Alvo USP1: Uma Nova Esperança no Tratamento do Câncer
Pesquisas destacam inibidores de USP1 como potenciais terapias contra o câncer.
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A protease específica de ubiquitina 1 (USP1) é uma proteína importante que ajuda a manter o DNA nas nossas células, removendo uma pequena etiqueta chamada ubiquitina de certas proteínas envolvidas na reparação do DNA. Ela trabalha com outra proteína chamada fator associado ao USP1 (UAF1), que ajuda a aumentar a sua atividade e garante que ela consiga se ligar de forma eficaz às proteínas-alvo. As proteínas que a USP1 mira incluem aquelas que atuam como grampas durante o processo de reparo do DNA. Essas grampas, conhecidas como PCNA e FANCI-FANCD2, têm papéis essenciais na gestão de danos ao DNA e na garantia da integridade do material genético nas nossas células.
A atividade da USP1 é crucial. Por exemplo, quando a PCNA é marcada com ubiquitina, isso ajuda a trazer enzimas de reparo que podem lidar com o DNA danificado. Da mesma forma, o complexo FANCI-FANCD2, quando marcado, permanece ligado ao DNA, o que pode ser necessário para um reparo eficaz. No entanto, a USP1 pode remover essas marcas, potencialmente revertendo os processos que permitem a reparação do DNA. Essa habilidade da USP1 a torna uma peça-chave no câncer, pois a sua superatividade ou regulação pode levar a problemas na reparação do DNA, algo que é frequentemente visto em vários tipos de câncer.
USP1 como um Alvo para Tratamento do Câncer
Recentemente, os cientistas têm olhado para a USP1 como um potencial alvo para tratamentos de câncer. Uma das estratégias que está sendo explorada é conhecida como Letalidade Sintética. Esse conceito se refere à ideia de que se duas proteínas ou genes não são essenciais para a sobrevivência normal da célula, interromper ambos ao mesmo tempo pode levar à morte das células cancerígenas. Em termos mais simples, se um caminho falha, mirar outro que também é crítico pode resultar na incapacidade das células cancerígenas de sobreviver.
Um exemplo de letalidade sintética no tratamento do câncer é o uso de Inibidores de PARP para pacientes com mutações nos genes BRCA1 ou BRCA2. Essas mutações levam a problemas na reparação do DNA, e quando os inibidores de PARP são usados, eles tiram a capacidade das células cancerígenas de consertar seu DNA, resultando na morte celular. No entanto, alguns tumores desenvolvem resistência a esses tratamentos por vários mecanismos.
Estudos mostraram que a atividade do gene USP1 é frequentemente mais alta em muitos cânceres, o que pode se relacionar a um pior prognóstico para os pacientes. Notavelmente, alguns desses tumores também têm mutações em BRCA1. Pesquisas mostraram que direcionar tanto a USP1 quanto a BRCA1/2 pode levar a uma maior eficácia no tratamento de certos tumores, particularmente aqueles que são resistentes às terapias padrão.
Atualmente, há vários medicamentos que inibem a USP1 que estão passando por testes para avaliar sua eficácia no tratamento do câncer. Esses medicamentos podem potencialmente funcionar melhor quando usados em conjunto com inibidores de PARP, especialmente em tumores que têm mutações em BRCA1 ou BRCA2. Essa abordagem combinada pode superar a resistência que alguns tumores desenvolveram contra os inibidores de PARP sozinhos.
Mecanismo de Ação dos Inibidores de USP1
O primeiro inibidor seletivo da USP1, conhecido como ML323, foi desenvolvido em um ambiente de laboratório. Os pesquisadores conseguiram visualizar como esse inibidor interage com a USP1, junto com a UAF1 e a proteína FANCI-FANCD2, usando técnicas avançadas de imagem. O ML323 se liga a uma área específica da USP1 que não é visível quando o inibidor não está presente, o que significa que ele ajuda a estabilizar a enzima de uma maneira que impede seu funcionamento adequado.
Recentemente, outro inibidor chamado KSQ-4279 foi identificado. Os pesquisadores estão investigando como o KSQ-4279 se liga à USP1 e comparando-o ao ML323. Ambos os inibidores parecem estabilizar significativamente a estrutura da USP1, mas há diferenças sutis em como eles interagem com a enzima. Essas diferenças podem impactar a eficácia e seletividade deles ao mirar a USP1 em comparação com outras enzimas relacionadas.
Testando os Inibidores
Para avaliar quão bem o ML323 e o KSQ-4279 funcionam contra a USP1, os cientistas realizaram testes. Eles descobriram que ambos os inibidores são eficazes mesmo em concentrações muito baixas especificamente contra a USP1 em comparação com outras enzimas similares. O KSQ-4279 mostra uma seletividade particularmente forte pela USP1, o que significa que ele mira a USP1 de forma muito mais eficaz do que outras enzimas.
