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# Biologia# Genómica

Novos Métodos Revelando Mudanças no Cérebro em Doenças

Pesquisadores usam técnicas avançadas pra estudar as mudanças nas células do cérebro na doença de Alzheimer.

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Nos últimos anos, os pesquisadores ganharam bastante interesse em estudar como diferentes partes do cérebro funcionam. Eles começaram a usar novos métodos que permitem olhar para várias características biológicas nas células do cérebro ao mesmo tempo. Por exemplo, ao examinar a atividade gênica junto com a organização do DNA nas células, os cientistas conseguem entender melhor como as células do cérebro funcionam e como elas podem mudar em doenças como o Alzheimer.

Importância das Medidas Multimodais

Os cientistas agora podem medir vários tipos de informações biológicas de células cerebrais individuais de uma vez. Isso é chamado de medições multimodais. Esses métodos podem mostrar como os genes são ativados ou desativados, como a estrutura do DNA é alterada e como isso está relacionado à função cerebral. Isso pode ser especialmente útil quando se analisa condições que afetam o cérebro, incluindo a Doença de Alzheimer, para ver se essas diferentes características interagem ou são afetadas de formas semelhantes.

O Papel do Emaranhamento Gênico e da Cromatina nas Células Cerebrais

O emaranhamento gênico é um processo que permite que um único gene produza diferentes tipos de proteínas. Isso é importante porque diferentes proteínas costumam fazer trabalhos diferentes no cérebro. A cromatina, que é uma mistura de DNA e proteínas, ajuda a embalar o DNA de uma forma que controla quais genes podem ser acessados e usados pela célula. Ao medir tanto o emaranhamento quanto a cromatina juntos, os cientistas podem aprender mais sobre como as células do cérebro são especializadas para suas funções.

Alterações nas Células Cerebrais Devido a Doenças

Em condições como a doença de Alzheimer, as células do cérebro podem passar por muitas mudanças. Por exemplo, a organização da cromatina pode ser diferente entre células saudáveis e aquelas afetadas pelo Alzheimer. Isso pode levar a diferenças na atividade gênica ou padrões de emaranhamento. Os pesquisadores querem descobrir se todas essas mudanças nas células do cérebro estão relacionadas ou se ocorrem de forma independente.

Regiões Cerebrais Distintas e Suas Funções

O cérebro é dividido em diferentes regiões, cada uma responsável por várias funções. Por exemplo, o córtex pré-frontal (PFC) desempenha um papel crucial na tomada de decisões e nas funções cognitivas, enquanto o córtex visual (VIS) ajuda a processar informações visuais. Como essas regiões estão ligadas a tarefas específicas, elas podem ser afetadas de maneira diferente por doenças como o Alzheimer.

Estudo dos Cérebros de Macacos

Os macacos, que são parentes próximos dos humanos, se tornaram modelos para estudar doenças cerebrais humanas. Os pesquisadores querem ver como as descobertas dos macacos podem ser aplicadas à saúde humana. Diferenças na função das células cerebrais entre espécies podem revelar como a evolução molda nossa biologia, o que pode ajudar a entender melhor as doenças.

Metodologia: Combinando Técnicas

Para estudar as diferenças no emaranhamento e na cromatina, os pesquisadores desenvolveram um novo método chamado ScISOr-ATAC. Essa técnica permite que eles meçam a atividade gênica e a estrutura da cromatina nas mesmas células. Essa medição simultânea é crucial para entender como esses dois aspectos interagem sob diferentes condições biológicas.

Encontrando Tipos de Células

No estudo, os pesquisadores analisaram o PFC e o VIS em macacos. Eles identificaram vários tipos de células cerebrais, como Astrócitos e Neurônios, examinando marcadores específicos associados a cada tipo celular. Tipos específicos de neurônios foram diferenciados com base em sua localização no cérebro e nos genes que eles expressam.

Diferenças nas Regiões Cerebrais

A pesquisa mostrou que existem padrões específicos de regiões cerebrais tanto no emaranhamento quanto na cromatina. Por exemplo, um tipo de neurônio excitatório mostrou mudanças mais significativas no emaranhamento ao comparar as duas regiões, enquanto outro tipo mostrou diferenças mais pronunciadas na organização da cromatina. Essas descobertas sugerem que o emaranhamento e a cromatina podem fornecer insights únicos dependendo da região cerebral examinada.

