Avançando a Identificação de Grupos de Pacientes com ACR
Melhorando a identificação de grupos de pacientes através de sistemas inovadores de Recuperação Automática de Coortes.
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Índice
- O Desafio dos Dados de Pacientes a Longo Prazo
- A Necessidade de Sistemas Eficientes e Eficazes
- Abordagens para Recuperação Automática de Coorte
- Raciocínio Longitudinal
- Construindo Sistemas Eficientes
- Avaliação dos Sistemas ACR
- Descobertas e Resultados
- Importância dos Sistemas Híbridos
- Seguindo em Frente
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Identificar grupos de pacientes para tarefas específicas de saúde é super importante na área médica. Isso inclui coisas como recrutar pessoas para ensaios clínicos e estudar casos passados. Tradicionalmente, esses processos envolvem buscar em um monte de dados médicos e geralmente precisam de muito trabalho manual, o que pode demorar e levar a erros.
Desenvolvimentos recentes na tecnologia moderna, principalmente em grandes modelos de linguagem (LLMs) e técnicas de busca de informações, nos dão novas maneiras de melhorar esses sistemas. No entanto, ainda há grandes desafios a serem superados. Isso inclui lidar com longas histórias de pacientes e garantir que novas soluções sejam acessíveis e práticas para o uso diário.
Este artigo apresenta uma tarefa chamada Recuperação Automática de Coorte (ACR) que analisa quão bem os LLMs e sistemas especializados conseguem identificar grupos de pacientes com base em seus registros médicos. O objetivo é criar um teste padrão, um conjunto de perguntas de amostra e uma estrutura para avaliar quão bem esses sistemas funcionam.
O Desafio dos Dados de Pacientes a Longo Prazo
Os históricos médicos dos pacientes podem ser bem complexos. Por exemplo, um paciente pode ter várias condições de saúde documentadas ao longo do tempo, muitas vezes em registros diferentes escritos por diferentes médicos. Os sistemas ACR precisam entender esses dados de longo prazo de forma eficaz para responder Consultas com precisão.
Para ilustrar a complexidade, considere um paciente cuja jornada inclui três eventos principais documentados em diferentes momentos: um médico menciona a metastização de um câncer, um cirurgião faz uma cirurgia e, mais tarde, um ginecologista documenta uma gravidez. Esses eventos precisam ser conectados logicamente para fazer sentido na condição de saúde do paciente.
Se alguém solicitar informações sobre pacientes com câncer de mama que depois tiveram uma gravidez, o sistema ACR precisaria considerar a cirurgia como uma parte crítica do histórico do paciente. Se a cirurgia removeu órgãos necessários para a gravidez, o sistema precisa refletir isso em sua resposta.
Além disso, registros médicos reais costumam ser muito mais complicados, com milhares de eventos separados, o que dificulta a análise e o raciocínio por parte dos computadores.
A Necessidade de Sistemas Eficientes e Eficazes
A base de qualquer sistema ACR é sua capacidade de recuperar informações dos pacientes de maneira eficiente. Os métodos atuais frequentemente dependem de consultas de dados estruturados combinadas com supervisão humana, o que pode ser lento e sujeito a erros. Para lidar com o crescente número de pacientes e registros médicos, esses sistemas precisam oferecer resultados rápidos e de alta qualidade.
Alguns estudos focaram em converter requisitos de ensaios clínicos em consultas amigáveis para máquinas, enquanto outros buscam garantir que os grupos de pacientes identificados sejam representativos e justos. No entanto, ainda há muito espaço para melhorias, especialmente no uso de dados estruturados e registros médicos não estruturados.
Abordagens para Recuperação Automática de Coorte
Para enfrentar esses desafios, propomos uma tarefa inovadora chamada Recuperação Automática de Coorte (ACR). Essa tarefa vai além do simples emparelhamento de pacientes para ensaios clínicos e investiga mais a fundo os dados a longo prazo.
