Klebsiella pneumoniae: Acompanhando a Resistência a Antibióticos
Entendendo os fatores genéticos por trás da resistência do K. pneumoniae aos antibióticos.
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Índice
- Como a Resistência se Desenvolve
- Evolução das Enzimas SHV
- Importância da Classificação Correta
- Coleta de Dados sobre K. pneumoniae
- Análise Filogenética
- O Contexto Genético da Resistência
- Relações entre Genótipo e Fenótipo
- O Papel do Número de Cópias
- Conclusões e Direções Futuras
- Importância da Pesquisa e Colaboração Contínuas
- Fonte original
- Ligações de referência
Klebsiella pneumoniae é um tipo de bactéria que pode causar infecções nas pessoas. Um dos problemas com essa bactéria é que ela muitas vezes resiste a um antibiótico comum chamado ampicilina. Essa resistência acontece porque a K. pneumoniae produz uma enzima chamada SHV, que faz parte de um grupo de enzimas conhecidas como β-lactamases. Essas enzimas quebram os antibióticos que deveriam matar as bactérias.
Como a Resistência se Desenvolve
A enzima SHV faz parte do cromossomo da bactéria, e a sua presença torna a K. pneumoniae resistente à ampicilina. Por causa disso, as organizações de saúde na Europa sugerem que os laboratórios não façam testes de resistência à ampicilina na K. pneumoniae, já que os resultados provavelmente serão errados.
O gene responsável por produzir a enzima SHV, chamado BlaSHV, geralmente se encontra no cromossomo das bactérias. Porém, esse gene também pode se mover para pequenas peças circulares de DNA conhecidas como Plasmídeos. Esses plasmídeos podem espalhar a resistência para outros tipos de bactérias. Conforme a enzima SHV evoluiu, diferentes versões dela surgiram, às vezes permitindo Resistência a Antibióticos mais fortes, como as cefalosporinas de terceira geração.
Um aspecto importante dessa resistência é a superprodução de algumas enzimas SHV, como SHV-2 e SHV-12, que aumentam sua capacidade de quebrar antibióticos. Muitas vezes, quando pesquisadores encontram o gene blaSHV em bactérias que não são K. pneumoniae, esses genes estão em elementos móveis, permitindo que se espalhem rapidamente entre diferentes espécies bacterianas.
Evolução das Enzimas SHV
A história da enzima SHV remonta a 1972, quando foi identificada pela primeira vez em um tipo diferente de bactéria chamada Escherichia coli. Desde então, várias versões dessa enzima foram encontradas em K. pneumoniae e outras bactérias. Em um estudo de 1979, os pesquisadores descobriram que o gene blaSHV-1 estava localizado no cromossomo de várias cepas de K. pneumoniae, com algumas cópias aparecendo em plasmídeos também.
Ao longo dos anos, os cientistas identificaram várias variantes da enzima SHV, cada uma com suas propriedades. Algumas dessas variantes não existiam antes, e as mais novas podem conferir resistência às bactérias contra diferentes antibióticos. Pesquisadores mostraram que certas mudanças na enzima, especificamente em locais específicos do código genético, podem levar a um aumento da resistência ou mudanças no tipo de antibióticos afetados.
Importância da Classificação Correta
Classificar com precisão os diferentes alelos ou versões do gene blaSHV é crucial. Classificações erradas podem levar a mal-entendidos sobre o mecanismo de resistência bacteriana, o que, por sua vez, pode influenciar as decisões de tratamento. Interpretações erradas muitas vezes acontecem quando uma cepa de K. pneumoniae é encontrada com o gene blaSHV, mas pode ter outros genes de resistência também. Essa situação complica a compreensão do seu perfil de resistência.
Pesquisas recentes estabeleceram uma conexão mais clara entre mutações específicas no gene blaSHV e a função da enzima. Estudando várias cepas de K. pneumoniae, os cientistas criaram um banco de dados que ajuda a classificar esses genes resistentes com base em sua atividade.
Coleta de Dados sobre K. pneumoniae
Para entender melhor a K. pneumoniae e seus mecanismos de resistência, os pesquisadores coletaram um grande número de amostras bacterianas de várias fontes, como humanos, animais e o meio ambiente. Essas informações foram reunidas de muitos países ao longo do tempo, permitindo que os pesquisadores as analisassem detalhadamente.
Os genomas de 3.999 isolados de K. pneumoniae foram sequenciados e comparados aos seus padrões de resistência conhecidos. Essa combinação de dados genéticos e testes de suscetibilidade a antibióticos proporcionou uma compreensão mais precisa de como diferentes versões do gene blaSHV afetam a resistência.
Análise Filogenética
Os pesquisadores usaram técnicas avançadas para analisar as relações genéticas entre os diferentes alelos blaSHV. Observando quão semelhantes ou diferentes esses genes são, eles conseguem ver como evoluíram ao longo do tempo. Algumas variações mostraram ter surgido de forma independente em diferentes cepas bacterianas, indicando uma história evolutiva complexa.
