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O Papel do SERF2 e dos G-Quadruplexos nos Grânulos de Estresse

Explorando o impacto do SERF2 nos grânulos de estresse e nas interações com G-quadruplexos.

James CA Bardwell, B. R. Sahoo, X. Deng, E. L. Wong, N. Clark, H. Yang, V. Subramanian, B. B. Guzman, S. E. Harris, B. Dehury, E. Miyashita, J. D. Hoff, V. Kocman, H. Saito, D. Dominguez, J. Plavec

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Índice

Células são sistemas complexos que dependem de várias estruturas e processos pra cumprir suas funções. Um aspecto interessante da organização celular é a formação de compartimentos que não têm membranas. Esses compartimentos, como o nucléolo e os Grânulos de Estresse, se formam através de um processo conhecido como separação de fase líquido-líquido. Esse processo é influenciado por proteínas e RNA dentro da célula.

O Papel das Proteínas e RNA

As proteínas são moléculas essenciais que desempenham várias funções nas células. Elas podem ser estáveis e estruturadas ou mais flexíveis e desordenadas, dependendo das suas funções. Da mesma forma, as moléculas de RNA, que ajudam na codificação, decodificação, regulação e expressão dos genes, também podem formar estruturas variadas. Alguns RNAs podem assumir formas especiais chamadas G-quadruplexos, que são importantes para várias funções celulares.

Quando as células enfrentam estresse, como estresse oxidativo ou osmótico, o processo de tradução pode falhar. Isso leva à formação de grânulos de estresse, que são compartimentos que ajudam a gerenciar a situação, mantendo RNA e proteínas não utilizadas.

Grânulos de Estresse e Suas Funções

Grânulos de estresse se formam quando as células estão sob estresse. Eles reúnem mRNA e proteínas não utilizadas pra proteger a célula de danos. Eles também podem ajudar a regular a expressão gênica. Proteínas como G3BP1 desempenham um papel crucial na formação desses grânulos. Quando uma célula está estressada, G3BP1 muda de forma, permitindo que se ligue ao mRNA e ajude a juntar outros componentes pra formar os grânulos de estresse.

A presença de certas proteínas, como caprin-1 e TIA1, também pode influenciar como o G3BP1 se comporta, ajudando ainda mais na montagem desses grânulos.

G-Quadruplexos nos Grânulos de Estresse

G-quadruplexos são estruturas especiais formadas por sequências de RNA ricas em guanina. Essas estruturas são reconhecidas por proteínas específicas, incluindo G3BP1, ajudando a trazer mRNA para os grânulos de estresse. A capacidade dos grânulos de estresse se desmanchar quando o estresse acaba garante que o mRNA possa ser rapidamente liberado pra tradução, mantendo as funções celulares.

G-quadruplexos são encontrados em toda a evolução, especialmente em organismos eucarióticos. Eles estão associados a vários processos, incluindo regulação gênica, transcrição e até eventos como replicação de DNA e manutenção de telômeros.

A Proteína SERF2

SERF2 é uma proteína pequena que foi ligada à criação de amiloides, que são aglomerados de proteínas que podem ser prejudiciais e têm sido conectados a doenças relacionadas à idade. No entanto, as funções primárias da SERF2 em uma célula saudável ainda não são totalmente compreendidas. Ela é rica em aminoácidos específicos e foi encontrada interagindo com estruturas de RNA, especialmente G-quadruplexos.

A SERF2 parece estar principalmente localizada no nucléolo e pode ser encontrada em grânulos de estresse quando as células estão sob estresse. Durante o estresse, a SERF2 forma agrupamentos e se colocaliza com outras proteínas associadas aos grânulos de estresse, sugerindo seu papel na formação desses compartimentos.

Investigando a SERF2 nos Grânulos de Estresse

Pra entender melhor o papel da SERF2, os pesquisadores usaram métodos pra reduzir seus níveis em células sob estresse. Ao fazer isso, observaram que a formação de grânulos de estresse foi significativamente reduzida. Quando a SERF2 foi eliminada, menos grânulos de estresse foram vistos, sugerindo que a SERF2 é importante pra sua montagem.

Experimentos adicionais mostraram que, quando a SERF2 está presente, os grânulos de estresse não só se formam de forma mais eficaz, mas também mantêm propriedades líquidas, permitindo que se recuperem rapidamente após serem perturbados.

SERF2 e G-Quadruplexos

Estudos revelam que a SERF2 se liga fortemente aos G-quadruplexos. Essa interação apoia o papel da SERF2 em enriquecer os grânulos de estresse com RNA G-quadruplexo. Quando se juntam, SERF2 e G-quadruplexos podem ajudar uns aos outros a formar gotículas líquidas.

Usando ensaios específicos, os pesquisadores descobriram que a SERF2 se liga seletivamente a sequências de RNA conhecidas por formar G-quadruplexos. Essa capacidade de ligação significa que a SERF2 pode ajudar a concentrar sequências rG4 nos grânulos de estresse, reforçando sua formação e estabilidade.

