Neuropixels Ultra: Avançando a Pesquisa do Cérebro
Nova tecnologia de sonda melhora a compreensão da atividade neuronal no cérebro.
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Nos últimos anos, os cientistas fizeram grandes avanços em entender como o cérebro funciona. Um desenvolvimento chave foi a criação de ferramentas avançadas que permitem aos pesquisadores rastrear a atividade das células cerebrais, ou neurônios, de forma mais eficaz. Uma dessas ferramentas é a sonda Neuropixels, que consegue gravar a atividade de muitos neurônios ao mesmo tempo. Essa tecnologia proporcionou insights valiosos sobre como os neurônios se comunicam, como tomam decisões e como processam informações.
No entanto, ainda existem desafios. Esses desafios incluem o tamanho dos locais de gravação nessas sondas e a habilidade delas de mapear com precisão a atividade cerebral. As versões anteriores do Neuropixels tinham limitações em relação ao que podiam amostrar, especialmente quando se trata de estruturas cerebrais mais finas. Para resolver essas limitações, os pesquisadores desenvolveram uma nova versão chamada Neuropixels Ultra. Essa nova sonda tem locais de gravação menores e mais densos, que conseguem captar informações mais detalhadas sobre a atividade neuronal.
O que são as Sondas Neuropixels?
As sondas Neuropixels são dispositivos especializados usados para gravar sinais elétricos das células cerebrais. Cada sonda pode coletar dados de centenas e até milhares de neurônios ao mesmo tempo. O dispositivo é inserido em áreas específicas do cérebro, onde capta os sinais produzidos pelos neurônios em ação. Esses sinais são cruciais para entender como o cérebro processa informações.
A primeira geração das sondas Neuropixels tinha locais de gravação muito distantes, o que dificultava a captura dos detalhes finos da atividade neural. A versão mais recente, Neuropixels Ultra, melhorou esse design. As sondas têm locais menores e mais próximos, permitindo que dados sejam coletados de estruturas cerebrais mais delicadas. Essa melhoria permite que os cientistas investiguem áreas pequenas do cérebro que eram difíceis de estudar antes.
Importância da gravação de alta densidade
Gravar a atividade dos neurônios em alta densidade é essencial por várias razões. Primeiro, isso permite um mapeamento melhor de como diferentes áreas do cérebro se comunicam. Isso é particularmente importante para entender comportamentos complexos, como a tomada de decisões e o processamento sensorial.
Em segundo lugar, gravações densas podem ajudar a identificar as ações de diferentes tipos de neurônios dentro de uma área específica do cérebro. Diferentes tipos de neurônios desempenham papéis distintos na função cerebral, e reconhecê-los pode fornecer insights sobre como o cérebro funciona como um todo.
Por último, uma alta densidade de locais de gravação melhora a precisão dos dados coletados de neurônios individuais. Isso melhora a Qualidade do Sinal, facilitando a distinção entre a atividade de neurônios próximos que podem estar disparando ao mesmo tempo.
Desafios com as sondas anteriores
Apesar do sucesso das sondas Neuropixels anteriores, houve desafios notáveis. Um problema principal era a resolução espacial. A distância entre os locais de gravação nas versões anteriores era relativamente grande, o que significava que estruturas de escala fina não eram amostradas de forma ótima. Isso poderia levar a um entendimento incompleto de como pequenos grupos de neurônios operam.
Outro desafio é que a geração anterior de sondas tinha dificuldades para detectar sinais elétricos pequenos. Se o sinal elétrico de um neurônio era muito fraco para ser captado pelos eletrodos, passava despercebido. Esse problema é frequentemente chamado de "problema da matéria escura" na neurociência, onde atividades celulares significativas permanecem indetectáveis.
Além disso, quando o cérebro se move em relação à sonda, há uma chance de que os sinais de um neurônio possam drifitar para as lacunas entre os locais de gravação. Isso pode levar a imprecisões na identificação de qual neurônio está disparando, dificultando a análise do comportamento de neurônios individuais ao longo do tempo.
