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Desenvolvendo Habilidades em Bioinformática para Combater a RAM em Camarões

Um workshop fortalece a expertise local em bioinformática para enfrentar a resistência antimicrobiana.

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A Resistência Antimicrobiana (RAM) é um problema sério que afeta pessoas, animais e o meio ambiente. A RAM acontece quando as bactérias e outros germes conseguem resistir aos efeitos dos medicamentos, tornando infecções comuns mais difíceis de tratar. Só em 2019, a RAM foi ligada a 1,27 milhão de mortes e pode ter causado quase 5 milhões de fatalidades no mundo todo. Sem ações eficazes para controlar a RAM, isso pode se tornar a principal causa de morte até 2050, resultando em alarmantes 10 milhões de mortes por ano e custando cerca de 100 bilhões de dólares para a economia global.

O Papel da Bioinformática

A bioinformática tem um papel fundamental no combate à RAM. Graças aos avanços tecnológicos, o sequenciamento de genoma completo (WGS) se tornou mais acessível, permitindo que os pesquisadores estudem as informações genéticas dos germes. A bioinformática ajuda os cientistas a analisar esses dados genéticos para entender como a RAM se espalha e identificar os mecanismos moleculares por trás dela. Essa informação é crucial para desenvolver vacinas, tratamentos e ferramentas para diagnosticar e prevenir a RAM.

Em muitas partes do mundo, especialmente na África, a falta de profissionais qualificados em bioinformática é um desafio significativo. Países como Camarões enfrentam obstáculos como acesso limitado a computadores e internet, programas de treinamento insuficientes e problemas financeiros. Muitos pesquisadores nessas regiões precisam depender de cursos online ou buscar treinamento fora do país.

Um Workshop para Desenvolver Habilidades

Para combater a falta de habilidades em bioinformática, o Instituto de Pesquisa do Centro de Especialização e Diagnóstico Biológico dos Camarões (CEDBCAM-RI) organizou um workshop de bioinformática focado na RAM. O objetivo era treinar pesquisadores e profissionais locais na análise de Dados Genômicos relacionados à RAM.

O workshop foi projetado para apresentar aos participantes os conceitos básicos da bioinformática e fornecer as habilidades essenciais necessárias para a pesquisa em genômica bacteriana. Ao longo de três dias, os participantes aprenderam sobre tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) e como usar ferramentas online para analisar e interpretar dados genômicos. Eles também tiveram a oportunidade de se conectar com outros cientistas que compartilhavam interesses semelhantes.

Preparando o Workshop

O planejamento do workshop envolveu discussões entre os membros da equipe para identificar desafios e encontrar soluções para entregar o treinamento de forma eficaz. Eles conseguiram o apoio da diretoria do CEDBCAM-RI para garantir o sucesso do programa. Uma pequena taxa de inscrição ajudou a cobrir os custos de alimentação, e assistência financeira estava disponível para os participantes que não podiam arcar com a taxa.

Gerenciando Riscos

Como esse foi o primeiro workshop de bioinformática do tipo nos Camarões, os organizadores criaram uma análise de risco e um plano de contingência. Eles categorizaram as tarefas em tarefas principais, vitórias rápidas, tarefas ingratas e preenchimentos. As tarefas principais exigiam esforço significativo e eram cruciais para alcançar um treinamento significativo. As vitórias rápidas eram tarefas que poderiam ter um alto impacto com pouco esforço. As tarefas ingratas exigiam um esforço considerável, mas tinham um impacto menor, enquanto os preenchimentos eram tarefas inesperadas que surgiram durante o workshop.

Colaborações com especialistas internacionais melhoraram a qualidade do treinamento, oferecendo expertise adicional à equipe local.

Selecionando Participantes

Para atrair participantes adequados, foi feito um chamado para inscrições um mês antes do workshop. A comissão de seleção avaliou os candidatos com base em sua formação educacional, interesse em RAM e potencial para aplicar o conhecimento adquirido. O objetivo era recrutar indivíduos de diversas áreas, incluindo acadêmicos, pesquisa e saúde.