Os Grandes Modelos de Linguagem (LLMs) mostraram potencial na área médica, mas sua eficácia precisa de mais avaliação, especialmente em grandes bancos de dados de pacientes. Investigamos vários métodos, incluindo o uso de LLMs sozinhos e combinando-os com técnicas tradicionais de raciocínio.
Uma abordagem é usar um LLM para analisar e agrupar documentos de pacientes em formatos pesquisáveis. Quando uma consulta é recebida, o sistema recupera documentos relevantes e constrói um grupo de pacientes a partir dos dados. Esse método, chamado de 'apenas recuperador', pode ser aprimorado adicionando um 'leitor' que refine ainda mais os resultados. Essa abordagem combinada é chamada de 'recuperar-então-ler'.
Raciocínio Longitudinal
Um dos conceitos chave em ACR é o raciocínio longitudinal, que envolve entender como diferentes eventos da vida de um paciente se conectam ao longo do tempo. Esse tipo de raciocínio ajuda os sistemas a identificar se os pacientes atendem a critérios específicos ao longo de um período prolongado.
Por exemplo, se considerarmos um paciente com um diagnóstico de câncer de mama, que depois passa por uma cirurgia e, em seguida, documenta uma gravidez, um raciocínio longitudinal eficaz deve juntar esses documentos separados e extrair informações relevantes que reflitam com precisão a trajetória de saúde do paciente ao longo do tempo.
Sistemas ACR eficazes devem ser capazes de descobrir e resolver conflitos nos dados, como identificar quando um paciente não pode ser considerado grávido após certas cirurgias.
Construindo Sistemas Eficientes
O objetivo principal do ACR é desenvolver sistemas que possam recuperar dados de pacientes com alta precisão e eficiência. O sistema ideal deve ser capaz de lidar com milhões de registros de pacientes e responder rapidamente a consultas.
Com base em nossas descobertas, os métodos utilizados nos sistemas atuais de recuperação de coorte revelam lacunas significativas. Por exemplo, sistemas existentes costumam ter dificuldades para manter resultados de alta qualidade ao lidar com dados médicos complexos ou ruidosos.
Para melhorar os designs passados, o artigo propõe a utilização de uma variedade de técnicas em recuperação de dados e raciocínio que poderiam levar a sistemas ACR mais eficazes e rápidos.
Avaliação dos Sistemas ACR
Para garantir uma maneira sistemática de avaliar a eficácia dos sistemas ACR, desenvolvemos uma estrutura de avaliação. O desempenho pode ser medido em relação a um conjunto de dados de consultas projetadas por especialistas médicos para cobrir vários cenários do mundo real.
A avaliação analisa a qualidade da recuperação, a consistência e a tendência do sistema de produzir falsos positivos-pacientes incorretamente incluídos em uma coorte. Isso é crucial para garantir que os sistemas ACR produzam resultados confiáveis sem desperdiçar recursos em dados incorretos.
Nesse esforço, categorizamos consultas com base em sua complexidade e no tamanho das coortes de pacientes envolvidas. Essa maneira de avaliar sistemas ajuda a identificar lacunas de desempenho e pode guiar futuros desenvolvimentos na tecnologia ACR.
Descobertas e Resultados
Testes iniciais dos sistemas ACR propostos revelaram diferenças chave no desempenho. Abordagens apenas com LLM mostraram potencial para automatizar a recuperação de coorte de pacientes, mas frequentemente lutavam com consistência e precisão.
Em contraste, nossa abordagem neuro-simbólica, que combina raciocínio tradicional com modelos de linguagem modernos, demonstrou desempenho superior. Essa abordagem aproveitou efetivamente o conhecimento médico para melhorar a recuperação de dados dos pacientes, resultando em resultados mais precisos.
Através de nossos testes extensivos com diferentes consultas de pacientes, observamos que, embora os LLMs possam processar e analisar rapidamente dados de pacientes, muitas vezes falham em manter um raciocínio consistente, especialmente em consultas complexas relacionadas a condições de saúde a longo prazo.
