ZFHX3のサーカディアンリズムにおける役割
ZFHX3が哺乳類のサーカディアンリズムと行動にどんな影響を与えるかを見てみよう。
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目次
サーカディアン時計は、生き物が大体24時間の時間を追跡するのを助ける内部システムだよ。これによって、寝ること、食べること、ホルモンの分泌など、昼と夜によって変わるいろんな活動を調整してるんだ。哺乳類では、これらの時計は特定の分子によって制御されてて、それがサイクルで働くことで行動や生理が定期的に変化するんだ。
サーカディアンリズムにおけるZFHX3の役割
脳のサーカディアン時計の重要な成分は、これらの日々のリズムを作るために一緒に働くタンパク質のグループなんだ。その中で、ZFHX3っていう重要なタンパク質がいるんだけど、これはこれらの日々のリズムに関わってることは分かってるけど、時計を正常に動かすための分子プロセスにおける正確な役割はまだ完全には理解されてないんだ。
サーカディアン時計の仕組み
脳では、サーカディアンリズムは主に視交叉上核(SCN)っていう領域によって制御されてる。SCNはマスター時計として働いて、体のいろんな部分が同期するのを確実にしてるんだ。SCN内の細胞はそれぞれ内部時計を持っていて、お互いにコミュニケーションを取りつつ統一されたリズムを作ってる。
ZFHX3は、これらのサーカディアンリズムにとって重要な遺伝子の近くにあるDNAに結合することが分かってるんだ。その結合パターンや異なる条件での変化を調べることで、研究者たちはZFHX3がサーカディアン時計の機能にどう影響を与えるかをもっと知ることができるんだ。
実験的アプローチ
ZFHX3の機能を探るために、科学者たちは2つの主要な実験を行ったよ。一つはDNAへの結合パターンに焦点を当て、もう一つはZFHX3がない状態がSCNの遺伝子活性にどう影響するかを調べたんだ。
ChIP-seq: ZFHX3の結合パターンを理解する
最初の実験はクロマチン免疫沈降シーケンシング(ChIP-seq)っていう技術を使ったんだ。この方法で、研究者たちはZFHX3がSCNのDNAのどこに結合するかを特定したんだ。マウスからサンプルを2つの異なる時間に取って、明かりが点いた後の3時間後と15時間後に調べたら、ZFHX3がゲノム内の多数のサイトに結合してることが分かったよ。多くは活発に発現してる遺伝子の近くにあるんだ。
遺伝子発現解析
次の実験では、ZFHX3を取り除く特定の遺伝子改変をしたマウスのSCN内の遺伝子の活動を分析したんだ。このマウスと通常のZFHX3を持つ対照マウスを比較することで、ZFHX3がないことで全体的な遺伝子発現がどう影響を受けるかを見れたよ。
その分析で、ZFHX3がSCN内のかなりの部分の遺伝子に影響を与えていることが分かった。信号経路やサーカディアンリズムに関わる多くの遺伝子が影響を受けていて、ZFHX3が正常な時計機能を維持する上で重要な役割を果たしていることが示されたんだ。
ZFHX3欠失の行動への影響
研究者たちは、ZFHX3が欠失したマウスの毎日の行動がどうなるかも知りたかったんだ。マウスを一定の明るさの環境や明暗の交互のサイクルの中に置いて、活動パターンを観察したんだ。
ZFHX3がないマウスは、より短い日周期と明確でない活動パターンを示したよ。明から暗への移行の直前に活動が増え、明かりが点く前には活動が減る傾向があった。これから、ZFHX3が動物が明暗サイクルに合わせて行動を調整するのを手助けする重要な役割を果たしていることが分かるんだ。
ZFHX3と分子時計
サーカディアン時計のメカニズムを調べた結果、ZFHX3を欠失すると、リズミカルな遺伝子活動を維持するためのコア時計遺伝子に変化が起きることが分かったんだ。多くの遺伝子は引き続き定期的に発現していたけど、いくつかの重要な遺伝子は日々のリズムを失ったんだ。
具体的には、サーカディアン時計の正しい機能に欠かせない遺伝子Bmal1がZFHX3がないとリズムを失ってしまった。他の時計関連遺伝子、例えばPERファミリーの遺伝子は、発現のピークが早くなっちゃうんだ。これはZFHX3がこれらの遺伝子を日々のサイクル内で正しく機能させるために重要であることを示唆しているよ。
神経ペプチドへの影響
ZFHX3はコア時計遺伝子への影響だけじゃなくて、神経ペプチドの発現にも影響するんだ。神経ペプチドは、脳の異なる機能を調整するのに役立つ小さなシグナル分子なんだ。これらの神経ペプチドはSCN内のニューロン間のコミュニケーションに重要な役割を果たしてるよ。
ZFHX3を欠失すると、いくつかの重要な神経ペプチドの発現が大幅に減少したんだ。この減少は細胞間のコミュニケーションを妨げて、SCNが持っている同期したリズムを乱すことになるんだ。結果的に、日々の活動や環境の刺激への反応の調整がうまくいかなくなるんだ。
結論: サーカディアンリズムにおけるZFHX3の重要性
全体的に見て、この研究はZFHX3がSCN内のサーカディアンリズムの重要な調整因子であることを示しているよ。ZFHX3はDNAに結合して重要な遺伝子の発現に影響を与えることで、いろんな生物学的プロセスを調整する日々の時計を維持しているんだ。
ZFHX3がないと、分子リズムと行動リズムの両方が乱れちゃって、サーカディアン時計の正常な機能におけるその重要な役割が浮き彫りになってるんだ。ZFHX3やそれがサーカディアンリズムに与える影響を理解することで、睡眠障害や代謝の問題など、時計機能障害に関連する疾患の潜在的な治療法についての洞察が得られるかもしれないよ。
さらなる研究が進むことで、ZFHX3が他のタンパク質や分子とどう相互作用して、異なる組織でサーカディアンリズムを調整しているのかを調べることができるかもしれないね。この研究は、生物学的機能を自然な日々のサイクルに合わせることで健康や幸福を改善する新しいアプローチにつながる可能性があるんだ。
タイトル: Zinc finger homeobox-3 (ZFHX3) orchestrates genome-wide daily gene expression in the suprachiasmatic nucleus
