Escores Poligênicos: Navegando nas Previsões Genéticas em Saúde
Pesquisas mostram como o ambiente afeta os escores poligênicos para características como o IMC.
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Índice
- O Problema da Transferibilidade dos Escores Poligênicos
- O Papel do Ambiente e Fatores Individuais
- Necessidade de Mais Pesquisa sobre Efeitos Ambientais
- O Uso de Aprendizado de Máquina nos PGS
- Estudando o IMC para Analisar o Desempenho dos PGS
- Metodologia e Dados Utilizados
- Principais Descobertas sobre Covariáveis que Afetam o Desempenho dos PGS
- Observando Variações por Atividade Física
- O Impacto do Consumo de Álcool
- Resultados em Diferentes Coortes
- Efeitos de Interação das Covariáveis
- A Relação entre Efeitos Principais e Efeitos de Interação
- O Papel da Idade no Desempenho do PGS
- Modelos de Aprendizado de Máquina para Previsões Aprimoradas
- Precisão Aprimorada com Redes Neurais
- Cálculo Direto do PGS a partir dos Efeitos de Interação
- Implicações para Pesquisas Futuras
- Conclusão e Direções Futuras
- Fonte original
- Ligações de referência
Os Escores Poligênicos (PGS) são ferramentas que usam informações genéticas pra prever certas características ou riscos à saúde nas pessoas. Esses escores são criados analisando muitos genes diferentes e como eles se relacionam com traços específicos. Por exemplo, um PGS pode indicar a probabilidade de uma pessoa estar acima do peso com base na sua genética. Os cientistas construíram esses escores usando grandes estudos que analisam Dados Genéticos de muitas pessoas e relacionam isso aos seus traços.
O Problema da Transferibilidade dos Escores Poligênicos
Apesar dos avanços nos PGS, os pesquisadores descobriram que esses escores não funcionam da mesma forma em diferentes grupos de pessoas. Por exemplo, um PGS que prevê obesidade em um grupo pode não prever a mesma coisa em outro grupo. Esse problema se deve principalmente às diferenças de ancestralidade ou histórico genético, já que diferentes populações podem ter variações genéticas diferentes que afetam os traços estudados.
O Papel do Ambiente e Fatores Individuais
Estudos recentes sugerem que, além da ancestralidade, Fatores Ambientais e características pessoais também contribuem para as diferenças na eficácia dos PGS. Quando consideramos fatores como idade, sexo, dieta e atividade física, percebemos que isso pode mudar a precisão de um PGS ao prever um traço. Por exemplo, alguns traços relacionados ao peso corporal, como o Índice de Massa Corporal (IMC), são fortemente influenciados por esses fatores. Isso significa que o mesmo escore genético pode prever peso de forma diferente em adultos mais velhos em comparação com os mais jovens, ou em pessoas com diferentes níveis de atividade física.
Necessidade de Mais Pesquisa sobre Efeitos Ambientais
Ainda há muito a aprender sobre como diferentes fatores afetam os PGS. Muitos estudos até agora olharam apenas alguns fatores ambientais, mas há muitos outros que poderiam ser explorados. Compreender por que alguns traços são mais influenciados por esses fatores poderia ajudar os cientistas a desenvolver PGS melhores e mais precisos. Além disso, a maioria das pesquisas atuais foi feita em indivíduos de ancestralidade europeia, deixando uma lacuna de conhecimento para outras populações.
O Uso de Aprendizado de Máquina nos PGS
Uma maneira de melhorar a eficácia dos PGS pode ser através do aprendizado de máquina. Esses métodos estatísticos avançados podem capturar relações complexas entre genética e diferentes traços. Ao contrário dos modelos tradicionais, que só conseguem analisar relações simples, o aprendizado de máquina pode identificar padrões e interações entre muitas variáveis ao mesmo tempo. Isso poderia levar a melhores previsões de traços como o IMC ao considerar muitos fatores ambientais juntos.
