Avanços na Compreensão do Streptococcus pyogenes
Novas ferramentas melhoram a pesquisa sobre infecções por Streptococcus do grupo A e seu tratamento.
― 8 min ler
Índice
- Desafios na Pesquisa do GAS
- Melhorando a Transformação do GAS
- Criando um Novo Sistema CRISPRi para GAS
- Desenvolvimento de Vetores de Clonagem sgRNA Eficientes
- Design Sistemático de Sequências de Espaçadores sgRNA
- Introdução do SpyBrowse: Um Navegador Genômico para GAS
- Utilizando CRISPRi para Silenciamento Gênico no GAS
- Direcionamento do CRISPRi à Proteína M
- Avaliando a Virulência do GAS em Modelos In Vivo
- Direções Futuras na Pesquisa do GAS
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Streptococcus Pyogenes, mais conhecido como Estreptococo do Grupo A (GAS), é um tipo de bactéria que dá pra encontrar na garganta e na pele. Esse germes é famoso por causar doenças como a faringite estreptocócica e impetigo, com milhões de infecções rolando pelo mundo todo todo ano. Além dessas infecções comuns, o GAS pode levar a doenças sérias como fascite necrosante e síndrome do choque tóxico estreptocócico, que causam várias mortes anualmente. Outra preocupação é que o GAS pode desencadear condições como febre reumática aguda e doença cardíaca reumática, especialmente em países em desenvolvimento, causando problemas de saúde significativos.
Embora existam antibióticos que conseguem tratar infecções por GAS, como a penicilina, tá rolando uma preocupação crescente sobre a resistência da bactéria a alguns outros antibióticos. No momento, não tem vacina disponível para proteger contra infecções por GAS. Um grande desafio em desenvolver uma vacina vem das diversas formas de uma proteína de superfície chamada Proteína M, que tem mais de 230 tipos diferentes ao redor do mundo. Dentre esses, o tipo M1 é especialmente preocupante, já que costuma estar ligado às infecções mais graves.
Desafios na Pesquisa do GAS
Os pesquisadores enfrentam muitos obstáculos ao estudar o GAS. Um desses problemas é que o tipo M1 do GAS é difícil de manipular no laboratório, o que atrapalha a compreensão de como essa bactéria funciona. A falta de conhecimento sobre a biologia básica do GAS dificulta a busca por novos alvos para antibióticos ou o desenvolvimento de vacinas eficazes.
Para enfrentar esses desafios, um novo conjunto de ferramentas foi criado para ajudar no estudo genético do GAS, focando especialmente na linhagem tipo M1 conhecida como 5448. Essa caixa de ferramentas inclui métodos para alterar o DNA do GAS e foi feita para ser útil não só pro GAS, mas também pra outras bactérias relacionadas.
Melhorando a Transformação do GAS
A linhagem 5448 do GAS é comumente usada em Pesquisas, mas foi difícil de modificar geneticamente. Até criar uma biblioteca de linhagens mutantes tem sido um desafio. Para melhorar a inserção de novo DNA na bactéria, os pesquisadores miraram em um componente específico do sistema de DNA da bactéria que atua como defesa contra DNA estrangeiro. Ao mutar esse componente, conhecido como subunidade de restrição HsdR, a eficiência de transformar a linhagem GAS com novo DNA aumentou, mantendo ainda a capacidade da bactéria de causar doenças.
A equipe conseguiu criar uma nova linhagem mutante com um gene de resistência à eritromicina, permitindo que os pesquisadores selecionassem as bactérias modificadas com sucesso. Analisando as sequências de DNA da nova linhagem, eles confirmaram que a mudança foi feita corretamente, sem efeitos indesejados na estrutura do DNA da bactéria.
CRISPRi para GAS
Criando um Novo SistemaOutro avanço significativo é o desenvolvimento de um sistema de interferência CRISPR (CRISPRi) especificamente pro GAS. O CRISPRi é uma técnica poderosa que permite que os cientistas liguem e desliguem genes, facilitando o estudo de suas funções. Os pesquisadores projetaram um sistema onde uma versão modificada da proteína Cas9 poderia ser regulada pelo antibiótico doxiciclina. Espera-se que esse sistema funcione bem no GAS.
