皮膚の微生物の隠れた役割
肌のバイ菌は私たちを守ってくれて、新しい治療法の可能性を持ってるんだ。
Uyen Thy Nguyen, Rauf Salamzade, Shelby Sandstrom, Mary Hannah Swaney, Liz Townsend, Sherrie Y. Wu, J.Z. Alex Cheong, Joseph A. Sardina, Isabelle Ludwikoski, Mackinnley Rybolt, Hanxiao Wan, Caitlin Carlson, Robert Zarnowski, David Andes, Cameron Currie, Lindsay Kalan
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目次
人間の皮膚は重要なバリアの役割を果たしてるんだ。害のある物質から守ってくれて、体の中のバランスを保つ手助けをする。皮膚の大事な役割の一つは、悪いバイ菌が入ってこないようにブロックすること。この保護バリアは、マイクロバイオ(微生物)っていう小さな生き物たちによってサポートされていて、バクテリアや真菌、ウイルスが皮膚の上に住んでる。彼らは悪者を撃退するための小さな隣人みたいな存在だよ!
皮膚のマイクロバイオームコミュニティ
皮膚の面積は約30平方メートルで、毛や汗腺、いろんな部分があって、皮膚は体が微生物と接触する中で一番大きな面なんだ。皮膚のいろんな部分には特有の環境があって、湿度やpHバランスなど、様々な微生物のユニークな住処を作ってる。彼らはただ遊んでるだけじゃなくて、いろんな防衛戦略を通じて皮膚を健康に保つ手助けをしてる。
微生物の味方
皮膚にいる微生物は他にも大事な役割を果たしてる。彼らは免疫システムが良いバイ菌に慣れさせて、悪いバイ菌を認識できるようにする助けをするんだ。もしこの友好的な微生物が有害なものと同じ食べ物を食べてたら、スペースや資源を取ることでバイ菌が侵入しにくくするんだ。一部の微生物は有害なバイ菌を直接殺す特別な分子を作り出すこともあるよ。
例えば、Staphylococcus lugdunensisという微生物は、バイ菌の一種であるメチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)をやっつける「ルグドニン」という化合物を作る。また、皮膚の脂っこい部分にいるCutibacterium acnesは、特定のバイ菌を撃退することで知られている「キュタミシン」を生成する。
皮膚にいる多くの微生物は、有害なバイ菌との闘いの無名のヒーローなんだ!
皮膚のマイクロバイオーム:隠れた宝
研究者たちは一般的な微生物に注目して、珍しいものを見落としがちなんだ。オーケストラの中で一番大きな楽器だけを見て、繊細な音を無視してるみたいな感じ。まだ研究されてない珍しい微生物の世界があって、役立つ化合物が隠れているかもしれない。
実際、ある研究者たちは皮膚のさまざまな場所から異なるバクテリアを大量に集めてる。このコレクションには数千のユニークな株が含まれていて、これまで見たことのあるものよりもずっと大きくて多様性があるんだ。彼らはこの微生物コミュニティが生成できる抗菌物質の多様性を明らかにしてる。
コレクションの中を探る
この皮膚のバクテリアのコレクションは「EPIC」って呼ばれてるよ!このライブラリーには、6,540種類の異なるバクテリアが含まれていて、1,060のさまざまなサンプルから集められてる。収集されたサンプルは皮膚、口、鼻など、いろんな体の部分から来てる。約136のサンプルから980種類の異なる皮膚バクテリアが集まっているから、このコレクションはバクテリアの多様性の食べ放題みたいなもんだね!
研究者たちは34人の健康なボランティアからサンプルを取り、その皮膚にいる微生物の種類をマッピングした。彼らはこのコレクションには他の研究に含まれていない珍しい株がたくさん含まれていることを発見した。独創的な方法を使って、これらのあまり見られない株を分離できて、皮膚の微生物住人のより完全な絵を提供してる。
バクテリアの相互作用を評価する
皮膚バクテリアが潜在的な病原体とどのように相互作用するかをテストするために、研究者たちは実験を行った。いろんなバクテリアをペトリ皿に置いて、皮膚バクテリアが有害なバイ菌を抑えられるかを見てみたんだ。結果はかなり期待できるもので、たくさんの皮膚バクテリアがいろんな病原体、特に真菌の成長を抑えることができる能力を示した。
研究者たちは約9,000の相互作用をテストした。大規模な契約交渉みたいなもんだけど、最終的には皮膚関連のバクテリアの間で広範囲にわたる抗真菌活性が明らかになった。
真菌の敵
いろんな対象の中で、かなりの数の皮膚バクテリアが真菌感染を防ぐことができることがわかった。真菌のCryptococcus neoformans、Candida albicans、Candida aurisは、これらのバクテリアの多くに対して全く太刀打ちできなかった。実際、これらの真菌の成長を完全にブロックできる皮膚バクテリアが数十種類いることが確認された。
この種の研究は特に重要で、真菌感染は多くの皮膚の状態で大きな問題だからね。もしこれらの友好的なバクテリアが防御として機能するなら、嫌な真菌を抑えるのに役立つかもしれない。
新しいバクテリア種の発見
先進的なシーケンシング技術を使って、研究者たちはまだ以前のデータベースに載っていない新しいバクテリア種をいくつか見つけた。これらの新しく発見された種のうち4つは異なる知られた属から来ている。それぞれの新発見の種には、真菌と戦う物質を生成する能力を含むユニークな特性がある。
バクテリアの世界で新しいスーパーヒーロー種を見つける科学者になった気分を想像してみて!新しい種は、病原体の侵入者に対抗する特別な力を持った新キャラクターみたいなもんだよ。
バクテリアの働きについて理解する
科学者たちは、これらのバクテリアがどうやって機能するのかを詳しく調べた。全ゲノムシーケンシングっていう方法を使って、ゲノムを分析することで、これらの新しい種が1から4の特別な物質、つまりバイオ合成遺伝子クラスター(BGC)を生成できることを突き止めた。これらのクラスターは、バクテリアが役立つ化合物を作るためのマニュアルみたいなもんだ。
面白いことに、これらの新しい種に見つかったBGCは、他の既知の種のものとはかなり異なってた。つまり、彼らが生成する化合物はすごく新しくて、まだ発見されていないものかもしれない。隠れた宝箱を開けるようなもので、新しい感染症の治療法につながるかもしれない!
