Simple Science

最先端の科学をわかりやすく解説

# 生物学# 合成生物学

抗体発見と修飾の進展

新しい方法が抗体開発を進化させて、より良い治療法になってるよ。

― 1 分で読む


革新的な抗体開発技術革新的な抗体開発技術抗体ライブラリの進化で治療法を革新。
目次

現代医学では、治療や検査に抗体がよく使われてるんだ。抗体は研究に不可欠なツールで、病気の診断にも役立つ。科学者たちは、酵母ディスプレイやファージディスプレイ、その他の似たような技術を使って新しい抗体を見つけるための様々な方法を開発してきたんだ。これらの方法のおかげで、研究者たちはラボで合成抗体の大規模なライブラリを作成してテストできるようになってる。これは、人体の免疫システムによって生成される抗体の種類よりも広範な抗体タイプにアクセスできるから重要なんだ。

ライブラリを作成してスクリーニングすることで、科学者たちは特定のターゲットにしっかり結合し、他の分子との不要な反応を避ける抗体を見つける手助けができる。これは新しい薬や治療法を開発する上で大事なんだ。これらの先進的な技術を使用することで、科学者たちは抗体の様々な部分がターゲットとどのように相互作用するかを学ぶことができ、抗体デザインの改善へとつながるんだ。

より良い抗体の開発に加えて、科学者たちは新しい化学的特徴を抗体に追加して革新的な治療オプションを作ることにも取り組んでる。これは、抗体と薬を結合させて効果を高めるという方法を含むことがあるんだ。バイオコンジュゲート化学や遺伝子工学の新しい技術によって、ユニークな化学的特性を持つ改良抗体を作るのが簡単になってきてる。

抗体発見技術

新しい抗体の探索は、様々なディスプレイ技術の進歩によって大いに利益を得てる。この技術のおかげで、研究者たちは大規模な抗体ライブラリを構築してスクリーニングすることができ、特定のターゲットに結合できる抗体を見つけるプロセスが加速されるんだ。従来の免疫化やハイブリドーマ技術は遅く、生成される抗体の多様性に制限があることが多い。一方で、酵母やファージのディスプレイのようなin vitro方法は、合成抗体のライブラリを迅速に構築してテストできるんだ。

in vitro方法の主な利点は、高い結合力や非ターゲット分子との低反応性などの特定の望ましい特性を持つ抗体を生成できるところ。これは、自然の抗体では簡単に見つからないさまざまな有用な特性を組み合わせた抗体バリアントをエンジニアリングすることで達成されるんだ。

組み合わせスクリーニング技術を通じて、研究者たちは抗体の異なる部分、特に相補的決定領域(CDR)が結合相互作用やその他の重要な特性にどのように寄与するかを研究できる。この理解は、より効果的な抗体治療法のデザインに役立つんだ。

抗体の化学的多様化

最近の進展は、抗体に新しい化学的機能を追加することにも焦点を当てていて、新しい治療オプションの創出につながってる。バイオコンジュゲート化学を使って、科学者たちは抗体を化学的に修飾して薬のような特性を向上させることができるんだ。これにより、抗体の中にさまざまな化学基を直接統合でき、効果を高めることができる。

これを行う技術は、抗体がターゲットと新しい方法で相互作用できるようにする特定の化学基を結合することを含む。たとえば、抗体-薬コンジュゲート(ADC)は、抗体を強力な薬と結合させ、がん細胞のような病気の細胞を狙って殺すことに焦点を当てているんだ。抗体の結合部位に追加の化学機能を統合することも、薬の相互作用を改善するための期待が高まっている。

エキサイティングな進展があるにもかかわらず、これらの化学的特徴を抗体に効果的に追加する最良の方法についてはまだ多くの疑問が残ってる。だから、in vitroディスプレイ技術は、高スループット調査を通じて新しい抗体のユニークな特性を発見するための貴重な道を提供してくれるんだ。