Avanços com o Neuropixels Ultra
As novas sondas Neuropixels Ultra enfrentam muitos dos desafios das versões anteriores.
Melhorias de design
O Neuropixels Ultra possui uma disposição muito mais densa de locais de gravação. Os locais de gravação são menores e mais próximos, o que melhora a capacidade de amostrar estruturas cerebrais delicadas. Isso significa que os pesquisadores agora podem obter dados de regiões que eram difíceis de investigar a fundo.
Aumento da qualidade do sinal
O design do Neuropixels Ultra garante que amplitudes de pico de onda mais altas possam ser gravadas. Isso resulta de dois fatores principais: a amostragem mais eficiente da atividade elétrica e a área menor sobre a qual os sinais podem se espalhar. Como resultado, a chance de perder sinais pequenos é reduzida.
Além disso, mesmo que os locais de gravação menores possam introduzir mais ruído, a relação geral sinal-ruído é melhorada devido à maior densidade de locais de gravação. Isso permite uma classificação mais precisa dos picos, o que é crucial para identificar a atividade de neurônios individuais.
Melhoria no rastreamento de neurônios
A maior densidade de locais de gravação no Neuropixels Ultra permite um melhor rastreamento de neurônios ao longo do tempo, especialmente durante movimentos. Isso significa que os pesquisadores podem comparar como os mesmos neurônios se comportam em diferentes condições ou ao longo do tempo sem perder dados valiosos.
Descobertas e observações de pesquisa
Os pesquisadores usaram o Neuropixels Ultra para realizar vários estudos em diversas regiões do cérebro e espécies. As descobertas foram profundas, oferecendo insights sobre as complexidades do comportamento neuronal.
Descobertas sobre unidades de pequeno espaço
Uma descoberta notável foi a identificação de unidades de pequeno espaço. Essas unidades são caracterizadas por seus sinais elétricos, que são detectados em uma área limitada. Essa característica torna mais difícil capturá-las com sondas anteriores. A existência dessas unidades de pequeno espaço sugere que pode haver muitos mais neurônios ativos no cérebro que passaram despercebidos.
Os pesquisadores encontraram uma população significativa dessas unidades de pequeno espaço em várias regiões cerebrais. Isso tem implicações para entender a diversidade dos tipos de neurônios e suas funções. Indica que neurônios anteriormente negligenciados podem desempenhar papéis essenciais na atividade cerebral.
Padrões entre espécies
O uso do Neuropixels Ultra não se limitou a um tipo de animal. Ele tem sido eficaz para estudar a atividade cerebral em diferentes espécies, incluindo camundongos, macacos e répteis. A capacidade de gravar unidades de pequeno espaço semelhantes nessas espécies diversas sugere que algumas propriedades neurais podem ser conservadas ao longo da evolução.
Essas descobertas podem aumentar nossa compreensão de como diferentes espécies processam informações e reagem aos seus ambientes com base na estrutura do cérebro.
Discriminação de tipos celulares
Com as capacidades aprimoradas do Neuropixels Ultra, os pesquisadores conseguiram classificar diferentes tipos de neurônios de forma mais eficiente. Isso é crítico para entender o papel dos vários tipos de neurônios na função cerebral.
Características de forma de onda únicas
Estudos indicaram que diferentes classes de neurônios exibem características de forma de onda distintas. Por exemplo, interneurônios que disparam rapidamente, que tradicionalmente eram considerados principalmente células que expressam parvalbumina, mostraram uma diversidade significativa entre as unidades de pequeno espaço, indicando que as classificações tradicionais podem precisar de reavaliação.
Direções futuras
As capacidades do Neuropixels Ultra abrem novas avenidas para pesquisa em neurociência. Com a qualidade e densidade de dados aprimoradas, os pesquisadores agora podem explorar questões que antes eram desafiadoras ou impossíveis de responder.
