Modelos Animais e Tratamento In Silico: Fechando Lacunas na Pesquisa
Avaliar modelos animais com IST melhora os testes de medicamentos e a compreensão das doenças.
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Índice
- O Papel dos Modelos Animais na Pesquisa
- Escolhendo o Modelo Animal Certo
- Mecanismos de Doença entre Espécies
- Desafios na Avaliação da Adequação do Modelo
- Introdução ao Tratamento In Silico (IST)
- Como o IST Funciona
- Estudos de Caso: Fibrose Pulmonar Idiopática (IPF) e Esteato-hepatite Não Alcoólica (NASH)
- Avaliando Modelos de IPF
- Avaliando Modelos de NASH
- A Importância da Avaliação em Nível de Gene
- Avaliação de Tratamento com IST
- Achados Comuns entre Doenças
- Desafios e Limitações
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Modelos Animais são super importantes para estudar Doenças humanas. Eles ajudam os pesquisadores a testar novos medicamentos antes de partir para ensaios clínicos caros. Mas, os resultados em animais nem sempre batem com o que rola em humanos. Isso pode rolar por causa das diferenças em como as doenças afetam diferentes espécies. Por isso, escolher o modelo animal certo para uma doença específica pode ser complicado. Tem que equilibrar as preocupações éticas sobre o uso de animais, os custos e o quão bem o modelo representa a condição humana.
O Papel dos Modelos Animais na Pesquisa
Modelos animais imitam doenças humanas de um jeito próximo o suficiente para que os pesquisadores ganhem insights sobre os mecanismos da doença e possíveis Tratamentos. Eles permitem que os cientistas estudem a progressão da doença e testem a segurança e eficácia dos medicamentos antes dos testes clínicos em humanos. Apesar de serem importantes, as transições bem-sucedidas dos estudos em animais para aplicações humanas podem ser inconsistentes.
Alguns tratamentos que funcionam bem em modelos animais falham em ensaios humanos, principalmente devido às diferenças nas respostas biológicas. Por exemplo, um medicamento que parece promissor em um modelo de camundongo pode não ter o mesmo efeito em humanos. Portanto, entender qual modelo animal representa melhor uma doença é essencial para o desenvolvimento bem-sucedido de medicamentos.
Escolhendo o Modelo Animal Certo
Escolher um modelo animal apropriado requer consideração de vários fatores. Isso inclui princípios éticos sobre testes em animais, implicações financeiras e a capacidade do modelo de replicar a doença humana. Diferentes espécies animais podem apresentar vários mecanismos de doença, o que pode afetar a tradução dos achados da pesquisa para humanos.
Os pesquisadores costumam usar vários animais, incluindo camundongos e ratos, por causa das semelhanças genéticas e biológicas com os humanos. Mas a extensão em que os achados desses modelos se aplicam às condições humanas pode variar bastante.
Mecanismos de Doença entre Espécies
Entender como as doenças funcionam entre diferentes espécies é vital. Alguns modelos animais podem representar aspectos específicos de uma doença humana de forma precisa, enquanto outros podem não. Por exemplo, alguns mecanismos moleculares envolvidos em uma doença podem não ser bem representados em certos modelos animais.
Além disso, a tradução dos achados dos animais para os humanos requer entender se os processos-chave da doença são conservados entre as espécies. Essa compreensão ajuda a identificar quais modelos animais usar para doenças e medicamentos humanos específicos.
Desafios na Avaliação da Adequação do Modelo
Um problema constante é como quantificar a adequação dos modelos animais com base em seus dados biológicos. Por exemplo, Pesquisas anteriores mostraram resultados conflitantes ao comparar modelos de camundongo com doenças inflamatórias humanas, destacando a dificuldade em selecionar a melhor representação das condições humanas.
Para navegar por esses desafios, os pesquisadores estão desenvolvendo ferramentas computacionais que avaliam sistematicamente quão bem diferentes modelos animais refletem doenças humanas. Essas ferramentas podem analisar as ações moleculares e sistêmicas dos medicamentos, aumentando as chances de resultados bem-sucedidos.
Introdução ao Tratamento In Silico (IST)
Uma abordagem nova para lidar com esses desafios é a estrutura do Tratamento In Silico (IST). Essa ferramenta computacional ajuda a analisar dados de Expressão Gênica tanto de humanos quanto de modelos animais. O IST observa a expressão de genes envolvidos em doenças específicas para avaliar o quão próximos os modelos animais estão das condições humanas.
Ao comparar as mudanças na expressão gênica em pacientes humanos com aquelas vistas em modelos animais, o IST quantifica a sobreposição entre os dois. Isso permite que os pesquisadores determinem quais modelos animais são mais adequados para estudar doenças específicas ou testar tratamentos com medicamentos. Além disso, o IST prevê se certos tratamentos com medicamentos podem reverter mudanças relacionadas a doenças na expressão gênica humana.
