オープンソースソリューションで顕微鏡技術を進化させる
オープンソースのツールが顕微鏡教育と研究アクセスを変えてるよ。
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目次
光学顕微鏡は科学者にとって重要なツールだよ。始まって以来、多くの発見や新しい研究者の育成に役立ってきた。今、オープンソースの動きが進んで、先進的な顕微鏡技術へのアクセスが変わってきてる。手頃なカメラや光源、小型コンピュータのおかげで、もっと多くの人がこの技術を利用できるようになったんだ。世界中のクリエイターたちがこれらのツールの設計やリソースをシェアしていて、これらは多くの場合無料で使えるんだよ。
光学顕微鏡におけるオープンソースの重要性
オープンソースソフトウェアは光学顕微鏡にとってめっちゃ重要だよ。画像の処理や顕微鏡の制御に役立つんだ。例えば、ImageJ、FIJI、μManagerなんかがある。これらのプログラムはデータ管理を手助けしたり、適応データ収集みたいな複雑な技術を可能にしたりする。オープンソースハードウェアも増えてきて、誰でも使ったり適応したりできる複雑な顕微鏡のプロジェクトが進んでる。
教育用ウォーリックオープンソース顕微鏡(eduWOSM)プロジェクトは、高品質の蛍光顕微鏡を教育で使えるように作られた。目標は、簡単に調整ができて、なおかつ優れた画像品質と安定性を保てるモジュール式顕微鏡を作ることだった。この顕微鏡はオープンソース技術を使っていて、ローカルコンピュータかリモートで制御ができるんだ。
eduWOSMの特徴
eduWOSMにはいくつかの革新的な特徴があるよ:
シャーシデザイン:顕微鏡のフレームは頑丈なアルミニウムで作られていて、強い機械的および熱的安定性を提供してる。
モジュール性:デザインは簡単に再構成できるようになっていて、必要に応じて部品を交換したり調整したりできる。
統合マイクロコントローラー:デジタルとアナログの信号を使って顕微鏡を制御する。
LEDライトエンジン:コンパクトな4色LED光源でサンプルを効果的に照らす。
使いやすいキーパッド:小さなキーパッドで、手動で簡単に顕微鏡を操作できる。
手頃な電源供給:すべてのコンポーネントに標準のATX PC電源を使ってる。
安価なカメラ:シンプルなCMOSカメラが画像をキャプチャして、速いUSBリンクでコンピュータに接続できる。
機能とユースケース
eduWOSMはいくつかの実験でテストされ、その能力を示してる。たとえば、1年生の大学生たちはこれを使ってHeLa細胞の細胞分裂を研究したり、生きた玉ねぎ細胞の拡散を追跡したり、個々の分子を観察したりしたんだ。
HeLa細胞の有糸分裂
学生たちはeduWOSMを使って、HeLa細胞が有糸分裂のさまざまな段階を経るライブビデオを録画した。一定間隔で画像をキャプチャし、有糸分裂スピンドルや時間とともに細胞の変化を示した。結果のビデオは細胞の分裂プロセスを明確に映し出してたよ。
生きた細胞の拡散
別の実験では、学生たちは生きた玉ねぎ細胞の画像を撮った。eduWOSMのおかげで、細胞内の粒子の動きを観察できたんだ。自動追跡でこれらの粒子の動きのパスをマッピングして、時間とともにどう動いたかを示した。このデータを分析して、生きた細胞内で物質がどのように広がるかを理解したよ。
単一分子の追跡
eduWOSMは単一分子を効果的に追跡できることも示した。学生たちは細胞内の構造である微小管を研究し、それに付着した染料分子の動きを記録した。これは、顕微鏡が微細な構造や動きを詳細に可視化できる能力を証明したんだ。
デザインと安定性
eduWOSMの構造は、短期および長期の安定性を考慮して設計されてる。顕微鏡の各側面には、さまざまなコンポーネントを取り付けるためのポートがある。3Dプリントされた部品を使うことで、さまざまなデバイスを光学パスに沿って完璧に配置できる。サンプルステージは材料をしっかり保持できるし、デザインは使用中のドリフトを最小限に抑えて、小さな詳細を長時間観察しやすくしてる。
光とイメージングシステム
eduWOSMには、蛍光イメージング用に異なる色の光を提供する小型化された光エンジンが搭載されてる。この光は顕微鏡に正確に照射されて、クリアで詳細な画像を生成する。カメラはこの光とうまく連携して、素早く質の高い画像をキャプチャできるよ。
イメージングのために、eduWOSMは複数の色の光を順番に受け取ることができる。これはカメラの露出時間と調整されてて、ユーザーは作業しながらライブ画像を見ることができる。全体的に見ると、光とカメラの組み合わせは、高品質の画像を生成することを確実にしてるんだ。
ユーザーコントロールと機能
eduWOSMの操作は簡単だよ。ローカルでもリモートでも、ウェブインターフェースやキーパッドを使って操作できる。システムはユーザーフレンドリーに設計されていて、顕微鏡に不慣れな人でもすぐに学べるようになってる。ユーザーはさまざまなパラメータを簡単に調整できて、スクリプト機能を利用してタスクを自動化することもできる。