ライブラリデザインと構築

この研究では、酵母ディスプレイ技術を使って大規模な合成抗体ライブラリを構築したんだ。遺伝子コード拡張という方法を用いることで、10億のバリアントからなるライブラリが作られた。このライブラリの各抗体は、いくつかの非標準アミノ酸の側鎖のいずれかを含むことができ、ライブラリ準備プロセス中に微調整できるんだ。

ライブラリを構築するために、研究者たちは抗体のような特徴を多様に含んでいることを設計しつつ、非標準アミノ酸を追加できる複数のポジションを設けた。これにより、抗体が多様であり、ターゲットにしっかり結合できる可能性が確保された。この特定のアミノ酸のポジションは、修飾されたアミノ酸がターゲット分子によって簡単にアクセスできるように選ばれた。

その結果、10億以上のユニークな抗体が、構造や化学的特性において多様性を持ったライブラリが完成した。この広範な多様性は、新しい結合相互作用や特異性を発見するための扉を開くんだ。

ライブラリの多様性の評価

抗体に組み込むことができる化学機能の範囲を判断するために、いくつかのテストが行われた。これには、様々な非標準アミノ酸が酵母表面にどれだけ簡単に表示できるかを調べることが含まれている。研究者たちは、さまざまな非標準アミノ酸をテストすることで、ライブラリが多様な化学的特性を持つ抗体を成功裏に提示できることを確認したんだ。

さらに、小分子を抗体に結合させる際のクリックケミストリー反応を使用して付ける効率も評価された。この技術は、様々な化学基を結合させる特定の化学反応を含む。初期のスクリーニングでは、抗体ライブラリが異なる化学的機能性で効果的に修飾できることが示され、研究者たちはユニークで有利な特性を持つ抗体を作成できるようになった。

特定の抗体結合体のスクリーニング

次のステップは、特定のターゲットに結合するクローンを分離するために抗体ライブラリをスクリーニングすることだった。使ったターゲットの一つは、モデル抗原であるロバのIgGだった。目標は、このターゲットに結合できる抗体を特定し、交差リンクを引き起こす可能性がある抗体を見つけることだった。

スクリーニングプロセスは、ロバのIgGとライブラリをインキュベートし、その後、ターゲットに対する結合親和性を持つクローンを選別する一連の分離ステップを経る形で行われた。これらの選別のラウンドは、見かけ上の結合体の頻度を徐々に増加させ、プロセスが望ましい結合特性を持つ抗体を成功裏に分離していることを示したんだ。

マグネティックビーズを使った4ラウンドの強化と、追加の蛍光活性化細胞選別の後、複数のユニークなクローンが特定されました。これらのクローンは、非ビオチニル化ロバのIgGに結合する能力を示し、異なる条件下でも結合能力を保持することを示唆しているんだ。

抗体結合体の特性評価

スクリーニングから分離した個々のクローンは、結合特性や親和性を評価するためにさらに特性評価が行われた。フローサイトメトリー解析を用いて、これらの抗体がロバのIgGにどれだけ結合できるかを観察した。変性条件が存在する場合としない場合を両方で確認したんだ。

観察された結合レベルは、多くのクローンが厳しい条件にさらされても結合能力を保持していることを示している。これは、強くて安定した結合が求められる治療環境でのこれらの抗体の潜在的な用途を示唆しているんだ。

さらに、選ばれたクローンの結合親和性は低ナノモル範囲であることが判明し、ターゲットにしっかり結合することを示している。これらの中程度の親和性は、合成法から得られた他の抗体と一致しているんだ。

治療に関連するターゲットに対するスクリーニング

ロバのIgGのスクリーニングと並行して、ライブラリは治療に関連するターゲットであるプロテインチロシンフォスファターゼ1B(PTP1B)に対してもスクリーニングされた。このタンパク質は様々な病気に関連しているため、潜在的な治療介入の重要なターゲットとなっているんだ。