Importância dos Sistemas Híbridos
Combinar LLMs com técnicas tradicionais pode oferecer uma abordagem mais equilibrada para ACR. Profissionais de saúde geralmente buscam um sistema que seja não apenas eficiente, mas também confiável, então a integração de conhecimento especializado e aprendizado de máquina pode levar a melhores resultados.
Dada a complexidade dos registros médicos e a natureza de longo prazo das histórias de saúde dos pacientes, os sistemas híbridos que podem aproveitar os pontos fortes de ambas as abordagens são provavelmente os que trarão os melhores resultados.
Seguindo em Frente
Ao olharmos para o futuro do ACR, fica claro que o aprimoramento contínuo desses sistemas é crucial. Incorporar feedback de profissionais médicos, aumentar a interpretabilidade dos modelos e melhorar ferramentas para limitar inconsistências e erros serão fatores-chave no desenvolvimento de sistemas de recuperação mais confiáveis.
Ao enfrentar esses desafios, podemos apoiar melhor a tomada de decisão clínica e melhorar o cuidado do paciente, levando a tratamentos e intervenções mais eficazes.
Conclusão
Em resumo, a Recuperação Automática de Coorte representa um avanço significativo em como os dados médicos podem ser utilizados para a identificação de pacientes e pesquisa clínica. Com o potencial de melhorar dramaticamente a velocidade e a precisão da identificação de coortes de pacientes, os sistemas ACR têm tudo para transformar como os provedores de saúde abordam a pesquisa e o cuidado ao paciente.
A contínua integração de tecnologias modernas de IA nas práticas de saúde sugere um futuro onde a recuperação precisa de pacientes se torne comum, apoiando uma variedade de aplicações clínicas.
Através de testes e avaliações rigorosas, estamos nos aproximando de realizar todo o potencial desses sistemas, que resultarão em melhores resultados de saúde e contribuirão para o avanço da pesquisa médica.
Título: ACR: A Benchmark for Automatic Cohort Retrieval
Resumo: Identifying patient cohorts is fundamental to numerous healthcare tasks, including clinical trial recruitment and retrospective studies. Current cohort retrieval methods in healthcare organizations rely on automated queries of structured data combined with manual curation, which are time-consuming, labor-intensive, and often yield low-quality results. Recent advancements in large language models (LLMs) and information retrieval (IR) offer promising avenues to revolutionize these systems. Major challenges include managing extensive eligibility criteria and handling the longitudinal nature of unstructured Electronic Medical Records (EMRs) while ensuring that the solution remains cost-effective for real-world application. This paper introduces a new task, Automatic Cohort Retrieval (ACR), and evaluates the performance of LLMs and commercial, domain-specific neuro-symbolic approaches. We provide a benchmark task, a query dataset, an EMR dataset, and an evaluation framework. Our findings underscore the necessity for efficient, high-quality ACR systems capable of longitudinal reasoning across extensive patient databases.
Autores: Dung Ngoc Thai, Victor Ardulov, Jose Ulises Mena, Simran Tiwari, Gleb Erofeev, Ramy Eskander, Karim Tarabishy, Ravi B Parikh, Wael Salloum
Última atualização: 2024-07-01 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2406.14780
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2406.14780
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
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Ligações de referência
- https://docs.google.com/drawings/d/1gOOS_AzXITxa5JBVQ65haqfJSBSZ457QYmdmR1z4o_U/edit?usp=sharing
- https://openai.com/blog/new-and-improved-embedding-model
- https://openai.com/blog/new-embedding-models-and-api-updates
- https://huggingface.co/sentence-transformers/all-mpnet-base-v2
- https://huggingface.co/TimKond/S-PubMedBert-MedQuAD
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- https://huggingface.co/TimKond/S-BioLinkBert-MedQuAD
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- https://platform.openai.com/docs/api-reference/chat/create
- https://api.openai.com/v1/chat/completions