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Avançando o Diagnóstico do Câncer de Ovário com DRAS-MIL

Novo método busca melhorar a velocidade e a precisão do diagnóstico de câncer de ovário.

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Câncer de ovário é um tipo de câncer que aparece nos ovários, que fazem parte do sistema reprodutivo feminino. É o oitavo tipo de câncer mais comum entre as mulheres, com mais de 300 mil novos casos diagnosticados todo ano no mundo todo. Infelizmente, também é responsável por cerca de 200 mil mortes anualmente. Existem cinco principais tipos de câncer epitelial de ovário, cada um com características diferentes. Esses tipos são Carcinoma Seroso de Alto Grau, carcinoma seroso de baixo grau, carcinoma de célula clara, carcinoma endometrioide e carcinoma mucinoso. Cada tipo se comporta de um jeito diferente e pode responder de maneiras variadas aos tratamentos.

Os médicos geralmente diagnosticam esses cânceres analisando amostras de tecido sob um microscópio. Esse processo pode demorar bastante e requer muita expertise. Em muitos casos, os médicos precisam usar técnicas de coloração especiais ou encaminhar casos difíceis para especialistas, o que pode atrasar ainda mais o diagnóstico.

Desafios no Diagnóstico do Câncer de Ovário

O diagnóstico do câncer de ovário nem sempre é fácil. As amostras que os Patologistas analisam costumam ser coloridas com um corante chamado hematoxilina e eosina (H&E). Esse método permite que o patologista veja diferentes estruturas no tecido. Porém, pode ser complicado identificar com precisão o tipo específico de câncer de ovário apenas com essas imagens. Muitas vezes, é necessário ter muito conhecimento e anos de experiência.

Com o aumento da patologia digital, tem havido um empurrão para desenvolver ferramentas auxiliares por computador que possam ajudar no diagnóstico. Essas ferramentas podem analisar imagens rapidamente e de maneira consistente, melhorando potencialmente a velocidade e a precisão do diagnóstico. No entanto, os departamentos de patologia frequentemente enfrentam falta de profissionais, e há uma escassez global de patologistas treinados, tornando o desenvolvimento dessas ferramentas ainda mais crucial.

Visão Geral do Aprendizado por Múltiplas Instâncias

O aprendizado por múltiplas instâncias (MIL) é uma técnica usada em aprendizado de máquina onde a entrada consiste em várias instâncias agrupadas em sacos. No contexto da análise de imagens de lâminas inteiras (WSIs) da patologia, uma WSI pode ser vista como um saco, e os patches individuais retirados dessa WSI são as instâncias.

Um método comum chamado aprendizado por múltiplas instâncias baseado em atenção (ABMIL) atribui pontuações a esses patches com base na sua importância. O processo de analisar todos esses patches pode ser exigente devido ao tamanho grande dessas imagens, que frequentemente contêm bilhões de pixels.

Nossa Abordagem: DRAS-MIL

Para enfrentar os desafios de classificar essas imagens de forma mais eficiente, propomos um novo método chamado Amostragem Ativa de Região Discriminativa para Aprendizado por Múltiplas Instâncias (DRAS-MIL). Esse método se concentra em reduzir a quantidade de dados que precisam ser processados. Ele faz isso identificando as áreas mais relevantes da lâmina e focando os esforços nessas áreas, em vez de processar cada patch individualmente.

O DRAS-MIL funciona inicialmente classificando uma amostra aleatória de patches da WSI. Depois disso, coleta dados sobre quais patches foram mais importantes e usa essas informações para guiar a amostragem posterior. Basicamente, ele permite que o modelo "aprenda" quais áreas da lâmina são mais propensas a conter características importantes para o diagnóstico.

Testamos essa abordagem em um conjunto de dados de 714 WSIs de pacientes com câncer de ovário. Nosso objetivo era distinguir o subtipo mais comum, carcinoma seroso de alto grau, dos outros tipos menos comuns.

Resultados e Descobertas

Nas nossas avaliações, comparamos o DRAS-MIL com métodos tradicionais. Descobrimos que o DRAS-MIL tem um desempenho similar a métodos mais exaustivos, enquanto usa bem menos memória e tempo de processamento. Por exemplo, usar o DRAS-MIL exigiu apenas cerca de 18% da memória usada pelos métodos de classificação padrão e foi muito mais rápido-levando cerca de 33% do tempo em uma GPU e 14% em uma CPU.

