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# 生物学# 進化生物学

E. coliが突然変異でどうやって適応したか

この記事では、E. coliが新しい環境に適応するのを助ける突然変異について探るよ。

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大腸菌の進化をひも解く大腸菌の進化をひも解くめるかを見てみよう。突然変異がどんなふうにバイ菌の適応力を高
目次

進化可能性って、生物システムが環境や挑戦に対してどれだけ変化できるかってことなんだ。種や集団によって適応しやすいものもあればそうじゃないのもいて、この能力は遺伝子の違いによって時間とともに変わることがあるんだ。

遺伝的変異の重要性

遺伝的変異は進化にとってめちゃくちゃ大事。これがあることで集団が新しい状況に適応できるようになる。ある生物は他の生物よりも多くの遺伝的変異を持っていて、これが進化のしやすさに影響を与えることもあるんだ。たとえば、近縁の生物群は幅広い適応能力を示すことができる。

突然変異率の役割

遺伝的変異を増やす要因のひとつが突然変異率。突然変異は遺伝子コードのランダムな変化なんだ。突然変異率が高いと、より多くの変化が起こる可能性があって、それが適応のチャンスを増やす。でも、トレードオフもある。高い突然変異率は新しい有益な特徴を生むこともあるけど、生存に悪影響を与える有害な変化を引き起こすこともあるんだ。

環境が突変に与える影響

高い突然変異率の利点は環境によって変わることもある。変化する環境では、集団が生き残るのに役立つ突然変異がすごく重要になることもある。でも、新しい環境で突然変異が有害だった場合、問題が起こることもある。ある突然変異は、ある環境ではニュートラルだったり有益だったりするけど、別の環境では有害になることもある。

隠れた遺伝的変異

時には、生物がストレスのある状況にならないと表れない遺伝的特徴を持ってることがある。この隠れた変異は環境が変わったときに有益になることがあるんだ。たとえば、細胞内の特定のタンパク質が他のタンパク質を安定させてることがあるけど、その安定化タンパク質が圧倒されると、隠れた特徴が見えてきて自然選択に影響を与えることがある。

条件付きの突然変異

突然変異はある環境では有益だけど、環境が変わるとニュートラルや有害になることもある。ある集団が有益な突然変異と有害な突然変異を持つ場合、これらの突然変異の影響は複雑に相互作用することがある。いくつかの有害な突然変異が良い特徴の利点を隠してしまうこともある。適切な条件が揃うと、有害な突然変異が補われて隠れていたポジティブな特徴が現れることがある。

E. coli からの実験的証拠

これらのアイデアを研究するために、科学者たちはE. coliで実験を行ったんだ。彼らは一つの祖先株のE. coliを6つのグループに分けて、それぞれのグループを2,000世代にわたってグルコースが制限された環境で進化させた。 その後、進化したグループから新しい集団を作って、1,000世代の間乳糖にさらした。

最初は、進化したE. coliは乳糖環境でうまくいかなかったけど、時間が経つと元の株と比べて適応能力が高まったんだ。これは、彼らの過去のグルコース適応経験が乳糖環境で進化する能力を高めたことを示唆している。

特定の突然変異の役割

進化したE. coliの集団を調べていると、iclRという遺伝子に突然変異が見つかった。この遺伝子は特定の栄養素を分解するための経路の調節に関わってるんだ。iclRの突然変異はグルコース環境では有益だったけど、乳糖環境ではニュートラルや有害になった。

科学者たちがこれらの突然変異を試したところ、祖先のiclR遺伝子に戻すと乳糖環境での適応度が向上した。このことは、元の突然変異が新しい環境でいくつかのコストを伴っていたことを示唆しているんだ。これらのコストを取り除くことで、集団は進化にポジティブに寄与する他の有益な突然変異を表に出すことができた。

適応度の変化を理解する

生物の適応度は、生存と繁殖の能力を指すんだ。乳糖環境に適応する初期段階では、進化したiclRの突然変異は有害だったんだけど、時間が経つとこれらの突然変異はニュートラルや有益になってきた。

特定の集団でiclRの突然変異を戻すと、適応度が大きく向上するのが観察できた。これは、グルコース環境で選択された突然変異の全体的な影響が、乳糖環境でテストしたときにポジティブだったことを示している。

補償的突然変異とその影響

補償的突然変異は、有害な突然変異の悪影響を相殺するのを手助けする変化なんだ。この研究では、進化したiclRの突然変異は最初は乳糖環境での負担として働いてたけど、バクテリアが進化するにつれて補償的な変化がこの負担を軽減するのを助けた。この相互作用が、この集団で観察された適応性の向上の鍵だったんだ。

遺伝的変化の観察

さらに調査するために、科学者たちは多くの進化したクローンのゲノムを配列決定したんだ。彼らは、いくつかのクローンがそれぞれの祖先と突然変異を共有している一方で、全体の新しい突然変異の数はクローンの間で異なっていることを見つけた。この変動性は、進化が新しい特徴を生み出した一方で、いくつかは他のものよりも成功したことを示唆している。

興味深いことに、乳糖への適応過程でiclR遺伝子の新しい突然変異は見つからなかった。これは、以前のiclRの突然変異が置き換えられるのではなく、バクテリアの他の遺伝的変化によって補償されていたことを意味している。

進化の大きな絵

このE. coliの実験の結果は、種が時間とともにどう適応していくかを理解するのに貢献してるんだ。生物が進化できる能力は、遺伝的背景や環境の圧力など、いくつかの要因によって影響を受ける。 有益な突然変異と有害な突然変異の関係は、進展を妨げるものもあれば成功への道を切り開くものもあり、複雑な景観を作り出すことがある。

今後の研究への影響

補償的突然変異がどのように機能し、全体的な進化可能性にどのように影響を与えるかを理解するのはめちゃ重要。これは、進化のプロセスについての考え方にも影響するんだ。この研究は、過去の適応が未来の適応性に影響を与えることを強調している。 有益な突然変異と有害な突然変異のバランスは、新しい挑戦に対する集団の反応を評価するときに重要なんだ。

結論として、さまざまな突然変異の相互作用とその適応度への影響は、進化の複雑さを示してる。バクテリアが変化する環境に適応する様子を研究することで、科学者たちは人間を含むさまざまな種に適用できる広範な生物学的原則についての洞察を得ることができるんだ。

オリジナルソース

タイトル: Mutations in iclR increase evolvability by facilitating compensation that exposes cryptic beneficial mutations in experimental populations of Escherichia coli

概要: Evolvability describes the potential of a population to generate beneficial variation. Several mechanisms that increase evolvability have been demonstrated, including the action of systems that reveal accumulated beneficial variants following an environmental shift. We examine the basis of an increase in the evolvability of Escherichia coli lines that were first selected in an environment supplemented with glucose as sole carbon source and then transferred to an otherwise identical lactose supplemented environment. These lines increased in fitness significantly more quickly in the lactose environment, and reached a higher final fitness, than did naive ancestral lines. In four of six lines this increased evolvability can be explained by mutations in iclR that were selected in glucose but were significantly deleterious in lactose, masking the effect of other generally beneficial mutations. Secondary mutations that compensated for this cost resulted in large fitness increases. We did not detect any consistent genetic signature associated with the compensation, suggesting that different pathways were responsible and, therefore, that it can occur at a relatively high rate. That mutations selected in one environment will become deleterious following an environmental shift, so that compensation provides potential for a large subsequent fitness increase represents a potentially common and general mechanism of evolvability in changing environments.

著者: Tim F Cooper, R. K. Staples

最終更新: 2024-02-21 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.21.581449

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.21.581449.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。

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