新しい技術で生きた細胞内のRNAの動きが明らかに!
smLiveFISHは、RNAの動きを変えずにリアルタイムで追跡できるよ。
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目次
RNA(リボ核酸)は、私たちの細胞がタンパク質を作ったり遺伝子の活動をコントロールしたりするのに重要な役割を果たしてるんだ。RNAの配列だけじゃなくて、細胞内での動き方や場所もその機能に影響を与えるんだよ。RNAは、特定の場所や時間にタンパク質や他の細胞成分と相互作用して、その仕事をするために必要なんだ。
たとえば、ZBP1というタンパク質が、特定のタイプのRNA(β-アクチンmRNA)を核(遺伝子が保管されている場所)から細胞の先端部分、リーディングエッジに運ぶのを手伝ってる。もう一つのタンパク質、EF1αは、これらのRNA分子を細胞の端で固定して、必要なところでタンパク質を作れるようにしてるんだ。
RNAの研究方法
科学者たちは、生きた細胞内でRNAをリアルタイムで見る方法を開発したけど、多くの方法はRNAにシーケンスを追加する必要があって、時間がかかるし、RNAの挙動も変わっちゃうことがあるんだ。一部の技術は一度にたくさんのRNAしか調べられないので、単一のRNA分子について学ぶことに制限があるし、他の方法は背景信号が大きすぎて、何が起こっているのか見えにくいんだ。
SmLiveFISHの紹介
ここで、新しい技術smLiveFISHを紹介するね。この方法では、科学者たちが生きた細胞内で個々のRNA分子を変えずに見ることができるんだ。CRISPRベースのシステムを使ってRNAに付着し、細胞内での動きを追跡することができるよ。この方法を使うことで、研究者たちは異なる細胞タイプの特定のRNAタイプを調べることができるんだ。
SmLiveFISHの仕組み
SmLiveFISHは、細胞内でRNAをラベル付けするためのDNAとRNAのシステムを使用してる。このシステムは特定のRNA分子をターゲットに調整できるんだ。細胞がこのシステムで処理されると、RNAに接続するタンパク質を作るんだ。このタンパク質はRNAの異なる部分に付着できるけど、RNA自体は変わらないから、科学者たちはRNAの動きを追跡できるんだ。
最初のテストでは、NOTCH2 mRNAを見て、これは細胞の表面に存在するタンパク質をコードしてるし、MAP1B mRNAは神経細胞の構造を手伝うんだ。研究者たちは、NOTCH2 mRNAが二つの異なる動きをすることを発見したんだ。ある分子はとても安定している一方で、他のものは素早く動く。RNAが細胞内のタンパク質合成プロセスに結びついているかによってこの動きが変わるんだ。
NOTCH2 mRNAの動きの観察
科学者たちは、NOTCH2 mRNAが細胞内でどう動くかも見たかったんだ。彼らは、動きのスピードに基づいてNOTCH2 mRNAの二つのグループを発見したんだ。一部は遅く、他のものは速い。薬を使ってタンパク質合成を止めたとき、遅く動いていたRNAは急に減少したんだ。これは、この挙動がタンパク質が作られているかどうかに依存していることを示しているんだ。
彼らは、RNA分子がリアルタイムでどう動くかを測定するための新しい技術を使って、タンパク質合成を止めることでNOTCH2 mRNAの動きが変わるのを見たんだ。
MAP1B mRNAの調査
次に、研究者たちはMAP1B mRNAを調べて、動き方が異なるかどうかを見たんだ。彼らは、MAP1B mRNAがNOTCH2 mRNAとは違って、細胞の端に向かって直線的に動く傾向があることを発見したんだ。この方向性のある動きは、NOTCH2 mRNAが安定で主に核の近くにあるのに対して、MAP1B mRNAは細胞の端に移動して、細胞の構造を助ける可能性があることを示唆してるんだ。
SmLiveFISHを使って、科学者たちはMAP1B mRNAが核から細胞の端までどのくらい離れているかを測定したんだ。彼らは、MAP1B mRNAがしばしば細胞の外側にいることを確認したよ。
翻訳抑制の影響
MAP1B mRNAに対するタンパク質合成の影響を理解するために、研究者たちは翻訳を止める薬を使って細胞を処理したんだ。翻訳が抑制されても、MAP1B mRNAは細胞の端に向かって動き続けたんだ。興味深いことに、この処理がMAP1B mRNAを少し速く動かすようだったんだ。
しかし、MAP1B mRNAが細胞の端に到達すると、その動きは遅くなって、タンパク質合成が止まってもこのRNAが通常通り機能できることを示してるんだ。処理後に一部のmRNAがクラスターを形成したこともあって、細胞内の管理方法の変化を示してるんだ。
SmLiveFISH:RNAを理解するための新しいツール
SmLiveFISHは、生きた細胞内でRNAを研究するための強力なツールなんだ。この方法ではRNAを変えずにリアルタイムで追跡できて、タンパク質合成中などのさまざまな条件下でRNAがどう振る舞うかを探究できるんだ。科学者たちは、この技術を使って、さまざまな状況でいろんなRNAタイプを調べることができるから、生物学の分野でとても柔軟なツールになるんだ。
SmLiveFISHの応用
SmLiveFISHは、研究者たちがさまざまな生物学的プロセスを理解するのに役立つんだ。たとえば、RNAが異なる病気でどう振る舞うかを調べるのに使えるよ。RNA輸送の仕組みを理解することが、RNA結合タンパク質がしばしば突然変異を持つ神経変性疾患のような状態についての洞察につながることがあるんだ。
さらに、RNAが治療に対してどう反応したり異なる細胞タイプでどう動くかを見る能力は、健康や病気におけるその役割についての重要な知識を提供できるよ。
結論
smLiveFISHを使って、研究者たちは生きた細胞内でRNAのダイナミクスを視覚化し理解するための新しい方法を得たんだ。このアプローチは、RNAが細胞の特定のエリアでどう輸送され、管理されているかを明らかにして、従来の固定細胞研究では見えなかったRNAの重要な機能を明らかにするんだ。
科学者たちがRNAの世界とその役割を探求し続ける中で、smLiveFISHは細胞生物学や医学における新しい発見を解き明かすための重要なツールになると思うよ。この方法から得られる洞察は、基本的なプロセスの理解を形作り、RNA機能不全に関連する病気に対処するのに役立つかもしれないんだ。
タイトル: Single-molecule live-cell RNA imaging with CRISPR-Csm
概要: High-resolution, real-time imaging of RNA is essential for understanding the diverse, dynamic behaviors of individual RNA molecules in single cells. However, single-molecule live-cell imaging of unmodified endogenous RNA has not yet been achieved. Here, we present single-molecule live-cell fluorescence in situ hybridization (smLiveFISH), a robust approach that combines the programmable RNA-guided, RNA-targeting CRISPR-Csm complex with multiplexed guide RNAs for efficient, direct visualization of single RNA molecules in a range of cell types, including primary cells. Using smLiveFISH, we tracked individual endogenous NOTCH2 and MAP1B mRNA transcripts in living cells and identified two distinct localization mechanisms: co-translational translocation of NOTCH2 mRNA at the endoplasmic reticulum, and directional transport of MAP1B mRNA toward the cell periphery. This method has the potential to unlock principles governing the spatiotemporal organization of native transcripts in health and disease.
著者: Jennifer A Doudna, C. Xia, D. Colognori, X. Jiang, K. Xu
最終更新: 2024-07-16 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.14.603457
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.14.603457.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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