Otimizando Tomografia Eletrônica com TUOTA
Um novo método melhora a imagem de nanomateriais delicados enquanto diminui os danos.
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Índice
- O que são Nanomateriais?
- Métodos de Imagem de Nanomateriais
- Desafios na Tomografia Eletrônica
- Técnica de Subamostragem de Inclinação
- Otimizando a Aquisição de Imagens
- Implementação do Novo Protocolo
- Resultados das Simulações e Experimentos
- Entendendo o Impacto do Dano do Feixe
- Comparando Diferentes Técnicas
- Direções Futuras para Pesquisa
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
A Tomografia Eletrônica é uma técnica usada pra dar uma olhada dentro de materiais bem pequenos chamados Nanomateriais. Esses materiais são tão pequenos que não dá pra ver com o olho nu e seu tamanho geralmente varia de 1 a 100 nanômetros. Quando os pesquisadores usam feixes de elétrons pra estudar esses materiais, eles conseguem aprender muita coisa sobre a estrutura e as propriedades deles. Mas, usar feixes de elétrons também pode acabar danificando essas amostras delicadas.
Pra minimizar os danos, os pesquisadores usam um método chamado subamostragem de inclinação, que significa que eles coletam menos imagens das amostras enquanto as inclinam durante o processo de imagem. Isso ajuda a reduzir a exposição total ao feixe de elétrons. Mas tem uma pegadinha: quando os pesquisadores tiram menos imagens, as fotos resultantes podem ter erros ou artefatos porque a amostragem não é suficiente. Isso quer dizer que os pesquisadores precisam encontrar a quantidade certa de imagens pra tirar - o suficiente pra ter uma imagem clara enquanto minimizam os danos.
Os métodos típicos pra descobrir esse número ideal de imagens são lentos. Eles exigem tirar vários conjuntos de imagens com contagens diferentes, o que pode consumir muito tempo e muitas vezes leva a amostras danificadas. O nosso objetivo nesse estudo é aumentar a velocidade e precisão desse processo usando um novo protocolo que combina duas técnicas: varredura da razão áurea e análise em tempo real.
O que são Nanomateriais?
Nanomateriais são materiais que têm pelo menos uma dimensão na escala nanométrica. Eles possuem propriedades únicas em comparação com versões maiores dos mesmos materiais. Isso é principalmente por causa do tamanho pequeno, que afeta como eles interagem com luz, calor e outras substâncias. Como resultado, os nanomateriais podem ser encontrados em uma variedade de produtos, desde cosméticos até eletrônicos avançados. Entender a estrutura deles com precisão é essencial pra prever como eles vão se comportar em diferentes situações.
Métodos de Imagem de Nanomateriais
Técnicas de imagem de alta resolução como microscopia eletrônica de transmissão (TEM) e microscopia eletrônica de varredura de campo escuro anular (ADF-STEM) permitem que os pesquisadores vejam as estruturas dos nanomateriais. Porém, essas técnicas produzem apenas imagens planas (projeções 2D) ao invés de representações verdadeiras em 3D. Pra contornar essa limitação, os pesquisadores usam tomografia eletrônica (ET) pra criar imagens tridimensionais tirando várias imagens 2D em diferentes ângulos da mesma amostra.
Durante um procedimento típico de ET, uma série de imagens 2D é coletada enquanto a amostra gira. Essas imagens são processadas usando algoritmos especiais pra criar um modelo 3D abrangente do nanomaterial. Essa técnica avançou muito nosso conhecimento sobre nanomateriais e suas possíveis aplicações.
Desafios na Tomografia Eletrônica
Um dos principais desafios ao usar elétrons pra coletar imagens de nanomateriais é que o feixe de elétrons pode causar deformação do material. Fatores como aquecimento, acúmulo de carga e deslocamento atômico podem danificar a amostra e alterar sua estrutura. Isso pode acontecer com vários nanomateriais como estruturas metal-orgânicas (MOFs) e silicatos.
