虫害を菌類で対処する
研究がB. bassianaの農業における害虫駆除の可能性を明らかにしたよ。
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昆虫は農業にとって大きな問題になることがあって、作物を傷めたり食料生産を減らしたりするんだ。これは世界中の人々や経済にとって大きな課題だよ。害虫に悩まされる作物のひとつが大豆で、アメリカ南部やアルゼンチン、ブラジル、ウルグアイのような国ではすごく大事なんだ。実際、今後数年で何百万トンもの大豆が生産される見込みなんだ。特に赤筋の害虫が大豆作物に深刻な被害を与えることで知られていて、特に重要な充填期間中に穀物を食べることで、収穫量を減らしたり、品質を落としたりするんだ。
今のところ、農家は主に殺虫剤を使ってこれらの害虫をコントロールしてる。これには成長シーズン中に何度も使わなきゃいけない化学物質が含まれてるんだ。でも、このやり方は人間の健康や環境にリスクをもたらし、害虫がこれらの化学物質に耐性を持つようになっちゃった。だから、効果的に害虫を管理するための新しい方法が必要なんだ。
統合的害虫管理
統合的害虫管理(IPM)は、害虫をコントロールするためのもっと環境に優しいアプローチを提供するんだ。IPMの中での有望な方法のひとつは、昆虫に感染する真菌のような自然の敵を使うこと。Beauveria bassianaっていう特定のタイプの真菌が、この目的のためにすごく可能性を示してるんだ。B. bassianaは赤筋の害虫を含むいろんな昆虫種に感染できるから、害虫コントロールの強力な候補なんだ。
B. bassianaが昆虫に感染すると、通常、昆虫の外層であるキューティクルを通じて行われる。そのプロセスは何段階かあって、真菌が宿主を認識して、付着して、キューティクルを貫通し、そしてその後、昆虫の体内で成長して、最終的に昆虫を死に至らしめて、真菌が胞子を広げるっていう流れなんだ。
研究者たちはこの感染プロセスに関与する遺伝子を調べてきたんだ。特定の遺伝子が感染のさまざまな段階で重要で、宿主を貫通する初期段階では特に重要であり、真菌が昆虫の中で成長する後の段階ではより関連性があることがわかったんだ。
毒性と株の違い
毒性はB. bassianaの重要な特性で、昆虫に病気を引き起こす能力を意味するんだ。研究者たちは、昆虫のキューティクルからの成分が豊富な培地で真菌を育てると、その毒性が高まることを発見したんだ。でも、異なる株のB. bassianaは赤筋の害虫に対する毒性レベルがバラバラなんだ。たとえば、ILB308っていう株は、特にこれらの害虫に対して毒性が強いことが確認されているんだ。
B. bassianaの一部の株は、害虫に見られる特定の化合物での前培養に対して異なる反応を示すこともあるんだ。これによって、害虫の個体数管理の効果が変わってくる可能性があるんだ。これらの違いを調べることで、研究者たちは毒性の遺伝的基盤を理解し、害虫コントロールのためにより効果的な真菌株を開発する手助けができるんだ。
B. bassiana株のゲノム分析
さまざまなB. bassiana株の毒性の違いをよりよく理解するために、研究者たちはILB205、ILB299、ILB308の三つの株のゲノムを比較分析したんだ。彼らは高度な配列決定技術を使って高品質なゲノムを組み立て、感染に関連する重要な遺伝子を特定することができたんだ。
研究者たちは、各株のゲノムに、株間で共有されるコア遺伝子と、各株の特性に寄与するユニークな遺伝子の混合が含まれていることを発見したんだ。たとえば、ILB308は他の二つの株に比べてユニークな遺伝子が多いことがわかり、これがその毒性を高める特別な適応を持っている可能性を示唆しているんだ。
構造的特徴と系統関係
ゲノムの構造的注釈を行った後、研究者たちはさまざまなB. bassiana株の進化の関係を理解するために系統樹を作成したんだ。この系統樹は、地理的な場所からの株が集まったクラスターと、今回の研究で調べた三つの株が集まったクラスターの二つの主要なクラスターを示したの。
分析の結果、ウルグアイの三つの株は高い遺伝的類似性を共有していることがわかった。でも、デンマークの参照株と比較すると、類似性は比較的低かった。これは、株がそれぞれの環境に異なるふうに適応したり、毒性に寄与するユニークな特徴を持っている可能性があることを示唆してるんだ。
候補毒性遺伝子
研究者たちはB. bassiana株の中で潜在的な毒性遺伝子を特定することに焦点を当てたんだ。彼らは、予測された蛋白質コーディング遺伝子の中で、機能的に注釈されているものがたくさんあって、これは害虫の感染プロセスにおける潜在的な役割にリンクできるということなんだ。
これらの遺伝子の中で、研究者たちは赤筋の害虫の感染において重要な役割を果たすかもしれない候補毒性タンパク質(CVP)や分泌されたCVP(SCVP)を特定したんだ。これらのタンパク質は、真菌が宿主の免疫反応をかわしたり、その保護層を分解したりするのに役立つかもしれないんだ。
余剰染色体の理解
興味深い発見のひとつは、超毒性のILB308株における余剰染色体の特定だったんだ。これらの染色体は、真菌が害虫を感染させたり殺したりする能力を高める遺伝子を持ってることがあるんだ。研究者たちは、ILB308のゲノム配列の一部が他の株には存在しないことを見つけて、これらの余分な染色体上の特定の遺伝子がその優れた毒性に寄与している可能性があることを示唆しているんだ。
さらなる分析によって、これらの余剰染色体上の多くの遺伝子が株特異的であることが示されたんだ。これは、B. bassiana種内の遺伝的多様性が、害虫に対する個々の株の効果の重要な要因である可能性があることを示しているんだ。
感染プロセスと遺伝子発現
ILB308が赤筋の害虫に感染する方法をよりよく理解するために、研究者たちはその株の蛍光標識版を作ったんだ。これによって、時間の経過とともに感染プロセスを視覚化することができたんだ。研究者たちは、感染の初期段階、たとえば付着やキューティクルの貫通は最初はあまり目に見えなかったけど、真菌が昆虫の体内に植民地化し始めると顕著になってくることを発見したんだ。
感染後四日目には、研究者たちは昆虫全体にわたってかなりのGFP(緑色蛍光タンパク質)信号が見られることに気づいたんだ。これは、真菌が宿主を成功裏に貫通して成長していることを示していて、この時点で昆虫の死亡率が上昇し始めて、感染が進行していることを示しているんだ。
違った遺伝子発現の分析
研究者たちは感染プロセス中にどの遺伝子が活発に発現しているかを特定するために厳密なRNA配列決定を行ったんだ。彼らは、標準的な培地で育てられた真菌と赤筋の害虫を感染させた真菌の遺伝子発現レベルを比較したんだ。その結果、多くの遺伝子が異なる発現を示し、感染中にかなりの数が上昇していることがわかったんだ。
これらの遺伝子のいくつかは、重要な生物学的プロセスに関連していて、蛋白質合成や代謝に関わっていることがわかった。これは、真菌が宿主昆虫内のストレスの多い環境に適応するために代謝経路を変えていることを示唆してるんだ。
生物管理への影響
これらの研究からの発見はB. bassianaの毒性に寄与する遺伝的メカニズムについて貴重な洞察を提供していて、昆虫害虫に対する生物管理剤としての真菌病原体の可能性を強調しているんだ。
特定の株の毒性を遺伝子改変や余剰染色体に見られる有益な特性を持つ株の選択によって高めることができれば、研究者たちは害虫管理戦略を改善できるかもしれないんだ。これによって、化学殺虫剤の代わりにもっと持続可能な代替策を提供して、環境への影響や害虫耐性のリスクを減らすことができるんだ。
結論