Como o IST Funciona
O IST processa os dados em várias etapas. Primeiro, usa dados de expressão gênica humana para criar modelos que diferenciam entre indivíduos saudáveis e aqueles com doenças. Em seguida, simula as mudanças na expressão gênica a partir de modelos animais nos dados humanos. Por fim, avalia quão bem as mudanças simuladas se alinham com os perfis de expressão de doenças humanas.
O resultado do IST inclui uma medida quantitativa indicando o quão bem cada modelo animal captura as mudanças observadas em humanos. O IST também fornece insights a nível de gene, mostrando quais genes específicos contribuem para o alinhamento geral entre modelos animais e condições humanas.
Estudos de Caso: Fibrose Pulmonar Idiopática (IPF) e Esteato-hepatite Não Alcoólica (NASH)
O IST foi aplicado a doenças como Fibrose Pulmonar Idiopática (IPF) e Esteato-hepatite Não Alcoólica (NASH). A IPF é uma doença pulmonar séria caracterizada por cicatrização anormal do tecido pulmonar, enquanto a NASH é uma doença hepática marcada pela acumulação de gordura levando à inflamação e fibrose.
Nesses casos, o IST avalia vários modelos animais para determinar quais representam melhor o estado da doença humana. Ao comparar as mudanças na expressão gênica observadas em modelos animais com aquelas em pacientes humanos, os pesquisadores podem identificar modelos que oferecem uma base mais confiável para testar medicamentos e entender os mecanismos da doença.
Avaliando Modelos de IPF
Para IPF, existem múltiplos modelos animais. Um envolve administrar uma toxina a camundongos, causando lesão pulmonar semelhante à IPF em humanos. Os pesquisadores avaliam as mudanças na expressão gênica em vários momentos para identificar qual modelo melhor reflete a progressão da doença humana.
O IST ajuda a quantificar quão próximos esses modelos animais estão do estado da doença em humanos. Avalia quão bem as mudanças específicas na expressão gênica em camundongos se alinham com as vistas em pacientes humanos com IPF. Ao identificar modelos que mostram fortes semelhanças, o IST ajuda a escolher os modelos animais mais apropriados para a pesquisa pré-clínica.
Avaliando Modelos de NASH
No caso da NASH, vários modelos animais são usados que replicam aspectos da doença, incluindo mudanças na dieta e lesão hepática tóxica. Os pesquisadores usam o IST para comparar os perfis de expressão gênica desses modelos com aqueles vistos em pacientes humanos em diferentes estágios de fibrose hepática.
Com o IST, os pesquisadores podem determinar quão bem cada modelo representa as mudanças moleculares associadas à progressão da NASH. Esse insight ajuda a escolher o modelo mais adequado para futuros estudos voltados a testar novos tratamentos.
A Importância da Avaliação em Nível de Gene
O IST permite uma avaliação detalhada em nível de gene de como os modelos animais correspondem à doença humana. Ao avaliar as contribuições de genes individuais para a representação geral da doença em modelos animais, os pesquisadores podem descobrir mecanismos moleculares específicos que podem diferir entre espécies.
Essa perspectiva em nível de gene ajuda a identificar quais modelos são mais adequados para uma abordagem terapêutica específica ou para entender um aspecto particular da patologia da doença. Facilita uma seleção mais informada de modelos animais para pesquisa pré-clínica.
Avaliação de Tratamento com IST
Além de avaliar modelos animais, o IST pode avaliar a eficácia de potenciais tratamentos. Ao comparar as mudanças na expressão gênica entre modelos animais tratados e não tratados, os pesquisadores podem avaliar se um tratamento reverte padrões de expressão gênica relacionados à doença.
Por exemplo, em estudos de NASH, o IST foi usado para avaliar os potenciais efeitos de medicamentos na expressão gênica hepática. Ao identificar a extensão em que um tratamento pode reverter as mudanças gênicas associadas à doença, o IST fornece insights valiosos sobre o potencial terapêutico de novos medicamentos.
Achados Comuns entre Doenças
Enquanto IPF e NASH são doenças diferentes, existem semelhanças em suas análises usando o IST. Por exemplo, biomarcadores específicos relacionados à fibrose, como TIMP1, mostram contribuições significativas em ambas as doenças. O IST destaca esses marcadores compartilhados, sugerindo que insights obtidos em uma condição podem informar estratégias de tratamento para a outra.
Desafios e Limitações
Apesar da promessa do IST, existem algumas limitações. A abordagem depende de dados de alta qualidade de estudos humanos e animais para uma comparação precisa. Além disso, a metodologia assume que os mecanismos moleculares são conservados entre as espécies, o que pode não ser sempre o caso.