BGCの重要性
これらのバイオ合成遺伝子クラスターを理解することは、研究者が新しい抗生物質を見つける手助けになりうるからすごく大事だよ。皮膚マイクロバイオームは、感染症を治療するための新薬の宝庫かもしれない、特に一般的な薬が耐性のために効果が薄れている今の世界ではね。
抗生物質耐性に対する戦い
研究者たちはこのコレクションのバクテリアの中に抗生物質耐性遺伝子があるかどうかも調べた。驚くことに、これらの耐性遺伝子の存在率は低いことがわかって、これらの皮膚微生物が現在の抗生物質とは異なるメカニズムをターゲットにした薬を生成できる可能性を示唆した。
これは良いニュースで、既存の治療法が失敗するところで機能する新しい効果的な治療法の発見の新しい道を開くんだ。バクテリアは現行の薬に抵抗するように進化してきているから、新しい化合物を探すことがますます重要になってきてる。
体の部位の現実
皮膚のいろんな部分は微生物の成長に異なる環境を提供する。ある場所はオイリーだったり、他の場所は乾燥してたり湿ってたりする。研究に基づいて、科学者たちは皮脂腺の場所、つまりオイリーなところにはたくさんのバイオ合成遺伝子クラスターがあることを見つけた。
この発見は、皮膚マイクロバイオームが何をできるのかについてもっと知りたいなら、特にこれらのオイリーなエリアに特別な注意を払うべきだってことを意味してるよ!
最後の考え:皮膚マイクロバイオームの役割
要するに、人間の皮膚マイクロバイオームは私たちを守る上で重要な役割を果たしてる。皮膚はただの外層じゃなくて、いろんなバクテリアのダイナミックなコミュニティを抱えていて、その多くは有害な微生物を抑える化合物を生成してる。この研究はユニークなバクテリア株の豊富なコレクションを明らかにしていて、皮膚感染症に対する新しい治療法の源としての可能性を示してる。
研究者たちがこれらの微生物と彼らが生成する化合物を理解する努力を続けることで、真菌感染を管理するための効果的な方法が見つかるかもしれない。皮膚マイクロバイオームは隠れた宝の山みたいで、医学の世界でのエキサイティングな新しい発見が待ってる!
だから次に自分の皮膚について考えるときは、それがただの保護層じゃなくて、あなたを守るために忙しく活動している小さな守護者たちの賑やかな隣人だってことを思い出してね!
タイトル: Large-scale investigation for antimicrobial activity reveals novel defensive species across the healthy skin microbiome
概要: The human skin microbiome constitutes a dynamic barrier that can impede pathogen invasion by producing antimicrobial natural products. Gene clusters encoding for production of secondary metabolites, biosynthetic gene clusters (BGCs), that are enriched in the human skin microbiome relative to other ecological settings, position this niche as a promising source for new natural product mining. Here, we introduce a new human microbiome isolate collection, the EPithelial Isolate Collection (EPIC). It includes a large phylogenetically diverse set of human skin-derived bacterial strains from eight body sites. This skin collection, consisting of 980 strains is larger and more diverse than existing resources, includes hundreds of rare and low-abundance strains, and hundreds of unique BGCs. Using a large-scale co-culture screen to assess 8,756 pairwise interactions between skin-associated bacteria and potential pathogens, we reveal broad antifungal activity by skin microbiome members. Integrating 287 whole isolate genomes and 268 metagenomes from sampling sites demonstrates that while the distribution of BGC types is stable across body sites, specific gene cluster families (GCFs), each predicted to encode for a distinct secondary metabolite, can substantially vary. Sites that are dry or rarely moist harbor the greatest potential for discovery of novel bioactive metabolites. Among our discoveries are four novel bacterial species, three of which exert significant and broad-spectrum antifungal activity. This comprehensive isolate collection advances our understanding of the skin microbiomes biosynthetic capabilities and pathogen-fighting mechanisms, opening new avenues towards antimicrobial drug discovery and microbiome engineering.
著者: Uyen Thy Nguyen, Rauf Salamzade, Shelby Sandstrom, Mary Hannah Swaney, Liz Townsend, Sherrie Y. Wu, J.Z. Alex Cheong, Joseph A. Sardina, Isabelle Ludwikoski, Mackinnley Rybolt, Hanxiao Wan, Caitlin Carlson, Robert Zarnowski, David Andes, Cameron Currie, Lindsay Kalan
最終更新: 2024-11-04 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.04.621544
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.04.621544.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。