DNAグリコシラーゼの花粉発生における役割
DNAグリコシラーゼが花粉の成長や遺伝子発現にどう影響するかを調べる。
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開花植物、つまり被子植物では、花粉は繁殖において重要な役割を果たしてる。花粉粒は、一つの植物細胞が二つの精子細胞を持ってる構造になってる。花粉が花の葯から放出されて雌しべに触れると、その植物細胞が花粉管に成長する。この管は一つの精子を卵細胞に運んで接合子を作り、もう一つの精子は別の細胞と合体して胚乳を形成する。胚乳は発育中の植物に栄養を供給するんだ。
花粉管の成長は根毛や特定の菌類の成長に似ていて、先端が伸びることで成長する。管が成長するにつれて、細胞壁やその周りのスペースを押し進んで、これらの細胞壁を壊したり変えたりするのを助けるタンパク質を放出する。このプロセスは、花粉管が受精が行われる花の子房に到達するために重要なんだ。
花粉自体の形成は複雑な作業で、周囲の細胞と協力して強い多層の細胞壁を構築する必要がある。例えば、トウモロコシでは、花粉管が時速1センチメートルという驚異的な速さで成長することができて、30センチメートルのスタイルの中を進む。一方で、早く成長する菌類は、時速約1.3ミリメートルの速さで成長する。
花粉のトランスクリプトーム
花粉管の急速な成長を考えると、花粉の遺伝的な構成(トランスクリプトーム)が他の植物組織とはかなり異なることが期待される。実際、研究によれば、花粉のトランスクリプトームは植物の他の部分とは大きく異なることが示されている。一部の遺伝子要素、転座元素(TEs)と呼ばれるものは、花粉の中でより多く表現されているが、これらの要素の全体的な活動は通常抑制されていて、周囲の遺伝物質はよりアクセスしやすくなっている。
いくつかの研究は、TEsが次世代のためにこれらの要素を抑制する小さなRNAを花粉の栄養細胞で生成するかもしれないと示唆している。アラビドプシスのような植物では、精子と栄養細胞の両方でメチル化と呼ばれるDNA修飾のレベルが、他の細胞型と同じかそれ以上であることが多い。でも、栄養細胞は精子に比べてDNAメチル化レベルが下がるけど、この下がり方は細胞分裂中に受動的に起こることもあれば、特定のプロセスを通じて能動的に起こることもある。
植物では、DNAメチル化を積極的に除去する役割を担う特定のタンパク質、DNAグリコシラーゼと呼ばれるものがある。これらのタンパク質は、さまざまな被子植物の胚乳の発達にとって重要で、母植物から受け継いだ特定の遺伝子を脱メチル化する。さらに、しばしば遺伝子とは重ならないゲノム内の多数の他の場所にも作用する。
DNAグリコシラーゼの役割
胚乳内でメチル化を除去するのと同じDNAグリコシラーゼが、花粉の栄養細胞にも影響を与える。アラビドプシスでは、特定のグリコシラーゼが欠けた突然変異体では花粉管の成長に変化が見られる。同様に、稲では、特定のグリコシラーゼが花粉の生殖能力にとって重要で、彼らの突然変異体では花粉の形に早期の欠陥が見られる。
アラビドプシスでは、花粉内でDNAメチル化を失った後に多くの遺伝子が活性化され、これらの遺伝子はしばしばシグナル伝達経路に関連している。トウモロコシでは、これらのグリコシラーゼのいくつかのタイプがあり、彼らの突然変異は種子発達に問題を引き起こすことができるが、一つの突然変異が健康な種子を生成することを許している。
DNAメチル化が植物の遺伝子制御にどのように影響を与えるかを理解するのは複雑だ。メチル化は特定のDNA領域をサイレンシングして、遺伝子の表現に影響を与えることができる。例えば、アラビドプシスやトウモロコシの特定の遺伝子はDNAメチル化の変化に強く反応し、これが彼らの表現状態に影響を与えることがある。
トウモロコシのメチル化パターン
最近の研究では、トウモロコシの多くの遺伝子がTEに関連したメチル化パターンを持ち、その多くがあまり表現されていないことが示されている。興味深いことに、花粉で非常に活性化され、TEのようなメチル化を持つ遺伝子が重要な発育プロセスにも関与している。花粉の健康と機能にとって重要なトウモロコシの遺伝子の役割を考慮して、研究者たちはTE、グリコシラーゼ、そして花粉発達の関係を探った。
この研究では、研究者はトウモロコシのゲノム上での位置を見て、TEと重複しない高信頼度の遺伝子を特定することに焦点を当てた。さまざまな組織を分析した結果、花粉が生成される葯と穂の部分において、TEのようなメチル化を持つ発現遺伝子が特に多いことがわかった。
花粉の形態学的観察
特定のグリコシラーゼに突然変異を持つ植物の花粉を見たとき、研究者たちは顕微鏡を使って目立った欠陥を調査した。花粉サイズに二峰性分布が見られ、特定の花粉粒が予想より小さいことを示していた。このサイズの減少は、花粉の生殖能力に影響を及ぼす可能性がある。
研究者たちは、特定のグリコシラーゼが欠けていることが花粉の遺伝子表現にどのように影響を与えるかを調べた。二重突然変異を持つ植物がホモ接合体の子孫を生産できなかったため、彼らは個々の花粉粒からRNAを分析した。各花粉粒には特定のトランスクリプトームがあり、その遺伝的構成を理解する手がかりを提供していた。
これらのトランスクリプトームを調べた結果、花粉粒の遺伝子型に基づいてデータが強くクラスタリングされることが確認された。このクラスタリングは、突然変異を持つ花粉とそうでない花粉との間で遺伝子表現に明確な違いがあることを示していた。
選択的遺伝子発現
遺伝子発現分析を通じて、二重突然変異体の花粉において、野生型や単一突然変異体と比較して有意に誤って発現している遺伝子のグループが明らかになった。これらの高発現遺伝子は花粉機能と全体的な健康にとって重要だった。
特に、これらの遺伝子は細胞壁機能に関連していることが多かった。彼らは、花粉管の成長に必要なエキスパンシンやペクチナーゼと呼ばれるタンパク質を生成する。これらのタンパク質が周囲に分泌されると、細胞壁を緩めて花粉管が成長し、植物組織を通って進むのを助ける。
遺伝子発現のタイミングも明らかで、これらの遺伝子は花粉発達の初期段階では一般的に非活性だったが、花粉有糸分裂Iと呼ばれる重要な段階で活性化された。この期間は花粉の重要な成長活動に該当する。
遺伝的重複と機能性