A eficiência do DRAS-MIL não se trata apenas de rodar mais rápido; isso pode fazer a diferença em ambientes clínicos reais. Para clínicas que não têm poder computacional avançado, esse método pode ser útil. Permite avaliações rápidas, facilitando o uso de ferramentas de IA na prática médica real.

Implicações para a Prática Clínica

Os resultados dessa pesquisa indicam que o DRAS-MIL pode ajudar a reduzir os tempos de espera para pacientes que precisam de diagnósticos, ajudando os clínicos a tomar decisões mais rápidas. Pode servir como uma ferramenta adicional para patologistas, especialmente aqueles que talvez não sejam especialistas em cânceres ginecológicos. Isso poderia significar menos casos sendo encaminhados para especialistas, reduzindo a carga de trabalho em departamentos de patologia ocupados.

Com o modelo desenvolvido, há potencial para melhor precisão na identificação dos tipos de câncer de ovário, o que poderia afetar diretamente as decisões de tratamento e os resultados dos pacientes. No entanto, o objetivo final é aumentar o tamanho geral do conjunto de dados usado para treinar esses modelos, para que se tornem ainda mais confiáveis.

Direções Futuras

Embora nosso trabalho tenha mostrado resultados promissores, reconhecemos que ainda há muito a ser feito. Nossa pesquisa futura se concentrará em aumentar o tamanho do conjunto de dados de câncer de ovário e validar nossas descobertas em relação a dados externos. Isso será importante para garantir que nosso modelo consiga lidar com diferentes tipos de casos que pode encontrar em ambientes clínicos variados.

Também queremos melhorar o modelo para classificar cada subtipo de câncer de ovário separadamente, enquanto lidamos com tipos mistos. Ao aprimorar a capacidade do modelo de lidar com casos menos comuns, podemos garantir que ele se torne uma ferramenta útil em todos os cenários clínicos.

Outro objetivo é integrar o DRAS-MIL na fase de treinamento do modelo, tornando-o ainda mais focado nas áreas mais importantes da lâmina. Isso poderia ajudar a melhorar a precisão durante o processo de classificação e permitir que o modelo seja mais robusto contra quaisquer vieses presentes nos dados.

Conclusão

Em conclusão, nosso estudo apresenta um método eficiente para classificar lâminas de histopatologia do câncer de ovário. A abordagem DRAS-MIL mostra que é possível reduzir significativamente os requisitos computacionais para analisar essas imagens sem sacrificar o desempenho.

Ao melhorar a eficiência da avaliação das lâminas, esperamos ajudar equipes na prática clínica a adotar ferramentas de diagnóstico assistidas por computador de forma mais ampla. No final das contas, isso poderia levar a diagnósticos mais rápidos e melhores resultados para pacientes que sofrem de câncer de ovário. Acreditamos que, com pesquisa e desenvolvimento contínuos, ferramentas como o DRAS-MIL podem ajudar a reconciliar métodos computacionais avançados com as necessidades clínicas do dia a dia.

Fonte original

Título: Efficient subtyping of ovarian cancer histopathology whole slide images using active sampling in multiple instance learning

Resumo: Weakly-supervised classification of histopathology slides is a computationally intensive task, with a typical whole slide image (WSI) containing billions of pixels to process. We propose Discriminative Region Active Sampling for Multiple Instance Learning (DRAS-MIL), a computationally efficient slide classification method using attention scores to focus sampling on highly discriminative regions. We apply this to the diagnosis of ovarian cancer histological subtypes, which is an essential part of the patient care pathway as different subtypes have different genetic and molecular profiles, treatment options, and patient outcomes. We use a dataset of 714 WSIs acquired from 147 epithelial ovarian cancer patients at Leeds Teaching Hospitals NHS Trust to distinguish the most common subtype, high-grade serous carcinoma, from the other four subtypes (low-grade serous, endometrioid, clear cell, and mucinous carcinomas) combined. We demonstrate that DRAS-MIL can achieve similar classification performance to exhaustive slide analysis, with a 3-fold cross-validated AUC of 0.8679 compared to 0.8781 with standard attention-based MIL classification. Our approach uses at most 18% as much memory as the standard approach, while taking 33% of the time when evaluating on a GPU and only 14% on a CPU alone. Reducing prediction time and memory requirements may benefit clinical deployment and the democratisation of AI, reducing the extent to which computational hardware limits end-user adoption.

Autores: Jack Breen, Katie Allen, Kieran Zucker, Geoff Hall, Nicolas M. Orsi, Nishant Ravikumar

Última atualização: 2023-02-21 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2302.08867

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2302.08867

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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