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# 生物学# システム生物学

生きた細胞内の酵素の研究

研究者たちは、より良い理解のために生きている細胞内で酵素の動きを直接調査している。

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インビボ酵素調査インビボ酵素調査細胞内での酵素の機能に関する新しい知見。
目次

酵素は生きている生物の化学反応において重要な役割を果たしてるんだ。消化やエネルギー生産、細胞の維持みたいなプロセスには欠かせない反応を早めるのを手伝ってる。酵素が異なる条件下でどんなふうに働くかを理解することは、細胞がどうやって動いてるのかを把握するために重要だよ。

昔から、科学者たちは酵素を制御された実験室環境で研究してきたんだ。そこでの条件は簡単に変えられるからね。でも、生きている細胞の中の条件は全然違う。細胞の中にはたくさんの種類の分子があって、環境もごちゃごちゃしてるから、酵素の働きに影響を与えることがあるんだ。だから、標準的な実験室研究から得られた結果は、実際の細胞条件での酵素の働きを正確に反映してないかもしれない。

生体内の酵素研究の必要性

酵素が自然な環境でどう機能するのかをよりよく理解するために、研究者たちは生きている細胞の中で酵素を直接研究する、つまり生体内研究にますます関心を持ってるんだ。細胞内での酵素活性を測定する初期の試みでは、酵素の性能が実験室の実験とは大きく異なることがわかったよ。たとえば、酵素が最大限に働く速度、いわゆるVmaxが、細胞内と外で違うことがわかったんだ。

科学者たちが深入りする中で、いくつかの人は高度な技術を使って細胞内の酵素活性をより明確に捉えようとしてる。特定のモデル生物、たとえばバクテリアで酵素のパフォーマンスを測定し始めて、実験室の結果と細胞内での観察結果の相関が見えてきたんだ。これは、実験室の方法が完璧ではないにしても、役立つ情報を提供できることを示してる。

でも、酵素が基質とどれだけうまく相互作用するかみたいな特定のパラメータを測るのは、生きている細胞の中ではまだ難しいんだ。科学者たちは特殊な蛍光分子を使ってリアルタイムで酵素活性を研究する方法を作り出したけど、まだ限界があるんだ。

カロテノイド経路における酵素の調査

最近の研究では、植物や一部の微生物で色素を生成するための重要な生化学的経路であるカロテノイド経路に焦点を当てたんだ。この経路にはいくつかの酵素が含まれていて、生きている細胞の中での酵素の行動を研究するのに最適な候補なんだ。特に興味深いのは、この経路の重要な二つの酵素、フィトエン合成酵素とフィトエン脱飽和酵素で、これらは細胞膜にしばしば見られて、実験室で純粋な形で分離するのが難しいんだ。

これらの酵素を分析するために、研究者たちは異なる基質レベルを生成するように設計された酵母株のセットを作ったんだ。基質の量を慎重に調整することで、さまざまな条件下で酵素がどれだけうまく働くかを測定できたんだよ。

生体内酵素学へのアプローチ

この研究では、酵母細胞内で酵素活性を直接調べるための新しい方法が使われたんだ。これは、特定の基質を生成する酵素のレベルを制御するために現代的な遺伝子工学ツールを使用することを含んでる。これらの酵素の発現を調整する遺伝子プロモーターの強さを変えることで、基質の生成量が異なる酵母株を作ることができるんだ。

酵母株は安定した条件下で育てられて、環境が安定していたから、生成された製品の量や基質と酵素の濃度がプロセス中にどのように変化したかを正確に測定できたんだ。

フィトエン合成酵素の分析

研究の主な要素の一つは、特定のバクテリアからのフィトエン合成酵素だったんだ。研究者たちは、基質レベルの変化が酵素の性能にどう影響するかを調べたよ。フィトエン合成酵素の発現が増えると、基質のレベルが減少することがわかって、酵素が基質を製品にうまく変換していることが示されたんだ。

慎重に制御された酵母株を使って、研究者たちはどれだけのフィトエンが生成されたかを測定できて、酵素が実際の細胞条件下でどれだけうまく機能しているかを明確に理解する手助けになったんだ。彼らは、酵素の基質に対する親和性が以前の実験室研究が示していたよりも低いことを発見した。この発見は、酵素活性を実際に働いている条件で測定する重要性を強調してるんだ。