Estudando o IMC para Analisar o Desempenho dos PGS
Em uma pesquisa recente, os cientistas se propuseram a entender como fatores ambientais e características pessoais influenciam o desempenho dos PGS para IMC. Eles usaram dados genéticos e Registros de Saúde de grandes grupos de pessoas com várias ancestralidades. Eles olharam especificamente para como diferentes fatores poderiam mudar a eficácia do PGS para IMC.
Metodologia e Dados Utilizados
Os pesquisadores analisaram quatro grandes conjuntos de dados de diferentes estudos de saúde e genética. Esses conjuntos incluíam participantes de duas ancestralidades: europeia e africana. Eles consideraram vários fatores relacionados à saúde e obesidade, como idade, dieta e atividade física. Os pesquisadores calcularam o PGS para IMC usando dados genéticos de uma ampla gama de pessoas, garantindo uma representação diversificada para melhorar a precisão.
Principais Descobertas sobre Covariáveis que Afetam o Desempenho dos PGS
O estudo identificou vários fatores ambientais importantes que afetaram significativamente a precisão do PGS para IMC. Idade, sexo, consumo de álcool, níveis de atividade física e medições relacionadas à saúde do sangue foram essenciais para determinar quão bem o PGS previu o IMC. Em alguns casos, o desempenho do PGS melhorou significativamente ao considerar esses fatores, destacando a importância deles.
Observando Variações por Atividade Física
Por exemplo, indivíduos com menor atividade física apresentaram escores PGS mais altos indicando risco de obesidade, enquanto os com níveis de atividade mais altos tinham escores mais baixos. Isso sugere que o quão ativo uma pessoa é pode mudar dramaticamente como interpretamos o risco genético dela para obesidade.
O Impacto do Consumo de Álcool
O consumo de álcool também teve um papel; uma maior ingestão esteve ligada a mudanças em como o PGS previu o IMC. Curiosamente, o estudo descobriu que certas relações, como a conexão entre fumar e IMC, eram menos claras, mostrando que nem todos os fatores interagem com os escores genéticos da mesma forma.
Resultados em Diferentes Coortes
Análises adicionais foram realizadas em diferentes grupos de pessoas, e os pesquisadores descobriram que muitos dos mesmos fatores ambientais influenciaram consistentemente o desempenho do PGS. Por exemplo, os efeitos da idade e atividade física foram vistos de maneira semelhante em indivíduos de ancestralidade europeia e africana, sugerindo que esses fatores são relevantes globalmente na previsão do IMC.
Efeitos de Interação das Covariáveis
Os pesquisadores também exploraram como o PGS interage com esses fatores ambientais e pessoais. Eles descobriram que certos fatores poderiam amplificar ou reduzir significativamente o risco genético indicado pelo PGS. Por exemplo, o consumo de álcool teve um impacto marcante, reduzindo substancialmente o efeito do PGS sobre o IMC.
A Relação entre Efeitos Principais e Efeitos de Interação
Ao examinar a relação entre esses fatores influentes, os pesquisadores encontraram correlações fortes. Isso significa que à medida que certos fatores mudam, eles também afetam quanto o PGS prevê o IMC. Por exemplo, pessoas com níveis mais altos de traços relacionados ao IMC frequentemente mostravam tanto um efeito mais forte do PGS quanto uma maior resposta a influências ambientais.
O Papel da Idade no Desempenho do PGS
O estudo revelou percepções específicas sobre a idade. Indivíduos mais jovens tendiam a mostrar associações mais fortes entre seu PGS e o IMC, indicando que as influências genéticas podem ser mais pronunciadas quando os indivíduos são mais jovens em comparação com idades mais avançadas. Isso pode ser devido ao acúmulo de fatores de estilo de vida ao longo do tempo, que podem diminuir o impacto da genética no IMC.
Modelos de Aprendizado de Máquina para Previsões Aprimoradas
Para abordar as deficiências dos métodos estatísticos tradicionais, os pesquisadores recorreram a modelos de aprendizado de máquina. Ao incorporar interações complexas e relações não lineares entre fatores genéticos e ambientais, esses modelos mostraram um desempenho de previsão melhorado em comparação com modelos lineares simples.
