ExBEHRT: Uma Nova Abordagem para Análise de EHR
ExBEHRT melhora a análise de dados dos pacientes pra previsões de saúde mais precisas.
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Índice
- Por que o ExBEHRT é Importante
- Como o ExBEHRT Funciona
- A Importância dos Dados de Treinamento
- Treinamento e Ajuste Fino do Modelo
- Avaliando o Desempenho do Modelo
- Interpretando as Previsões do Modelo
- Agrupando Pacientes para Melhores Insights
- Limitações a Considerar
- Direções Futuras para o ExBEHRT
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Nos últimos anos, os Registros eletrônicos de saúde (EHRs) se tornaram muito mais importantes. Eles ajudam os médicos a acompanhar o histórico médico de um paciente, incluindo diagnósticos, tratamentos, consultas e exames. Com a enorme quantidade de Dados contidos nesses registros, usar aprendizado de máquina pode trazer novas percepções sobre padrões de doenças, detecção precoce e planos de tratamento personalizados.
Para explorar esse potencial, pesquisadores desenvolveram modelos que podem analisar a informação encontrada nos EHRs. Um desses modelos é o ExBEHRT, que se baseia em um modelo anterior chamado BEHRT. Enquanto o BEHRT focava principalmente em diagnósticos e idade do paciente, o ExBEHRT amplia esse escopo para incluir vários tipos de dados, como dados demográficos, detalhes clínicos, sinais vitais, histórico de tabagismo, tratamentos, medicamentos e resultados de exames.
Por que o ExBEHRT é Importante
O objetivo do ExBEHRT é fornecer uma visão mais completa das informações do paciente. Ao incluir mais características, o modelo pode fazer previsões melhores sobre problemas de saúde futuros. Por exemplo, ele pode ajudar a identificar fatores de risco para diferentes doenças ou sugerir opções de tratamento personalizadas para cada paciente.
Uma característica chave do ExBEHRT é a sua capacidade de interpretar as previsões que faz. Entender por que o modelo chega a uma conclusão específica é crucial para os médicos que confiam nessas previsões para o cuidado do paciente. Essa característica é alcançada através de um método que analisa gradientes esperados, oferecendo insights mais claros do que os métodos anteriores que se baseavam apenas na importância das características.
Como o ExBEHRT Funciona
O ExBEHRT representa os registros de saúde de um paciente de uma maneira que acompanha vários eventos médicos ao longo do tempo. O modelo considera como diferentes características se relacionam e as sequências de eventos para cada paciente. Isso é importante porque a saúde de um paciente pode mudar com o tempo, e entender essas mudanças pode levar a decisões de saúde melhores.
O modelo evita criar sequências de entrada muito longas agrupando conceitos médicos em seções separadas. Esse método impede um aumento nos custos de processamento à medida que mais características são adicionadas, permitindo atualizações eficientes à medida que novos dados se tornam disponíveis. O design do ExBEHRT separa diferentes tipos de informações, como diagnósticos e procedimentos, que podem ter impactos distintos nos resultados de saúde.
A Importância dos Dados de Treinamento
Para treinar o ExBEHRT de forma eficaz, é necessário um conjunto grande e diversificado de registros de saúde. Uma fonte de dados vem do banco de dados EHR da Optum, que inclui dados de saúde de muitos provedores de saúde nos Estados Unidos. Esse extenso conjunto de dados contém uma riqueza de informações sobre demografia, tratamentos médicos e resultados de mais de 100 milhões de pacientes.
Antes do treinamento, é essencial limpar e preparar os dados. Esse processo envolve garantir que apenas os registros relevantes sejam incluídos, focando em pacientes com um histórico médico suficiente para fornecer contexto para as previsões. Ao selecionar cuidadosamente os pontos de dados, os pesquisadores podem construir uma base sólida para o treinamento do modelo.
Treinamento e Ajuste Fino do Modelo
O ExBEHRT passa por um processo de treinamento em duas etapas: pré-treinamento e ajuste fino. Na fase de pré-treinamento, o modelo aprende a prever códigos de diagnóstico analisando padrões nos dados dos pacientes. Esse treinamento ajuda o modelo a se familiarizar com os vários tipos de informações que encontrará.
Uma vez que o pré-treinamento é concluído, o modelo entra na fase de ajuste fino, onde é ajustado para melhorar seu desempenho em tarefas específicas, como prever resultados para os pacientes. Essas tarefas podem incluir prever a probabilidade de um paciente ser readmitido no hospital ou determinar seu risco de mortalidade.
Avaliando o Desempenho do Modelo
Depois que o ExBEHRT é treinado, é importante avaliar seu desempenho. Várias métricas chave são usadas para medir quão eficaz o modelo é ao fazer previsões. Essas métricas ajudam a determinar se o ExBEHRT está fornecendo insights valiosos em comparação com outros modelos ou métodos tradicionais.
