脊髄の神経活動を測定する
科学者たちはカルシウムイメージングと電気記録を組み合わせて脊髄ニューロンを研究してるよ。
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目次
脳の神経細胞がどう働いているかを理解するのは、科学者にとって大きな課題なんだ。神経細胞はお互いに電気信号を送り合ってコミュニケーションをとっていて、これらの信号を測定することで脳の働きをもっと学べるんだ。科学者たちが使う重要なツールの一つがカルシウムイメージングで、これによって神経活動を可視化できるんだ。神経細胞が活発になると、カルシウムイオンを使って活動を伝えるんだけど、これを特別な染料を使って検出できるんだ。でも、カルシウムの変化を実際の電気信号(スパイク)に結びつけるのは簡単じゃないんだよね。
最近、研究者たちは生きた組織でカルシウムレベルを観察する新しい方法を開発したんだ。この分野では、遺伝子でコードされたカルシウム指標と、二光子顕微鏡という高度なイメージング技術の2つの大きな進展があったんだ。これらのツールによって、科学者たちは生きた脳の中で神経細胞のグループがどのように相互作用するかを時間をかけて測定できるようになったんだ。
この記事では、科学者たちがカルシウムイメージングと電気記録を組み合わせて神経活動をよりよく理解する方法、特に脊髄の神経細胞に焦点を当てて説明するよ。
神経活動測定の重要性
神経細胞のグループがどのように協力して働いているかを測定することは、単純な反射から複雑な行動まで脳の活動を理解する上で大事なんだ。GCaMPファミリーのようなカルシウム指標は、神経細胞が活発なときに可視化できるようにしてくれるんだ。これらの指標は特定のタイプの神経細胞に導入できるから、異なる細胞環境での活動の研究ができるんだよ。
カルシウム指標は貴重なんだけど、電気スパイクを直接測定するわけじゃないんだ。代わりに、神経細胞の活動と関連するカルシウムの量を示すんだけど、スパイクの正確な測定にはならないんだ。この関係は、使うカルシウム指標の種類や量、脳のエリア、記録のノイズなど、さまざまな要因に影響されるんだ。この不確実性が、さまざまな条件下でカルシウム信号を正確に解釈するアルゴリズムを作るのを難しくしてるんだ。
これらの信号を解釈する精度を高めるためには、神経細胞からの実際の電気記録が必要なんだ。これがスパイクをはっきり見せてくれるんだけど、カルシウムイメージングと一緒にこれらの記録を取得するのは特に脊髄では複雑だね。
脊髄の神経細胞
脊髄は感覚と運動機能を処理する上で重要な役割を果たしてるんだ。脊髄には、興奮性(グルタミン酸作動性)神経細胞と抑制性(GABA作動性)神経細胞という異なる種類の神経細胞がいるんだ。これらの神経細胞は、一緒になって感覚情報を処理して、慢性痛のような状態では機能不全を起こすこともあるんだ。
脊髄の中には特に背角部にいくつかの異なる神経細胞集団があって、ここは触覚や痛みの情報を処理するのに不可欠なんだ。科学者たちは、特定の遺伝子マーカーに基づいてこれらの集団をターゲットにする方法を開発して、彼らの機能の詳細な研究を可能にしてるんだ。
でも、脊髄の神経細胞からカルシウム信号を記録するのは難しいんだ。脊髄は層状の組織に覆われていて、観察しづらいんだ。既存の技術が生きた動物でこれらの神経細胞を観察するために使われてきたんだけど、多くの記録は新皮質でしか行われていないから、脊髄の神経細胞に対する適用性には疑問が残るんだ。
カルシウムイメージングと電気生理学
脊髄の神経細胞が活動にどう反応するかを調べるために、研究者たちはカルシウムイメージングと電気生理学的記録の2つの技術を組み合わせたんだ。この組み合わせによって、科学者たちはカルシウム信号が実際の神経スパイクとどう関連しているかをより良く理解できるようになったんだ。
実験では、科学者たちは興奮性または抑制性神経細胞にカルシウム指標を発現させる特定のマウスモデルを使ったんだ。丁寧に準備をすることで、神経細胞の一部機能を保ちながら脊髄のスライスを作成できるんだ。脊髄の組織は顕微鏡で観察され、同時に神経細胞の電気活動が測定されるんだ。
実験の設定
実験では、研究者たちは特定のマウス系統を使い、適切な神経細胞にカルシウム指標を導入したんだ。マウスは健康的な生活条件を確保するために制御された環境で飼育されたんだ。神経細胞の準備が整ったら、科学者たちは脊髄の一部を丁寧に取り出し、生命体内の環境を模した特別な溶液に置いたんだ。
二光子顕微鏡を使って、深い組織を最小限の損傷で可視化しながら、研究者たちは神経細胞からのカルシウム信号の画像を取得したんだ。電気生理学的な設置により、同じ神経細胞からの電気活動も同時に測定されたんだ。この設定は、カルシウム信号と実際の神経発火の関係を検証するのに重要なんだ。
カルシウムイメージングの結果