Essa análise revelou que a versão original do gene blaSHV, chamada blaSHV-1, provavelmente é o ancestral de outras variantes. Os cientistas puderam ver que muitas versões mais novas da enzima evoluíram a partir dessa forma ancestral, e algumas se moveram para fora do cromossomo da K. pneumoniae para plasmídeos, permitindo que se espalhassem para outras espécies bacterianas.
O Contexto Genético da Resistência
Investigar onde os alelos blaSHV estão localizados dentro do genoma também é importante. Alguns estão dentro do cromossomo, enquanto outros foram encontrados em plasmídeos. Compreender esse contexto genético ajuda a explicar como a resistência se espalha e evolui.
Certas versões do gene blaSHV estão cercadas por elementos genéticos que ajudam na sua movimentação entre as bactérias, contribuindo para a disseminação da resistência. Estudando essas sequências ao redor, os pesquisadores estão obtendo mais insights sobre como os genes de resistência a antibióticos persistem e se espalham.
Relações entre Genótipo e Fenótipo
Para decifrar a relação entre a composição genética e as tendências de resistência da K. pneumoniae, os pesquisadores compararam suas informações genéticas com os resultados de testes de suscetibilidade a antibióticos. Assim, conseguiram prever como diferentes cepas responderiam ao tratamento com base no seu perfil genético.
Essa análise revelou que mutações específicas no gene blaSHV correspondem à resistência a vários antibióticos. Por exemplo, alelos com certas mutações estavam consistentemente ligados à resistência contra cefalosporinas de terceira geração, enquanto outros não mostraram tal associação.
O Papel do Número de Cópias
Foi descoberto também que o número de cópias do gene blaSHV presente no genoma bacteriano pode influenciar a resistência. Algumas cepas de K. pneumoniae possuem múltiplas cópias do gene blaSHV, o que pode levar a níveis mais altos de resistência.
Os cientistas mostraram que cepas com um número maior de cópias desse gene são mais propensas a apresentar resistência a antibióticos. Compreender essa relação ajuda a esclarecer porque algumas bactérias conseguem resistir melhor aos tratamentos do que outras.
Conclusões e Direções Futuras
O estudo da K. pneumoniae e seus mecanismos de resistência é fundamental para melhorar as opções de tratamento para infecções causadas por essas bactérias. As descobertas enfatizam a necessidade de uma classificação precisa dos genes de resistência e a importância de compartilhar dados sobre resistência bacteriana.
À medida que mais dados se tornam disponíveis através de colaborações e recursos compartilhados, a compreensão desses mecanismos de resistência continuará a crescer. Isso ajudará no desenvolvimento de melhores estratégias para gerenciar infecções e combater a resistência a antibióticos em todo o mundo.
Através de pesquisas contínuas, os cientistas esperam explorar as variações em outros genes relacionados para descobrir mais insights sobre os mecanismos de resistência. Compreender como a resistência se espalha e evolui apoiará, em última análise, os esforços para manter a eficácia dos antibióticos e melhorar os resultados para os pacientes.
A luta contra a resistência a antibióticos, especialmente em bactérias problemáticas como a K. pneumoniae, continua a ser uma questão importante de saúde pública. Ao aprofundar a compreensão dos fatores genéticos envolvidos, os profissionais de saúde podem melhor enfrentar os desafios impostos por infecções resistentes.
Importância da Pesquisa e Colaboração Contínuas
A natureza em evolução da K. pneumoniae e sua resistência a antibióticos destaca a necessidade de pesquisas e colaborações contínuas entre cientistas, provedores de saúde e autoridades de saúde pública. O compartilhamento de dados e a cooperação global serão essenciais para combater a resistência e garantir a eficácia dos antibióticos existentes e futuros.
À medida que os desafios das infecções bacterianas aumentam, manter a vigilância por meio de pesquisa, monitoramento e inovação será crucial para proteger a saúde pública e garantir que tratamentos eficazes permaneçam disponíveis para infecções bacterianas.
