Avanços em Aprendizado de Máquina para Patologia
Um olhar sobre como o aprendizado de máquina ajuda a diagnosticar atipia melanocítica.
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Índice
- Aprendizado de Máquina em Patologia
- Redes Neurais Convolucionais e Seu Papel
- Desafios na Análise da Atypia Melanocítica
- Métodos Tradicionais de Classificação
- A Necessidade de Ferramentas Diagnósticas Melhoradas
- Aproveitando Corantes IHC para Treinamento
- Criando um Conjunto de Dados Personalizado
- Processamento e Alinhamento de Imagens
- Rotulando Telas para Treinamento
- Treinamento e Avaliação do Modelo
- Analisando o Desempenho do Modelo
- Entendendo as Previsões do Modelo
- Forças e Limitações do Estudo
- Direções Futuras
- Conclusão
- Fonte original
Nos últimos anos, o uso de tecnologia avançada na medicina cresceu bastante, especialmente na patologia, que envolve a análise de tecidos para diagnosticar doenças. Um desses avanços é na análise de imagens de tecidos que foram preparados para exame, especificamente os preservados em formalina e embebidos em parafina, conhecidos como tecido FFPE. Historicamente, a análise dessas imagens era aceita apenas para fins de pesquisa até que órgãos reguladores aprovassem certos sistemas de imagem para uso no diagnóstico primário.
Aprendizado de Máquina em Patologia
O aprendizado de máquina, uma forma de inteligência artificial, tem se tornado cada vez mais popular em várias especialidades médicas, incluindo a patologia. No passado, os primeiros dispositivos de aprendizado de máquina foram aprovados para usar em exames de lâminas de citologia cervical. No entanto, a radiologia viu um número muito maior de dispositivos desse tipo do que a patologia. Apesar disso, apenas uma pequena fração dos dispositivos aprovados por autoridades regulatórias é dedicada especificamente à análise de patologia de tecido FFPE. Atualmente, há uma falta notável de sistemas automatizados para analisar tecido cutâneo, o que é muito crítico para dermatopatologistas.
Redes Neurais Convolucionais e Seu Papel
As redes neurais convolucionais (CNNs) são um tipo de modelo de aprendizado de máquina que mostraram potencial em identificar e diagnosticar várias doenças de pele. Essas redes são treinadas usando um grande número de imagens que os patologistas já rotularam, permitindo que o computador aprenda padrões e faça previsões. No entanto, a precisão desses sistemas depende muito da qualidade das imagens e de suas etiquetas. Se a rotulagem for inconsistente ou incerta, as previsões do computador podem ficar confusas, tornando-o menos confiável.
Desafios na Análise da Atypia Melanocítica
Uma área específica na patologia que apresenta um desafio significativo é a identificação da atypia melanocítica. Isso se refere a características anormais observadas em melanócitos, as células responsáveis pela produção de pigmento. Existem vários tipos de lesões melanocíticas, que vão desde nevos benignos até melanoma maligno. As características visuais dessas células muitas vezes podem se sobrepor às células da pele normais, dificultando o diagnóstico. Mesmo patologistas experientes têm um alto grau de discordância ao diagnosticar atypia melanocítica, especialmente ao diferenciar entre nevos atípicos e melanoma.
Métodos Tradicionais de Classificação
Os métodos convencionais para classificar a atypia melanocítica usam várias terminologias que podem ser bastante complexas. Alguns laboratórios podem simplificar esses termos, o que pode levar a diferentes interpretações e desafios diagnósticos. Como resultado, há uma necessidade de uma abordagem mais clara e padronizada.
A Necessidade de Ferramentas Diagnósticas Melhoradas
Devido às complexidades do diagnóstico da atypia melanocítica, há uma necessidade urgente de ferramentas que possam ajudar os patologistas. Embora os métodos tradicionais sejam úteis, eles podem ser demorados e sujeitos a erros humanos. Sistemas automatizados usando aprendizado de máquina prometem melhorar a precisão e a velocidade do diagnóstico, potencialmente aprimorando o atendimento ao paciente.
IHC para Treinamento
Aproveitando CorantesOs patologistas normalmente usam corantes específicos para destacar certos tipos de células em casos desafiadores. Ao utilizar as informações de corantes imuno-histoquímicos (IHC), os pesquisadores desenvolveram um método para automatizar a rotulagem de melanócitos em amostras de tecido. Essa abordagem envolve combinar seções coradas com IHC com seções coradas com hematoxilina e eosina (H&E) correspondentes para melhorar a precisão dos rótulos usados no treinamento de modelos de aprendizado de máquina.
Criando um Conjunto de Dados Personalizado
Para desenvolver um conjunto de dados de treinamento confiável, os pesquisadores coletaram imagens de amostras arquivadas de pacientes diagnosticados com melanoma in situ. Essas amostras foram processadas em imagens de lâmina inteira (WSIs) e incluíram seções coradas tanto com H&E quanto com IHC. Cada par ajuda a fornecer contexto para o outro, facilitando o treinamento de CNNs para identificar melanócitos em imagens H&E referenciando as seções coradas com IHC.