Em ensaios laboratoriais, ambos os inibidores mostraram bloquear quase completamente a atividade da USP1 quando testados com substratos relevantes. Isso foi observado através de vários experimentos que mediram a capacidade da USP1 de agir sobre suas metas quando os inibidores estavam presentes.
Compreendendo a Ligação e Mudanças Estruturais
Quando os pesquisadores analisaram como o KSQ-4279 se liga à USP1, descobriram que ele ocupa um bolso estratégico na estrutura da proteína, semelhante ao ML323. Em ambos os casos, a ligação dos inibidores altera a posição de algumas partes chave da proteína de uma maneira que reduz sua atividade. Isso provavelmente envolve uma mudança na estrutura da proteína que dificulta sua capacidade de interagir de forma eficaz com suas metas naturais.
A ligação dos inibidores também afeta uma área específica da USP1, conhecida como Região Mobilizada por Inibidor (MIR). Na presença dos inibidores, certas regiões se tornam menos ordenadas, indicando que os inibidores influenciam a forma e estabilidade geral da proteína. Essa mudança pode contribuir para o quão bem os inibidores conseguem bloquear a função da USP1.
Usando várias técnicas, os cientistas determinaram que, quando esses inibidores se ligam à USP1, eles bloqueiam interações importantes dentro da proteína que são necessárias para sua atividade. Isso demonstra como tanto o ML323 quanto o KSQ-4279 impedem a USP1 de funcionar normalmente, o que é crítico para seu uso potencial como tratamentos para câncer.
Implicações para a Seletividade dos Inibidores
As diferentes maneiras pelas quais o ML323 e o KSQ-4279 impactam a estrutura da USP1 fornecem uma visão sobre por que um pode ser mais seletivo que o outro. O KSQ-4279 parece ser melhor em especificamente mirar a USP1 em comparação com enzimas semelhantes como USP12 e USP46. Essa seletividade é importante, pois significa que o KSQ-4279 tem menos probabilidade de interferir nas funções de outras proteínas, tornando-o uma escolha potencialmente mais segura para tratamentos de câncer.
Os pesquisadores teorizam que certas características estruturais e interações do KSQ-4279 permitem que ele se encaixe melhor dentro da USP1, causando mais perturbações significativas em sua estrutura. Esse ajuste fino das interações de ligação é fundamental para desenvolver tratamentos mais eficazes que minimizem efeitos colaterais.
Efeitos na Função e Catálise da USP1
Importante, a ligação dos inibidores da USP1 não apenas obstrui a função da proteína, mas também altera seu sítio ativo, que é crucial para seu papel na reparação do DNA. Quando a USP1 é inibida, ela não consegue realizar sua tarefa de remover etiquetas de ubiquitina de forma eficaz, o que pode levar a um acúmulo de proteínas que deveriam ser removidas, contribuindo, em última instância, para a morte celular nas células cancerígenas.
Pesquisas mostraram que, quando a USP1 não está funcionando devido à ligação do inibidor, a reação com um substrato conhecido como Ub-Prg é significativamente retardada. Isso indica que os inibidores são eficazes em impedir a atividade enzimática da USP1, que é um dos principais objetivos ao usar esses medicamentos para mirar o câncer.
Direções Futuras e Conclusões
Concluindo, os dados obtidos dos estudos sobre inibidores de USP1 como ML323 e KSQ-4279 oferecem uma compreensão mais profunda de como esses medicamentos interagem com a USP1. Eles revelam percepções essenciais sobre as mudanças estruturais que esses inibidores causam e destacam o potencial de mirar a USP1 no tratamento do câncer.
A partir de agora, pesquisas contínuas continuarão a esclarecer como esses inibidores podem ser aproveitados em ambientes clínicos, especialmente considerando seus efeitos em enzimas semelhantes. As informações obtidas desses estudos podem abrir caminho para o desenvolvimento de terapias contra o câncer mais eficazes que visem melhor proteínas específicas, melhorando assim os resultados do tratamento para pacientes enfrentando vários tipos de câncer.
Título: Structural and biochemical insights on the mechanism of action of the clinical USP1 inhibitor, KSQ-4279
Resumo: DNA damage triggers cell signalling cascades that mediate repair. This signalling is frequently dysregulated in cancers. The proteins that mediate this signalling are potential targets for therapeutic intervention. Ubiquitin-specific protease 1 (USP1) is one such target, with small molecule inhibitors already in clinical trials. Here we use biochemical assays and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to study the clinical USP1 inhibitor, KSQ-4279 (RO7623066), and compare this to the well-established, tool compound, ML323. We find that KSQ-4279 binds to the same cryptic site of USP1 as ML323 but disrupts the protein structure in subtly different ways. Inhibitor binding drives a substantial increase in thermal stability of USP1, which may be mediated through the inhibitors filling a hydrophobic tunnel in USP1. Our results contribute to the understanding of the mechanism of action of USP1 inhibitors at the molecular level.
Autores: Martin L Rennie, M. Gundogdu, C. Arkinson, S. Liness, S. Frame, H. Walden
Última atualização: 2024-05-16 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594330
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594330.full.pdf
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