Descobertas de Células de Macacos e Humanas

Comparar células cerebrais de macacos e humanos revelou resultados variados. Em alguns casos, as características da cromatina em astrócitos eram bem diferentes entre as espécies, enquanto os padrões de emaranhamento eram mais consistentes. Isso significa que, enquanto algumas características biológicas podem ser preservadas entre as espécies, outras podem mostrar divergências significativas.

Impacto da Doença de Alzheimer

No contexto da doença de Alzheimer, os pesquisadores observaram que os oligodendrócitos, um tipo de célula glial, mostraram mudanças consideráveis tanto nos níveis de cromatina quanto de emaranhamento. Eles também notaram que certos subtipos de oligodendrócitos podem ter padrões diferentes de desregulação em resposta à doença. Isso indica que nem todas as células cerebrais são afetadas de igual maneira pelo Alzheimer, e entender essas diferenças é fundamental para encontrar tratamentos eficazes.

Resumo das Observações Principais

Através de várias análises, os pesquisadores descobriram que a cromatina e o emaranhamento às vezes podem mostrar padrões semelhantes, enquanto em outras ocasiões revelaram diferenças distintas. O estudo confirmou que examinar ambas as características juntas oferece uma visão mais completa de como as células do cérebro funcionam e como elas mudam na doença.

Conclusão

A capacidade de medir múltiplas camadas biológicas nas células do cérebro abriu novas possibilidades para entender a função cerebral. À medida que os pesquisadores continuam a explorar essas conexões, é provável que descubram insights importantes que podem levar a tratamentos melhores para doenças neurológicas como o Alzheimer. As descobertas ressaltam a necessidade de uma abordagem integrada na neurociência, que analisa como diferentes características moleculares interagem dentro das células do cérebro.

Direções Futuras

Para frente, a integração de medições multimodais será essencial para avançar nossa compreensão das doenças cerebrais. Ao continuar investigando como o emaranhamento e a cromatina são regulados em diferentes tipos de células, especialmente em condições de doença, os pesquisadores podem desenvolver terapias direcionadas que considerem a biologia única de cada tipo celular. Essa abordagem pode levar a avanços no tratamento de condições complexas, como o Alzheimer e outras que afetam a função cognitiva.

Fonte original

Título: ScISOr-ATAC reveals convergent and divergent splicing and chromatin specificities between matched cell types across cortical regions, evolution, and in Alzheimer's disease.

Resumo: Multimodal measurements have become widespread in genomics, however measuring open chromatin accessibility and splicing simultaneously in frozen brain tissues remains unconquered. Hence, we devised Single-Cell-ISOform-RNA sequencing coupled with the Assay-for-Transposase-Accessible-Chromatin (ScISOr-ATAC). We utilized ScISOr-ATAC to assess whether chromatin and splicing alterations in the brain convergently affect the same cell types or divergently different ones. We applied ScISOr-ATAC to three major conditions: comparing (i) the Rhesus macaque (Macaca mulatta) prefrontal cortex (PFC) and visual cortex (VIS), (ii) cross species divergence of Rhesus macaque versus human PFC, as well as (iii) dysregulation in Alzheimers disease in human PFC. We found that among cortical-layer biased excitatory neuron subtypes, splicing is highly brain-region specific for L3-5/L6 IT_RORB neurons, moderately specific in L2-3 IT_CUX2.RORB neurons and unspecific in L2-3 IT_CUX2 neurons. In contrast, at the chromatin level, L2-3 IT_CUX2.RORB neurons show the highest brain-region specificity compared to other subtypes. Likewise, when comparing human and macaque PFC, strong evolutionary divergence on one molecular modality does not necessarily imply strong such divergence on another molecular level in the same cell type. Finally, in Alzheimers disease, oligodendrocytes show convergently high dysregulation in both chromatin and splicing. However, chromatin and splicing dysregulation most strongly affect distinct oligodendrocyte subtypes. Overall, these results indicate that chromatin and splicing can show convergent or divergent results depending on the performed comparison, justifying the need for their concurrent measurement to investigate complex systems. Taken together, ScISOr-ATAC allows for the characterization of single-cell splicing and chromatin patterns and the comparison of sample groups in frozen brain samples.

Autores: Hagen U Tilgner, W. Hu, C. Foord, J. Hsu, L. Fan, M. J. Corley, T. N. Bhatia, S. Xu, N. Belchikov, Y. He, A. P. Pang, S. N. Lanjewar, J. Jarroux, A. Joglekar, T. A. Milner, L. Ndhlovu, J. Zhang, E. Butelman, S. A. Sloan, V. M. Lee, L. Gan

Última atualização: 2024-02-28 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.24.581897

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.24.581897.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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