B. bassiana株の包括的な分析は、毒性に影響を与える遺伝的要因をさらに探求するための基盤を築いたんだ。特定の株に関連するユニークな特徴や遺伝子をさらに深く掘り下げていくことで、研究者たちは農業害虫管理のためにより効果的なバイオ農薬を開発することを目指しているんだ。このアプローチは、増え続ける人口や高まる害虫耐性に直面したときに、より良い食糧安全保障と持続可能な農業慣行に貢献する可能性があるんだ。
タイトル: Novel genomic features in entomopathogenic fungus Beauveria bassiana: supernumerary chromosomes and putative virulence genes involved in the infection process of soybean pest Piezodorus guildinii.
概要: Biological control methods involving entomopathogenic fungi like Beauveria bassiana have shown to be a valuable approach in integrated pest management as an environmentally friendly alternative to control pests and pathogens. Identifying genetic determinants of pathogenicity in B. bassiana is instrumental for enhancing its virulence against insects like the resistant soybean pest Piezodorus guildinii. This study focused on comparative genomics of different B. bassiana strains and gene expression analyses to identify virulence genes in the hypervirulent strain ILB308, especially in response to infection of P. guildniii and growth on hydrocarbon HC15, a known virulence enhancer. Strain ILB308 showed the highest number of virulence-related features, such as candidate virulence proteins, effectors, small secreted proteins, and biosynthetic gene clusters. ILB308 also had a high percentage of unique DNA sequences, including six putative supernumerary scaffolds. Gene expression analysis at 4 days post-inoculation revealed upregulation of known virulence factors, including Tudor domain proteins, LysM motif-containing proteins, and subtilisin-like proteases, and novel genes like secreted effectors and heat-labile enterotoxins. Growth on HC15 led to the upregulation of genes associated with oxidoreductase activity related to cuticular alkane degradation and fermentation metabolism/antioxidant responses in the hemolymph. The presence of supernumerary chromosomes and unique virulence genes in ILB308 may contribute to its higher virulence and could be considered as potential targets for enhancing fungal virulence through genetic manipulation. Author SummaryUnderstanding mechanisms of virulence and virulence enhancement in Beauveria bassiana can lay the basis for the development of improved biocontrol agents. Here we used genomic and transcriptomic approaches to study the infection process of ILB308 -an hypervirulent strain- against insect pest Piezodorus guildinii. We found that this strain has putative supernumerary chromosomes and an enriched set of presumed virulence proteins like secreted effectors. We infer that the particular assortment of strain specific genes and supernumerary chromosome/s play a role in the degree of virulence exhibited by ILB308 and could be used for future strain improvement strategies.
著者: Eduardo Abreo, H. Oberti, L. Sessa, C. Oliveira-Rizzo, A. Di Paolo, A. Sanchez-Vallet, M. F. Seidl
最終更新: 2024-06-12 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.10.598397
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.10.598397.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。
参照リンク
- https://github.com/Adamtaranto/teloclip
- https://github.com/johnomics/tapestry
- https://doi.org/10.5281/zenodo4054262
- https://phobius.sbc.su.se/
- https://services.healthtech.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
- https://www.phi-base.org/
- https://cys.bios.niu.edu/dbCAN2/
- https://fungismash.secondarymetabolites.org
- https://imagej.net/ij/