Neue Technik revolutioniert die Überwachung des Verhaltens von Makaken
MacqD nutzt maschinelles Lernen, um das Verhalten von Makaken in Forschungseinrichtungen besser zu verfolgen.
― 8 min Lesedauer
Inhaltsverzeichnis
- Der Bedarf an der Überwachung des tierischen Verhaltens
- Die Rolle des maschinellen Lernens
- Herausforderungen beim Verfolgen von Makaken
- Vorstellung von MacqD
- Datensammlung
- Annotieren der Daten
- So funktioniert MacqD
- Experimente zur Testung von MacqD
- Experiment 1: Erkennung einzelner Makaken
- Experiment 2: Erkennung von Makakenpaaren
- Hinzufügen eines Tracking-Algorithmus
- Verallgemeinerung der Leistung von MacqD
- Fazit
- Originalquelle
- Referenz Links
Die Beobachtung, wie Tiere sich verhalten, ist super wichtig, um zu wissen, ob sie glücklich und gesund sind. Früher haben Wissenschaftler Tiere persönlich beobachtet oder stundenlang Videos durchgesehen, was viel Zeit gekostet hat und oft voreingenommen war. Glücklicherweise hilft die Technologie jetzt bei dieser Aufgabe. Maschinelles Lernen, eine Technologie, die es Computern ermöglicht zu lernen und Entscheidungen zu treffen, hilft Wissenschaftlern jetzt, das Verhalten von Tieren schneller und genauer zu analysieren.
Primaten, besonders Makaken, werden oft studiert, weil sie Menschen in vielen Dingen ähnlich sind. Aber zu sehen, was Makaken so treiben, kann knifflig sein, vor allem wenn sie zu zweit sind oder sich hinter Objekten verstecken. Um das zu verbessern, haben Forscher ein neues Modell namens MacqD entwickelt, das dazu gedacht ist, Makaken in Videos zu erkennen, selbst wenn sie teilweise verdeckt sind.
Der Bedarf an der Überwachung des tierischen Verhaltens
Das Verstehen des Verhaltens von Tieren ist aus vielen Gründen wichtig, z. B. um ihr Wohlbefinden zu sichern und ihre Gehirnfunktionen zu untersuchen. Wenn wir beobachten, wie Tiere sich verhalten, können wir herausfinden, wie sie sich fühlen. Wenn ein Makake gestresst oder ängstlich wirkt, können Wissenschaftler die Umgebung so anpassen, dass es ihm besser geht.
Aber das Verhalten von Tieren zu beobachten, ist keine kleine Aufgabe. Traditionelle Methoden, obwohl nützlich, erfordern viel manuelle Arbeit und können Fehler erzeugen. Mit besserer Technologie hoffen die Forscher, diesen Prozess zu vereinfachen, damit sie präzise Einblicke bekommen, ohne stundenlang mühsame Beobachtungen machen zu müssen.
Die Rolle des maschinellen Lernens
Maschinelles Lernen wird zunehmend verwendet, um das Verhalten von Tieren zu analysieren. Durch die Nutzung von Videomaterial von Tieren können Forscher Computer trainieren, verschiedene Aktionen und Bewegungen zu erkennen. Das bedeutet, sie können grosse Datenmengen in einem Bruchteil der Zeit verarbeiten, die ein Mensch benötigen würde.
Es gab bereits Erfolge mit maschinellem Lernen, um kleinere Labortiere wie Mäuse und Fliegen zu verfolgen. Aber das Verfolgen grösserer Tiere wie nicht-menschliche Primaten ist eine grössere Herausforderung. Um das zu ermöglichen, müssen die Wissenschaftler sicherstellen, dass sie diese Tiere in Videos genau finden und verfolgen können, selbst wenn sie eng beieinander stehen oder sich hinter Objekten verstecken.
Herausforderungen beim Verfolgen von Makaken
Makaken, speziell Rhesusmakaken, werden oft studiert, weil ihre Gehirne und Verhaltensweisen Einblicke geben können, die für Menschen relevant sind. Aber sie zu verfolgen, ist nicht so einfach, wie es klingt. Sie haben flexible Körper, bewegen sich viel und können leicht mit anderen verwechselt werden, besonders wenn sie ähnliche Fellmuster haben.
Bei den letzten Versuchen, Makaken zu verfolgen, haben einige Methoden versucht, ihre Gesichter zu erkennen oder ihre Körper in Videos zu detektieren. Während einige dieser Methoden vielversprechend waren, blieben sie oft hinter den Erwartungen zurück, wenn es kompliziert wurde – wie wenn zwei Makaken nah beieinander oder wenn einer teilweise versteckt war.
