Novo método melhora a visualização de proteínas nas células
O método ExoSloNano usa nanopartículas de ouro pra melhorar a imagem de proteínas em células vivas.
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Índice
A tomografia eletrônica crio celular é uma técnica usada pra ver a estrutura e as interações de grandes moléculas dentro de células vivas. Pra isso, as células são congeladas rapidinho, o que ajuda a mantê-las perto do ambiente natural. Fatias finas são feitas dessas células congeladas usando um feixe especial de íons. Essas fatias são então examinadas com um tipo de microscópio que usa feixes de elétrons ao invés de luz. Capturando imagens dessas fatias de diferentes ângulos, os cientistas conseguem montar uma imagem tridimensional do que as moléculas parecem dentro da célula.
Uma das grandes vantagens desse método é que ele permite que os cientistas estudem tanto a estrutura das proteínas quanto como elas se comportam dentro das células em um único experimento. Isso ajuda a conectar informações da biologia estrutural, que foca nas formas das moléculas, com a biologia celular, que analisa como essas moléculas funcionam dentro das células. Até agora, os pesquisadores conseguiram ver estruturas importantes como Ribossomos e complexos de poros nucleares em seus ambientes originais. No entanto, cerca de 10.000 proteínas diferentes podem ser encontradas nas células a qualquer momento, e há uma necessidade de melhores métodos pra ver uma gama mais ampla dessas proteínas.
Técnicas de Rotulagem Atuais na Tomografia Eletrônica Crio
Existem diferentes métodos disponíveis pra rotular e visualizar proteínas na tomografia eletrônica crio celular. Os métodos tradicionais muitas vezes envolvem o uso de anticorpos pra marcar as proteínas, mas isso apresenta alguns desafios. Os anticorpos são grandes e podem interferir nas próprias estruturas que os cientistas querem estudar. Eles também exigem métodos específicos pra serem introduzidos nas células, o que pode ser complicado. Enquanto esses anticorpos são úteis pra identificar proteínas, às vezes não fornecem as informações claras necessárias, especialmente ao estudar ambientes complexos de uma célula.
Outra abordagem chamada microscopia correlativa de luz e eletrônica combina dois tipos de microscopia. Esse método pode ajudar os cientistas a identificar as localizações de proteínas específicas nas células usando primeiro a microscopia de luz. No entanto, tem suas desvantagens. A clareza das imagens de luz pode ser menos que ideal quando alinhadas com as imagens eletrônicas. Portanto, ainda há uma necessidade de melhores maneiras de analisar diferentes proteínas dentro das células.
O Desafio de Identificar Proteínas
Um dos objetivos na ciência hoje é usar programas de computador avançados pra ajudar a identificar proteínas dentro das imagens. Existem métodos que usam templates de banco de dados existentes pra combinar o que se vê em uma imagem com estruturas conhecidas. No entanto, esses métodos costumam ter dificuldades com proteínas que são semelhantes em estrutura. Quando as proteínas se parecem muito, fica difícil diferenciá-las nas imagens. Programas de aprendizado de máquina também estão sendo usados pra ajudar nesse processo, mas são limitados em sua capacidade de encontrar proteínas que não são fáceis de identificar apenas de olhar.
O problema está na complexidade do ambiente celular, onde muitas proteínas existem juntas. Elas costumam parecer semelhantes, dificultando a distinção entre elas. Há uma necessidade de novas ferramentas que possam separar essas pequenas diferenças e ajudar a reconhecer essas proteínas de maneira mais eficaz.
Nanopartículas de Ouro
O Papel dasQuando os cientistas usam microscopia eletrônica, eles frequentemente enfrentam um desafio: amostras biológicas não produzem sinais fortes o suficiente pra imagens claras. Isso acontece porque os elementos nas moléculas biológicas têm pesos semelhantes e não proporcionam contraste suficiente. Em contrapartida, as nanopartículas de ouro servem como marcadores excelentes porque têm um número atômico muito maior, criando um forte contraste nas imagens. No entanto, usar esses rótulos de ouro também traz desafios.
As partículas de ouro existentes podem ser grandes e variar de tamanho, o que pode torná-las difíceis de usar efetivamente. Novas nanopartículas de ouro, menores e uniformes, podem ser usadas. Essas partículas de ouro menores são mais fáceis de trabalhar e podem ser mais específicas ao mirar proteínas em células vivas. O objetivo é encontrar uma maneira de rotular proteínas dentro das células sem atrapalhar seu ambiente natural.
O Novo Método: ExoSloNano
Pesquisadores desenvolveram um novo método chamado ExoSloNano, que visa melhorar como as proteínas podem ser visualizadas dentro das células. Esse método usa pequenas nanopartículas de ouro que são entregues nas células através de uma técnica específica que cria minúsculos buracos na membrana celular. Uma vez que essas nanopartículas de ouro estão dentro, elas se ligam a proteínas marcadas que os pesquisadores querem estudar.
O aspecto único desse método é que ele permite a visualização direta de proteínas dentro de células vivas sem precisar de procedimentos complexos que poderiam atrapalhar as funções celulares. Usando essa técnica, os cientistas podem observar proteínas em seu estado natural enquanto também têm acesso a vários componentes celulares.
Rotulagem de Células Vivas com Nanouro
A nova abordagem foca em usar uma toxina bacteriana que forma pequenos buracos nas membranas celulares pra permitir a entrada de nanopartículas de ouro. Esse método foi testado em vários tipos de células. Depois que as nanopartículas de ouro são introduzidas, as células conseguem se recuperar sem danos significativos. Essa recuperação significa que células saudáveis podem continuar a crescer e funcionar normalmente enquanto ainda permitem que os pesquisadores visualizem proteínas específicas usando os rótulos de ouro.
