スーダンのCOVID-19変異株と監視状況

スーダンでのSARS-CoV-2ウイルスによるCOVID-19の最初の症例が報告されたのは2020年3月13日。2022年4月末までにスーダンでは62,131件の症例と4,933件のCOVID-19関連の死亡が記録された。2021年3月1日から4月10日までのオムドゥルマンでの大規模な調査では、約54.6%の人がウイルスに感染したことがわかり、特に50歳以上の人に高い割合で見られた。

#スーダンにおけるCOVID-19の波

スーダンでのCOVID-19感染の最初の波は2020年4月7日から9月22日まで続いた。ウイルスの拡散を抑えるために、政府は学校や空港、国境の閉鎖、移動制限、外出禁止令の実施、集会の禁止などの制限を行った。しかし、これらの対策は2020年9月から緩和された。パンデミック初期の接触追跡がうまくいかなかったため、2020年11月から2021年1月にかけて2回目の感染拡大が起きた。政治的な不安定さもウイルスの制御を妨げた。2021年12月から2022年2月にも3回目の波が見られた。

スーダンでの感染パターンは、他の多くのアフリカ諸国と似ていて、旅行や貿易が影響しているとされる。スーダンは7つの国と国境を接していて、国の出入りが激しい。過去のウイルス感染症の経験から、田舎から都市への移動が感染拡大に寄与していることがわかっていた。しかし、スーダンや周辺地域でのCOVID-19の変異株の具体的な拡散方法は以前には研究されていなかった。

#ゲノム監視の取り組み

SARS-CoV-2の変異株の拡散と進化を追跡するために、ゲノム監視は多くの国で重要な役割を果たしている。この研究では、2020年5月から2022年4月までのパンデミックの間に収集された667の完全なゲノム配列を使用してスーダンのSARS-CoV-2変異株を調べた。

#倫理的考慮

この研究は倫理ガイドラインに従っており、関連委員会の承認を得ていた。サンプルは公衆衛生危機に対する緊急対応の一環だったので、個々の同意は必要なかった。

#サンプル収集

確認されたCOVID-19の症例から667のサンプルが、ケニアと南アフリカの研究機関に送られ、ゲノム配列決定のために使用された。これらのサンプルは2020年5月20日から2022年4月18日までに収集された。

#サンプルの処理

サンプルはケニアのラボに送られ、ウイルスRNAが抽出されてDNAに変換された。特定のレベルのウイルス量を持つサンプルのみがさらに処理に選ばれた。ウイルスのゲノムは特別なキットを使って増幅され、配列決定の準備がされました。

#ウイルスゲノムの配列決定

ウイルスから準備されたDNAは高度な技術を使用して配列決定された。このプロセスには、サンプルの清掃、ライブラリの準備、遺伝子材料を読み取るための機械へのロードなど、いくつかのステップが含まれる。

#ウイルスゲノムの分析

配列決定が完了すると、データが処理されて完全なウイルスゲノムが生成された。これらのゲノムは既知の配列と比較され、さまざまな変異株に分類され、拡散を追跡した。

#サンプル集団の人口統計

サンプルは主にハルツーム、カッサラ、ポートスーダンの11の場所から集められた。サンプル提供者の平均年齢は40歳だった。全体のサンプルの中で、症状を持っていたのは少数で、陽性反応が出る前に海外旅行した人はごくわずかだった。多くのケースでは、ワクチン接種状況や検査の理由に関する詳細な情報が不足していた。

#スーダンにおけるSARS-CoV-2の変異株

ゲノム分析から、スーダンではさまざまなSARS-CoV-2の変異株が特定された。これは懸念される変異株とそれ以外のものを含む。特に頻繁に検出されたのはデルタとオミクロンで、オミクロンは感染の3回目の波の際に特に優勢だった。

#変異株の広がり

研究では、ウイルスの特定の系統がパンデミックの初期からスーダンに存在していたことが指摘された。デルタ変異株は2021年半ばには主流となり、オミクロンが2022年初頭に取って代わった。エータのような変異株は短い間だけ存在していたが、アルファやベータは一緒に循環していた。

#遺伝的多様性と起源

異なる変異株のクラスターが見つかり、地方からの感染と他国からの導入の混合が示された。この研究では、ヨーロッパやアフリカの地域からスーダンにさまざまな変異株が複数回導入されたと推定された。

#結論

この研究は、スーダンにおけるSARS-CoV-2の遺伝的多様性と、旅行や貿易を通じた導入の影響を強調している。これらの変異株の継続的な監視は、その拡散を理解し、効果的な公衆衛生措置を実施するために重要だ。調査結果は、ウイルス制御のために戦略を適応させるための継続的な監視の必要性を示している。