O desempenho do modelo pode ser avaliado em várias tarefas, incluindo Previsão de mortalidade para pacientes com câncer ou taxas de readmissão para pacientes com insuficiência cardíaca. Comparar os resultados do ExBEHRT com os de outros modelos bem conhecidos ajuda a ilustrar seus pontos fortes e fracos.
Interpretando as Previsões do Modelo
Um aspecto crucial de usar aprendizado de máquina na saúde é a capacidade de entender como e por que os modelos derivam suas previsões. O ExBEHRT aborda isso visualizando a atenção de várias características. Ao examinar como o modelo se concentra em diferentes partes dos dados de entrada, os profissionais de saúde podem obter insights sobre os fatores que impulsionam as previsões.
Outro método para interpretação envolve a análise de gradientes esperados. Essa técnica permite uma compreensão mais profunda da importância de características individuais na previsão de resultados. Ao avaliar a influência de cada característica, os clínicos podem tomar decisões mais informadas sobre o cuidado do paciente.
Agrupando Pacientes para Melhores Insights
Usando o ExBEHRT, os pesquisadores podem agrupar pacientes com base em suas informações médicas. O agrupamento ajuda a identificar grupos de pacientes com características ou perfis de doença semelhantes. Essa informação pode ser usada para reconhecer diferentes níveis de risco entre pacientes com câncer ou personalizar tratamentos para grupos específicos.
Em um exemplo, o modelo identificou aglomerados entre pacientes com câncer. Cada aglomerado estava associado a um tipo específico de câncer, permitindo o desenvolvimento de planos de tratamento que consideram as características únicas de cada grupo. Esse processo de agrupamento enfatiza o potencial para um atendimento personalizado com base na jornada de cada paciente.
Limitações a Considerar
Embora o ExBEHRT mostre promessa na análise de EHRs, há limitações a considerar. O desempenho do modelo pode ser influenciado pela qualidade dos dados utilizados para o treinamento. Os dados dos EHRs às vezes podem ser fragmentados ou incompletos, o que pode impactar a precisão das previsões.
Além disso, o viés é uma preocupação no aprendizado de máquina. É vital garantir que os dados de treinamento sejam representativos da população para evitar discrepâncias nas previsões com base em demografia ou outros fatores. Trabalhos futuros devem buscar abordar essas limitações e melhorar a generalização do modelo para diferentes configurações de saúde.
Direções Futuras para o ExBEHRT
À medida que o ExBEHRT continua a se desenvolver, mais pesquisas podem aprimorar suas capacidades e aplicações. Uma área de foco é validar as previsões do modelo com o input de profissionais de saúde. Colaborar com clínicos pode ajudar a garantir que os insights fornecidos pelo modelo sejam relevantes e acionáveis.
Além disso, expandir a funcionalidade do modelo para incluir outras doenças ou condições pode aumentar sua utilidade na prática clínica. Ao aplicar o ExBEHRT a uma gama mais ampla de questões de saúde, os pesquisadores podem identificar novos padrões e melhorar os resultados dos pacientes.
Conclusão
O ExBEHRT representa um avanço no uso de aprendizado de máquina para a saúde. Ao incorporar uma ampla gama de dados do paciente e fornecer previsões interpretáveis, o modelo oferece insights valiosos que podem ajudar os clínicos a tomar decisões informadas sobre o cuidado dos pacientes. À medida que a pesquisa nesta área avança, o ExBEHRT tem o potencial de transformar a maneira como os provedores de saúde abordam a gestão e o planejamento de tratamento dos pacientes.
Título: ExBEHRT: Extended Transformer for Electronic Health Records to Predict Disease Subtypes & Progressions
Resumo: In this study, we introduce ExBEHRT, an extended version of BEHRT (BERT applied to electronic health records), and apply different algorithms to interpret its results. While BEHRT considers only diagnoses and patient age, we extend the feature space to several multimodal records, namely demographics, clinical characteristics, vital signs, smoking status, diagnoses, procedures, medications, and laboratory tests, by applying a novel method to unify the frequencies and temporal dimensions of the different features. We show that additional features significantly improve model performance for various downstream tasks in different diseases. To ensure robustness, we interpret model predictions using an adaptation of expected gradients, which has not been previously applied to transformers with EHR data and provides more granular interpretations than previous approaches such as feature and token importances. Furthermore, by clustering the model representations of oncology patients, we show that the model has an implicit understanding of the disease and is able to classify patients with the same cancer type into different risk groups. Given the additional features and interpretability, ExBEHRT can help make informed decisions about disease trajectories, diagnoses, and risk factors of various diseases.
Autores: Maurice Rupp, Oriane Peter, Thirupathi Pattipaka
Última atualização: 2023-08-11 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2303.12364
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.12364
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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