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# Biologia# Bioquímica

Estruturas de RNA e as Origens da Vida

Pesquisas sobre RNA revelam insights sobre os mecanismos de replicação da vida primitiva.

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As origens da vida na Terra e os primeiros sistemas genéticos ainda são temas de pesquisa. Uma ideia interessante é a hipótese do mundo do RNA, que sugere que formas de vida primitivas podem ter dependido do RNA, um tipo de molécula que carrega informações genéticas. Essa teoria é atraente porque é simples e é apoiada por algumas evidências encontradas na biologia moderna. O RNA desempenha papéis críticos em vários processos biológicos, como a Síntese de proteínas e a modificação do RNA. Além disso, os cientistas fizeram grandes avanços em entender como o RNA pode ter se formado naturalmente antes da vida existir.

Trabalhos recentes mostraram que é possível criar formas ativas de blocos de construção do RNA através de reações químicas que poderiam ter acontecido na Terra primitiva. Os cientistas também demonstraram como o RNA pode ser construído através de um processo chamado Polimerização, onde pequenas peças de RNA são ligadas para formar cadeias mais longas. No entanto, um passo chave na hipótese do mundo do RNA, onde o RNA consegue se replicar com a ajuda de moléculas de RNA, ainda não foi totalmente demonstrado. Mesmo assim, pesquisadores descobriram moléculas de RNA que podem atuar como catalisadores para acelerar reações químicas, o que é uma característica importante para a vida.

RNA e Síntese em Círculo Rolante

À medida que os cientistas aprendem mais sobre o RNA e como ele funciona, eles consideram vários métodos para como o RNA poderia se replicar. Um método promissor é chamado de síntese em círculo rolante (RCS). Acredita-se que esse método imite estratégias simples de Replicação vistas em certos vírus e pequenas moléculas de RNA infecciosas conhecidas como viroides. No entanto, esses processos naturais usam proteínas para ajudar na replicação, que provavelmente não existiam quando o RNA estava se formando.

A RCS tem uma vantagem única: a energia liberada durante a criação de novas cadeias de RNA poderia ser usada para separar cadeias de RNA existentes. Essa conexão entre o molde de RNA e o novo produto de RNA é vital para a evolução e não requer compartimentos celulares. Em contraste, métodos tradicionais de replicação de RNA muitas vezes geram estruturas dobradas fortes que precisam de forças externas, como mudanças na temperatura ou acidez, para continuar se replicando.

Para usar a RCS de maneira eficaz, os cientistas precisam criar moldes de RNA circulares. Esses moldes podem ser produzidos através de auto-ligação ou ciclos de molhar e secar, mostrando que poderiam haver várias maneiras de o RNA circular se formar em um ambiente pré-biótico.

Avanços na RCS Usando TPR

Recentemente, pesquisadores mostraram que uma molécula de RNA específica chamada ribozima polimerase tripla (TPR) poderia realizar RCS usando pequenos moldes de RNA circulares. O aspecto único desses pequenos moldes é que eles não se ligam fortemente a suas cadeias de RNA em crescimento se o RNA circular for significativamente mais curto que o RNA de cadeia dupla. Isso significa que, à medida que o RNA cresce, ele pode se separar livremente do molde, o que é necessário para a RCS.

Em estudos, a TPR conseguiu facilitar a RCS nesses pequenos moldes de RNA circulares. No entanto, os cientistas notaram que, após apenas uma rodada de síntese, o processo de criação de novas cadeias de RNA foi amplamente inibido. Para entender isso melhor, os pesquisadores examinaram a estrutura formada pelo RNA circular e a nova cadeia de RNA usando técnicas avançadas de imagem.

Surpreendentemente, eles encontraram uma variedade de estruturas formadas pelo RNA circular e suas cadeias complementares. Uma estrutura notável mostrou duas cadeias de RNA circulares conectadas a duas cadeias complementares, criando um Dímero estável. Este dímero parecia bloquear a síntese adicional de novas cadeias de RNA, mas poderia ser reiniciado ao adicionar mais moldes de RNA circulares.

Entendendo Estruturas Díméricas

O dímero criado a partir do RNA circular foi analisado usando criomicroscopia eletrônica, revelando detalhes sobre seus componentes e como eles interagem. Descobriu-se que o dímero consiste em duas cadeias de RNA circulares e suas cadeias complementares, formando estruturas de dupla hélice estáveis. A estabilidade desse dímero é significativa porque ajuda a entender como o RNA pode ter se formado na vida primitiva.

Além disso, os pesquisadores descobriram que essas estruturas díméricas eram bastante eficientes em manter as cadeias de RNA juntas. A forma como as cadeias estavam dispostas dentro do dímero fez com que elas não pudessem se estender mais sem moldes adicionais, destacando um mecanismo de interação importante.

Implicações para a Replicação do RNA

As descobertas desses estudos levam a algumas possibilidades intrigantes de como a replicação do RNA poderia ter ocorrido em formas de vida primitivas. O dímero estável poderia atuar como uma espécie de forma de armazenamento para informações do RNA, enquanto também facilita a replicação através de sua estrutura única. Os pesquisadores propõem que dois processos de replicação em círculo rolante poderiam acontecer juntos, levando à síntese de novas cadeias.