Zusammengefasst, während es Fortschritte gab, bleibt der Bedarf an einer besseren Lösung bestehen.
Vorstellung von MacqD
Um diese Herausforderungen zu bewältigen, haben Forscher MacqD entwickelt, ein maschinelles Lernmodell, das darauf ausgelegt ist, Rhesusmakaken in Videos aus ihrer Umgebung zu erkennen. MacqD nutzt eine spezielle Technologie namens Mask R-CNN, die hervorragend dafür geeignet ist, Objekte in Bildern zu identifizieren.
MacqD wurde speziell entworfen, um die Komplexität beim Studieren von Makaken in ihren Käfigen zu bewältigen, indem es ihre Bewegungen und Interaktionen sogar unter schwierigen Bedingungen erfasst, wie wenn sie teilweise versteckt sind oder wenn es Reflexionen im Glas gibt.
Datensammlung
Um MacqD zu entwickeln und zu testen, sammelten die Forscher Videos von Makaken aus einer Forschungseinrichtung. Diese Videos wurden mit Kameras aufgenommen, die eingerichtet wurden, um ihre täglichen Aktivitäten festzuhalten. Das Setup wurde so gestaltet, dass die Makaken in einer komfortablen Umgebung mit viel Platz und Spielzeug waren.
Die Forscher sammelten über mehrere Jahre hinweg eine Vielzahl von Videomaterial, das eine grosse Anzahl von Frames enthielt, um MacqD effektiv zu trainieren und zu testen. Sie achteten darauf, dass das Material unterschiedliche Lichtverhältnisse, Winkel und Szenen umfasste, um das reale Leben genau zu simulieren.
Annotieren der Daten
Nachdem die Videos gesammelt wurden, mussten die Forscher die Positionen der Makaken in jedem Frame markieren. Sie nutzten spezielle Werkzeuge, um Umrisse um die Tiere zu erstellen. Diese Markierungen halfen dem Computer zu lernen, wo sich die Makaken befanden und wie sie sich bewegten.
Durch präzise Annotationen konnte MacqD besser lernen und seine Erkennungsgenauigkeit verbessern. Die Annotationen wurden sorgfältig vorgenommen, um sicherzustellen, dass sie die Makaken im Fokus hervorhoben und andere Tiere im Hintergrund ignorierten.
So funktioniert MacqD
MacqD funktioniert, indem es Videoframes analysiert, um zu erkennen, wo die Makaken sich befinden. Es nutzt fortschrittliche Algorithmen, um um jeden Makaken ein Kästchen zu ziehen, wodurch es ihn effektiv verfolgen kann. Die Technik ermöglicht es, zwischen einzelnen Tieren zu unterscheiden, selbst wenn sie nah beieinander stehen oder eines teilweise verdeckt ist.
Das Modell funktioniert in zwei Phasen: Zuerst findet es Bereiche im Video, in denen Makaken sein könnten, und dann zoomt es hinein, um jeden Makaken genauer zu identifizieren. Dieser zweistufige Prozess hilft MacqD, Genauigkeit zu erreichen, während es mit realen Herausforderungen, wie Verdeckungen oder Reflexionen, umgeht.
Experimente zur Testung von MacqD
Um zu sehen, wie gut MacqD funktioniert, führten die Forscher eine Vielzahl von Experimenten durch. Sie testeten es an verschiedenen Videos mit einzelnen Makaken und Paaren von Makaken.
Experiment 1: Erkennung einzelner Makaken
Im ersten Experiment wurde MacqD an Videos von einzelnen Makaken getestet, die zuvor zum Training verwendet worden waren. Die Forscher massen, wie genau es jeden Makaken im Vergleich zu anderen bestehenden Modellen und Methoden identifizieren konnte.
Das Ergebnis war überwältigend positiv, mit hohen Präzisions- und Rückrufwerten für MacqD, was bedeutete, dass es sehr effektiv war, die Makaken zu erkennen. Dieses Experiment half, die Stärken von MacqD bei der genauen Erkennung einzelner Makaken, selbst unter schwierigen Bedingungen, zu unterstreichen.
Experiment 2: Erkennung von Makakenpaaren
Im zweiten Experiment lag der Fokus auf Paaren von Makaken im selben Käfig. Die Herausforderung war grösser, da es knifflig sein kann, zwischen zwei sich bewegenden Tieren zu unterscheiden.
