ケニアの子供たちにおける下痢と関連するアデノウイルス
研究によると、沿岸ケニアで下痢に苦しむ子供たちに影響を与える多様なアデノウイルスが見つかった。
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ヒトアデノウイルス(HAdV)は、小さなウイルスで、いろんな病気を引き起こすことがあるよ。呼吸器系、胃、目に感染することが知られていて、いくつかのタイプがあって、AからGまでの7つのグループに分けられてて、全部で114種類あるんだ。研究者たちは、特定の病気に関連するタイプがあることを発見したよ。
アデノウイルスと下痢
アデノウイルスタイプF40とF41は、特に5歳未満の子供たちに下痢を引き起こすことが多いんだ。これらのタイプは下痢のケースでよく見られるけど、A、B、C、D、Eの他のタイプも病気の子供たちの stool サンプルから見つかってるけど、どれくらい影響してるかははっきりしてないんだ。例えば、中国では、特定のタイプHAdV B3が下痢と強い関連があることが分かった。一方、カナダではF40とF41が多くの下痢のケースで確認されたし、他のタイプも見つかってる。
ケニアでの研究では、研究者たちは都市部と田舎で異なるアデノウイルスタイプを見つけて、ウイルスが地域によって子供たちに違った影響を与えていることが分かったよ。
ケニア沿岸での研究調査
ケニアのキリフィ郡病院では、下痢の子供たちを対象にロタウイルスや他の腸管ウイルス、アデノウイルスを研究してたんだ。彼らは、検査した子供たちの約16%が stool サンプルにアデノウイルスを持ってることを見つけた。だけど、そのうちの半分だけがタイプFアデノウイルスに関連していて、残りははっきり特定されなかった。
この研究の目的は、2022年6月から2023年8月にかけて集めたサンプルの中で、どの特定のアデノウイルスタイプが存在するかを判断することだった。そのために、研究者たちは stool サンプルからウイルスの遺伝子材料を分析する特別な方法を用いたんだ。
分析方法
研究者たちは stool サンプルからDNAを抽出して、アデノウイルスをスクリーニングするための特定の方法を使った。リアルタイムPCRという技術を使って、これらのウイルスの存在を特定するんだ。この方法では、プライマーと呼ばれる短いDNAの断片を使って、ウイルスを正確に検出するのを助けるんだ。
スクリーニングの後、研究者たちはアデノウイルスDNAの特定の領域を増幅して、さらに詳しく調べた。DNAのライブラリを準備して、それを配列決定して、サンプル中のアデノウイルスタイプを詳しく見ることができたよ。
研究の結果
2022年6月から2023年8月までの間に、329人の下痢を持つ子供たちを検査して、65人がアデノウイルスを持ってることが分かった。研究者たちはこれらの子供たちの中で様々なアデノウイルスタイプを検出したんだ。ある子供は一種類だけのウイルスを持ってたし、他の子供たちは同時にいくつかのアデノウイルスを持ってたよ。
研究結果は、F40とF41のタイプがいくつかのサンプルに存在することを示した。また、A、B、C、Dの他のタイプも特定された。興味深いことに、いくつかのサンプルには異なるアデノウイルスの混合が含まれてたんだ。
2023年5月のケース増加
2023年5月、研究者たちは下痢の子供たちの中でアデノウイルスの検出が急増してることに気づいた。その月には、検査されたケースの中で多くが非タイプFのアデノウイルスを持ってることが分かった。これらのケースの中には、ノロウイルスやアストロウイルスとの共感染があったんだ。
アデノウイルスが陽性だった子供のほとんどは男の子で、12ヶ月から59ヶ月の間だった。これらの子供たちの高い割合が重い症状を示していて、タイプFアデノウイルスに感染した中で死者は一人だけだったよ。
検出の課題
研究者たちは、初期の検査でタイプFアデノウイルスの6ケースが見逃されたことを発見した。その理由は、リアルタイムPCR法がそのサンプルに対して機能しなかったから。具体的には、ウイルスのDNAに特定の変化があって、PCRプロセスで使われるプライマーの結合部位に影響を与えたんだ。
いくつかのウイルスサンプルには遺伝子の中で削除があって、これが現在の方法でウイルスを検出するのに問題を引き起こすほど重要だった。これにより、現在の検査方法ではすべてのタイプFアデノウイルスのケースを捕まえられない可能性があることが示されたんだ。
発見の重要性
結果は、ケニア沿岸で下痢を持つ子供たちの間に多様なアデノウイルスタイプが循環していることを示した。これにより、これらのウイルスの正確で迅速な特定の必要性が強調されてる。アデノウイルスのタイプを理解することで、子供たちの健康に対するウイルスの影響を評価し、より良い管理と予防策を取るのに役立つんだ。
さらに、発見は、特にタイプFアデノウイルスに対する現在の検査方法の限界についての意識を高めた。多くのケースが検出されず、ウイルスが下痢を引き起こす役割を過小評価される可能性があるんだ。
今後の研究への影響
この研究は、子供たちの下痢とのアデノウイルスの関係を探るためのさらなる研究が必要であることを示してる。また、すべてのアデノウイルス感染ケースが正確に検出されるように検査方法を改善することの重要性も強調されているよ。
要するに、ケニアの沿岸で下痢に苦しむ子供たちの間にアデノウイルスタイプの多様性が高いんだ。この状況は、アフリカ全体の広範な傾向を反映してる可能性があって、これらのウイルスに関するデータはまだ限られてる。正確な検査とウイルスの種類を理解することは、子供たちのアデノウイルス関連の病気を減らすための公衆衛生努力にとって重要なんだ。
タイトル: Multi-species co-circulation of adenoviruses identified by next generation sequencing during an outbreak in coastal Kenya in 2023
概要: BackgroundAlthough seven human adenovirus (HAdV) species are known to exist,only F (types 40 and 41) and G, are identified as diarrhoeal disease agents. The role of other HAdV species in diarrhoeal disease remains unclear and data of their prevalence is limited. We describe HAdV species and types in hospitalised children with diarrhoea in coastal Kenya. Methods329 stool samples collected between June 2022 and August 2023 from children aged
著者: ARNOLD W. LAMBISIA, M. Mutunga, E. N. Katama, C. N. Agoti, C. J. Houldcroft
最終更新: 2024-03-26 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.03.21.24304701
ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.03.21.24304701.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた medrxiv に感謝します。
参照リンク
- https://hadvwg.gmu.edu/
- https://github.com/lh3/minimap2
- https://github.com/andersen-lab/ivar
- https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
- https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
- https://www.iqtree.org/
- https://guangchuangyu.github.io/software/ggtree
- https://github.com/lh3/bwa
- https://cab.spbu.ru/software/spades
- https://www.geneious.com