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# 健康科学# 疫学

健康研究におけるタンパク質測定技術の比較

研究は、参加者の血液中の2つのタンパク質測定方法の信頼性を評価している。

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目次

アセロースリスクコミュニティ(ARIC)研究は1980年代後半に始まったんだ。心臓病とそのリスク要因を理解することに焦点を当てている。この研究では、アメリカの4つの異なる場所からほぼ16,000人の参加者が集められたんだ。参加者は参加時に45歳から64歳だった。彼らは何年にもわたって追跡され、貴重な健康データが提供されたよ。

研究の一部は2011年から2013年の間に行われ、6,500人以上の参加者が訪れた。この訪問で、参加者から血液サンプルが採取されたんだ。これらのサンプルは以前に解凍されてなくて、健康に関連するさまざまなタンパク質を測定するために使われたよ。

参加者の健康背景

研究のある時点で、116人の参加者のデータが分析された。これらの参加者は平均74歳だったんだ。約半分が黒人で、女性がちょうど半分を超えていた。かなりの数の参加者が糖尿病や高血圧などの病状を抱えていた。でも、血液を採った時点では誰も心臓病にかかっていなかったんだ。ただ、5年以内に何人かが心臓病や関連する問題を発症したよ。

血中タンパク質の測定

この研究では、血中のタンパク質を測定するために2つの異なる方法が使われた:SomaScanとOlink Explore HT。どちらも、一度に多くのタンパク質のレベルを見ることができる高度な技術なんだ。

SomaScan法

SomaScan法では、参加者のサンプルから11,000以上のタンパク質が調べられた。測定されたタンパク質の間には信頼できる相関関係が見られたよ。結果の平均精度も高くて、測定が一貫して正確であることを示している。

Olink Explore HT法

Olink法では約5,420のタンパク質が測定された。この結果はSomaScanに比べて信頼性が低いことが分かったんだ。つまり、Olink法では時々一貫性のない値が出ることがあった。特に、検出が難しいタンパク質は測定誤差が大きかったよ。

2つの方法の比較

両方の方法でタンパク質を測定した後、研究者は結果を比較したんだ。すると、2つの方法の間には低い相関関係が見つかったよ。ある方法で特定のタンパク質のレベルが示された時、もう一方の方法では非常に異なる結果が出ることが多かったんだ。

それにもかかわらず、一部のタンパク質は両方の方法で強い一致があった。約3分の1のタンパク質は良好な相関関係を持っていて、両方の方法がそのタンパク質を信頼できるように測定できた。でも、ほとんどのタンパク質は一致が悪かった。

タンパク質の検出可能性

検出可能性とは、どれだけの参加者のサンプルに特定のタンパク質の測定可能な量が含まれていたかを指すよ。Olink法では、測定されたタンパク質のうち半分以上が半数以上のサンプルで検出可能だった。簡単に検出できるタンパク質の場合、測定の精度はかなり良かったんだ。

一方で、よく検出できないタンパク質は2つの方法間での相関が悪くて、測定が信頼できないことを示している。

タンパク質測定の発見

この研究は、両方の方法がタンパク質を測定する際に重要な違いがあることを明らかにしたよ。SomaScan法は、より多くのタンパク質が追加されても高い精度を維持していた。一方、Olink法では新しく追加されたタンパク質の測定がしばしば不正確な読み取り結果をもたらした。

Olinkの結果を見てみると、ある限界(検出限界)以下の値が報告されると、研究者たちはこれらの数字を調整する方法を見つけて、全体の発見にどう影響するかを調べたんだ。調整後、Olink法の相関は少し改善されて、欠損や低い値の扱い方が結果に大きく影響することが分かったよ。

測定技術の詳細

SomaScanのアプローチ

SomaScanのアプローチは、血液中のタンパク質に結合できる小さなDNAの断片を使用するんだ。このDNAの断片にタンパク質が結合すると、実験室で測定できるんだ。この方法は非常に敏感で、一度に多くのタンパク質を特定できるよ。

