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Melhorando o Diagnóstico de Câncer com TPMIL

Um novo método melhora a patologia digital para uma detecção de câncer mais precisa.

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A Patologia Digital é importante pra diagnosticar câncer e guiar os planos de tratamento. Ela usa imagens de lâminas inteiras (WSIs), que são fotos bem detalhadas de amostras de tecidos. Analisar essas imagens pode ser complicado porque elas são super grandes e geralmente muito pesadas pra processar direto no computador. Pra facilitar, essas imagens são divididas em pedaços menores chamados patches. Mas esse método tem seus desafios, já que os patologistas geralmente não rotulam esses patches menores individualmente.

O Problema com os Métodos Tradicionais

Nos métodos tradicionais, os pesquisadores usavam abordagens que olhavam só pra alguns patches selecionados pra tomar decisões. Esses métodos têm limitações porque podem perder informações importantes que estão em outros patches. Normalmente, o objetivo é classificar as WSIs com base em ter ou não sinais de tecido cancerígeno. Mas com os sistemas tradicionais, se até um patch em um conjunto é positivo pra câncer, o conjunto todo é rotulado como positivo. Isso pode causar problemas porque a Classificação geral pode não ser precisa, já que depende demais de poucos patches selecionados.

Nova Abordagem: Aprendizado Profundo de Múltiplas Instâncias com Prototipagem Treinável (TPMIL)

Pra enfrentar esses desafios, um novo método chamado Aprendizado Profundo de Múltiplas Instâncias com Prototipagem Treinável (TPMIL) foi apresentado. Esse método tem como objetivo melhorar a análise das imagens focando em todos os pequenos patches em vez de apenas alguns.

Como Funciona o TPMIL

O TPMIL combina várias técnicas pra criar uma maneira mais eficaz de analisar as WSIs. Ele usa um sistema que aprende com o conjunto inteiro de patches pra encontrar uma forma melhor de entender as características das imagens. Durante esse processo, o método cria "prototipos" para diferentes classes de patches. Prototipos são como representações médias dos patches dentro de uma categoria específica, tipo diferentes tipos de tumores.

Em vez de escolher só um número pequeno de patches pra representar cada WSI, o TPMIL olha pra todos os patches pra criar uma imagem mais completa. Ele calcula quão similares ou diferentes cada patch é dos protótipos que já criou com base nas características. Isso permite que o modelo aprenda quais patches são importantes pra fazer classificações precisas.

Benefícios do TPMIL

Os principais benefícios de usar o TPMIL incluem:

  1. Melhor Precisão: Ao considerar todos os patches, o TPMIL pode fazer classificações mais precisas do que métodos antigos que se baseiam só em alguns patches selecionados.

  2. Melhor Interpretação: O TPMIL oferece uma forma mais clara de mostrar quais partes de uma imagem contribuíram pra sua classificação. Em vez de usar apenas pontuações de atenção, o TPMIL pode visualizar a distância dos patches em relação aos protótipos, dando insights sobre por que certas decisões foram tomadas.

  3. Lidando com Variabilidade: Muitas vezes, a proporção de tecidos cancerígenos pode variar entre diferentes WSIs. O TPMIL resolve esse problema usando todos os patches, o que ajuda a considerar essa variação, oferecendo uma classificação mais confiável.

Avaliando o TPMIL

Pra testar como o TPMIL funciona, os pesquisadores aplicaram em dois conjuntos de dados diferentes, um focado em tumores cerebrais e outro em câncer de pulmão. Eles descobriram que o TPMIL deu um desempenho melhor do que outros métodos existentes. Os resultados mostraram uma melhora na performance de classificação, ou seja, foi mais eficaz em identificar tecidos cancerígenos nas WSIs.