Die Forscher testeten erneut MacqD gegen andere Modelle. Die Ergebnisse zeigten, dass MacqD immer noch effektiv beide Makaken in Paaren erkennen konnte, was seine Robustheit in herausfordernderen Situationen demonstrierte. Dieser Erfolg hob weiter die Anpassungsfähigkeit und Effektivität von MacqD hervor.
Hinzufügen eines Tracking-Algorithmus
Um zu sehen, ob die Leistung von MacqD noch weiter verbessert werden könnte, entschieden die Forscher, einen Tracking-Algorithmus hinzuzufügen. Dieser Algorithmus hilft, den Ort eines Makaken von einem Videoframe zum nächsten nachzuverfolgen. Die Idee war, verpasste Erkennungen zu reduzieren, wenn die Makaken kurzzeitig verdeckt waren.
Die Ergebnisse waren jedoch gemischt. In einigen Szenarien verbesserte das Tracking den Rückruf, indem es verpasste Erkennungen auffing, während es in anderen Fällen die Präzision etwas senkte, aufgrund eines Anstiegs von falsch positiven Ergebnissen. Diese Variation zeigte, dass das Hinzufügen eines Tracking-Systems die Ergebnisse verbessern könnte, es jedoch keine universelle Lösung ist.
Verallgemeinerung der Leistung von MacqD
Ein wichtiger Aspekt von MacqD ist, wie gut es sich an neue Situationen anpassen kann. Die Forscher testeten es nicht nur mit Material von der ursprünglichen Einrichtung, sondern auch mit Videos von einem anderen Forschungszentrum.
MacqD schnitt weiterhin gut ab und bewies, dass es sein Lernen auf neue Umgebungen und Tiere, die es noch nie gesehen hatte, verallgemeinern konnte. Diese Fähigkeit ist entscheidend, da sie andeutet, dass MacqD in einer Vielzahl von Umgebungen eingesetzt werden könnte und ein wertvolles Werkzeug für Forscher darstellt.
Fazit
Zusammengefasst ist MacqD eine neuartige und effektive Lösung zur Überwachung des Verhaltens von Makaken in Laborumgebungen. Durch den Einsatz fortschrittlicher Techniken des maschinellen Lernens kann es Makaken unter herausfordernden Bedingungen genau erkennen und verfolgen.
Obwohl einige Herausforderungen bestehen bleiben, insbesondere bezüglich Verdeckungen oder wenn mehrere Makaken nah beieinander sind, zeigt MacqD grosses Potenzial als Werkzeug für Forscher, die das Verhalten von Tieren studieren. Die Kombination aus hoher Genauigkeit, Anpassungsfähigkeit und Benutzerfreundlichkeit macht es zu einer aufregenden Entwicklung in der Forschung zum tierischen Verhalten.
Mit MacqD können Wissenschaftler weniger Zeit mit dem Ansehen von Videos verbringen und mehr Zeit damit, das Wohlbefinden ihrer pelzigen Forschungssubjekte zu sichern. Wenn sie nur die Makaken dazu bringen könnten, sich die Videos selbst anzusehen!
Titel: MacqD - A Deep Learning-based Model for Automatic Detection of Socially-housed Laboratory Macaques
Zusammenfassung: Despite advancements in video-based behaviour analysis and detection models for various species, existing methods are suboptimal to detect macaques in complex laboratory environments. To address this gap, we present MacqD, a modified Mask R-CNN model incorporating a SWIN transformer backbone for enhanced attention-based feature extraction. MacqD robustly detects macaques in their home-cage under challenging scenarios, including occlusions, glass reflections, and overexposure to light. To evaluate MacqD and compare its performance against pre-existing macaque detection models, we collected and analysed video frames from 20 caged rhesus macaques at Newcastle University, UK. Our results demonstrate MacqDs superiority, achieving a median F1-score of 99% for frames with a single macaque in the focal cage (surpassing the next-best model by 21%) and 90% for frames with two macaques. Generalisation tests on frames from a different set of macaques from the same animal facility yielded median F1-scores of 95% for frames with a single macaque (surpassing the next-best model by 15%) and 81% for frames with two macaques (surpassing the alternative approach by 39%). Finally, MacqD was applied to videos of paired macaques from another facility and resulted in F1-score of 90%, reflecting its strong generalisation capacity. This study highlights MacqDs effectiveness in accurately detecting macaques across diverse settings.
Autoren: Genevieve Moat, Maxime Gaudet-Trafit, Julian Paul, Jaume Bacardit, Suliann Ben Hamed, Colline Poirier
Letzte Aktualisierung: 2024-12-23 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.629644
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.629644.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
Vielen Dank an biorxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.