Neuronatin: Ein wichtiger Spieler bei der Calciumregulation
Neuronatin beeinflusst den Calciumfluss und steht im Zusammenhang mit Gesundheitsproblemen wie Diabetes und Fettleibigkeit.
Omar Ben Mariem, Lara Coppi, Emma De Fabiani, Ivano Eberini, Maurizio Crestani
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Inhaltsverzeichnis
- Die Struktur von Neuronatin
- Kälteexposition und Neuronatin
- Die Proteinpumpe: SERCA2b
- Neuronatin und SERCA2b: Eine Partnerschaft?
- Modelle von Neuronatin und SERCA2b erstellen
- Die Proteinparty: Aggregation
- Den Interaktionsort finden
- Wie beeinflussen sie sich gegenseitig?
- Fazit: Ein neuer Spieler in der Kalziumregulation
- Originalquelle
Neuronatin, oder kurz NNAT, ist ein winziges Protein, das im Menschen vorkommt. Dieses kleine Ding befindet sich hauptsächlich im Gehirn, hat aber einen ziemlich vollen Job, der weit über die Unterstützung der Gehirnentwicklung hinausgeht. Es ist an vielen wichtigen Prozessen im Körper beteiligt, wie z.B. wie wir Fett verwalten, wie unsere Zellen auf Zucker reagieren und wie sich unsere Gehirnzellen im Laufe der Zeit anpassen können. Allerdings ist nicht alles rosig; NNAT kann auch mit ernsthaften Gesundheitsproblemen in Verbindung gebracht werden, einschliesslich Diabetes, Krebs, Fettleibigkeit und sogar Krankheiten, die unser Nervensystem betreffen.
Die Struktur von Neuronatin
NNAT stammt von einem Gen gleichen Namens und besteht aus drei Teilen, die Exons genannt werden (denk an sie wie an Kapitel eines Buches) und zwei Introns (das sind wie die „gelöschten Szenen“, die wir nicht brauchen). Das Gen kann verschiedene Versionen des NNAT-Proteins aufgrund von etwas, das als alternatives Spleissen bekannt ist, produzieren. Die beiden Hauptversionen, bekannt als Isoformen α und β, werden am meisten untersucht. Die α-Isoform hat 81 Bausteine, während die β-Isoform 54 hat.
Wenn NNAT nicht richtig funktioniert, kann das Probleme verursachen. Zum Beispiel kann es Klumpen bilden, die zum Zelltod führen können. Das ist besonders schädlich in Gehirnzellen und Zellen der Bauchspeicheldrüse, was letztendlich zu Diabetes führen kann.
Kälteexposition und Neuronatin
Interessanterweise, wenn wir kalt werden, versucht unser Körper, warm zu bleiben, und dieser Prozess kann tatsächlich die NNAT-Spiegel im Fettgewebe reduzieren. Studien zeigen, dass, wenn weniger dieses Proteins vorhanden ist, der Körper besser Fett verbrennen kann. Wissenschaftler fanden heraus, dass, als sie das NNAT-Gen bei Mäusen abschalteten, diese kleinen Kerlchen besser darin wurden, das Fett in ihrer Haut zu verbrennen. Dieser Prozess des Fettverbrennens ist etwas anders als das normale Fettverbrennen, da er nicht auf ein spezifisches Protein angewiesen ist, das oft in Stoffwechselgesprächen erwähnt wird.
Die Proteinpumpe: SERCA2b
Kommen wir nun zu einem weiteren Akteur in dieser Geschichte: SERCA2b. Dieses Protein ist wie eine Pumpe, die hilft, Kalzium in unseren Zellen zu verwalten. Du kannst dir das wie einen Türsteher in einem Club vorstellen, der sicherstellt, dass die richtige Menge Kalzium ein- oder austritt, um die Party reibungslos am Laufen zu halten. Es gibt einige Verwandte von SERCA2b, die jeweils einen etwas einzigartigen Job haben, aber sie teilen alle die gleiche Hauptfunktion: die Kontrolle der Kalziumspiegel.