重要な発見は、TEのようなメチル化を示す遺伝子と、花粉の発達に重要であるとされた遺伝子との間に大きな重複があったことだ。これらの遺伝子の多くは花粉を含む組織で高い発現レベルを持つことがわかり、花粉の発達と機能において役割を果たしているかもしれない。
細胞壁改変に関連する遺伝子は特に重要で、その役割は花粉管の急速な成長を支えることが予測されている。これらの発見の交差は、遺伝子発現、メチル化、そして花粉の全体的な健康との間に複雑な関係があることを示している。
DNAメチル化の役割
DNAメチル化は、異なる植物組織内での遺伝子制御において独自の役割を果たす。特定の花粉内の遺伝子がメチル化によって調整されることは良く知られているが、さまざまな植物タイプにおけるこの調整の一般的な使用は限られている。多くの場合、遺伝子表現を制御する調節要素はメチル化から自由で、遺伝子機能の動的制御を可能にする。
花粉の栄養細胞内では、DNAメチル化が遺伝子抑制の一レベルとして機能することができ、重要な成長段階中に制御された表現を許す。この特定の調整は、花粉管の特徴的な爆発的成長を可能にしながら、花粉の外での遺伝子発現をより厳密に制御することを可能にするかもしれない。
結論
開花植物における花粉の発達は、急速な成長と遺伝子表現の慎重な調整の複雑なバランスだ。研究者たちは、特定のDNAグリコシラーゼがメチル化を除去することでこの調整に重要な役割を果たしていることを示しており、これにより重要な遺伝子が適切なタイミングで発現されるようになっている。メチル化パターン、遺伝子発現、花粉管の成長の相互作用は、植物の繁殖の全体的な複雑さを強調している。
これらのプロセスを理解することで、科学者たちは開花植物がどのように繁殖するかについての洞察を得ることができ、農作物の収量や植物の健康を改善することを目指した農業実践にも役立つかもしれない。転座元素、DNAメチル化、遺伝子機能の関係は、将来の研究にとって豊かな領域を提供し、植物生物学の理解とその応用に広範な意味を持つ可能性がある。
タイトル: Potent pollen gene regulation by DNA glycosylases in maize
概要: Although DNA methylation primarily represses TEs, it also represses select genes that are methylated in plant body tissues but demethylated by DNA glycosylases (DNGs) in endosperm or pollen. Activity of either one of two DNGs, MDR1 or DNG102, is essential for pollen viability in maize. Using single-pollen mRNA sequencing on pollen segregating mutations in both genes, we identified 58 candidate DNG target genes that account for 11.1% of the wild-type transcriptome but are silent or barely detectable in the plant body (sporophyte). They are unusual in their tendency to lack introns but even more so in their having TE-like methylation in their CDS. The majority have predicted functions in cell wall modification, and they likely support the rapid tip growth characteristic of pollen tubes. These results suggest a critical role for DNA methylation and demethylation in regulating maize genes with potential for extremely high expression in pollen but constitutive silencing elsewhere.
著者: Jonathan I Gent, Y. Zeng, J. Somers, H. S. Bell, Z. Vejlupkova, R. K. Dawe, J. E. Fowler, B. Nelms
最終更新: 2024-07-19 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.13.580204
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.13.580204.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。
参照リンク
- https://raw.githubusercontent.com/dawelab/MethylatedPollenGenes/main/Data/df_RedefineEpailele.csv?token=GHSAT0AAAAAACMFLIBUHCBROGBSM7N7KK6AZNKUPWQ
- https://download.maizegdb.org/Zm-B73-REFERENCE-NAM-5.0/
- https://raw.githubusercontent.com/dawelab/Natural-methylation-epialleles-correlate-with-gene-expression-in-maize/main/Data/B73.all.csv
- https://doi.org/10.1101/gr.209601.116
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/
- https://github.com/dawelab/MethylatedPollenGenes