Conjunto de Dados de Tumor Cerebral

O conjunto de dados de tumor cerebral incluiu amostras de pacientes com diferentes tipos de gliomas, uma forma de câncer cerebral. Os pesquisadores avaliaram o TPMIL usando essas amostras pra ver quão precisamente ele poderia identificar os diferentes tipos de tumores. Os resultados mostraram que o TPMIL teve taxas de precisão mais altas em comparação com os métodos tradicionais.

Conjunto de Dados de Câncer de Pulmão

Da mesma forma, o conjunto de dados de câncer de pulmão foi testado com o TPMIL, que incluiu dois tipos de câncer de pulmão. As descobertas revelaram que o TPMIL consistentemente superou os métodos antigos na classificação de amostras de câncer de pulmão.

Interpretação dos Resultados

A interpretação é crucial em contextos médicos, já que os médicos precisam entender como um modelo toma suas decisões. Com o TPMIL, os pesquisadores puderam gerar visualizações que mostram quão perto os patches estão dos centros dos protótipos, dando insights sobre o processo de tomada de decisão.

Comparando Mapas de Atenção

Os pesquisadores compararam os mapas de calor baseados na distância do TPMIL com os mapas de atenção tradicionais. Os mapas de distância indicavam quais áreas dos patches eram similares ou diferentes dos centros dos protótipos, enquanto os mapas de atenção destacavam as áreas mais importantes com base nas classes previstas.

Os resultados mostraram que os mapas de distância forneceram informações mais confiáveis, especialmente em casos onde artefatos poderiam ter influenciado os resultados. Em contrapartida, os mapas de atenção podiam às vezes enfatizar excessivamente áreas menos relevantes.

Conclusão

A patologia digital usando imagens de lâminas inteiras é uma ferramenta valiosa pra diagnosticar cânceres. À medida que esse campo evolui, novos métodos como o TPMIL visam melhorar a precisão e a Interpretabilidade da classificação de imagens. O TPMIL aborda as limitações dos métodos tradicionais ao considerar todos os patches em vez de apenas alguns selecionados.

Criando uma maneira melhor de analisar essas imagens, o TPMIL tem o potencial de ajudar os profissionais de saúde a fazer diagnósticos mais informados. Com resultados comprovados em múltiplos conjuntos de dados, ele estabelece um novo padrão na análise de imagens de lâminas inteiras na patologia.

Enquanto os pesquisadores continuam refinando essas técnicas, espera-se que métodos como o TPMIL desempenhem um papel significativo no avanço do diagnóstico e tratamento do câncer. Melhorando como as imagens médicas são analisadas, podemos, em última análise, melhorar o cuidado e os resultados dos pacientes.

Fonte original

Título: TPMIL: Trainable Prototype Enhanced Multiple Instance Learning for Whole Slide Image Classification

Resumo: Digital pathology based on whole slide images (WSIs) plays a key role in cancer diagnosis and clinical practice. Due to the high resolution of the WSI and the unavailability of patch-level annotations, WSI classification is usually formulated as a weakly supervised problem, which relies on multiple instance learning (MIL) based on patches of a WSI. In this paper, we aim to learn an optimal patch-level feature space by integrating prototype learning with MIL. To this end, we develop a Trainable Prototype enhanced deep MIL (TPMIL) framework for weakly supervised WSI classification. In contrast to the conventional methods which rely on a certain number of selected patches for feature space refinement, we softly cluster all the instances by allocating them to their corresponding prototypes. Additionally, our method is able to reveal the correlations between different tumor subtypes through distances between corresponding trained prototypes. More importantly, TPMIL also enables to provide a more accurate interpretability based on the distance of the instances from the trained prototypes which serves as an alternative to the conventional attention score-based interpretability. We test our method on two WSI datasets and it achieves a new SOTA. GitHub repository: https://github.com/LitaoYang-Jet/TPMIL

Autores: Litao Yang, Deval Mehta, Sidong Liu, Dwarikanath Mahapatra, Antonio Di Ieva, Zongyuan Ge

Última atualização: 2023-05-01 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2305.00696

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2305.00696

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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