キーパッドには現在の設定を表示するディスプレイがあって、ロータリーエンコーダーで微調整が可能。これにより、学生や研究者は複雑なコントロールに苦労することなく実験に集中できるんだ。
アクセシビリティと教育への利点
eduWOSMは高品質の顕微鏡を学生や教育者に提供することを目指してる。オープンソースプロジェクトとして、すべての設計やソフトウェアが、利用したり似たようなツールを作ったりしたい人に公開されてる。これにより、学生は実際の科学ツールや方法に触れられる学習環境が育まれるんだ。
教育だけでなく、eduWOSMは研究にも効果的だよ。その小型化と使いやすさのおかげで、複数のユニットをラボ内で運用してもスペースをあまり取らない。すでにいくつかの学生プロジェクトがeduWOSMを使って成果を上げていて、学びと発見の両方に大きな可能性を示しているんだ。
eduWOSMの制作
eduWOSMの多くのパーツは3Dプリンティングで作れるから、コストを抑えられる。シャーシのような重要な部分はアルミニウムから機械加工が必要だけど、この慎重なデザインと材料選びが、顕微鏡の性能を良好にしつつ、手頃な価格を保つのに役立ってるんだ。
組立プロセス
組立プロセスは明確に文書化されてて、利用可能な材料でeduWOSMを作れるようになってる。ステップバイステップのガイドが、さまざまなコンポーネントを正しく組み立てるのを助けてくれる。このオープンさが、もっと多くの人を先進的な顕微鏡技術の開発に参加させることを促しているんだ。
結論
eduWOSMプロジェクトは光学顕微鏡の分野におけるエキサイティングな発展だよ。オープンソースの原則が教育や研究を強化し、先進的なツールへのアクセスを提供できることを示してる。革新的なデザイン、使いやすさ、手頃な価格を通じて、eduWOSMは次世代の科学者を刺激し教育する可能性を秘めてる。もっと多くの人がこれらの技術に関わることで、顕微鏡の未来は明るいんじゃないかな。
タイトル: The eduWOSM: a benchtop advanced microscope for education and research
概要: To improve access to advanced optical microscopy in educational and resource-limited settings we have developed the eduWOSM (educational Warwick Open Source Microscope), an open hardware platform for transmitted-light and epifluorescence imaging in up to 4 colours, including single molecule imaging. EduWOSMs are robust, bright, compact, portable and ultra-stable. They are controlled entirely by open source hardware and software, with an option for remote control from a webpage. Here we describe the core eduWOSM technology and benchmark its performance using 3 example projects, single fluorophore tracking of tubulin heterodimers within gliding microtubules, 4D (deconvolution) imaging/tracking of chromosome motions in dividing human cells, and automated single particle tracking in vitro and in live cells with classification into subdiffusive, diffusive and superdiffusive motion.
著者: Robert A Cross, N. J. Carter, D. S. Martin, J. E. Molloy
最終更新: 2024-10-02 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.10.607181
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.10.607181.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。