Avanços nas Técnicas de Imagem Fluorescente 3D
Um novo método melhora a imagem em tecidos biológicos dispersos usando aprendizado profundo.
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Imagens através de materiais que espalham luz é um desafio comum, principalmente em estudos biológicos. Em muitas situações, o espalhamento de luz dificulta ver os objetos claramente porque os sinais desejados se misturam com o ruído de fundo. Isso resulta em imagens que costumam ser confusas, especialmente ao olhar para camadas mais profundas de tecido. Os métodos tradicionais são limitados na capacidade de ver objetos enterrados mais profundamente.
A imagem de fluorescência é uma ferramenta valiosa para a pesquisa biológica. Permite que os cientistas vejam como os genes são expressos e como as moléculas interagem dentro das células e tecidos. No entanto, quando os tecidos espalham luz, a capacidade de capturar camadas mais profundas é significativamente prejudicada devido ao enfraquecimento dos sinais dos objetos de interesse.
O Problema com o Espalhamento de Luz
Ao usar a imagem de fluorescência, o espalhamento de luz pode distorcer as medições. Essa distorção dificulta separar os sinais que vêm dos objetos que queremos ver do ruído de fundo indesejado. Os métodos padrão para melhorar as imagens geralmente falham porque não conseguem diferenciar sinais de baixo contraste do ruído de fundo. Portanto, se torna um desafio significativo reconstruir imagens claras de objetos que estão mais profundos dentro do material que espalha luz.
Nossa Abordagem
No nosso trabalho, desenvolvemos um novo método para lidar com esses problemas. Criamos um simulador que modela como sinais de baixo contraste são afetados por um forte ruído de fundo nos tecidos. Depois, treinamos um modelo de aprendizado profundo usando Dados Sintéticos gerados pelo nosso simulador. Esse modelo é capaz de reconstruir uma imagem 3D a partir de uma única medição, mesmo quando a relação sinal-ruído (SBR) é muito baixa.
Aplicamos esse modelo a um sistema de imagem recém-desenhado, o Microscópio Miniatura Computacional (CM). Através de testes rigorosos, descobrimos que nossa abordagem poderia efetivamente reconstruir Imagens 3D de sinais fluorescentes enterrados em meios que espalham luz, mesmo quando as medições eram ruidosas.
O Sistema de Imagem
O sistema CM usa uma matriz de microlentes para capturar várias visões de um objeto ao mesmo tempo. Isso nos permite coletar informações de vários ângulos, o que é essencial para reconstruir uma imagem 3D. O design do sistema ajuda a minimizar os efeitos do espalhamento e melhorar a qualidade das imagens obtidas.
Treinando o Modelo com Dados Sintéticos
Para treinar nosso modelo, geramos dados sintéticos que modelam como o sistema CM funcionaria sob diferentes condições de espalhamento. Variamos os níveis de ruído para criar uma gama de imagens com baixo SBR. Isso gerou os dados pareados necessários para treinar nosso modelo de aprendizado profundo de forma eficaz.
O processo de treinamento envolveu ensinar o modelo a reconhecer padrões nas imagens sintéticas e, em seguida, reconstruir essas imagens em representações 3D mais claras dos sinais fluorescentes.
Testando a Eficácia do Modelo
Uma vez treinado, testamos a eficácia do nosso modelo em várias situações controladas. Examinamos sua capacidade de recuperar sinais em diferentes profundidades dentro de materiais que espalham luz. Nossos resultados mostraram que o modelo poderia reconstruir consistentemente imagens 3D de fluorescência com boa precisão, mesmo em profundidades onde outros métodos falharam.
Desempenho em Dados Experimentais
Além de usar dados sintéticos para treinamento, também testamos o modelo em dados experimentais reais. Isso é importante porque mostra a aplicabilidade do nosso método no mundo real. As descobertas indicaram que nosso modelo poderia reconstruir com precisão sinais fluorescentes, mesmo em condições desafiadoras, tornando-se uma ferramenta promissora para imagem biológica.
Compensações e Generalização
Analisamos as compensações envolvidas em treinar o modelo com diferentes níveis de SBR. Descobrimos que uma gama mais ampla de SBRs durante o treinamento levou a um desempenho melhor quando aplicado a dados reais. Ajustando a quantidade e o tipo de dados de treinamento, conseguimos encontrar um equilíbrio entre precisão e robustez.