Desenvolvendo o Currículo

O currículo do workshop foi desenvolvido em colaboração com especialistas em bioinformática. O treinamento focou em habilidades práticas e aplicações no mundo real. Incluiu atividades práticas para incentivar a participação ativa e o engajamento. O conteúdo abrangeu tópicos essenciais, como tecnologias de NGS, análise de sequências e compartilhamento de dados.

Escolhendo as Ferramentas Certas

O sucesso do workshop dependia da seleção de ferramentas online adequadas para a análise em bioinformática. Os critérios incluíam disponibilidade gratuita, facilidade de uso e relevância para a vigilância da RAM. Os participantes aprenderam a usar uma variedade de ferramentas, desde as mais básicas até plataformas mais avançadas, permitindo que realizassem análises significativas sem precisar de infraestruturas locais extensivas.

Realizando o Workshop

O workshop teve duração de três dias, com sessões agendadas de manhã até à noite. A presença era obrigatória, e os participantes completaram várias tarefas ao longo do treinamento. A agenda foi cuidadosamente elaborada para maximizar os resultados de aprendizagem.

Para avaliar a eficácia do workshop, foram coletadas avaliações durante e após as sessões. O feedback contínuo permitiu que os instrutores ajustassem o treinamento com base na compreensão e engajamento dos participantes. No final, os projetos em grupo foram avaliados para avaliar a aplicação dos conceitos aprendidos.

Superando Desafios

Vários desafios precisaram ser enfrentados durante a fase de preparação. A ausência de especialistas em bioinformática na vigilância da RAM foi um grande obstáculo. Além disso, restrições financeiras e diferenças de idioma apresentaram dificuldades. A maioria dos participantes falava principalmente francês, exigindo suporte adicional para garantir a compreensão deles.

Demografia dos Participantes

Dos 86 candidatos, 11 participantes foram selecionados, representando várias instituições. A maioria eram estudantes de doutorado, e a maior parte era da Universidade de Yaoundé I. O grupo consistia em indivíduos de quatro regiões dos Camarões, com um participante vindo do Chade. O balanço de gênero estava desequilibrado, com menos participantes mulheres.

Desenvolvimento de Habilidades

Antes do início do workshop, os participantes expressaram falta de confiança em suas habilidades em bioinformática. A maioria tinha dificuldade em identificar tecnologias de NGS e estava incerta sobre como usar ferramentas de análise online. Após o treinamento, os participantes relataram um aumento significativo na confiança. Eles se sentiram mais preparados para reconhecer tecnologias de NGS, analisar dados e apresentar suas descobertas.

Feedback e Engajamento

No geral, os participantes expressaram satisfação com o conteúdo e a entrega do workshop. Os exercícios práticos e a natureza interativa das sessões levaram a um maior engajamento. Muitos apreciaram os materiais do curso e a oportunidade de fazer networking com colegas que enfrentavam desafios semelhantes. A maioria dos participantes manifestou interesse em participar de Treinamentos futuros.

Importância da Genômica na RAM

A genômica desempenha um papel crítico na compreensão e combate à RAM, lidando com uma questão premente de saúde pública. Especialmente em ambientes com recursos limitados, como os Camarões, a luta contra a RAM é complicada pela falta de profissionais qualificados e infraestrutura adequada.

Ao construir capacidade local por meio do treinamento em bioinformática, podemos melhorar nossa capacidade de monitorar e abordar a RAM de forma eficaz. Este workshop serve como um modelo que pode ser replicado em ambientes semelhantes, destacando a importância da educação e apoio impulsionados pela comunidade.