Precisão Aprimorada com Redes Neurais
As redes neurais usadas no estudo superaram significativamente os modelos padrão na previsão do IMC. Essa abordagem permitiu uma melhor compreensão das relações entre PGS e as várias covariáveis, levando a previsões aprimoradas que levam em conta as complexidades da saúde humana.
Cálculo Direto do PGS a partir dos Efeitos de Interação
A equipe de pesquisa desenvolveu um novo método para criar PGS que incorpora diretamente os efeitos das interações. Em vez de depender de métodos tradicionais que poderiam perder informações importantes, essa técnica permitiu uma estimativa mais precisa do risco genético, incluindo interações no modelo PGS.
Implicações para Pesquisas Futuras
As descobertas dessa pesquisa têm implicações significativas sobre como os PGS podem ser usados tanto em pesquisas quanto em ambientes de saúde. Compreender que o desempenho do PGS pode variar com base em fatores ambientais e pessoais abre novas avenidas para pesquisas em ferramentas preditivas melhores.
Conclusão e Direções Futuras
Em resumo, essa pesquisa confirma que os PGS para traços como o IMC são impactados por uma combinação de fatores genéticos, ambientais e pessoais. O uso de aprendizado de máquina e métodos de cálculo inovadores mostra potencial para melhorar a precisão dessas previsões.
Estudos futuros devem se concentrar em expandir os tipos de traços estudados, incorporando populações mais amplas e continuando a refinar os métodos de PGS para aprimorar a avaliação de risco individual e a gestão da saúde. Ao focar em influências específicas do contexto, os pesquisadores podem desenvolver PGS mais equitativos e precisos que atendam melhor a populações diversas.
Explorar as interações entre genética e vários fatores da vida ajudará a aprofundar nossa compreensão das condições de saúde e permitirá melhores estratégias de prevenção e tratamento no futuro.
Título: Risk factors affecting polygenic score performance across diverse cohorts
Resumo: Apart from ancestry, personal or environmental covariates may contribute to differences in polygenic score (PGS) performance. We analyzed effects of covariate stratification and interaction on body mass index (BMI) PGS (PGSBMI) across four cohorts of European (N=491,111) and African (N=21,612) ancestry. Stratifying on binary covariates and quintiles for continuous covariates, 18/62 covariates had significant and replicable R2 differences among strata. Covariates with the largest differences included age, sex, blood lipids, physical activity, and alcohol consumption, with R2 being nearly double between best and worst performing quintiles for certain covariates. 28 covariates had significant PGSBMI-covariate interaction effects, modifying PGSBMI effects by nearly 20% per standard deviation change. We observed overlap between covariates that had significant R2 differences among strata and interaction effects - across all covariates, their main effects on BMI were correlated with their maximum R2 differences and interaction effects (0.56 and 0.58, respectively), suggesting high-PGSBMI individuals have highest R2 and increase in PGS effect. Using quantile regression, we show the effect of PGSBMI increases as BMI itself increases, and that these differences in effects are directly related to differences in R2 when stratifying by different covariates. Given significant and replicable evidence for context-specific PGSBMI performance and effects, we investigated ways to increase model performance taking into account non-linear effects. Machine learning models (neural networks) increased relative model R2 (mean 23%) across datasets. Finally, creating PGSBMI directly from GxAge GWAS effects increased relative R2 by 7.8%. These results demonstrate that certain covariates, especially those most associated with BMI, significantly affect both PGSBMI performance and effects across diverse cohorts and ancestries, and we provide avenues to improve model performance that consider these effects.
Autores: Marylyn D Ritchie, D. Hui, S. Dudek, K. Kiryluk, T. L. Walunas, I. J. Kullo, W.-Q. Wei, H. Tiwari, J. F. Peterson, W. K. Chung, B. H. Davis, A. Khan, L. C. Kottyan, N. A. Limdi, Q. Feng, M. J. Puckelwartz, C. Weng, J. L. Smith, E. W. Karlson, G. Jarvik
Última atualização: 2024-04-10 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.10.23289777
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.10.23289777.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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