TB薬剤耐性タンパク質EfpAに関する新しい知見
EfpAの研究で、結核の薬剤耐性における役割がわかったよ。
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結核(TB)は、マイコバクテリウム・チフス(Mtb)というバイ菌によって引き起こされる深刻な感染症だよ。TBは健康に重大な問題を引き起こすことがあって、しばしば死につながることもあるんだ。最近では、耐薬性結核(DR-TB)が大きな懸念になってて、多剤耐性結核(MDR-TB)の新しい症例が毎年50万件以上報告されてる。中には複数の薬に耐性を持つ株もあって、治療がすごく厳しくなってるんだ。
TBにおける薬剤耐性の発展は、主にバイ菌のDNAの変化や突然変異によるものなんだ。この突然変異はTBの薬がターゲットにする遺伝子で起こることがある。さらに、バイ菌内の特定のタンパク質がこれらの薬を細胞から排出するのを助けるから、薬の効果が落ちちゃうんだ。研究者たちは、これらのタンパク質をターゲットにした阻害剤の開発に取り組んでるよ。
EfpAに注目、薬剤排出タンパク質
耐薬性に関わる重要なタンパク質の一つがEfpA(エフラックスタンパク質A)だよ。EfpAは、バイ菌の細胞内外に物質を移動させる輸送体の大きなファミリーの一部なんだ。EfpAは、薬を細胞から取り除くのを助けつつ、プロトン(H+)を細胞内に取り込むんだ。このプロセスは、バイ菌が薬に耐え、生き残る能力に繋がってるんだ。
研究によると、EfpAはTBバイ菌がいくつかの薬に耐性を示す上で大きな役割を果たしてるんだって。TBバイ菌が第一選択薬や第二選択薬で治療されると、EfpAのレベルがかなり増加するんだ。この増加した発現は、イソニアジドやエタンブトールのような治療に対する耐性を高める結果になっちゃうんだ。
EfpAの研究用開発
EfpAをもっと詳しく研究するために、研究者たちはラボでこれを生産しようとしたんだ。でも、E. coliのようなバイ菌でこのタンパク質を生産するのは難しかったんだ。なぜなら、溶解性を保たずに不溶性の凝集物を形成しやすいからなんだ。これを解決するために、科学者たちはEfpAを別のタンパク質apoAIと融合させた特別なバージョンを設計したんだ。この融合タンパク質、apoAI-EfpAはE. coliで無事に発現されて精製されて、重要なタンパク質の研究の大きな進展を示したんだ。研究者たちは、EfpAをその特性や機能をさらに調査する形で保持することに成功したんだ。
EfpAの構造の理解
先進的なイメージング技術を使って、研究者たちはEfpAタンパク質の構造に関する詳細を明らかにし始めたよ。バイ菌の細胞に似た脂質膜に再構成されたとき、EfpAはその薬剤耐性に関わる機能に関連する特定の構造を形成するんだって。
科学者たちは、EfpAを視覚化するために陰影染色電子顕微鏡法を使ったんだ。この技術で、EfpAがクラスターやオリゴマーを形成してるのが見えたよ。つまり、自分自身の複数のコピーと一緒に働くかもしれないってことを示唆してるんだ。
バイオインフォマティクスと予測
実験結果を補完するために、研究者たちはバイオインフォマティクスのツールを使ってEfpAの構造や挙動を予測したんだ。これらのツールはタンパク質のアミノ酸配列を分析して、膜での整理の仕方を示唆するのに役立つんだ。
分析の結果、EfpAには膜を貫通する14セグメントからなる特定の構造があることがわかったんだ。この構造は薬をバイ菌から輸送する能力に重要なんだ。研究者たちは、異なるマイコバクテリア種のEfpAを比較した結果、すごく保存されていることがわかったんだ。つまり、さまざまな株で似たようなままだったってことなんだ。
タンパク質の機能と薬剤相互作用への洞察
実験作業とバイオインフォマティクスの両方から得られた結果は、EfpAの機能について重要な洞察を提供してるよ。タンパク質の構造を理解することが、EfpAを阻害する新しい薬の開発につながるかもしれないんだ。そうすれば、既存のTB治療がもっと効果的になるかもしれないよ。
耐薬性TBと戦う上での主な課題の一つは、EfpAのような多くのタンパク質が詳細に研究されていないことなんだ。apoAI-EfpA融合タンパク質の成功した生産と精製は、これらのタンパク質の働きとターゲティング方法についての深い研究の新しい可能性を開くんだ。
結論
EfpAとその耐薬性に関する研究は、結核との戦いにおいて重要なんだ。このタンパク質の生産と研究方法を開発することで、科学者たちはTBバイ菌の耐薬性に立ち向かう方法をよりよく理解することを望んでるんだ。この知識は、特に耐薬性が増加する中で、結核を効果的に治療・管理するための新しい戦略の開発につながるかもしれないよ。EfpAのようなタンパク質の構造を視覚化し、分析する能力は、その機能に関する貴重な洞察を提供して、世界で最も厄介な感染症の一つに対するより良い治療法を設計するのに役立つんだ。
タイトル: Protein engineering, production, reconstitution in lipid nanoparticles, and initial characterization of the Mycobacterium tuberculosis EfpA drug exporter
概要: Mycobacterium tuberculosis (Mtb) drug exporters contribute an efficient mechanism for drug resistance. Therefore, understanding the structure-function relationship in these proteins is important. We focused on the Mtb EfpA efflux pump, which belongs to the major facilitator superfamily (MSF) and transports anti-tuberculosis drugs outside the bacterial cell. Here, we report on our advancements in producing and characterization of this protein. We engineered a construct of apolipoprotein A-I (apoAI) fused to the N-terminus of EfpA (apoAI-EfpA) and cloned it in an E. coli expression vector. This fusion construct was found in a membrane-bound form, unlike the deposited in inclusion bodies EfpA without apoAI. We purified the apoAI-EfpA in detergent to a sufficient degree and reconstituted it in DOPC/DOPS lipids. We found that upon reconstitution in lipid, the apoAI-EfpA forms discoidal protein-lipid nanostructures with a diameter of about 20 nm, resembling nanodiscs. We further detected apoAI-EfpA oligomers in {beta}-DDM and lipid. To the best of our knowledge, this is the first complete protocol on the expression, purification, and lipid reconstitution of the Mtb EfpA transported. AlphaFold2 also predicted EfpA oligomers and further bioinformatic analysis confirmed the earlier proposed 14-transmembrane helices of the Mtb EfpA. We also found very high identity, >80%, among the EfpA-s of diverse mycobacterial species. Outside of mycobacteria, EfpA has no close homologues with only low identity with the QacA family of transporters. These findings possibly indicate high specificity of EfpA mechanisms. Our developments provide a foundation for more comprehensive in vitro studies on the EfpA exporter.
著者: Elka R Georgieva, O. Ishola, A. Ogunbowale, M. M. Islam, E. Hadadianpour, S. Majeed, O. Adetuyi
最終更新: 2024-01-28 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.26.546575
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.26.546575.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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