Avançando

Para garantir que o impacto positivo do workshop continue, devem ser desenvolvidas estratégias para criar redes de apoio entre os participantes. Omentoria contínua e oportunidades de colaboração são cruciais para promover o aprendizado contínuo. Iniciativas futuras também devem abordar a necessidade de um treinamento mais abrangente e de longo prazo para aprofundar a expertise em bioinformática.

Estabelecer infraestruturas locais para análise de dados poderia aumentar ainda mais a sustentabilidade dos esforços em bioinformática. Trabalhando juntos e reconhecendo os desafios enfrentados, podemos continuar a melhorar nossa capacidade de combater a RAM e proteger a saúde pública.

Conclusão

Iniciativas como este workshop de bioinformática nos Camarões demonstram que desenvolver habilidades para pesquisa genômica pode ser realizado mesmo em ambientes desafiadores. Utilizando ferramentas online e programas de treinamento, podemos capacitar pesquisadores locais a fazer contribuições significativas para a vigilância da RAM. Expandir esses esforços é vital para garantir a sustentabilidade a longo prazo desses programas e melhorar os resultados de saúde pública em contextos com poucos recursos.

Fonte original

Título: Enable, Empower, Succeed: Harnessing Open Science for Antimicrobial Resistance Containment

Resumo: Antimicrobial resistance (AMR) poses a significant threat to global health, particularly in Western sub-Saharan Africa where 27.3 deaths per 100,000 lives are affected, and surveillance and control measures are often limited. Genomics research plays a crucial role in understanding the emergence, spread and containment measures of AMR. However, its implementation in such settings is particularly challenging due to limited human capacity. This manuscript outlines a three-day bioinformatics workshop in Cameroon, highlighting efforts to build human capacity for genomics research to support AMR surveillance using readily accessible and user-friendly web-based tools. The workshop introduced participants to basic next-generation sequencing concepts, data file formats used in bacterial genomics, data sharing procedures and considerations, as well as the use of web-based bioinformatics software to analyse genomic data, including in silico prediction of AMR, phylogenetics analyses, and a quick introduction to Linux(C) command line. We provide a detailed description of the relevant training approaches used, including workshop structure, the selection and planning, and utilization of freely available web-based tools, and the evaluation methods employed. Our approach aimed to overcome limitations such as inadequate infrastructure, limited access to computational resources, and scarcity of expertise. By leveraging the power of freely available web-based tools, we demonstrated how participants can acquire fundamental bioinformatics skills, enhance their understanding of biological data analysis, and contribute to the field, even in an underprivileged environment. Our findings highlight the effectiveness of this training approach in empowering local researchers and bridging the bioinformatics gap in genomics surveillance of AMR in resource-constrained settings. Building human capacity for genomics research globally, and especially in resource-constrained settings, is imperative for ensuring global health and sustainable containment of AMR. Data summaryThe authors confirm that all supporting data, code and protocols have been provided within the article or through supplementary data files. Impact StatementAntimicrobial resistance (AMR) is a major global health threat, especially in Western sub-Saharan Africa, where 27.3 deaths per 100,000 lives occur. Genomics research play an instrumental role for understanding AMRs emergence, spread, and containment measures. However, its implementation in these settings is challenging due to limited human capacity. A three-day bioinformatics workshop in Cameroon aimed to build human capacity for genomics research using web-based tools. Participants were introduced to next-generation sequencing concepts, data file formats, data sharing procedures, and web-based bioinformatics software for analysing genomic data. The workshop aimed to overcome limitations like inadequate infrastructure, computational resources, and expertise scarcity. The findings show the effectiveness of this training approach in empowering local researchers and bridging the bioinformatics gap in genomics surveillance of AMR in resource-constrained settings.

Autores: Luria L Founou, O. U. Lawal, A. Djiyou, E. E. Odih, D. G. Amoako, S. Fadanka, M. K. Aworh, S. Lukhele, D. Nikolic, A. Matimba

Última atualização: 2024-02-23 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.20.580892

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.20.580892.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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