Processamento e Alinhamento de Imagens
Uma das principais tarefas na preparação do conjunto de dados envolve alinhar as seções de tecido H&E e IHC. Isso garante que qualquer análise realizada em uma imagem possa ser comparada com precisão à outra. Usando software especializado, os pesquisadores alinham essas imagens em alta resolução, aumentando as chances de rotulagem precisa.
Rotulando Telas para Treinamento
Na fase de treinamento, as CNNs são apresentadas com telhas de imagem derivadas das seções H&E. Essas telhas são rotuladas com base na presença de melanócitos determinada pelas seções IHC emparelhadas. O método de treinamento garante que as CNNs aprendam a identificar as características únicas associadas aos melanócitos.
Treinamento e Avaliação do Modelo
As CNNs passam por um treinamento rigoroso, onde seu desempenho é consistentemente avaliado para garantir que possam identificar com precisão melanócitos em novas amostras. Ao empregar técnicas como validação cruzada, os pesquisadores testam os modelos contra várias amostras de pacientes para confirmar sua robustez em cenários do mundo real.
Analisando o Desempenho do Modelo
Os resultados dos modelos treinados mostram métricas de desempenho promissoras, indicando um alto grau de precisão na previsão da presença de melanócitos. Os mapas de calor gerados representam visualmente áreas onde os modelos preveem atividade de melanócitos, permitindo que os patologistas revisem e verifiquem essas áreas mais facilmente.
Entendendo as Previsões do Modelo
Para tornar as previsões mais interpretáveis, os pesquisadores usam técnicas que destacam quais características específicas nas imagens contribuíram para as decisões do modelo. Essa etapa é crucial, pois ajuda os patologistas a entender e confiar nas descobertas automatizadas, o que é vital para integrar tais tecnologias na prática clínica.
Forças e Limitações do Estudo
Embora o uso de modelos de aprendizado de máquina na análise da atypia melanocítica apresente vantagens significativas, também há limitações a serem consideradas. O conjunto de dados usado no estudo vem de casos arquivados, o que pode introduzir variabilidade com base em como as amostras foram tratadas ao longo do tempo. Além disso, alguns desafios permanecem na diferenciação entre estruturas semelhantes, como glândulas ecrinas e melanócitos, o que pode levar a classificações errôneas.
Direções Futuras
Avançando, aprimorar o treinamento dos modelos com exemplos mais diversos e considerar fatores potenciais adicionais nas amostras de tecido será essencial para melhorar a precisão do diagnóstico. Uma direção futura também poderia envolver a integração de vários métodos de coloração para fornecer uma compreensão mais abrangente do tecido e suas características.
Conclusão
A integração do aprendizado de máquina na patologia, especialmente na análise da atypia melanocítica, representa um avanço significativo nas práticas diagnósticas. Ao utilizar dados arquivados existentes e técnicas de imagem avançadas, os pesquisadores podem desenvolver modelos robustos que auxiliam os patologistas em suas avaliações. À medida que a tecnologia continua a evoluir, a colaboração entre modelos computacionais e prática clínica tem o potencial de transformar a forma como diagnosticamos e entendemos doenças de pele, beneficiando, em última análise, o atendimento ao paciente.
Título: Machine-learning convergent melanocytic morphology despite noisy archival slides
Resumo: Melanocytic atypia, ranging from benign to malignant, often leads to diagnostic discordance, complicating its prediction by machine learning models. To overcome this, we paired H&E-stained histology images with contiguous or serial sections immunohistochemically (IHC) stained for melanocytic cells via antibodies for MelanA, MelPro, or SOX10. We developed a deep-learning pipeline to identify melanocytic atypia by digitizing a real-world archival dataset of 122 paired whole slide images from 61 confirmed melanoma in situ (MIS) cases at two institutions. Only 37.7% of the cases contained tissue pairs that matched well enough for deep learning. Nonetheless, the MelanA+MelPro models achieved an average area under the receiver-operating characteristic (AUROC) of 0.948 and an average area under the precision-recall curve (AUPRC) of 0.611, while the SOX10 models had an average of 0.867 AUROC and 0.433 AUPRC. Despite learning from biologically different IHC stains, the convolutional neural network (CNN) models independently exhibited an intuitive convergent rationale by explainable AI saliency calculations. Different antibodies, with nuclear versus cytoplasmic staining, provided complementary yet consistent information, which the CNNs integrated effectively. The resulting multi-antibody virtual stains identified morphologic cytologic and small-scale architectural features directly from H&E-stained histology images, which can assist pathologists in assessing cutaneous MIS.
Autores: Michael J. Keiser, M. Tada, G. Gaskins, S. Ghandian, N. Mew
Última atualização: 2024-09-17 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.12.612732
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.12.612732.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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