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# Biologia# Farmacologia e Toxicologia

Avanços na Identificação de Alvos para Desenvolvimento de Medicamentos

Novos métodos melhoram a precisão na identificação de alvos de medicamentos para tratamentos melhores.

Yingjie Sun, Changheng Li, Xiaofei Deng, Wenjie Li, Xiaoyi Deng, Weiqi Ge, Miaoyuan Shi, Ying Guo, Yanxun V Yu, Hai-Bing Zhou, Youngnam N Jin

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Inovações naInovações naIdentificação de Alvosde alvos para tratamentos eficazes.Nova abordagem aprimora a identificação
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O mundo da medicina, especialmente quando se trata de medicamentos, mudou muito ao longo dos anos. Novos remédios e tratamentos direcionados surgiram. No entanto, apesar desses avanços, muitos pacientes ainda mostram resultados diferentes ao usar esses medicamentos e, às vezes, enfrentam efeitos colaterais indesejados. Essa imprevisibilidade geralmente se deve a várias razões, como não saber exatamente quais partes do corpo os remédios devem atingir, interações inesperadas com outras proteínas e a composição única de cada gene e ambiente de cada pessoa. Todos esses fatores ajudam a explicar por que muitos novos medicamentos não conseguem chegar ao mercado.

Isso cria uma grande necessidade de identificar com precisão quais alvos proteicos um remédio deve focar. Para enfrentar isso, os cientistas têm testado novos métodos para encontrar moléculas melhores ou diferentes que possam funcionar como medicamentos. Um método promissor é chamado de triagem de medicamentos baseada em fenótipo. No entanto, identificar alvos proteicos exatos nesse método tem se mostrado um desafio na pesquisa de medicamentos.

A Importância da Identificação de Alvos

Identificar alvos proteicos é essencial para entender como os medicamentos funcionam para fornecer seus benefícios. Isso ajuda a refinar e desenvolver terapias que são direcionadas a alvos biológicos específicos. Conseguir direcionar os medicamentos com precisão aumenta sua eficácia e segurança. Também permite que os pesquisadores reaproveitem medicamentos existentes e fornece insights sobre como múltiplos medicamentos podem interagir com vários alvos.

Embora tenha havido avanços nas tecnologias de identificação de alvos, ainda existem desafios. Métodos tradicionais, como técnicas de pull-down baseadas em afinidade, podem perder proteínas que interagem com os medicamentos apenas por um breve período ou estão presentes em quantidades muito pequenas. Esses métodos também têm dificuldades em manter o ambiente complexo onde essas interações ocorrem.

Para contornar essas questões, técnicas mais novas foram desenvolvidas sem modificações nas proteínas alvo. Alguns exemplos incluem:

  • Estabilidade de Proteínas a partir de Taxas de Oxidação (SPROX)
  • Estabilidade Responsiva a Afinidade de Medicamentos (DARTS)
  • Ensaios Térmicos Celulares (CETSA)
  • Perfis Termais de Proteoma (TPP)

Esses novos métodos focam em como as proteínas se estabilizam quando se ligam a um remédio, ajudando a preservar o ambiente natural das células. No entanto, eles ainda enfrentam desafios para detectar pequenas mudanças na estabilidade das proteínas e têm limitações em como funcionam dentro das células vivas.

Rotulagem por Proximidade: Uma Nova Abordagem

Outro método interessante na identificação de alvos é chamado de rotulagem por proximidade (PL). Essa técnica usa sistemas como APEX, BioID e TurboID para estudar como as proteínas interagem umas com as outras. Embora esses sistemas forneçam insights valiosos, eles também têm a desvantagem de rotular proteínas de maneira não específica e difusa, tornando difícil identificar com precisão as proteínas alvo reais.

Inovações surgiram, como um sistema de PL não difusivo projetado para melhorar a forma como os pesquisadores marcam proteínas em células vivas. Ao aproveitar as habilidades de uma proteína semelhante à ubiquitina procariótica, essa nova abordagem visa garantir melhor especificidade e minimizar interações indesejadas.

O sistema aprimorado combina diferentes proteínas para ajudar a marcar alvos específicos na proximidade do medicamento, permitindo uma visão mais clara de quais proteínas são afetadas por quais medicamentos.

Aplicação e Teste do Novo Sistema

Depois de montar o novo sistema para identificação de alvos, os pesquisadores começaram a testá-lo em várias situações, incluindo o uso de medicamentos existentes como dasatinibe e hidroxicloroquina (HCQ). Eles descobriram que o novo sistema conseguiu identificar tanto alvos proteicos conhecidos quanto novos de forma eficaz.

