gedacht, vor allem in trockenen und stabilen Umgebungen.
Probenahme
Um die Stabilität von RNA in getrockneten Proben zu überprüfen, sammelten Forscher Fliegen und Mücken, um die RNA von Proben, die bei Raumtemperatur gelagert wurden, mit denen zu vergleichen, die gefroren waren. Sie massen die Menge und Qualität von RNA über einen Zeitraum von Wochen. Ausserdem schauten sie sich archivierte Insektenproben aus Museen an, um zu sehen, wie gut RNA in diesen älteren Proben überlebt hat.
Studienmethoden
- Experimentelle Proben: Fliegen und Mücken wurden nach dem Trocknen und Einfrieren getestet. Nach verschiedenen Zeiträumen analysierten die Forscher die RNA, um zu sehen, wie viel übrig war und wie sie sich verhalten hat.
- Museumsexemplare: Sie sammelten ältere Insektenproben aus verschiedenen Museen. Wissenschaftler verwendeten fortgeschrittene Techniken, um RNA aus diesen konservierten Insekten zu extrahieren und schauten sich Proben an, die viele Jahre alt waren.
Ergebnisse aus experimentellen Proben
In ihren Experimenten fanden die Forscher heraus, dass sie RNA aus getrockneten Fliegen und Mücken sogar nach langer Zeit zurückgewinnen konnten. Sie beobachteten einige Veränderungen, wie zum Beispiel, dass die RNA fragmentierter wurde, aber die Gesamtmenge sank nicht signifikant zwischen getrockneten und gefrorenen Proben. Interessanterweise zeigte die RNA aus beiden Lagerungsarten ähnliche Qualitätsniveaus.
Ergebnisse bei Museumsexemplaren
Bei der Untersuchung von Museumsexemplaren konnten die Forscher RNA aus Proben extrahieren, die über ein Jahrhundert alt waren. Sie fanden eine Reihe von RNA-Konzentrationen, was darauf hindeutet, dass einige Proben besser erhalten waren als andere. Sie fanden auch virale RNA, was darauf hindeutet, dass diese Insekten vor vielen Jahren von Viren infiziert waren.
Nachweis von Wirt- und viraler RNA
Die Experimente zeigten, dass RNA aus Insekten zuverlässig nachgewiesen werden konnte, egal ob die Proben getrocknet oder gefroren waren. Mithilfe einer Methode namens RT-qPCR konnten Wissenschaftler das Vorhandensein spezifischer viraler RNA und Wirt RNA bestätigen. Sie stellten fest, dass, obwohl es einige Unterschiede in den Virusleveln über die Zeit gab, das Gesamtvorhandensein von RNA in beiden Probenarten konstant blieb.
Variation in der RNA-Rückgewinnung
Während die Forscher RNA aus den experimentellen Proben zurückgewinnen konnten, bemerkten sie, dass es Unterschiede in der Menge und Qualität gab, die aus jedem Insekt zurückgewonnen wurden. Diese Variabilität könnte auf Faktoren wie die Art des Insekts, seinen Zustand zum Zeitpunkt der Probenahme oder die Umgebung, in der es aufbewahrt wurde, zurückzuführen sein.
Die Rolle der Lagerungsbedingungen
Die Studie hob die Bedeutung hervor, wie Proben gelagert werden. Getrocknete Proben, wie die in entomologischen Sammlungen, können wertvolle RNA über lange Zeiträume halten. Allerdings können Feuchtigkeit und Temperatur erheblich beeinflussen, wie gut diese RNA überlebt. Zum Beispiel zeigten Insektenproben aus feuchten Umgebungen eine schlechtere RNA-Rückgewinnung als solche aus trockeneren Bedingungen.
Neue Entdeckungen aus alten Proben
Durch ihre Arbeit entdeckten die Forscher auch virale Sequenzen, die zuvor nicht dokumentiert waren. Sie stellten fest, dass viele der Viren, die in modernen Fliegen vorhanden waren, auch in den älteren Proben zu sehen waren, was auf eine Konsistenz bei viralen Infektionen über die Zeit hindeutet. Diese Erkenntnisse geben Einblick, wie Viren über die Geschichte hinweg mit Insektenwirten interagiert haben.