研究者たちは、上記の設定を使って広範囲な観察を行ったんだ。興奮性と抑制性の神経細胞に注目し、彼らの活動パターンに関する重要なデータを収集したんだ。数時間の記録の中で、彼らは神経細胞からの個々のスパイクを集めつつ、対応するカルシウム信号も測定したんだ。
結果は、異なるタイプの神経細胞がその活動パターンにおいて大きな変動を示すことを示していたんだ。グルタミン酸作動性の神経細胞は、一般的にGABA作動性の神経細胞よりも高い活動レベルを示したんだけど、一部の抑制性神経細胞も非常に高いスパイク率を示して、これらの集団の内部の多様性を反映しているんだ。
スパイクパターンの理解
記録されたデータは、科学者たちに神経細胞がどのように発火するかのパターンを分析する機会を与えたんだ。一部の神経細胞はより規則的なパターンを示したけど、他の神経細胞はもっと散発的だったんだ。これらの神経細胞がどのくらいの頻度で発火するか、そしてスパイクがバーストとしてまとめて出る傾向があるかを測定するために、研究者たちは特定の指標を計算したんだ。
これらのパターンを脊髄の神経細胞と以前に記録された皮質の神経細胞で比較すると、明確な違いが現れたんだ。脊髄の神経細胞は一般的に皮質の神経細胞よりもスパイクを発火する頻度が低く、バーストの頻度も少ないことが分かったんだ。これが、アルゴリズムが彼らのカルシウム信号をどれほど正確に解釈できるかに影響を与えるかもしれないんだ。
カルシウム反応の測定
カルシウム信号が基礎となる電気活動をどれだけ反映しているかを評価するために、研究者たちはスパイクに対するカルシウム指標の平均応答に焦点を当てたんだ。神経細胞が発火した後にカルシウムレベルが上昇してから下降するまでの時間を分析したんだ。
結果は、脊髄の神経細胞が皮質の神経細胞に比べてスパイクに対する反応が遅いことを示していたんだ。この発見は、応答の振幅は似ているものの、カルシウムレベルが高まったままでいる時間が異なることを示しているんだ。
スパイク推定の影響
脊髄と皮質の神経細胞が活動に対してどう反応するかの違いを考慮して、研究者たちはカルシウムイメージングデータから電気スパイクを推測するためのさまざまなアルゴリズムをテストしたんだ。生データを使用するアプローチや、皮質データで訓練された既存のアルゴリズムを使う方法、脊髄神経細胞に特化した新しいモデルを開発する方法を比較したんだ。
最初の findings は、主に皮質データで訓練された既存のアルゴリズムが、大体まあまあのパフォーマンスを発揮したものの、高頻度のスパイクイベントではタイミングや振幅を間違えて表現してしまうことが多かったんだ。しかし、脊髄の神経細胞から具体的に収集したデータを用いた再訓練モデルは、スパイク活動のより正確な推定を提供したんだ。
推定モデルのパフォーマンス評価
この推定モデルのパフォーマンスは、予測されたスパイク率を実際の記録されたスパイク率と比較することで定量化されたんだ。研究者たちはまた、異なる条件や神経細胞タイプでの活動の変化をモデルがどれだけうまく検出できるかも調べたんだ。
再訓練されたモデルは、特に高頻度のイベントの場合におけるスパイク率の回復で、皮質データから開発されたデフォルトモデルよりも良好な結果を得たんだ。この改善は、脊髄神経細胞の活動の特性を考慮して推定アルゴリズムをカスタマイズすることが有益であることを示しているんだ。
生体内でのカルシウムイメージングのテスト
研究者たちは、再訓練されたモデルが麻酔の影響を受けた脊髄におけるより複雑な状況でどのように機能するかも確認したかったんだ。これらの設定では、制御された麻酔レベルの下で生きたマウスの中のグルタミン酸作動性とGABA作動性の神経細胞から記録したんだ。
結果は、これらのより困難な条件においても、再訓練されたモデルがカルシウムイメージングデータからスパイク率を推測しつつノイズを除去することに成功したことを示していたんだ。結果は、麻酔の深さが変わるにつれて活動レベルの変化を追跡する能力を示していて、実際のアプリケーションにおけるこれらのアルゴリズムの可能性を確認したんだ。
結論
この研究で行われた仕事は、特に脊髄の神経細胞におけるカルシウムイメージングと電気生理学を使って神経活動を研究する方法に貴重な洞察を提供しているんだ。特定の目的のために新しいアルゴリズムを開発してテストすることによって、研究者たちはカルシウム信号の変化をよりよく解釈できるようになるんだ。
この結果は、異なるタイプの神経細胞がどのように働き、刺激に反応するかを理解することが推定戦略を改善するために重要であることを強調しているんだ。この研究を通じて、科学者たちは神経系におけるカルシウムの動態と電気活動の関係をより深く理解できるようになり、複雑な脳機能を研究して解釈するためのより高度なツールを開発する道を切り開くことができるんだ。