フィトエン脱飽和酵素の調査

フィトエン合成酵素の分析の後、研究者たちは経路の次の酵素であるフィトエン脱飽和酵素の調査に移ったんだ。前の研究と同様に、基質であるフィトエンの濃度を変えるために新しい酵母株を作ったよ。

研究者たちは異なる株を使って、脱飽和酵素がフィトエンを別の重要な色素であるリコペンにどれくらい変換するかを測定できることを発見した。さまざまな条件下で実験を設定して、フィトエンレベルの変化が酵素の性能にどう影響するかを調べたんだ。

このアプローチは、二つの真菌脱飽和酵素がバクテリアの酵素とは異なって動くことを確認したよ。結果は、真菌の酵素が酵母細胞で確立された条件下でより効果的に働けることを示唆してる。

生体内研究の意義

これらの研究の結果は、生きている細胞の中で酵素を直接調査する利点を強調してるんだ。遺伝子工学と高度な測定技術の組み合わせを使うことで、研究者たちは酵素が自然な環境でどう機能するかを理解できるんだ。

この知識は、食料生産や製薬など、酵素に依存する産業にとって特に貴重だよ。実際の細胞条件での酵素の性能を最適化する方法を理解することで、より効率的なプロセスや改善された製品の収量に繋がるかもしれない。

今後の方向性

生体内アプローチの成功は、他の生化学的経路で酵素を研究するためのワクワクする新しい可能性を開いてるんだ。研究者たちは、生きている生物に似た条件下で酵素がどんなふうに振る舞うかを調査するための信頼できる方法を持つことになったんだ。今後の研究では、この作業を拡大して、さまざまな代謝経路を調べたり、酵素の相互作用を探ったり、さまざまな環境要因の影響を調査したりすることができるんだ。

さらに、細胞プロセスを操作し測定する技術が進化し続けることで、新しいバイオテクノロジーの応用が開発される可能性も広がるよ。生体内で酵素を研究することで得られた洞察は、生物学的システムの理解と制御に繋がって、さまざまな科学的や産業的な課題に対する革新的な解決策の道を開くんだ。

結論

要するに、生きている細胞の中で酵素を直接研究することは、その機能性や効率について重要な洞察を明らかにしてるんだ。実験室の発見と実際の細胞条件のギャップを埋めることで、研究者たちは酵素の性能を最適化する方法をよりよく理解できるようになったんだ。この知識はバイオテクノロジーにおけるさまざまな応用に対して大きな意味を持っていて、必須な化合物を生産するための改善された方法につながる可能性があるし、細胞の代謝の理解を進めることにもなるんだ。

オリジナルソース

タイトル: Combining systems and synthetic biology for in vivo enzymology

概要: Enzymatic parameters are classically determined in vitro, under conditions that are far from those encountered in cells, casting doubt on their physiological relevance. We developed a generic approach combining tools from synthetic and systems biology to measure enzymatic parameters in vivo. In the context of a synthetic carotenoid pathway in Saccharomyces cerevisiae, we focused on a phytoene synthase and three phytoene desaturases, which are difficult to study in vitro. We designed, built, and analyzed a collection of yeast strains mimicking substantial variations in substrate concentration by strategically manipulating the expression of geranyl-geranyl pyrophosphate (GGPP) synthase. We successfully determined in vivo Michaelis-Menten parameters (KM, Vmax and kcat) for GGPP-converting phytoene synthase from absolute metabolomics, fluxomics and proteomics data, highlighting differences between in vivo and in vitro parameters. Leveraging the versatility of the same set of strains, we then extracted enzymatic parameters for two of the three phytoene desaturases. Our approach demonstrates the feasibility of assessing enzymatic parameters directly in vivo, providing a novel perspective on the kinetic characteristics of enzymes in real cellular conditions.

著者: Gilles Truan, S. Castano-Cerezo, A. Chamas, H. Kulyk, C. Treitz, F. Bellvert, A. Tholey, V. Galeote, C. Camarasa, S. Heux, L. F. Garcia-Alles, P. Millard

最終更新: 2024-08-01 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.02.578620

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.02.578620.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

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