Além disso, o IST analisa principalmente dados de expressão gênica, o que pode deixar de lado outros fatores cruciais que influenciam a progressão da doença. Para melhorar sua utilidade, o IST pode precisar integrar outros tipos de dados moleculares, como níveis de proteínas ou comportamentos celulares, para fornecer uma imagem mais completa dos mecanismos da doença.
Conclusão
O IST representa um grande avanço no esforço de conectar modelos animais e doenças humanas. Ao comparar sistematicamente as mudanças na expressão gênica entre espécies, permite que os pesquisadores façam escolhas mais informadas sobre a seleção de modelos animais e avaliação de tratamentos. À medida que o desenvolvimento de medicamentos continua enfrentando desafios em traduzir descobertas de estudos em animais para a prática clínica, ferramentas como o IST oferecem soluções promissoras para melhorar as taxas de sucesso e reduzir os custos associados à pesquisa pré-clínica.
O uso do IST e abordagens computacionais semelhantes pode, em última análise, levar a melhores candidatos a medicamentos, aprimorando nossa capacidade de tratar doenças humanas complexas de maneira eficaz. À medida que a pesquisa evolui, refinar essas ferramentas e integrar diversos tipos de dados será crucial para avançar na ciência médica e melhorar os resultados para os pacientes.
Título: In Silico Treatment: a computational framework for animal model selection and drug assessment
Resumo: The translation of findings from animal models to human disease is a fundamental part in the field of drug development. However, only a small proportion of promising preclinical results in animals translate to human pathophysiology. This underscores the necessity for novel data analysis strategies to accurately evaluate the most suitable animal model for a specific purpose, ensuring cross-species translatability. To address this need, we present In Silico Treatment (IST), a computational method to assess translation of disease-related molecular expression patterns between animal models and humans. By simulating changes observed in animals onto humans, IST provides a holistic picture of how well animal models recapitulate key aspects of human disease, or how treatments transform pathogenic expression patterns to healthy ones. Furthermore, IST highlights particular genes that influence molecular features of pathogenesis or drug mode of action. We demonstrate the potential of IST with three applications using bulk transcriptomics data. First, we assessed two mouse models for idiopathic pulmonary fibrosis (IPF): one involving injury with intra-tubular Bleomycin exposure, and the other Adeno-associated-virus-induced, TGF{beta}1-mediated tissue transformation (AAV6.2-TGF{beta}1). Both models exhibited gene expression patterns resembling extracellular matrix derangement in human IPF, whereas differences in VEGF-driven vascularization were observed. Second, we confirmed known features of non-alcoholic steatohepatitis (NASH) mouse models, including choline-deficient, l-amino acid-defined diet (CDAA), carbon tetrachloride hepatotoxicity injury (CCl4) and bile duct ligation surgery (BDL). Overall, the three mouse models recapitulated expression changes related to fibrosis in human NASH, whereas model-specific differences were found in lipid metabolism, inflammation, and apoptosis. Third, we reproduced the strong anti-fibrotic signature and induction of the PPAR signaling observed in the Elafibranor experimental treatment for NASH in the CDAA model. We validated the contribution of known disease-related genes to the findings made with IST in the IPF and NASH applications. The complete data integration IST framework, including an interactive app to integrate and compare datasets, is made available as an open-source R package. Author summaryPreclinical testing plays a pivotal role in the drug development process, serving as a crucial evaluation phase before a new drug can be tested on humans in clinical trials. The drug must undergo a rigorous evaluation in in vivo and in vitro preclinical studies to assess its safety and efficacy. However, positive outcomes in preclinical animal models do not always translate to positive results in humans, mainly due to biological differences. Therefore, selecting an animal model that closely mirrors human disease traits and detecting and accounting for model limitations is of paramount importance. Over the last decade, the availability of gene expression data in both animals and humans has substantially increased. Gene expression states and perturbations are routinely employed as a proxy to predict and understand changes in disease states. Here, we developed In Silico Treatment, a computational method designed to overlay the gene expression changes observed in animals onto humans, quantifying the change in human disease status. We applied this method to mouse models for idiopathic pulmonary fibrosis and non-alcoholic steatohepatitis, two severe fibrotic diseases. We successfully identified known features of the disease models and provide a granular gene-level rationale behind our predictions. Consequently, our method shows promise as an effective approach to improve animal model selection and thus clinical translation.
Autores: Holger Klein, S. Picart-Armada, K. Becker, M. Kaestle, O. Krenkel, E. Simon, S. Tenbaum, B. Strobel, K. Geillinger-Kaestle, K. Fundel-Clemens, D. Matera, K. Lincoln, J. Hill, C. Viollet, R. Streicher, M. Thomas, J. N. Jensen, C. Haslinger, M. Werner, H. Huber, A. Broermann, F. Fernandez-Albert
Última atualização: 2024-06-17 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.17.599264
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.17.599264.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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