薬剤耐性への対策:新しい洞察と戦略
薬剤耐性を理解することは、効果的な健康介入にとってめっちゃ重要だよ。
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薬剤耐性は、ウイルス、バクテリア、寄生虫、真菌など、さまざまな生物で大きな問題になってるんだ。つまり、これらの生物は、それらを駆除するための薬剤にさらされても生き延びて繁殖できるってこと。よく知られてる例としては、HIVウイルス、スタフィロコッカス・アウレウスや大腸菌みたいなバクテリア、マラリアを引き起こすプラスモディウム・ファルシパルム、カンジダみたいな真菌があるね。薬剤耐性の株が増えることは、世界中の公衆衛生に深刻な脅威をもたらす。
薬剤耐性にどう立ち向かうか?
薬剤耐性の問題を効果的に解決するには、何が耐性を発展させるのかを理解する必要がある。耐性がどのように発生するかを理解することで、最初からそれを防ぐためのより良い戦略を作れる。耐性がすでに高い場合は、その傾向を逆転させる方法が必要だ。耐性がどう機能するかを説明できて、時間と共に耐性の変化を予測できるモデルを開発することが重要だ。
薬剤耐性の観察
最近の観察から、薬剤耐性の複雑な性質が明らかになってきた:
安定した共存:多くの場合、薬剤耐性が最初に増加した後、薬剤耐性株と薬剤感受性株が安定したレベルで共存する期間が続く。このことは、耐性がすべての生物が耐性になるまで増え続けるわけではないってことを意味してる。
治療の強度:データでは、集団内の治療の強度と見つかる耐性のレベルとの明確な関連が示されてる。一般的に、薬剤の使用が強化されるほど、耐性率が高くなる。
複数の耐性株:同じ集団内で異なる耐性株が現れることはよくある。多くの株が同時に耐性遺伝子を持つことができ、耐性は多様な起源から発生することがある。
これらの観察は、いくつかの疑問を提起する。たとえば、薬剤耐性株が有利なら、なぜ耐性が100%にならないの?さらに、なぜ同時にこんなに多くの異なる株が耐性を持つの?
耐性理解のための提案モデル
これらの複雑さをよりよく理解するために、「耐性獲得と浄化選択」(RAPS)モデルが提案された。このモデルは、さっきの3つの重要な観察を説明することを目指してる。
RAPSモデルの仕組み
RAPSモデルは、特定の特徴が集団内でどのように安定するかを説明するために使われている既存の原則であるミューテーション-選択バランスからインスパイアを受けてる。モデルは、耐性株にはいくつかの利点があるけど、その広がりを制限する欠点も伴うって仮定してる。
耐性と安定性:RAPSモデルは、耐性が感受性と逆説的に共存できることを示唆してる。耐性株は、薬剤が使用されると繁栄するけど、薬剤がないときはあまりうまくいかないかもしれない。
治療と耐性:モデルは、薬剤使用のレベルが高いほど、耐性が発展するケースが増えることを示してる。薬剤を頻繁に使うほど、新たな耐性株が出現する可能性が高くなる。
複数の株:モデルは、同じ集団内に多様な耐性株が同時に存在できることを認めてる。さまざまな起源から耐性が発生する能力は、株の多様性を生み出す。
RAPSモデルのテスト
RAPSモデルが成立するかどうかを見るために、研究者たちは特定の地域での薬剤耐性に関するデータを分析した。たとえば、ノルウェーからのE. coli耐性を16年間追跡したデータでは、耐性が発生することが多いけど、大半の耐性株は長続きしないことが示された。これはRAPSモデルの予測と一致してる。
ノルウェーの血流感染に関するデータを使って、研究者たちは耐性パターンがRAPSモデルの予測と一致することを発見した。彼らは、一般的な抗生物質に対する耐性がさまざまな遺伝的背景で何度も発生することを特定した。それでも、耐性株が出現しても、大半は十分に長く存続して優勢になることはなかった。
耐性株の寿命
研究でも、ほとんどの耐性株はすぐに現れてすぐに消えることが示された。これらの株の急速な入れ替わりは、彼らに対する選択が進行中であることを示唆してる。しかし、RAPSモデルにはうまく当てはまらない長生きする耐性株も観察された。
薬剤耐性理解の重要性
薬剤耐性を理解することは、公衆衛生のために重要だ。RAPSのようなシンプルなモデルを使って、異なる治療戦略で耐性レベルがどのように変化するかを予測できる。これらのモデルは、医療政策を情報提供し、薬剤使用を効果的に管理するための介入を導くことができる。
治療戦略:RAPSモデルは、薬剤使用を減らすことで耐性レベルが急速に減少する可能性があることを示唆してる。特定の抗生物質の使用を減らす介入からの観察はこの考えを支持してる。
長期的な影響:耐性の傾向を監視し、さまざまな株がどのように進化するかを理解することで、将来の耐性問題を軽減するための手段を講じることができる。
機械学習と耐性:研究者が遺伝データから薬剤耐性を予測するための機械学習ツールを開発する中で、耐性株の変動を理解することが不可欠になる。一年で優勢な株が、次の年には同じとは限らないから、継続的なデータの更新が必要だよ。
RAPSモデルの限界
RAPSモデルは貴重な洞察を提供するけど、限界もある。たとえば、主に単一薬剤の耐性に焦点を当てていて、異なる薬剤間の相互作用を考慮していない。実際の状況では、生物はプラスミド上に複数の耐性遺伝子を持つことがあるから、さらに複雑になる。
また、モデルは治療が耐性株の伝播をどのように減少させるかを考慮に入れていない。たとえば、場合によっては、治療が感染の広がる可能性を大幅に下げて、耐性のレベルに影響を与えることがある。
結論
薬剤耐性に対処することは、公衆衛生の緊急の課題だ。RAPSモデルは、薬剤圧力が存在しても耐性レベルがどのように安定するかを説明するシンプルな方法を提供する。耐性のダイナミクスを理解することで、さまざまな病原体の耐性レベルをよりよく予測し、影響を与えることができるから、より効果的な健康介入に繋がる。
RAPSのようなモデルから得られる洞察は、医療従事者が薬剤使用に関する情報に基づいた決定を下すのに役立つ。継続的な研究やデータ収集を通じて、薬剤耐性に対抗するアプローチを強化し、公衆衛生を守り、患者の成果を改善することができるよ。