Pra implementar isso, os pesquisadores substituíram o gene cas9 original na linhagem de GAS por uma versão que expressaria a proteína modificada apenas quando a doxiciclina estivesse presente. Essa mudança permite uma expressão gênica controlada, facilitando melhores estudos de como diferentes genes contribuem pro funcionamento da bactéria e sua capacidade de causar doenças.
Desenvolvimento de Vetores de Clonagem sgRNA Eficientes
O próximo passo foi criar um novo vetor, que é um pedaço de DNA usado pra levar informação genética pras bactérias. Esse novo vetor foi projetado pra clonagem eficiente de pequenas sequências de RNA que direcionam a proteína Cas9 modificada pra genes específicos no genoma do GAS. O novo vetor permite que os pesquisadores insiram essas sequências de RNA facilmente, tornando possível silenciar genes-alvo mais rápido do que antes.
Testando esse novo vetor no GAS, os pesquisadores confirmaram sua eficiência, mostrando que funcionou bem pra expressar os genes desejados. Isso facilita pros cientistas estudarem as funções dos genes no GAS e potencialmente atacar novas estratégias de tratamento.
Design Sistemático de Sequências de Espaçadores sgRNA
Com as novas ferramentas no lugar, os pesquisadores projetaram sistematicamente sequências curtas de RNA pra mirar em cada gene do genoma do GAS. O objetivo era criar uma biblioteca de sequências de RNA que pudesse silenciar genes específicos na bactéria. Esse processo gerou muitas sequências únicas, permitindo uma cobertura ampla de todas as características genéticas presentes na bactéria.
Essas novas sequências de RNA representam um recurso valioso pra direcionar o sistema CRISPRi a genes específicos, abrindo caminho pra uma compreensão mais profunda de como o GAS opera e como pode ser tratado de forma eficaz.
Introdução do SpyBrowse: Um Navegador Genômico para GAS
Pra ajudar ainda mais os pesquisadores, um navegador genômico fácil de usar chamado SpyBrowse foi desenvolvido. Essa ferramenta permite que os cientistas pesquisem e explorem facilmente o genoma do GAS. Os usuários podem procurar por genes específicos, visualizar informações relevantes e encontrar links pra outros bancos de dados que oferecem mais informações sobre os genes de interesse.
O SpyBrowse tem como objetivo tornar os dados genômicos mais acessíveis, ajudando os pesquisadores a identificar características genéticas importantes e explorar suas funções de maneira simples. Essa ferramenta deve evoluir e melhorar com o tempo, integrando novas descobertas e dados conforme eles ficam disponíveis.
Utilizando CRISPRi para Silenciamento Gênico no GAS
Pra avaliar quão eficaz é o sistema CRISPRi pra silenciar genes no GAS, os pesquisadores miraram em genes críticos necessários pra sobrevivência e reprodução da bactéria. Eles notaram que mirar nos genes dnaA e ftsZ, que são cruciais pra replicação do DNA e divisão celular, levou a reduções visíveis no crescimento. Isso mostrou que o sistema CRISPRi pode interromper efetivamente as funções de genes essenciais.
Analisando as bactérias sob um microscópio, os pesquisadores puderam ver os efeitos de silenciar esses genes específicos, incluindo cadeias de células e bloqueios na divisão. Esses resultados confirmaram a capacidade do sistema CRISPRi de influenciar a expressão gênica no GAS.
Direcionamento do CRISPRi à Proteína M
A proteína M, um fator chave na virulência do GAS, também foi alvo do sistema CRISPRi. Essa proteína desempenha um papel significativo em como a bactéria interage com o hospedeiro e contribui pra sua capacidade de causar doenças. Ao projetar uma sequência de RNA que mira no gene responsável pela proteína M, os pesquisadores notaram uma redução marcante na presença dessa proteína na superfície da bactéria.
Esse resultado indica a eficácia do sistema CRISPRi em reduzir fatores de virulência críticos no GAS, proporcionando insights sobre como a bactéria pode ser efetivamente controlada ou tratada.
Avaliando a Virulência do GAS em Modelos In Vivo
Os pesquisadores então foram estudar o comportamento das linhagens modificadas em modelos vivos de camundongos pra ver se houve alguma mudança na virulência da bactéria. Camundongos foram injetados com linhagens de GAS engenheiradas, e suas taxas de sobrevivência foram acompanhadas de perto. Os resultados mostraram que não houve diferença significativa na sobrevivência entre a linhagem original e a modificada com CRISPRi, indicando que as modificações não afetaram drasticamente a virulência da bactéria.