概要: The mammalian suprachiasmatic nucleus (SCN), situated in the ventral hypothalamus, directs daily cellular and physiological rhythms across the body. The SCN clockwork is a self-sustaining transcriptional-translational feedback loop (TTFL) that in turn co-ordinates the expression of clock-controlled genes (CCGs) directing circadian programmes of SCN cellular activity. In the mouse, the transcription factor, ZFHX3 (zinc finger homeobox-3), is necessary for the development of the SCN and influences circadian behaviour in the adult. The molecular mechanisms by which ZFHX3 affects the SCN at transcriptomic and genomic levels are, however, poorly defined. Here, we used chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) to map the genomic localization of ZFHX3 binding sites in SCN chromatin. To test for function, we then conducted comprehensive RNA sequencing at six distinct times-of-day to compare the SCN transcriptional profiles of control and ZFHX3-conditional null mutants. We show that the genome-wide occupancy of ZFHX3 occurs predominantly around gene transcription start sites (TSS), co-localizing with known histone modifications, and preferentially partnering with clock transcription factors (CLOCK, BMAL1) to regulate clock gene(s) transcription. Correspondingly, we show that the conditional loss of ZFHX3 in the adult has a dramatic effect on the SCN transcriptome, including changes in the levels of transcripts encoding elements of numerous neuropeptide neurotransmitter systems while attenuating the daily oscillation of the clock TF Bmal1. Furthermore, various TTFL genes and CCGs exhibited altered circadian expression profiles, consistent with an advanced in daily behavioural rhythms under 12h light-12h dark conditions. Together, these findings reveal the extensive genome-wide regulation mediated by ZFHX3 in the central clock that orchestrates daily timekeeping in mammals.
著者: Akanksha Bafna, G. Banks, V. Vasilyev, R. Dallmann, M. Hastings, P. M. Nolan
最終更新: 2024-09-23 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.23.568399
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.23.568399.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。
参照リンク
- https://actimetrics.com/products/clocklab/clocklab-analysis-version-6/
- https://www.activemotif.com/catalog/868/chip-it-high-sensitivity
- https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
- https://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic
- https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DiffBind/inst/doc/DiffBind.pdf
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
- https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GeneOverlap.html
- https://github.com/neaf-lab/dryR
- https://www.thermofisher.com/uk/en/home/technical-resources/software-downloads/applied-biosystems-7500-real-time-pcr-system.html
- https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
- https://ggplot2.tidyverse.org/