タイトル: Explaining the stable coexistence of drug-resistant and -susceptible pathogens: the Resistance Acquisition Purifying Selection model
概要: Drug resistance is a problem in many pathogens, including viruses, bacteria, fungi and parasites (Murray et al. 2022). While overall, levels of resistance have risen in recent decades, there are many examples where after an initial rise, levels of resistance have stabilized (Krieger et al. 2020; Colijn et al. 2009; Diekema et al. 2019; Rhee et al. 2019; Rocheleau et al. 2018). The stable coexistence of resistance and susceptibility has proven hard to explain (Krieger et al. 2020; Colijn et al. 2009; Cobey et al. 2017; Kouyos, Klein, and Grenfell 2013; Blanquart et al. 2018). Here, we show that a simple stochastic model, mathematically akin to mutation-selection balance theory, can explain several key observations about drug resistance: (1) the stable coexistence of resistant and susceptible strains (2) at levels that depend on population-level drug usage and (3) with resistance often due to many different strains (resistance is present on many different genetic backgrounds). The model works for resistance due to both mutations or horizontal gene transfer (HGT). It predicts that new resistant strains should continuously appear (through mutation or HGT and positive selection within treated hosts) and disappear (due to the fitness cost of resistance). The result is that while resistance is stable, which strains carry resistance is constantly changing. We used data from a longitudinal genomic study on E. coli in Norway to test this prediction for resistance to five different drugs and found that, consistent with the model, most resistant strains indeed disappear quickly after they appear in the dataset. Significance statementIt is unclear why drug-resistant and drug-susceptible strains of pathogens can co-exist. Basic evolutionary models would predict that one or the other would have higher fitness and thus take over the population. Here we propose the Resistance Acquisition - Purifying Selection model that can explain how resistant strains appear (due to treatment) and disappear (due to a fitness cost of resistance). We show how E. coli data are mostly consistent with the model. A better understanding of the balance between resistant and susceptible strains can help design interventions to reduce resistance levels.
最終更新: 2024-06-02 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.12.07.23299709
ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.12.07.23299709.full.pdf
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