Esse aspecto da pesquisa é crucial pra estabelecer a segurança e eficácia das modificações genéticas no GAS, especialmente enquanto os pesquisadores buscam desenvolver novos tratamentos e vacinas.
Direções Futuras na Pesquisa do GAS
O GAS continua a ser uma causa principal de várias infecções bacterianas globalmente. Embora os pesquisadores tenham feito progressos significativos na compreensão de sua biologia e como ela interage com o hospedeiro, ainda tem muito a aprender sobre os aspectos fundamentais de sua biologia celular. As novas ferramentas e estratégias desenvolvidas nessa pesquisa representam um grande avanço, melhorando a habilidade de realizar manipulações genéticas nessa bactéria desafiadora.
As metodologias apresentadas podem abrir novas avenidas de pesquisa, permitindo que os cientistas explorem funções essenciais dos genes e examinem como diferentes genes contribuem pra capacidade da bactéria de prosperar e causar doenças. Esse conhecimento pode desempenhar um papel crítico no desenvolvimento de opções de tratamento inovadoras, vacinas e estratégias pra prevenir infecções por GAS.
Conclusão
Em resumo, os avanços feitos no estudo do Streptococcus pyogenes oferecem esperança pra uma melhor compreensão desse patógeno humano significativo. As ferramentas e técnicas desenvolvidas podem avançar a pesquisa e levar a novas estratégias pra combater infecções causadas pelo GAS. À medida que os pesquisadores continuam a explorar as complexidades dessa bactéria, a esperança é, no final, melhorar os resultados de saúde e reduzir a carga de doenças relacionadas ao GAS em todo o mundo.
Título: An efficient in vivo-inducible CRISPR interference system for group A Streptococcus genetic analysis and pathogenesis studies
Resumo: While genome-wide transposon mutagenesis screens have identified numerous essential genes in the significant human pathogen Streptococcus pyogenes (group A Streptococcus or GAS), many of their functions remain elusive. This knowledge gap is attributed in part to the limited molecular toolbox for controlling GAS gene expression and the bacteriums poor genetic transformability. CRISPR interference (CRISPRi), using catalytically inactive GAS Cas9 (dCas9), is a powerful approach to specifically repress gene expression in both bacteria and eukaryotes, but ironically has never been harnessed for controlled gene expression in GAS. In this study, we present a highly transformable and fully virulent serotype M1T1 GAS strain and introduce a doxycycline-inducible CRISPRi system for efficient repression of bacterial gene expression. We demonstrate highly efficient, oligo-based sgRNA cloning directly to GAS, enabling the construction of a gene knockdown strain in just two days, in contrast to the several weeks typically required. The system is shown to be titratable and functional both in vitro and in vivo using a murine model of GAS infection. Furthermore, we provide direct in vivo evidence that the expression of the conserved cell division gene ftsZ is essential for GAS virulence, highlighting its promise as a target for emerging FtsZ-inhibitors. Finally, we introduce SpyBrowse (https://veeninglab.com/SpyBrowse), a comprehensive and user-friendly online resource for visually inspecting and exploring GAS genetic features. The tools and methodologies described in this work are poised to facilitate fundamental research in GAS, contribute to vaccine development, and aid in the discovery of antibiotic targets. Significance statementWhile GAS remains a predominant cause of bacterial infections worldwide, there are limited genetic tools available to study its basic cell biology. Here, we bridge this gap by creating a highly transformable, fully virulent M1T1 GAS strain. In addition, we established a tight and titratable doxycycline-inducible system and developed CRISPR interference for controlled gene expression in GAS. We show that CRISPRi is functional in vivo in a mouse infection model. Additionally, we present SpyBrowse, an intuitive and accessible genome browser (https://veeninglab.com/SpyBrowse). Overall, this work overcomes significant technical challenges of working with GAS, and together with SpyBrowse, represents a valuable resource for researchers in the GAS field.
Autores: Jan-Willem Veening, E. Bjanes, A. Stream, A. B. Janssen, P. S. Gibson, A. M. Bravo, S. Dahesh, J. L. Baker, A. Varble, V. Nizet
Última atualização: 2024-05-15 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.22.581527
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.22.581527.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.