Em uma das situações, a equipe descobriu que o dasatinibe interagia com SEPHS2, uma proteína importante no processo de produção de certos componentes celulares essenciais. Essa descoberta pode levar a novas formas de tratar doenças onde esse processo é crucial.

Da mesma forma, a hidroxicloroquina foi encontrada interagindo com VPS37C, que está envolvida em processos celulares. Essas informações são valiosas não apenas para entender como os medicamentos funcionam, mas também para descobrir outras estratégias de tratamento potenciais.

Como Funciona o Novo Sistema

Para criar um sistema de marcação eficaz para identificar alvos de medicamentos, os pesquisadores combinaram diferentes proteínas com um método exclusivo para permitir a rotulagem por proximidade. Esse sistema pode marcar proteínas específicas com base em suas interações com os medicamentos.

Os pesquisadores começaram selecionando proteínas projetadas para trabalhar juntas de forma eficiente. Através de testes e aperfeiçoamento de seus métodos, eles garantiram que as marcações só se ligariam aos alvos pretendidos. Eles também se certificarão de que o sistema funcionaria dentro dos ambientes naturais das células.

O resultado final é um sistema que pode ser usado em células vivas e modelos animais, como zebrafish, proporcionando um método robusto para descobrir como os medicamentos interagem com sistemas biológicos. Essa configuração é particularmente útil para estudar como os medicamentos podem afetar proteínas específicas sem as interferências que muitas vezes vêm com técnicas tradicionais.

Os Benefícios e o Futuro da Identificação de Alvos

O novo sistema não só simplifica o processo de identificar alvos de medicamentos, mas também fornece uma imagem mais precisa de como as medicações operam em ambientes biológicos reais. Isso pode potencialmente acelerar o processo de desenvolvimento de medicamentos e garantir resultados melhores para os pacientes.

Usando métodos assim, os pesquisadores podem continuar a melhorar nossa compreensão de como os medicamentos funcionam e refinar suas abordagens para criar novos tratamentos. Capturar as interações complexas entre medicamentos e proteínas em sistemas vivos ajudará a desenvolver terapias superiores com menos efeitos colaterais.

Conclusão

Em resumo, o campo da identificação de alvos fez grandes avanços graças a abordagens inovadoras como o novo sistema de PL não difusivo. Ele permite a identificação precisa de alvos de medicamentos dentro de células vivas e fornece melhores insights sobre os mecanismos dos medicamentos. A capacidade de usar esse método em vários organismos aumenta seu impacto potencial no desenvolvimento de medicamentos e na pesquisa biomédica. Com pesquisa e testes contínuos, os insights obtidos a partir desses métodos podem levar a novas e melhores terapias que podem ajudar muitas pessoas.

No mundo da ciência, quanto mais descobrimos, mais perguntas surgem. Essa busca contínua por conhecimento deve ser feita com curiosidade, paciência e, talvez, uma boa xícara de café. Afinal, entender os segredos da vida não é tarefa fácil-especialmente quando esses segredos envolvem tentar descobrir o que nossos medicamentos realmente estão fazendo!

Fonte original

Título: Target protein identification in live cells and organisms with a non-diffusive proximity tagging system

Resumo: Identifying target proteins for bioactive molecules is essential for understanding their mechanisms, developing improved derivatives, and minimizing off-target effects. Despite advances in target identification (target-ID) technologies, significant challenges remain, impeding drug development. Most target-ID methods use cell lysates, but maintaining an intact cellular context is vital for capturing specific drug-protein interactions, such as those with transient protein complexes and membrane-associated proteins. To address these limitations, we developed POST-IT (Pup-On-target for Small molecule Target Identification Technology), a non-diffusive proximity tagging system for live cells, orthogonal to the eukaryotic system. POST-IT utilizes an engineered fusion of proteasomal accessory factor A (PafA) and HaloTag to transfer Pup to proximal proteins upon directly binding to the small molecule. After significant optimization to eliminate self-pupylation and polypupylation, minimize depupylation, and optimize chemical linkers, POST-IT successfully identified known targets and discovered a new binder, SEPHS2, for dasatinib, and VPS37C as a new target for hydroxychloroquine, enhancing our understanding these drugs mechanisms of action. Furthermore, we demonstrated the application of POST-IT in live zebrafish embryos, highlighting its potential for broad biological research and drug development.

Autores: Yingjie Sun, Changheng Li, Xiaofei Deng, Wenjie Li, Xiaoyi Deng, Weiqi Ge, Miaoyuan Shi, Ying Guo, Yanxun V Yu, Hai-Bing Zhou, Youngnam N Jin

Última atualização: 2024-11-07 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.06.611731

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.06.611731.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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