これらの実験から公に共有されたモデルやデータは、将来の研究にとって素晴らしいリソースを提供していて、さまざまな脳の領域で異なる神経細胞タイプを研究するためのカスタマイズされたアプローチの重要性を強調しているんだ。この進展は、研究者たちが健康と病気の両方で神経細胞がどのようにコミュニケーションをとって機能するかをより正確に探るのを助けるんだ。
タイトル: Spike inference from mouse spinal cord calcium imaging data
概要: Calcium imaging is a key method to record the spiking activity of identified and genetically targeted neurons. However, the observed calcium signals are only an indirect readout of the underlying electrophysiological events (single spikes or bursts of spikes) and require dedicated algorithms to recover the spike rate. These algorithms for spike inference can be optimized using ground truth data from combined electrical and optical recordings, but it is not clear how such optimized algorithms perform on cell types and brain regions for which ground truth does not exist. Here, we use a state-of-the-art algorithm based on supervised deep learning (CASCADE) and a non-supervised algorithm based on non-negative deconvolution (OASIS) to test spike inference in spinal cord neurons. To enable these tests, we recorded specific ground truth from glutamatergic and GABAergic somatosensory neurons in the dorsal horn of spinal cord in mice of both sexes. We find that CASCADE and OASIS algorithms that were designed for cortical excitatory neurons generalize well to both spinal cord cell types. However, CASCADE models re-trained on our ground truth further improved the performance, resulting in a more accurate inference of spiking activity from spinal cord neurons. We openly provide re-trained models that can be flexibly applied to spinal cord data of variable noise levels and frame rates. Together, our ground-truth recordings and analyses provide a solid foundation for the interpretation of calcium imaging data from spinal cord and showcase how spike inference can generalize between different regions of the nervous system.
著者: Peter Rupprecht, W. Fan, S. J. Sullivan, F. Helmchen, A. Sdrulla
最終更新: 2024-07-22 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.17.603957
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.17.603957.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。