Investigando a dinâmica cerebral
A maior fidelidade de gravação oferece oportunidades para estudar a dinâmica da atividade neuronal em tempo real. Isso facilitará uma melhor compreensão de como o cérebro se adapta e responde a diferentes estímulos ao longo do tempo.
Entendendo comportamentos complexos
À medida que os pesquisadores coletam dados mais intrincados sobre neurônios individuais, isso proporcionará insights mais profundos sobre comportamentos complexos, processos de tomada de decisão e percepções sensoriais.
Aprimorando modelos computacionais
Essas gravações avançadas também podem refinar modelos computacionais da função cerebral. Ao fornecer dados mais precisos, os modelos podem simular melhor como o cérebro processa informações, contribuindo, em última análise, para áreas como inteligência artificial e robótica.
Conclusão
O Neuropixels Ultra representa um avanço significativo no campo da neurociência. Com seu design avançado, ele supera muitas das limitações enfrentadas por sondas anteriores, permitindo a captura detalhada da atividade neural.
Os insights obtidos com o uso do Neuropixels Ultra não só aumentarão nossa compreensão das funções básicas do cérebro, mas também poderão influenciar o desenvolvimento de tratamentos para distúrbios neurológicos e contribuir para várias aplicações em tecnologia e inteligência artificial. O futuro da neurociência parece promissor com essas novas ferramentas em mãos.
Título: Ultra-high density electrodes improve detection, yield, and cell type identification in neuronal recordings
Resumo: To understand the neural basis of behavior, it is essential to sensitively and accurately measure neural activity at single neuron and single spike resolution. Extracellular electrophysiology delivers this, but it has biases in the neurons it detects and it imperfectly resolves their action potentials. To minimize these limitations, we developed a silicon probe with much smaller and denser recording sites than previous designs, called Neuropixels Ultra (NP Ultra). This device samples neuronal activity at ultra-high spatial density ([~]10 times higher than previous probes) with low noise levels, while trading off recording span. NP Ultra is effectively an implantable voltage-sensing camera that captures a planar image of a neurons electrical field. We use a spike sorting algorithm optimized for these probes to demonstrate that the yield of visually-responsive neurons in recordings from mouse visual cortex improves up to [~]3-fold. We show that NP Ultra can record from small neuronal structures including axons and dendrites. Recordings across multiple brain regions and four species revealed a subset of extracellular action potentials with unexpectedly small spatial spread and axon-like features. We share a large-scale dataset of these brain-wide recordings in mice as a resource for studies of neuronal biophysics. Finally, using ground-truth identification of three major inhibitory cortical cell types, we found that these cell types were discriminable with approximately 75% success, a significant improvement over lower-resolution recordings. NP Ultra improves spike sorting performance, detection of subcellular compartments, and cell type classification to enable more powerful dissection of neural circuit activity during behavior.
Autores: Nicholas A Steinmetz, Z. Ye, A. M. Shelton, J. R. Shaker, J. M. Boussard, J. Colonell, D. Birman, S. Manavi, S. Chen, C. Windolf, C. Hurwitz, T. Namima, F. Pedraja, S. Weiss, B. Raducanu, T. Ness, X. Jia, G. Mastroberardino, L. F. Rossi, M. Carandini, M. Hausser, G. T. Einevoll, G. Laurent, N. B. Sawtell, W. Bair, A. Pasupathy, C. Mora-Lopez, B. Dutta, L. Paninski, J. H. Siegle, C. Koch, S. R. Olsen, T. D. Harris
Última atualização: 2024-04-10 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.08.23.554527
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.08.23.554527.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.
Ligações de referência
- https://npultra.steinmetzlab.net/
- https://github.com/SainsburyWellcomeCentre/ara_tools
- https://github.com/SainsburyWellcomeCentre/lasagna
- https://billkarsh.github.io/SpikeGLX/
- https://billkarsh.github.io/SpikeGLX/#catgt
- https://github.com/MouseLand/Kilosort2
- https://github.com/cortex-lab/phy
- https://github.com/jenniferColonell/NP_Ultra_downsample
- https://modeldb.science/144526