異なるスクリーニング条件を用いてPTP1Bに結合できる抗体を特定し、より強い相互作用を形成できるクローンを選別することに焦点を当てた。これらの方法はロバのIgGのスクリーニングと似たパターンで進み、最も有望な抗体を分離するための一連の強化とアッセイを含んでいた。

複数の選別ラウンドの後、PTP1Bに結合する複数のユニークなクローンが特定された。スクリーニングプロセスは、これらのクローンの結合特性や親和性に関する洞察を提供し、この抗体ライブラリの有効性をさらに示しているんだ。

結論

この研究は、酵母ディスプレイ技術を使用して多様性があり、化学的に多様化した抗体ライブラリの開発を示しているんだ。抗体に幅広い化学機能を組み込む能力は、治療発見の新しい道を開く。確立されたターゲットと関連するターゲットの両方に対する成功したスクリーニングに加え、ユニークな結合体の特定は、このプラットフォームが新しい抗体ベースの医薬品を生成する可能性を強調しているんだ。

大きな進展があった一方で、これらのライブラリの潜在能力を完全に引き出すための課題もまだ残っている。さまざまなスクリーニング条件のさらなる探求、結合親和性の改善、追加の化学修飾の調査が、この治療抗体の分野でのこの研究の影響を最大化するために必要なんだ。

要するに、この研究で開発された技術は、様々な医療ニーズに対応する革新的な抗体治療法を発見することを目的とした将来の研究の強固な基盤を提供しているんだ。

オリジナルソース

タイトル: Design, Construction, and Validation of a Yeast-Displayed Chemically Expanded Antibody Library

概要: In vitro display technologies, exemplified by phage and yeast display, have emerged as powerful platforms for antibody discovery and engineering. However, the identification of antibodies that disrupt target functions beyond binding remains a challenge. In particular, there are very few strategies that support identification and engineering of either protein-based irreversible binders or inhibitory enzyme binders. Expanding the range of chemistries in antibody libraries has the potential to lead to efficient discovery of function-disrupting antibodies. In this work, we describe a yeast display-based platform for the discovery of chemically diversified antibodies. We constructed a billion-member antibody library that supports the presentation of a range of chemistries within antibody variable domains via noncanonical amino acid (ncAA) incorporation and subsequent bioorthogonal click chemistry conjugations. Use of a polyspecific orthogonal translation system enables introduction of chemical groups with various properties, including photo-reactive, proximity-reactive, and click chemistry-enabled functional groups for library screening. We established conjugation conditions that facilitate modification of the full library, demonstrating the feasibility of sorting the full billion-member library in "protein-small molecule hybrid" format in future work. Here, we conducted initial library screens after introducing O-(2-bromoethyl)tyrosine (OBeY), a weakly electrophilic ncAA capable of undergoing proximity-induced crosslinking to a target. Enrichments against donkey IgG and protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) each led to the identification of several OBeY-substituted clones that bind to the targets of interest. Flow cytometry analysis on the yeast surface confirmed higher retention of binding for OBeY-substituted clones compared to clones substituted with ncAAs lacking electrophilic side chains after denaturation. However, subsequent crosslinking experiments in solution with ncAA-substituted clones yielded inconclusive results, suggesting that weakly reactive OBeY side chain is not sufficient to drive robust crosslinking in the clones isolated here. Nonetheless, this work establishes a multi-modal, chemically expanded antibody library and demonstrates the feasibility of conducting discovery campaigns in chemically expanded format. This versatile platform offers new opportunities for identifying and characterizing antibodies with properties beyond what is accessible with the canonical amino acids, potentially enabling discovery of new classes of reagents, diagnostics, and even therapeutic leads. Table of Contents Figure O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=111 SRC="FIGDIR/small/596443v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (18K): [email protected]@18da36corg.highwire.dtl.DTLVardef@1e4397dorg.highwire.dtl.DTLVardef@7a4ad2_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG

著者: James A. Van Deventer, A. Rezhdo, R. L. Hershman

最終更新: 2024-05-29 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.596443

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.596443.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。

類似の記事