Separação de Fases nas Células

Separação de fase é um fenômeno que pode levar à formação de compartimentos distintos nas células. Proteínas com regiões desordenadas desempenham um papel chave nesse processo. Quando proteínas como a SERF2 interagem com RNA, especialmente com rG4s, elas podem criar compartimentos que têm características líquidas, permitindo que os componentes se misturem e dispersem livremente.

A presença de agentes de aglomeração pode influenciar ainda mais essa separação de fase, facilitando a concentração de proteínas e RNA e formando gotículas distintas. A SERF2, junto com rG4s, pode se separar em fases in vitro em condições de aglomeração, demonstrando um modelo de como isso pode ocorrer nas células.

Dinâmica e Estabilidade dos Condensados SERF2-RNA

A investigação sobre a dinâmica da SERF2 na presença de G-quadruplexos revela que as interações entre eles não são estáticas. Em vez disso, elas podem flutuar, levando à formação de gotículas que são reversíveis.

Em experimentos projetados pra imitar ambientes celulares aglomerados, SERF2 e G-quadruplexos puderam ser observados formando gotículas estáveis. Essas gotículas mostram taxas de difusão mais lentas em comparação com outros tipos de condensados, indicando uma estrutura mais complexa influenciada por suas interações.

Insights Estruturais sobre as Interações SERF2 e G-Quadruplex

Usando técnicas como RMN e simulações de dinâmica molecular, os pesquisadores começaram a entender as interações detalhadas entre SERF2 e G-quadruplexos. Esses estudos mostram que a SERF2 se liga a G-quadruplexos através de resíduos carregados específicos, formando interfaces estruturais distintas. A ligação da SERF2 também pode induzir distorções leves na estrutura do G-quadruplex, sugerindo uma relação dinâmica entre os dois.

Os estudos estruturais revelam como essas proteínas e RNA, uma vez ligados, podem criar uma rede de interações que apoia a formação de estruturas líquidas mais substanciais.

O Impacto das Mutacões na Função da SERF2

Pouco a pouco, a compreensão da função da SERF2 aumentou através de estudos mutacionais. Alterando certos resíduos chave na proteína SERF2, os pesquisadores podem observar como essas mudanças afetam sua capacidade de se ligar a G-quadruplexos e participar da separação de fases.

Remover ou alterar resíduos chave tende a enfraquecer a ligação aos G-quadruplexos e prejudica a capacidade da proteína de formar gotículas. Esses estudos sublinham a importância de regiões específicas na determinação de como a SERF2 interage com RNA e influencia a formação de grânulos de estresse.

Conclusão

O estudo da SERF2 e suas interações com G-quadruplexos contribui significativamente pra entender a separação de fase líquido-líquido nas células. Essa pesquisa ilumina os mecanismos por trás da formação de grânulos de estresse e os papéis importantes que proteínas e RNA desempenham na organização celular.

À medida que os cientistas continuam a explorar as complexidades desses mecanismos, é esperado que novas ideias surjam, levando a uma compreensão melhor de como as células gerenciam o estresse e mantêm suas funções em um ambiente em constante mudança. O equilíbrio entre agregação e manutenção da fluidez nesses compartimentos é crítico pra saúde celular, destacando a importância de pesquisas contínuas nessa área.

As descobertas sobre as interações entre SERF2 e G-quadruplex podem abrir novas avenidas pra entender mecanismos de doenças relacionadas à agregação e mau enovelamento de proteínas, potencialmente levando a abordagens inovadoras em estratégias de tratamento.

Fonte original

Título: Visualizing liquid-liquid phase transitions

Resumo: Liquid-liquid phase condensation governs a wide range of protein-protein and protein-RNA interactions in vivo and drives the formation of membrane-less compartments such as the nucleolus and stress granules. We have a broad overview of the importance of multivalency and protein disorder in driving liquid-liquid phase transitions. However, the large and complex nature of key proteins and RNA components involved in forming condensates such as stress granules has inhibited a detailed understanding of how condensates form and the structural interactions that take place within them. In this work, we focused on the small human SERF2 protein. We show here that SERF2 contributes to the formation of stress granules. We also show that SERF2 specifically interacts with non-canonical tetrahelical RNA structures called G-quadruplexes, structures which have previously been linked to stress granule formation. The excellent biophysical amenability of both SERF2 and RNA G4 quadruplexes has allowed us to obtain a high-resolution visualization of the multivalent protein-RNA interactions involved in liquid-liquid phase transitions. Our visualization has enabled us to characterize the role that protein disorder plays in these transitions, identify the specific contacts involved, and describe how these interactions impact the structural dynamics of the components involved in liquid-liquid phase transitions, thus enabling a detailed understanding of the structural transitions involved in early stages of ribonucleoprotein condensate formation.

Autores: James CA Bardwell, B. R. Sahoo, X. Deng, E. L. Wong, N. Clark, H. Yang, V. Subramanian, B. B. Guzman, S. E. Harris, B. Dehury, E. Miyashita, J. D. Hoff, V. Kocman, H. Saito, D. Dominguez, J. Plavec

Última atualização: 2024-10-28 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561572

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.09.561572.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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