Es gibt zwei wichtige kleine Proteine, Phospholamban (PLB) und Sarcolipin, die helfen, wie gut SERCA2b seine Arbeit macht, zu regulieren. Diese kleinen Helfer können manchmal mit SERCA2b interferieren, was es schwieriger macht, Kalzium durchzulassen.
Neuronatin und SERCA2b: Eine Partnerschaft?
Es gibt eine wachsende Überzeugung, dass NNAT ähnlich wie PLB funktionieren könnte, was bedeutet, dass es auch die Kalziumpumpe verlangsamen könnte. Einige aktuelle Studien identifizierten sogar Teile des NNAT-Proteins, die in dieser Regulation beteiligt sein könnten, genau wie PLB es mit SERCA2b tut. Das öffnet die Tür für Diskussionen darüber, wie NNAT ein neuer Spieler im regulatorischen Spiel des Kalziumtransports sein könnte.
Modelle von Neuronatin und SERCA2b erstellen
Da wir kein genaues Bild davon haben, wie NNAT oder SERCA2b aussieht, wandten sich die Forscher dem Computermodellieren zu, um 3D-Versionen dieser Proteine zu erstellen. Sie verwendeten fortschrittliche Software, um ihre Formen vorherzusagen. Es ist ein bisschen so, als würde man versuchen zu erraten, wie ein Puzzlestück aussieht, ohne das tatsächliche Stück vor sich zu haben.
Für NNAT erstellten sie Modelle mit Computerprogrammen, die die Proteinstruktur untersuchen. Die Ergebnisse deuteten darauf hin, dass beide NNAT-Isoformen eine gewundene Form mit Teilen haben, die in Zellmembranen eindringen. Sie bemerkten auch, dass, als sie diese Proteine in einer Art virtueller Realität beobachteten, sie gut in der Lage waren, stabil zu bleiben, nachdem sie eine anfänglich unangenehme Phase durchlaufen hatten, in der sie sich ein bisschen bewegten.
Aggregation
Die Proteinparty:Was wirklich besorgniserregend ist, ist, dass NNAT Klumpen von sich selbst bilden kann, was nicht ideal ist. Diese Klumpen können Zellschäden verursachen und zu Zuständen wie der Lafora-Krankheit beitragen. Forscher beobachteten, dass die Proteine schnell anfingen zu aggregieren, als sie simulierten, wie NNAT in Lösung verhält. Denk an eine Party, bei der die Gäste anfangen, Cliquen zu bilden; bald genug wird es ein grosses Durcheinander, anstatt das harmonische Treffen, das es sein sollte.
Sie erstellten auch verschiedene Systeme, um zu vergleichen, was passiert, wenn man Proteine als detailliertes (all-atom) System betrachtet versus eine einfachere (grobkörnige) Version. Die detaillierten Simulationen zeigten, dass die Proteine tatsächlich die Tendenz haben, sich zusammenzuklumpen, was darauf hindeutet, dass sie vielleicht nicht die besten Partygäste sind.
Den Interaktionsort finden
Nachdem sie Modelle von NNAT und SERCA2b erstellt hatten, wollten die Forscher sehen, wie diese beiden Proteine interagieren. Sie verwendeten Protein-Protein-Docking, was einfach eine schicke Art ist zu sagen, dass sie versuchten zu sehen, wie gut NNAT zu SERCA2b passt. Sie fanden schnell heraus, dass NNAT an einem bestimmten Punkt auf SERCA2b binden kann, in einer Rille, die bereits bekannt ist als ein Treffpunkt für ein anderes Protein, PLB.
Das ist eine bedeutende Entdeckung, denn sie unterstützt die Idee, dass NNAT eine ähnliche Rolle wie PLB spielt. Es ist, als würde man herausfinden, dass das neue Kind in der Schule viel mit den beliebten Kids gemeinsam hat.
Wie beeinflussen sie sich gegenseitig?