Os pesquisadores tentaram muitas maneiras de reduzir os danos causados pelo feixe de elétrons, sendo uma das mais eficazes limitar a duração e intensidade da exposição ao feixe. Por exemplo, métodos de baixa dose podem ser usados, permitindo imagens de alta qualidade com menos exposição a elétrons. Contudo, esses métodos frequentemente exigem equipamentos especializados que podem não estar sempre disponíveis.
Técnica de Subamostragem de Inclinação
Outra maneira comum de limitar o dano do feixe é através da subamostragem, que envolve capturar menos imagens. Essa técnica pode ajudar a reduzir a exposição, mas vem com seu próprio conjunto de problemas, especialmente a introdução de artefatos nas imagens. Os pesquisadores estudaram diferentes estratégias de subamostragem e descobriram que reduzir o número de ângulos capturados pode levar a erros significativos nas imagens finais.
Um problema significativo é conhecido como "cuneiforme ausente". Isso acontece quando apenas um número limitado de ângulos é capturado, resultando em lacunas nos dados. Os pesquisadores podem tentar consertar esse problema usando algoritmos específicos, mas muitas vezes isso requer conhecimento das propriedades da amostra antecipadamente, o que pode ser desafiador.
Otimizando a Aquisição de Imagens
Quando o objetivo é reconstruções de alta qualidade, é comum comparar os resultados com uma estrutura de referência coletada sob condições padrão. No entanto, essa abordagem pode ser problemática pra amostras sensíveis ao feixe, pois não está claro se a amostra de referência também passou por danos.
Pra encontrar o número ideal de imagens a serem capturadas, os pesquisadores normalmente comparam várias reconstruções feitas com diferentes contagens de imagens. Isso consome tempo e exige novas amostras pra cada reconstrução, já que amostras previamente danificadas podem não ser adequadas pra análises posteriores.
Pra enfrentar esse problema, nosso método proposto sugere usar um esquema de aquisição com uma faixa angular semi-constante enquanto a densidade das amostras aumenta à medida que mais imagens são capturadas. A Varredura da Razão Áurea (GRS) é uma técnica que pode realizar isso e foi desenvolvida originalmente pra imagem de nêutrons.
Implementação do Novo Protocolo
Neste trabalho, apresentamos um protocolo chamado Aquisição Tomográfica Otimizada por Subamostragem de Inclinação (TUOTA). Esse método mistura GRS com reconstrução quase-3D usando um software chamado RECAST3D. O principal objetivo é determinar o número ideal de imagens necessárias pra capturar imagens 3D de alta qualidade de amostras sensíveis ao feixe em tempo real.
O protocolo consiste em várias etapas:
Coleta de Dados: Usar GRS pra reunir projeções no microscópio em tempo real. O número real de imagens tiradas é decidido pelo pesquisador com base no que ele observa.
Processamento de Dados: Processar as imagens coletadas usando RECAST3D pra gerar várias fatias da estrutura do material. Essas fatias são atualizadas continuamente à medida que mais imagens são tiradas.
Avaliação de Qualidade: Avaliar a qualidade de cada fatia obtida na etapa anterior. Isso ajuda a determinar o melhor número de imagens necessárias pra reconstruções precisas.
Reconstrução Final: Fazer uma reconstrução final usando o número ideal de imagens identificado na etapa anterior.
Esse protocolo foi testado usando simulações com diferentes nanopartículas e foi aplicado com sucesso pra reconstruir dois complexos de estruturas metal-orgânicas sensíveis ao feixe.
Resultados das Simulações e Experimentos
Simulações foram realizadas com vários parâmetros, e o objetivo era monitorar o quão bem as imagens geradas correspondiam a certos indicadores de qualidade. Por exemplo, os pesquisadores acompanharam medições específicas de quão perto as imagens reconstruídas estavam de uma estrutura de referência.
Quando aplicando esse novo método a amostras do mundo real, como nano-compósitos, os resultados foram bastante promissores. Por exemplo, o protocolo recém-desenvolvido permitiu monitorar a degradação das amostras durante os procedimentos de imagem. Diferentes nano-compósitos mostraram variações na sensibilidade ao dano do feixe, que foram registradas efetivamente usando TUOTA.