Olinkのアプローチ

Olinkのアプローチは、体が外部の物質と戦うために作るタンパク質である抗体を使うんだ。この方法では、これらの抗体のペアが認識するタンパク質に結合するんだ。一度結合すると、これらの抗体はスイッチが入るように増幅されて、研究者たちはどれだけのタンパク質が存在するかを見ることができるよ。

統計分析

データを分析するために、研究者たちは異なる統計ツールを使ったんだ。彼らは、さまざまなテストでの測定の一貫性を確認して、各方法の精度を調べた。SomaScan法では精度が一貫して高かったけど、Olinkでは測定される特定のタンパク質によって大きく異なったんだ。

研究者は結果をプロットして、方法間の関係を視覚的に表現したんだ。多くのケースで、結果は検出可能性の低いタンパク質について、2つの方法の間の一致が弱かったことを示していたよ。

結論と含意

ARIC研究の結果は、血液中のタンパク質測定の現状を明確に示しているんだ。SomaScanのような技術は強い信頼性と精度を示している一方で、Olinkのような方法は特定のタンパク質に関してまだ課題があるんだ。

この研究は重要で、血液中のタンパク質レベルを理解することで病気の検出や管理に役立つんだ。測定の違いは、今後の研究の方法を選ぶ際に注意が必要だってことを強調しているよ。科学者たちがこれらの技術を改善し続けると、より一貫性があって信頼できるタンパク質の測定方法が生まれて、より良い健康結果や病気の理解につながるだろうね。

オリジナルソース

タイトル: Plasma proteomic comparisons change as coverage expands for SomaLogic and Olink

概要: The number of assays on highly-multiplexed proteomic platforms has grown ten-fold over the past 15 years from less than 1,000 to >11,000. The leading aptamer-based and antibody-based platforms have different strengths. For example, Eldjarn et al1 demonstrated that the aptamer-based SomaScan 5k (4,907 assays, assessed in the Icelandic 36K) and the antibody-based Olink Explore 3072 (2,931 assays, assessed in the UK BioBank) had a similar number of cis-pQTLs among all targets (2,120 vs. 2,101) but Olink had a greater number of cis-pQTLs among the overlapping targets (1,164 vs. 1,467). Analysis of split plasma measures showed the SomaScan assays to be more precise: median coefficient of variation (CV) of 9.9% vs. 16.5% for Olink.1 Precision of the newest versions of the platforms--SomaScan 11k (>11,000 assays, released in December 2023) and Olink Explore HT (>5,400 assays, released in July 2023)--has not yet been established. We assessed the reproducibility of the SomaScan 11k and Olink Explore HT using split plasma samples from 102 Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC) Study participants. We found that the SomaScan 11k assays had a median CV of 6.8% (vs 6.6% for the subset of assays available on the SomaScan 5k) and the Olink Explore HT assays had a median CV of 35.7% (vs 19.8% for the subset of assays available on the Olink Explore 3072). Across Olink assays, the CVs were strongly negatively correlated with protein detectability, i.e., percent of samples above the limit of detection (LOD). For the 4,443 overlapping assays, the distribution of between-platform correlations was bimodal with a peak at r[~]0 and with another smaller peak at r[~]0.8. These findings on precision are consistent with the updated results by Eldjarn et al1 but indicate that precision of these two leading platforms in human plasma has diverged as the number of included proteins has increased.

著者: Josef Coresh, M. R. Rooney, J. Chen, C. M. Ballantyne, R. C. Hoogeveen, E. Boerwinkle, B. Yu, K. A. Walker, P. Schlosser, E. Selvin, N. Chatterjee, D. Couper, M. E. Grams

最終更新: 2024-07-12 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.07.11.24310161

ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.07.11.24310161.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた medrxiv に感謝します。

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