Por exemplo, se o modelo foi treinado com dados de baixo SBR, teve um bom desempenho em termos de penetração de profundidade, mas geralmente tinha muitos falsos positivos. Por outro lado, quando treinado com dados de alto SBR, era mais conservador e perdia alguns emissores. O cenário ideal era encontrar um equilíbrio, que nosso modelo principal treinado conseguiu atingir.
O Desafio das Amostras Biológicas
Avançando, aplicamos nosso modelo treinado a amostras biológicas complexas, como tecido cerebral. Essas amostras apresentam desafios únicos devido ao ruído inerente e características de espalhamento. No entanto, nosso modelo mostrou um desempenho forte, conseguindo reconstruir imagens de neurônios que eram fracos e difíceis de detectar.
Trabalho Futuro e Melhorias
Embora nossos resultados sejam promissores, ainda há muito espaço para melhorias. Como o espalhamento e o ruído de fundo podem variar bastante, planejamos refinar ainda mais nossos modelos para levar em conta essas variações. Incorporar aberrações ópticas causadas pelo equipamento de imagem e pela amostra em si pode levar a resultados ainda melhores.
Conclusão
Em resumo, desenvolvemos um novo método para imagem de fluorescência 3D que enfrenta as complexidades do espalhamento de luz em tecidos biológicos. Usando uma abordagem baseada em simulador e técnicas de aprendizado profundo, conseguimos reconstruir imagens claras e precisas a partir de medições únicas, mesmo em condições desafiadoras. Esse método tem o potencial de melhorar significativamente as técnicas de imagem usadas em pesquisas biológicas, abrindo caminho para estudos avançados de interações e dinâmicas celulares.
Implicações para a Pesquisa Biomédica
A capacidade de visualizar processos biológicos em uma grande profundidade é crucial para avançar nossa compreensão de muitas doenças e condições. Nossa abordagem pode ajudar pesquisadores a estudar como as doenças impactam os mecanismos celulares e pode eventualmente levar a diagnósticos precoces e melhores estratégias de tratamento.
Com os avanços tecnológicos, nosso método poderia ser adaptado para várias aplicações, além da imagem biomédica. Ao superar as barreiras impostas pelo espalhamento de luz, abrimos novas possibilidades para observar e entender sistemas biológicos complexos em maior detalhe.
Considerações Finais
Em conclusão, nosso trabalho oferece uma contribuição valiosa para o campo da imagem de fluorescência. O desenvolvimento e a aplicação contínuos dessa tecnologia provavelmente levarão a avanços significativos em como estudamos e entendemos a vida em nível celular. Conforme continuamos a refinar nossos métodos e expandir suas aplicações, estamos ansiosos para ver o impacto dessa pesquisa tanto na ciência quanto na medicina.
Título: Robust single-shot 3D fluorescence imaging in scattering media with a simulator-trained neural network
Resumo: Imaging through scattering is a pervasive and difficult problem in many biological applications. The high background and the exponentially attenuated target signals due to scattering fundamentally limits the imaging depth of fluorescence microscopy. Light-field systems are favorable for high-speed volumetric imaging, but the 2D-to-3D reconstruction is fundamentally ill-posed, and scattering exacerbates the condition of the inverse problem. Here, we develop a scattering simulator that models low-contrast target signals buried in heterogeneous strong background. We then train a deep neural network solely on synthetic data to descatter and reconstruct a 3D volume from a single-shot light-field measurement with low signal-to-background ratio (SBR). We apply this network to our previously developed Computational Miniature Mesoscope and demonstrate the robustness of our deep learning algorithm on scattering phantoms with different scattering conditions. The network can robustly reconstruct emitters in 3D with a 2D measurement of SBR as low as 1.05 and as deep as a scattering length. We analyze fundamental tradeoffs based on network design factors and out-of-distribution data that affect the deep learning model's generalizability to real experimental data. Broadly, we believe that our simulator-based deep learning approach can be applied to a wide range of imaging through scattering techniques where experimental paired training data is lacking.
Autores: Jeffrey Alido, Joseph Greene, Yujia Xue, Guorong Hu, Yunzhe Li, Mitchell Gilmore, Kevin J. Monk, Brett T. DiBenedictis, Ian G. Davison, Lei Tian
Última atualização: 2023-12-08 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2303.12573
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.12573
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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