Uma vez dentro, essas nanopartículas de ouro se ligam a proteínas de uma forma que permite que os pesquisadores as vejam mais claramente usando diferentes tipos de microscopia. As partículas usadas são muito pequenas, o que minimiza o impacto que elas têm nas proteínas e na célula. Quando essas nanopartículas de ouro se ligam às proteínas, elas ajudam a fornecer um sinal mais forte que pode ser detectado usando microscopia eletrônica.
Testando o Novo Método
Pra demonstrar que esse novo método funciona, os pesquisadores o aplicaram pra estudar ribossomos, máquinas celulares importantes responsáveis pela construção de proteínas. Eles usaram células engenheiradas pra ter uma marca específica em uma proteína ribossomal, permitindo que visualizassem os ribossomos com precisão. Ao entregar as nanopartículas de ouro a esses ribossomos e analisar os resultados com diferentes técnicas de microscopia, eles observaram que as partículas de ouro estavam rotulando efetivamente os alvos pretendidos.
Nos testes, os pesquisadores usaram partículas de ouro de 1,4 nm e 5 nm pra ver como poderiam identificar ribossomos. Eles conseguiram visualizar as pequenas partículas de ouro ao lado dos ribossomos em imagens criadas pela tomografia eletrônica crio. Essa técnica não só demonstrou a capacidade de ver ribossomos, mas também destacou o aspecto prático de usar as partículas de ouro para a imagem celular.
Nucleossomos
ObservandoNucleossomos são estruturas no núcleo das células que ajudam a embalar o DNA. Entender essas estruturas é crucial pra estudar a expressão gênica e a organização dos cromossomos. Tradicionalmente, tem sido difícil visualizar nucleossomos devido à sua natureza complexa.
Os pesquisadores aplicaram seu novo método de rotulagem pra visualizar uma variante específica de histona, a macroH2A, conhecida por seu papel na estrutura da cromatina. O uso de pequenas nanopartículas de ouro permitiu que eles vissem claramente esses nucleossomos em contexto sem afetar sua disposição natural. Esse estudo ilustra o potencial do método ExoSloNano de expandir nosso entendimento da paisagem da cromatina dentro das células.
Principais Descobertas e Implicações
O sucesso do método ExoSloNano enfatiza a importância de técnicas de rotulagem precisas na biologia celular. Essa nova forma de rotular proteínas permite resultados de alta resolução e precisão enquanto mantém a integridade das células que estão sendo estudadas. Com a capacidade de visualizar várias proteínas em seu estado natural, os cientistas podem coletar mais dados sobre como as proteínas interagem e funcionam dentro das células.
As descobertas também indicam que os pesquisadores podem usar esse método pra estudar outros organelas e estruturas celulares, abrindo novas avenidas para a investigação científica. Aplicando os mesmos princípios, eles podem ser capazes de rotular e visualizar muitos tipos diferentes de proteínas e macromoléculas em várias condições.
Conclusão
O desenvolvimento do método ExoSloNano fornece uma ferramenta promissora para cientistas estudando estruturas e interações celulares. Ao oferecer uma maneira mais simples e eficaz de visualizar proteínas em células vivas, esse método pode aprimorar nosso entendimento de processos celulares fundamentais. À medida que os pesquisadores continuam a refinar e expandir essa técnica, podemos esperar insights mais detalhados sobre o funcionamento complexo das células e os papéis de várias proteínas dentro delas.
Esse método não só tem potencial para pesquisa acadêmica, mas também pode contribuir pra avanços na ciência médica, onde entender esses processos celulares poderia levar a novas terapias e tratamentos. A capacidade de explorar o intrincado mundo das células em um nível tão detalhado marca um passo significativo em frente no campo da biologia celular estrutural.
Título: ExoSloNano: Multi-Modal Nanogold Tags for identi-fication of Macromolecules in Live Cells & Cryo-Electron Tomograms
Resumo: In situ cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) enables the direct interrogation of structure-function relationships by resolving macromolecular structures in their native cellular environment. Tremendous progress in sample preparation, imaging and data processing over the past decade has contributed to the identification and determination of large biomolecular complexes. However, the majority of proteins are of a size that still eludes identification in cellular cryo-EM data, and most proteins exist in low copy numbers. Therefore, novel tools are needed for cryo-EM to identify the vast majority of macromolecules across multiple size scales (from microns to nanometers). Here, we introduce and validate novel nanogold probes that enable the detection of specific proteins using cryo-ET (cryo-Electron Tomography) and resin-embedded correlated light and electron microscopy (CLEM). We demonstrate that these nanogold probes can be introduced into live cells, in a manner that preserves intact molecular networks and cell viability. We use this system to identify both cytoplasmic and nuclear proteins by room temperature EM, and resolve associated structures by cryo-ET. We further employ gold particles of different sizes to enable future multiplexed labeling and structural analysis. By providing high efficiency protein labeling in live cells and molecular specificity within cryo-ET tomograms, we establish a broadly enabling tool that significantly expands the proteome available to electron microscopy.
Autores: Elizabeth Villa, L. N. Young, A. Sherrard, H. Zhou, F. Shaikh, J. Hutchings, M. Riggi, M. K. Rosen, A. Giraldez
Última atualização: 2024-10-13 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.12.617288
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.12.617288.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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