リソソームの機能と健康への影響
研究は、細胞の健康やエネルギー生産におけるリソソームの重要な役割を明らかにしている。
Joshua J Coon, F. Kraus, Y. He, S. Swarup, K. A. Overmyer, J. Brenner, C. Capitanio, A. Bieber, A. Jen, N. M. Nightingale, B. J. Anderson, C. Lee, J. A. Paulo, I. R. Smith, J. M. Plitzko, S. P. Gygi, B. A. Schulman, F. Wilfling, J. W. Harper
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リソソームは細胞の大事な部分なんだ。リサイクルセンターみたいに働いていて、細胞がもう必要としない物質を分解するんだ。これには、他の細胞を食べたり外部からの物質を取り入れたりして細胞に入ってくる大きな分子が含まれる。リソソームは脂肪の処理やMTORっていうタンパク質を通して栄養を感じ取るのにも関わってるよ。
リソソームがうまく働かないと、リソソームストレージ病(LSD)っていういくつかの健康問題を引き起こす可能性があるんだ。これらの病気は、物質がリソソームにたまってしまって、正しく分解できないときに起こる。50種類以上のLSDが見つかっていて、どれも珍しいけど、合わせて約5000人に1人に影響を与えてる。特定の人々のグループは、これらの病気の発症率が高いこともあるよ。
リソソームの問題は、ニーマン・ピック病、ゴーシェ病、ポンペ病、ダノン病、神経性セロイドリポフスチノーシスなど、いくつかの病気と関連している。これらの病気に関連する多くの遺伝子は、リソソーム内の物質を分解する酵素を作るんだ。一部の遺伝子はリソソームの中に出入りするものを調整する輸送体としても働くんだ。これらの機能が失敗すると、脂肪や糖など、さまざまな物質がたまってしまうんだ。この蓄積は、コレステロールや他の重要な脂質の蓄積など、別の問題を引き起こすこともあるよ。
リソソームは多くの重要な機能の中心だから、問題があると体のいろんなシステムに影響を与えることがある。研究では、いくつかのLSDとパーキンソン病(PD)の発症リスクの高まりの関連が示されているんだ。PDの人の約10%はゴーシェ病に関連するGBA1遺伝子に変異があって、これがPDの早期発症を引き起こすことがある。この関連は、リソソームの問題が他の神経系の問題の早期警告サインかもしれないことを示唆してる。
リソソーム病の研究
リソソーム病が細胞にどんな影響を与えるか理解するために、研究者たちは25種類以上のLSD遺伝子が欠けている修飾されたHeLa細胞株を作ったんだ。彼らは新しい方法であるナノフロー液体クロマトグラフィー・マルチオミックシングルショットテクノロジー(nMOST)を使って、これらの細胞の脂質とタンパク質を同時に調べた。この方法は前の技術よりも感度が高く、1回のテストから多くの情報を集めることができるんだ。
このアプローチを使って、研究者たちは異なるLSD変異を持つ細胞のタンパク質と脂質の間に多くの違いを見つけた。特にニーマン・ピック病のC1とC2の細胞では、酵素や脂質に関連する具体的な変化が見られた。リソソームタンパク質のNPC1はコレステロールの輸送を助けるけど、別のタンパク質LIPAはコレステロールエステルを分解してコレステロールを放出する。これらのタンパク質に問題があると、オートファジーって呼ばれる細胞の掃除プロセスに問題を引き起こすことがあるんだ。
NPC2が欠けている細胞は、片付けられるべき物質が蓄積している兆候を示した。これには鉄を貯蔵するフェリチンみたいなタンパク質も含まれた。鉄が貯蔵されると、ミトコンドリアでのエネルギー生産など、他の細胞機能に問題が起きることがある。NPC2がない細胞の分析では、エネルギーを作るために必要なタンパク質のレベルが低下していることが分かったんだ。
高度なイメージング技術からの洞察
細胞内で何が起こっているのかをより詳細に見るために、研究者たちは3D構造照明顕微鏡法(3D-SIM)という高度なイメージング技術を使った。この技術によって、NPC2が欠けている細胞にはオートファジック貨物が過剰に存在していることが分かった。これらのリソソームは拡大していて、コレステロールでいっぱいになっているように見えた。
クライオ電子トモグラフィー(cryo-ET)という技術を用いることで、研究者たちはこれらのリソソームの構造を詳しく見ることができた。NPC2欠損細胞にはリソソームの中に多層の膜があって、これを多層構造と呼んでいた。この変化は、物質がリソソームに正しく配送されていない理由を説明するかもしれない。
さらに研究が進むと、この多層膜を含む異常なリソソームがミトコンドリアの機能にも影響を与えることが分かった。リソソームから細胞質への鉄の放出が失敗すると、鉄に依存するタンパク質複合体の組み立てが減る可能性があるんだ。
nMOSTを使ってLSDを分析
nMOST技術を使って、研究者たちは脳や血液からの様々な細胞型を分析することができた。種を超えて一貫した結果が得られ、これらのサンプルから数千のタンパク質や脂質を特定することができたんだ。
その後、研究者たちはCRISPR/Cas9という技術を使ってHeLa細胞の52のLSD遺伝子をターゲットにした。これによって、いくつかの遺伝子改変版の細胞を作り出すことができた。慎重に分析した結果、33の異なる細胞株を研究することになった。
nMOST法を使って、LSD変異細胞のタンパク質や脂質が多く変化していることが分かった。特に脂質とタンパク質の変化の関連に焦点を当てて、異なる種類の脂質やタンパク質が一緒に働いたり、お互いに影響を与え合ったりしていることが明らかになった。例えば、特定の脂質がオートファジーに関与するタンパク質の増加と関連していることが見られた。
リソソームの機能とミトコンドリアの健康の関連
研究者たちは、変異細胞で特定のオートファジー因子や脂質が増加していることに気づいた。これにはリン脂質の一種であるホスファコリンが含まれた。リソソームとミトコンドリアの関係は重要で、どちらかがうまく機能していないと、もう一方にも影響を与えることがある。NPC1とNPC2の変異は、オートファジー受容体をリソソームに届けるのを妨げ、その受容体がリソソームの近くに蓄積されることになった。
NPC2が欠けている細胞では、研究者たちはリソソームが物質を効果的に分解していないことを発見した。むしろ、リソソームが大きくなり、FTH1のような物質を集めてしまっていた。これは、リソソームによって物質が詰まっている交通渋滞のような状態だった。
研究者たちは、NPC2欠損細胞のリソソームの膜構造が、オートファゴソームや他の細胞構造と融合する能力を低下させていると提案した。これは、リソソームに届けられた貨物が効果的に処理されないことを意味している。
鉄がミトコンドリアの機能に与える役割
