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# Ciências da saúde# Malattie infettive (eccetto HIV/AIDS)

Monitorando a Influenza Através do Sequenciamento Genômico

Pesquisas mostram como o sequenciamento do genoma acompanha surtos de gripe e ajuda no tratamento.

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A gripe sazonal é uma doença séria que afeta muita gente todo ano. Pode levar a várias idas ao hospital e até causar morte, especialmente em pessoas mais velhas e com outros problemas de saúde. Uma das melhores formas de se proteger contra a gripe é pela Vacinação, que ajuda a reduzir a disseminação do vírus e protege as crianças de complicações sérias. Além das vacinas, os médicos costumam usar remédios antivirais para tratar e prevenir doenças graves causadas pela gripe.

Sequenciamento de Genoma Completo

Os cientistas conseguem acompanhar surtos de gripe usando sequenciamento de genoma completo. Essa técnica ajuda a identificar diferentes tipos de vírus e pode detectar mutações que podem tornar o vírus resistente a tratamentos. Sequenciando o material genético do vírus, os pesquisadores conseguem ver quais cepas estão circulando e como elas diferem daquelas escolhidas para as vacinas sazonais. Essa informação é fundamental para planejar vacinas futuras e entender como tratar os pacientes de forma eficaz.

Coleta de Amostras

Num estudo recente, pesquisadores coletaram amostras de pessoas que testaram positivo para gripe A ou B em um grande grupo hospitalar no Reino Unido. Eles reuniram swabs nasais e de garganta de pacientes e os examinaram para entender melhor o vírus. Também coletaram dados sobre a idade dos pacientes e outros fatores. As amostras vieram de um grande número de pacientes, proporcionando uma boa visão da gripe na região.

Preparando Amostras para Sequenciamento

Os pesquisadores extraíram material genético das amostras coletadas para se preparar para o sequenciamento. Usaram kits e protocolos específicos para garantir que as amostras estivessem prontas para o teste. O objetivo era sequenciar o maior número possível de amostras para ter uma visão completa dos tipos de vírus circulantes.

Analisando Dados Sequenciados

Uma vez que as amostras foram sequenciadas, os cientistas utilizaram vários métodos para analisar os dados. Compararam as sequências do vírus para identificar subtipos e avaliar mutações que poderiam indicar resistência antiviral. Os pesquisadores criaram árvores filogenéticas, que são diagramas que mostram as relações entre diferentes cepas do vírus, ajudando a entender como o vírus está se espalhando.

Resultados do Estudo

De agosto de 2022 a março de 2023, os pesquisadores identificaram quase mil amostras positivas para gripe de pacientes no hospital. A maior parte dessas amostras era de pessoas com gripe A, com um número menor de gripe B. Eles conseguiram sequenciar uma parte significativa dessas amostras, permitindo uma análise detalhada dos vírus.

A equipe descobriu que muitos pacientes testados tinham sido vacinados contra a gripe, e a maioria reportou sintomas no momento do teste. Os pesquisadores mostraram que a chance de sequenciamento bem-sucedido era maior quando a carga viral nas amostras era maior.

Comparação de Técnicas de Sequenciamento

Os pesquisadores também compararam duas tecnologias de sequenciamento diferentes para ver como elas se saíam. Descobriram que o método de sequenciamento Nanopore produziu resultados precisos e foi consistente em várias tentativas. Isso é importante, pois ajuda a garantir que os dados coletados sejam confiáveis.

Transmissão Inter-regional

Ao examinar as sequências de diferentes regiões, os pesquisadores descobriram que havia muita semelhança entre as cepas do vírus. Isso significava que a gripe estava se espalhando frequentemente entre diferentes partes do Reino Unido. Eles notaram que, embora alguns clusters localizados fossem observados, o padrão geral sugeria uma transmissão ampla do vírus.

Infecções Associadas à Saúde

O estudo analisou infecções associadas à saúde, que ocorrem quando pacientes pegam gripe enquanto estão sendo tratados em um hospital. Muitas das amostras positivas para gripe estavam ligadas a pacientes que haviam sido admitidos no hospital. Os pesquisadores notaram que certos pacientes provavelmente transmitiram o vírus para outros durante a estadia.

Ao analisar o movimento dos pacientes e dados genômicos, os pesquisadores determinaram possíveis fontes de transmissão dentro do hospital. Eles descobriram que um número significativo de casos associados à saúde estava geneticamente relacionado, indicando que essas infecções eram espalhadas no ambiente hospitalar.

Conclusão

O estudo mostrou que é possível usar métodos avançados de sequenciamento para monitorar e entender infecções de gripe de forma eficaz. Os pesquisadores destacaram a importância da vacinação e dos tratamentos antivirais no controle de surtos. Também apontaram que casos de gripe associados à saúde poderiam ser fontes significativas de transmissão nos hospitais, sugerindo a necessidade de medidas de controle de infecção focadas nesses pacientes.

Resumindo, o monitoramento contínuo da gripe usando sequenciamento de genoma pode ajudar tanto no tratamento de pacientes quanto na gestão de surtos, garantindo que os hospitais estejam preparados para lidar com os desafios impostos pela gripe sazonal.

Fonte original

Título: Nanopore sequencing of influenza A and B in Oxfordshire and the United Kingdom, 2022-23

Resumo: ObjectivesWe evaluated Nanopore sequencing for influenza surveillance. MethodsInfluenza A and B PCR-positive samples from hospital patients in Oxfordshire, UK, and a UK-wide population survey from winter 2022-23 underwent Nanopore sequencing following targeted rt-PCR amplification. ResultsFrom 941 infections, successful sequencing was achieved in 292/388(75%) available Oxfordshire samples: 231(79%) A/H3N2, 53(18%) A/H1N1, and 8(3%) B/Victoria and in 53/113(47%) UK-wide samples. Sequencing was more successful at lower Ct values. Most same-sample replicate sequences had identical haemagglutinin segments (124/141;88%); a subset of samples also Illumina sequenced were very similar to Nanopore sequences. Comparison of Oxfordshire and UK-wide sequences showed frequent inter-regional transmission. Infections were closely-related to 2022-23 vaccine strains. Only one sample had a neuraminidase inhibitor resistance mutation. 849/941(90%) Oxfordshire infections were community-acquired. 63/88(72%) potentially healthcare-associated cases shared a hospital ward with [≥]1 known infectious case. 33 epidemiologically-plausible transmission links had sequencing data for both source and recipient: 8 were within [≤]5 SNPs, of these, 5(63%) involved potential sources that were also hospital-acquired. ConclusionsNanopore influenza sequencing was reproducible and antiviral resistance rare. Inter-regional transmission was common; most infections were genomically similar. Hospital-acquired infections are likely an important source of nosocomial transmission and should be prioritised for infection prevention and control. HighlightsO_LINanopore sequencing is a reproducible tool for influenza surveillance C_LIO_LIInter-regional transmission of influenza was common across the UK C_LIO_LIInfluenza anti-viral resistance was rare C_LIO_LIIn 1 year most infections were genetically similar, hindering transmission studies C_LIO_LIHospital-acquired infections are likely a key source of nosocomial transmission C_LI

Autores: David William Eyre, J. Cane, N. Sanderson, S. Barnett, A. Vaughan, M. Pott, N. Kapel, M. Morgan, G. Jesuthasan, R. Samuel, M. Ehsaan, H. Boothe, E. Haduli, R. Studley, E. Rourke, I. Diamond, T. Fowler, C. Watson, N. Stoesser, A. S. Walker, T. Street

Última atualização: 2023-11-22 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.11.21.23298840

Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.11.21.23298840.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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