Avanços na Previsão de Ameaças de Vírus Zoonóticos
Pesquisadores desenvolvem novos métodos pra prever vírus que podem infectar humanos.
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Índice
Vírus zoonóticos, que podem passar de animais pra humanos, ameaçam nossa saúde. É importante ficar de olho nesses vírus em animais que podem infectar pessoas. Embora a gente já tenha aprendido muito sobre a diversidade genética dos vírus em animais, entender como eles se comportam e os efeitos nos humanos exige muito trabalho humano. Atualmente, muitos métodos pra prever se um vírus pode infectar humanos são limitados. Pra ajudar nisso, pesquisadores estão criando modelos de aprendizado de máquina que usam informações genéticas dos vírus pra prever se eles podem infectar humanos.
A Necessidade de Melhores Modelos
Mesmo tendo modelos que prevêem a infectividade dos vírus, ainda existem muitas lacunas, o que dificulta a comparação e avaliação da eficácia deles. Um problema grande é a falta de conjuntos de dados padrão que possam ser usados pra testar esses modelos. Além disso, avaliações passadas podem ter superestimado o quão bem alguns modelos funcionam, usando dados de vírus que não são relevantes pra saúde humana. Com novos vírus surgindo o tempo todo, é fundamental que os modelos também possam prever a infectividade desses vírus desconhecidos.
Pra resolver esse problema, os pesquisadores estão reunindo conjuntos de dados mais completos cobrindo várias famílias virais. Eles também estão desenvolvendo novos modelos que podem prever melhor como os vírus podem infectar humanos. O objetivo é dar uma ideia mais clara de quais vírus precisam de mais estudo.
Construindo Conjuntos de Dados Abrangentes
Os pesquisadores coletaram dados de 26 famílias virais, focando nas que são conhecidas por infectar humanos. Eles juntaram informações de bancos de dados que documentam a relação entre vírus e seus hospedeiros. Conjuntos de dados anteriores não tinham a variedade necessária, incluindo muitos vírus que são fáceis de prever, mas não representam ameaças pra humanos.
Ao criar novos conjuntos de dados, os pesquisadores podem incluir uma gama mais ampla de vírus, garantindo que tenham exemplos suficientes de vírus que infectam humanos. Isso envolve coletar informações de 1.476 espécies de vertebrados e 535 espécies de artrópodes, resultando em um aumento significativo nos dados disponíveis, cerca de 29 vezes mais do que os conjuntos de dados anteriores. Eles garantiram que cada família viral incluísse um número significativo de cepas que infectam humanos, tornando esses conjuntos de dados uma ferramenta valiosa pra desenvolver Modelos Preditivos.
Treinando e Avaliando Modelos Preditivos
Pra treinar novos modelos, os pesquisadores dividiram seus dados em dois conjuntos: vírus passados, conhecidos antes de 2018, e vírus futuros, descobertos depois disso. Essa abordagem permitiu que eles treinassem modelos em vírus já identificados e avaliassem quão bem poderiam prever ameaças futuras.
Usando modelos avançados que já tinham sido treinados com grandes quantidades de Dados Genéticos, os pesquisadores ajustaram seus modelos pra fazer previsões precisas sobre a infectividade viral. Eles compararam seus modelos com modelos antigos pra ver como se saíram. Os resultados mostraram uma melhora na capacidade preditiva em várias famílias virais, especialmente pra aqueles vírus que têm uma estrutura de RNA segmentada.
Avaliando a Detecção de Vírus que Infectam Humanos
Pra ver quão bem seus modelos conseguiam encontrar vírus que infectam humanos em cenários do mundo real, os pesquisadores testaram eles em sequências genéticas curtas obtidas de sequenciamento de alto rendimento. Eles descobriram que seus modelos tiveram um desempenho confiável, independente do comprimento dos dados de entrada. No entanto, alguns modelos existentes tiveram dificuldades com sequências mais curtas. Isso destaca a necessidade de modelos que possam analisar eficientemente dados genéticos em vários formatos.
Os resultados dessas avaliações mostraram a troca entre os recursos computacionais necessários pra treinamento e a aplicabilidade dos modelos em diferentes tipos de dados. Embora alguns modelos fossem eficientes, não necessariamente se saíam bem em dados de alto rendimento, ressaltando a necessidade de modelos que consigam lidar com uma gama diversificada de entradas.
Generalizando Previsões para Novos Vírus
Uma preocupação crítica pra saúde pública é a capacidade de prever a infectividade de vírus recém-descobertos. Os pesquisadores avaliaram seus modelos em conjuntos de dados passados e futuros pra testar suas capacidades de generalização. Eles estabeleceram benchmarks pra ver como diferentes modelos poderiam prever a infectividade humana com base em dados de vírus passados.
Os modelos mostraram resultados promissores ao prever a infectividade de vírus que surgiram após seu treinamento inicial. No entanto, alguns vírus, especialmente certas linhagens de coronavírus, continuaram difíceis de prever com precisão. Isso enfatiza a importância de focar em famílias virais específicas que têm um histórico de transbordamento zoonótico.
Desafios em Prever Linhagens Virais Específicas
Por meio de uma análise detalhada das relações virais, os pesquisadores identificaram famílias específicas que mostraram ser desafiadoras pra modelos preditivos. Por exemplo, algumas famílias, como Flaviviridae, que inclui muitos patógenos severos, mostraram um desempenho ruim ao prever a infectividade devido à sua natureza em evolução.
Curiosamente, os modelos acharam especialmente difícil avaliar o risco apresentado por coronavírius relacionados, como o SARS-CoV2, indicando uma lacuna significativa na preparação contra vírus zoonóticos. Isso destaca que, embora a coleta de dados tenha melhorado, entender o comportamento de linhagens virais específicas durante sua evolução ainda é um desafio.
Conclusão
O estudo de vírus zoonóticos e seu potencial de infectar humanos é crucial pra saúde pública. Com novos modelos utilizando técnicas avançadas e uma abordagem mais abrangente na coleta de dados, os pesquisadores estão fazendo grandes avanços. No entanto, ainda existem desafios, especialmente em prever com precisão a infectividade de certos vírus e entender as complexidades de linhagens específicas.
Ao fortalecer as estruturas pra prever a infectividade viral e continuar refinando os modelos, a gente pode se preparar melhor pras possíveis ameaças zoonóticas que estão por vir. Esforços contínuos vão ajudar a garantir que possamos responder efetivamente a doenças emergentes e proteger a saúde pública.
Título: Hidden Challenges in Evaluating Spillover Risk of Zoonotic Viruses using Machine Learning Models
Resumo: Machine learning models have been deployed to assess the zoonotic spillover risk of viruses by identifying their human infectivity potential. However, the scarcity of comprehensive datasets poses a major challenge, limiting the predictable range of viruses. Our study addressed this limitation through two key strategies: constructing expansive datasets across 26 viral families and developing new models leveraging large language models pre-trained on extensive nucleotide sequences. Our approaches substantially boosted our model performance. This enhancement was particularly notable in segmented RNA viruses, which are involved with severe zoonoses but have been overlooked due to limited data availability. Furthermore, models trained on data up to 2018 displayed strong generalization capability for viruses emerging post-2018. Nonetheless, we also found remaining challenges in alerting the zoonotic potential of specific viral lineages, including SARS-CoV-2. Our study elaborates on the models and datasets for predicting viral infectivity and highlights the unresolved issues to fully exploit machine learning in preparing for future zoonotic threats.
Autores: Junna Kawasaki, T. Suzuki, M. Hamada
Última atualização: 2024-04-29 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.25.591033
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.25.591033.full.pdf
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