In den nächsten Simulationsreihen setzten die Forscher NNAT und SERCA2b zusammen und schauten, was passiert. Sie entdeckten, dass, wenn NNAT beteiligt ist, es verändert, wie Wasser durch SERCA2b fliesst. Das ist entscheidend, weil die Bewegung von Kalziumionen mit der Bewegung von Wasser verbunden ist. Sie beobachteten, dass sich in Gegenwart von NNAT die Wege, durch die Wasser fliessen konnte, änderten, was darauf hindeutet, dass NNAT tatsächlich SERCA2bs Fähigkeit, seine Arbeit zu tun, beeinträchtigen könnte.
Interessanterweise schien von den beiden NNAT-Isoformen die α-Version einen stärkeren Einfluss auf den Wasserfluss zu haben. Es ist, als ob eine der Isoformen besser darin war, SERCA2bs Kalziumtransportfähigkeiten zu stören als die andere. Sie fanden auch einen spezifischen Interaktionspunkt zwischen den beiden Proteinen, was darauf hindeutet, wie genau NNAT mit SERCA2bs Aktionen interferieren könnte.
Fazit: Ein neuer Spieler in der Kalziumregulation
Diese Forschung beleuchtet, wie NNAT mit SERCA2b interagiert und legt nahe, dass es wie PLB in der Regulierung des Kalziumflusses in und aus Zellen wirken könnte. Das könnte eine wichtige Entdeckung sein, um mehr über die Kalzium-Homöostase zu verstehen, die für viele Körperfunktionen entscheidend ist, und könnte auch Einblicke geben, wie Probleme mit NNAT mit verschiedenen Krankheiten verbunden sind.
Kurz gesagt, NNAT ist wie das neue Kind in der Nachbarschaft, das eine grosse Rolle dabei spielen könnte, sicherzustellen, dass die Kalziumspiegel in unseren Zellen im Gleichgewicht bleiben. Mit diesem neuen Wissen gibt es Hoffnung auf zukünftige Entdeckungen, die zu Möglichkeiten führen könnten, NNAT oder SERCA2b für therapeutische Vorteile anzuvisieren.
Titel: Identification of neuronatin as a SERCA2b regulin-like protein and assessment of its aggregation propensity via coarse grained simulations.
Zusammenfassung: Neuronatin (NNAT) is small transmembrane protein involved in a wide range of physiological processes, such as white adipose tissue browning and neuronal plasticity, as well as pathological ones, such as Lafora disease caused by the formation of NNAT aggregates. However, its 3D structure is unknown, and its mechanism of action is still unclear. In this study the two most well-known NNAT isoforms ( and {beta}) were modelled and the interaction with the SERCA2b calcium pump was assessed using computational methods. First, molecular docking identified the same binding region as the one described for phospholamban, a thoroughly described SERCA inhibitor. Then, analyses of the flux of water molecules during molecular dynamics simulations highlighted significant similarities between the behavior of SERCA2b when in complex with phospholamban, and when in complex with either NNAT isoform. These results suggest that NNAT could be considered a "regulin-like" protein. Additional all-atom and coarse-grained simulations of multiple copies of NNAT highlighted a significant aggregation potential of both NNAT isoforms, supporting experimental data. Statement of significanceThis study presents the first structural model of neuronatin (NNAT) isoforms and {beta}. Through molecular docking and molecular dynamics simulations, we propose a NNAT interaction mechanism with the SERCA2b calcium pump similar to that of phospholamban, a known regulin and SERCA inhibitor. Our analyses also suggested a strong aggregation potential of NNAT based on all-atom and coarse-grained simulations, in line with experimental data on its involvement in Lafora disease. These insights suggest NNAT can be considered a "regulin-like" protein, advancing our understanding of its molecular function and contributing to new perspectives in targeting NNAT-related pathologies, as well as reinforcing the role of coarse-grained simulations as a valid tool to assess protein aggregation potential.
Autoren: Omar Ben Mariem, Lara Coppi, Emma De Fabiani, Ivano Eberini, Maurizio Crestani
Letzte Aktualisierung: 2024-11-29 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.27.625357
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.27.625357.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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