Título: Diversity, functional classification and genotyping of SHV β-lactamases in Klebsiella pneumoniae
Resumo: Interpreting phenotypes of blaSHV alleles in Klebsiella pneumoniae genomes is complex. While all strains are expected to carry a chromosomal copy conferring resistance to ampicillin, they may also carry mutations in chromosomal blaSHV alleles or additional plasmid-borne blaSHV alleles that have extended-spectrum {beta}-lactamase (ESBL) activity and/or {beta}-lactamase inhibitor (BLI) resistance activity. In addition, the role of individual mutations/amino acid changes is not completely documented or understood. This has led to confusion in the literature and in antimicrobial resistance (AMR) gene databases (e.g., NCBIs Reference Gene Catalog and the {beta}-lactamase database (BLDB)) over the specific functionality of individual SHV protein variants. Therefore, identification of ESBL-producing strains from K. pneumoniae genome data is complicated. Here, we reviewed the experimental evidence for the expansion of SHV enzyme function associated with specific amino-acid substitutions. We then systematically assigned SHV alleles to functional classes (wildtype, ESBL, BLI-resistant) based on the presence of these mutations. This resulted in the re-classification of 37 SHV alleles compared with current assignments in NCBIs Reference Gene Catalog and/or BLDB (21 to wildtype, 12 to ESBL, 4 to BLI-resistant). Phylogenetic and comparative genomic analyses support that; i) SHV-1 (encoded by blaSHV-1) is the ancestral chromosomal variant; ii) ESBL and BLI-resistant variants have evolved multiple times through parallel substitution mutations; iii) ESBL variants are mostly mobilised to plasmids; iv) BLI-resistant variants mostly result from mutations in chromosomal blaSHV. We used matched genome-phenotype data from the KlebNET-GSP Genotype-Phenotype Group to identify 3,999 K. pneumoniae isolates carrying one or more blaSHV alleles but no other acquired {beta}-lactamases, with which we assessed genotype-phenotype relationships for blaSHV. This collection includes human, animal, and environmental isolates collected between 2001 to 2021 from 24 countries across six continents. Our analysis supports that mutations at Ambler sites 238 and 179 confer ESBL activity, while most omega-loop substitutions do not. Our data also provide direct support for wildtype assignment of 67 protein variants, including eight that were noted in public databases as ESBL. We reclassified these eight variants as wildtype, because they lack ESBL-associated mutations, and our phenotype data support susceptibility to 3GCs (SHV-27, SHV-38, SHV-40, SHV-41, SHV-42, SHV-65, SHV-164, SHV-187). The approach and results outlined here have been implemented in Kleborate v2.4.1 (a software tool for genotyping K. pneumoniae from genome assemblies), whereby known and novel blaSHV alleles are classified based on causative mutations. Kleborate v2.4.1 was also updated to include ten novel protein variants from the KlebNET-GSP dataset and all alleles in public databases as of November 2023. This study demonstrates the power of sharing AMR phenotypes alongside genome data to improve understanding of resistance mechanisms. Impact statementSince every K. pneumoniae genome has an intrinsic SHV {beta}-lactamase and may also carry additional mobile forms, the correct interpretation of blaSHV genes detected in genome data can be challenging and can lead to K. pneumoniae being misclassified as ESBL-producing. Here, we use matched K. pneumoniae genome and drug susceptibility data contributed from dozens of studies, together with systematic literature review of experimental evidence, to improve our understanding of blaSHV allele variation and mapping of genotype to phenotype. This study shows the value of coordinated data sharing, in this case via the KlebNET-GSP Genotype-Phenotype Group, to improve our understanding of the evolutionary history and functionality of blaSHV genes. The results are captured in an open-source AMR dictionary utilised by the Kleborate genotyping tool, that could easily be incorporated into or used to update other tools and AMR gene databases. This work is part of the wider efforts of the KlebNET-GSP group to develop and support a unified platform tailored for the analysis and interpretation of K. pneumoniae genomes by a wide range of stakeholders. Data summaryBlaSHV allele sequences and class assignments are distributed with Kleborate, v2.4.1, DOI:10.5281/zenodo.10469001. Table S1 provides a summary of blaSHV alleles, including primary accessions, class-modifying mutations, and supporting evidence for class assignments that differ from NCBIs Reference Gene Catalog or BLDB. Whole genome sequence data are publicly available as reads and/or assemblies, individual accessions are given in Table S2; corresponding genotypes and antibiotic susceptibility phenotypes and measurements are available in Tables S3 and S4, respectively.
Autores: Kathryn E Holt, K. K. Tsang, M. M. C. Lam, R. R. Wick, K. L. Wyres, M. A. Bachman, S. Baker, K. Barry, S. Brisse, S. Campino, A. Chiaverini, D. M. Cirillo, T. G. Clark, J. Corander, M. Corbella, A. Cornacchia, A. Cuenod, N. D'Alterio, F. Di Marco, P. Donado-Godoy, A. Egli, R. Farzana, E. J. Feil, A. Fostervold, C. L. Gorrie, Y. Gütlin, B. Hassan, M. A. K. Hetland, L. N. M. Hoa, L. T. Hoi, B. Howden, O. O. Ikhimiukor, A. W. Jenney, H. Kaspersen, F. Khokhar, T. Leangapichart, M. Ligowska-Marzeta, I. H. Löhr, S. W. Long, A. J. Mathers, A. G. McArthur, G. Nagaraj, Oaikhe
Última atualização: 2024-04-05 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.05.587953
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.05.587953.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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