A imagem de alta resolução permitiu que os pesquisadores testemunhassem mudanças nas amostras ao longo do tempo, ajudando-os a entender melhor as complexidades desses materiais.
Entendendo o Impacto do Dano do Feixe
Durante o estudo, foi confirmado que alguns materiais são mais resistentes ao dano do feixe do que outros. Por exemplo, certos nanostar de ouro-pálido mostraram pouca distorção sob o feixe de elétrons, enquanto estruturas metal-orgânicas foram notavelmente afetadas.
Usando TUOTA, os pesquisadores coletaram dados sobre a razão sinal-ruído (SNR) e a diferença de ortofatia autorreferencial (SROD) à medida que o número de imagens aumentava. Isso ajudou a indicar quando imagens suficientes haviam sido tiradas pra equilibrar qualidade e minimizar danos.
Comparando Diferentes Técnicas
Através do experimento, ficou claro que TUOTA gerou resultados satisfatórios, superando métodos tradicionais que usam passos angulares constantes ou incrementos de inclinação variáveis. Usando apenas um procedimento de aquisição, os pesquisadores puderam determinar de forma eficiente o número ideal de imagens necessárias sem sacrificar a qualidade.
Em muitos casos, as reconstruções feitas usando TUOTA combinaram-se de perto com as imagens obtidas por métodos tradicionais. Os resultados indicaram que, embora ambos os métodos pudessem alcançar resultados semelhantes, TUOTA era significativamente mais rápido e eficiente.
Direções Futuras para Pesquisa
As descobertas deste estudo sugerem que há um potencial considerável pra refinar o método TUOTA. Pesquisas futuras podem envolver testar esse protocolo em uma gama mais ampla de amostras sensíveis ao feixe pra ver quão eficaz ele se mantém em vários contextos.
Além disso, explorar a integração de técnicas avançadas de reconstrução de imagens poderia melhorar ainda mais as capacidades do TUOTA. Ao continuar a melhorar esse protocolo, os pesquisadores poderiam potencialmente desbloquear maneiras ainda melhores de analisar materiais delicados sem comprometer sua integridade.
Conclusão
Resumindo, a introdução do TUOTA representa um avanço significativo na imagem de amostras sensíveis ao feixe. Ao equilibrar a necessidade de minimizar danos enquanto garante reconstruções de alta qualidade, essa abordagem nova tem o potencial de mudar como os pesquisadores estudam nanomateriais.
O protocolo não só simplifica o processo de determinar o número ideal de imagens a serem capturadas, mas também permite análise em tempo real durante a imagem. À medida que a tecnologia continua a melhorar, as descobertas deste estudo podem levar a novas aplicações e insights mais profundos no mundo dos nanomateriais e suas propriedades.
Título: Real-Time Tilt Undersampling Optimization during Electron Tomography of Beam Sensitive Samples using Golden Ratio Scanning and RECAST3D
Resumo: Electron tomography is a widely used technique for 3D structural analysis of nanomaterials, but it can cause damage to samples due to high electron doses and long exposure times. To minimize such damage, researchers often reduce beam exposure by acquiring fewer projections through tilt undersampling. However, this approach can also introduce reconstruction artifacts due to insufficient sampling. Therefore, it is important to determine the optimal number of projections that minimizes both beam exposure and undersampling artifacts for accurate reconstructions of beam-sensitive samples. Current methods for determining this optimal number of projections involve acquiring and post-processing multiple reconstructions with different numbers of projections, which can be time-consuming and requires multiple samples due to sample damage. To improve this process, we propose a protocol that combines golden ratio scanning and quasi-3D reconstruction to estimate the optimal number of projections in real-time during a single acquisition. This protocol was validated using simulated and realistic nanoparticles, and was successfully applied to reconstruct two beam-sensitive metal-organic framework complexes.
Autores: Timothy M. Craig, Ajinkya A Kadu, Kees Joost Batenburg, Sara Bals
Última atualização: 2023-04-01 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2304.01221
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2304.01221
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
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