Chemische Schäden an RNA
Wie alte DNA kann alte RNA chemische Schäden erleiden, die ihre Struktur beeinflussen. Die Forscher fanden heraus, dass alternde RNA bestimmte Muster des Abbaus aufwies, die bei alten biologischen Materialien üblich sind. Zum Beispiel entdeckten sie spezifische Arten von Fehlanpassungen in den Sequenzdaten, die auf chemische Schäden hinwiesen, die oft mit RNA verbunden sind, die lange Zeit existiert hat.
Einfluss der RNA-Struktur auf das Überleben
Die Struktur von RNA spielte eine entscheidende Rolle für ihr Überleben. RNA, die Teil komplexerer Strukturen wie Ribosomen oder Viruspartikeln war, hielt tendenziell länger als einfachere RNA-Formen. Das deutet darauf hin, dass es hilft, Teil grösserer molekularer Komplexe zu sein, um RNA vor Abbau zu schützen.
Auswirkungen auf zukünftige Forschungen
Diese Ergebnisse verändern, wie Forscher alte biologische Proben betrachten. Anstatt zu denken, dass alte RNA nutzlos ist, zeigt diese Arbeit, dass getrocknete Proben in Sammlungen eine reiche Quelle historischer Daten über Viren und deren Wirte sein können. Das eröffnet neue Wege, um die Evolution von Viren und deren Einfluss auf Wirte über die Zeit zu studieren.
Fazit
Die Untersuchung von RNA in alten biologischen Proben zeigt die überraschende Widerstandsfähigkeit dieses Moleküls über die Zeit hinweg. Mit Millionen von erhaltenen Insektenproben in Museen haben Forscher das Potenzial, wichtige historische Interaktionen zwischen Viren und ihren Wirten aufzudecken. Die Forschung stellt die gängige Annahme in Frage, dass alte RNA zu stark abgebaut ist, um wertvolle Informationen zu liefern, und ermutigt zur weiteren Untersuchung von alter RNA in anderen biologischen Kontexten.
Zukünftige Richtungen
In Zukunft können Wissenschaftler ihre Techniken zur Extraktion von RNA aus alten Proben verfeinern und intensiver untersuchen, wie Umweltfaktoren das Überleben von RNA beeinflussen. Das Verständnis dieser Dynamiken könnte zu bedeutenden Fortschritten in den Bereichen Virologie, Genetik und Evolutionsbiologie führen und tiefere Einblicke in die Geschichte des Lebens auf der Erde bieten.
Danksagungen
Die kollektiven Bemühungen der Forscher und Institutionen, die an dieser Studie beteiligt sind, unterstreichen die Bedeutung interdisziplinärer Zusammenarbeit für das Verständnis biologischer Materialien über die Zeit hinweg. Weiterhin sind Unterstützung und Finanzierung für solche Forschungen entscheidend, um die Geheimnisse zu entschlüsseln, die in diesen alten Proben verborgen sind.
Titel: Sequencing RNA from old, dried specimens reveals past viromes and properties of long-surviving RNA
Zusammenfassung: Recovery of virus sequences from old samples provides an opportunity to study virus evolution and reconstruct historic virus-host interactions. Studies of old virus sequences have mainly relied on DNA or on RNA from fixed or frozen samples. The millions of specimens in natural history museums represent a potential treasure trove of old virus sequences, but it is not clear how well RNA survives in old samples. We experimentally assessed the stability of RNA in insects stored dry at room temperature over 72 weeks. Although RNA molecules grew fragmented, RNA yields remained surprisingly constant. RT-qPCR of host and virus RNA showed minimal differences between dried and frozen specimens. To assess RNA survival in much older samples we acquired Drosophila specimens from North American entomological collections. We recovered sequences from known and novel viruses including several coding complete virus genomes from a fly collected in 1908. We found that the virome of D. melanogaster has changed little over the past century. Galbut virus, the most prevalent virus infection in contemporary D. melanogaster, was also the most common in historic samples. Finally, we investigated the genomic and physical features of surviving RNA. RNA that survived was fragmented, chemically damaged, and preferentially double stranded or contained in ribonucleoprotein complexes. This showed that RNA - especially certain types of RNA - can survive in biological specimens over extended periods in the absence of fixation or freezing and confirms the utility of dried specimens to provide a clearer understanding of virus evolution.
Autoren: Mark D Stenglein, A. H. Keene
Letzte Aktualisierung: 2024-10-24 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.03.616531
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.03.616531.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
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