Um aspecto importante desse processo é o potencial para que as cadeias de RNA se alinhem corretamente. Quando duas cadeias estão bem alinhadas, elas podem se conectar e formar uma unidade funcional de RNA. Se estiverem desalinhadas, a conexão pode ser ineficiente. Isso levanta questões interessantes sobre como as formas de vida primitivas gerenciavam a eficiência em seus processos de replicação.

Estabilidade e Função das Estruturas Díméricas

A descoberta de estruturas díméricas estáveis destaca a importância da organização do RNA para formas de vida primitivas. Essa estabilidade poderia fornecer uma função protetora, já que o RNA em forma de dímero parece ser menos suscetível à degradação em comparação com cadeias únicas. Esse recurso teria sido crucial em ambientes onde o RNA poderia se desintegrar facilmente.

Pesquisadores demonstraram através de experimentos que as cadeias de RNA em um dímero eram muito mais resistentes à hidrólise, uma reação química que quebra o RNA. Essa resistência à degradação teria favorecido a sobrevivência de certas estruturas de RNA, potencialmente influenciando os processos evolutivos iniciais.

O Papel das Estruturas Díméricas na Evolução

A pesquisa sugere que as estruturas díméricas não apenas servem como reservatórios para o RNA, mas também podem facilitar uma replicação mais eficiente. A presença desses dímers poderia permitir uma síntese de RNA coordenada, possibilitando que formas de vida replicassem informações genéticas de maneira mais eficaz.

A ideia de "revisão" durante a síntese de RNA também é destacada. Quando as cadeias de RNA são sintetizadas, há uma chance de incorporar erros. A estrutura única do dímero poderia ajudar a identificar esses erros através de mecanismos que detectam pares de bases incorretos, aumentando assim a fidelidade da replicação do RNA.

Além disso, como várias cadeias de RNA podem estar envolvidas na estrutura do dímero, a falha de uma parte não necessariamente pararia o processo de replicação para todo o sistema. Essa flexibilidade poderia ainda apoiar a sobrevivência de formas de vida primitivas enquanto se adaptavam a seus ambientes.

Direções Futuras na Pesquisa sobre RNA

À medida que os cientistas continuam suas investigações sobre o RNA e seus mecanismos de replicação, as implicações para entender as origens da vida se tornam mais claras. Os estudos sobre estruturas díméricas e seus papéis na síntese de RNA fornecem insights essenciais sobre como os primeiros sistemas biológicos podem ter surgido e evoluído.

Experimentos futuros poderiam explorar círculos de RNA de diferentes tamanhos e formas para entender como alterações na estrutura afetam a eficiência da replicação. Os pesquisadores também poderiam trabalhar no desenvolvimento de ribozimas aprimoradas que poderiam aumentar a eficiência da replicação do RNA, iluminando como a vida poderia ter surgido de sistemas biológicos mais simples.

As descobertas desses estudos abrem caminho para uma compreensão mais profunda do mundo do RNA e sua importância na linha do tempo das origens da vida. Examinar a interação entre as estruturas do RNA e seus processos de replicação pode revelar os princípios fundamentais que governavam os modos mais antigos de vida na Terra.

Conclusão

Em resumo, a exploração de estruturas de RNA como dímers ilumina as complexidades das formas de vida primitivas. Através de processos de replicação do RNA, como a síntese em círculo rolante, os cientistas estão começando a juntar as peças de como essas moléculas poderiam ter contribuído para a evolução da vida. A estabilidade e funcionalidade dos dímers de RNA desempenham um papel crítico na compreensão dos mecanismos genéticos que podem ter estado presentes nos primeiros organismos vivos.

Investigando esses elementos, os pesquisadores visam descobrir os princípios subjacentes da vida que emergiram na Terra. À medida que os estudos progridem, a relação entre a replicação do RNA e a sobrevivência continuará a ser um ponto focal na busca para entender as origens da vida. Esse conhecimento fundamental pode fornecer pistas sobre a biosfera primitiva e a transição de moléculas simples para sistemas vivos complexos.

Fonte original

Título: Roles of dimeric intermediates in RNA-catalyzed rolling circle synthesis

Resumo: The RNA world hypothesis is supported by the discovery of RNA polymerase ribozymes that can perform RNA-catalyzed RNA replication processes on different RNA templates. Recently, RNA-catalyzed rolling circle synthesis (RCS) on small circular RNA (scRNA) templates has been demonstrated. However, the structural and dynamic properties of scRNA replication and its products and intermediates have never been explored. Here we have used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to characterize products and intermediates relevant for RCS replication and find that these form an unexpectedly diverse group of RNA nanostructures. The main structural motif observed is a fully hybridized dimeric complex composed of two scRNAs and their complement strands resolved to 5.3 [A]. Cryo-EM also reveals higher order dimer filaments and dimer assembly intermediates suggesting a mechanism for assembly of the observed complexes. We show that the dimer complexes are stable and inhibit RNA-catalyzed RCS, but can be reactivated by addition of more scRNA templates. We propose that dimer formation may be a general property of RCS replication and speculate that the observed dimers might have benefited a primordial RNA genetic system by providing a stable "storage" form of RNA replication products and by coordinating RNA replication on both scRNA template strands.

Autores: Ebbe S Andersen, E. L. Kristoffersen, E. McRae, P. Holliger

Última atualização: 2024-05-15 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594117

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594117.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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