鉄の供給が多くの細胞プロセス、特にエネルギーの生成にとって重要だと理解されている中、研究者たちはリソソームの機能が鉄の代謝にどう影響するかを調べた。これらのNPC欠損細胞では、フェリチンの蓄積が見られ、鉄が必要なところにうまく移動できていないことがミトコンドリアに影響を与えていた。
研究者たちが外部から鉄を提供したとき、ミトコンドリアのいくつかの機能が回復したことが分かった。これは、異なる方法で細胞に直接鉄を届けることで、NPC2欠損細胞で見られる一部の機能不全を緩和できることを示しているんだ。
実験では、鉄アンモニウムクエン酸塩(FAC)での処理によって、ミトコンドリア構造が改善され、エネルギー生産に必要な内側のミトコンドリア膜のひだ、クリステが回復したんだ。
NPC2-/-細胞の分子変化
エネルギー生成に関与するミトコンドリアのタンパク質を詳しく調べたとき、NPC2欠損細胞では特定のタンパク質複合体の量が減少していることが分かった。細胞に鉄を戻すことで、これらのタンパク質、特に電子伝達系の一部である複合体の量が増加した。
研究者たちは高度な技術を使って、FAC処理によってこれらの重要なタンパク質のレベルが回復したことを示した。この発見は、適切な鉄のレベルを維持することがミトコンドリアの健康にとって重要で、リソソームの機能が鉄の供給を調整する上で重要な役割を果たしていることを示唆している。
重要な発見と今後の方向性
この研究は、リソソームの機能、脂質の代謝、オートファジー、ミトコンドリアの健康との間に複雑な関係があることを示している。結果は、リソソームの機能不全が細胞が脂質やタンパク質を扱う方法に大きな変化をもたらし、エネルギー生産を混乱させることを示唆している。
この研究は、リソソームが廃棄物の管理だけでなく、鉄や他の物質が細胞内でどのように処理されるかにも重要であることを強調している。リソソームの機能が障害されると、特にエネルギー生産が重要な神経細胞を含む他のシステムに深刻な影響を及ぼす可能性がある。
今後の研究は、これらの関連をさらに探る上で重要になるだろう。リソソーム病が異なる器官システムにどのように影響するか、リソソームとミトコンドリアの相互作用を理解することが、LSDや関連する病気の治療に新しいアプローチをもたらすかもしれない。
さらに、この研究で使用される細胞株の種類を拡大することで、これらの病気が異なる環境でどのように機能するのか、より完全な像を提供できるだろう。リソソームの機能と様々な健康状態、特に神経変性疾患の間の関連性についてまだ知られていないことがたくさんある。
これらの研究からの洞察を集め続けることで、研究者たちはリソソームの機能不全によって引き起こされる根本的な問題に対処する新しい治療法を発見できるかもしれない。これらのプロセスの生物学を理解することで、リソソームストレージ病や他の関連する状態の管理や治療の向上に繋がることが期待される。
タイトル: Global cellular proteo-lipidomic profiling of diverse lysosomal storage disease mutants using nMOST
概要: Lysosomal storage diseases (LSDs) comprise [~]50 monogenic disorders marked by the buildup of cellular material in lysosomes, yet systematic global molecular phenotyping of proteins and lipids is lacking. We present a nanoflow-based multi-omic single-shot technology (nMOST) workflow that quantifies HeLa cell proteomes and lipidomes from over two dozen LSD mutants. Global cross-correlation analysis between lipids and proteins identified autophagy defects, notably the accumulation of ferritinophagy substrates and receptors, especially in NPC1-/- and NPC2-/- mutants, where lysosomes accumulate cholesterol. Autophagic and endocytic cargo delivery failures correlated with elevated lyso-phosphatidylcholine species and multi-lamellar structures visualized by cryo-electron tomography. Loss of mitochondrial cristae, MICOS- complex components, and OXPHOS components rich in iron-sulfur cluster proteins in NPC2-/- cells was largely alleviated when iron was provided through the transferrin system. This study reveals how lysosomal dysfunction affects mitochondrial homeostasis and underscores nMOST as a valuable discovery tool for identifying molecular phenotypes across LSDs.
著者: Joshua J Coon, F. Kraus, Y. He, S. Swarup, K. A. Overmyer, J. Brenner, C. Capitanio, A. Bieber, A. Jen, N. M. Nightingale, B. J. Anderson, C. Lee, J. A. Paulo, I. R. Smith, J. M. Plitzko, S. P. Gygi, B. A. Schulman, F. Wilfling, J. W. Harper
最終更新: 2024-10-20 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.26.586828
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.26.586828.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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