Simple Science

最先端の科学をわかりやすく解説

# 生物学 # 分子生物学

リーシュマニアの遺伝子編集技術の進展

研究者たちがリシュマニアをもっと効果的に研究するために遺伝子編集技術を改良しているよ。

Tom Beneke, N. H. May, A. Schmid, E. Meiser

― 1 分で読む


リーシュマニアの遺伝子編集 リーシュマニアの遺伝子編集 の大発見 研究の扉が開かれてるよ。 新しい技術で編集効率がアップして、重要な
目次

遺伝子編集は研究において重要なツールだよ。これを使うことで科学者たちは生きている生物のDNAを変えられるんだ。最近注目されてる技術の一つがCRISPR/Cas9って呼ばれる方法。これのおかげで、ヒトに病気を引き起こす寄生虫の一種であるリーシュマニアの遺伝子機能を研究するのがすごく楽になったんだ。

でも、リーシュマニアにCRISPRを使うのは難しいこともあるんだ。一般的なCRISPRの使い方だと、DNAに予期しない変化をもたらすことがあって、どれくらい成功したのかわかりにくい。さらに、リーシュマニアにはDNAを修復するための重要なツールが欠けてるから、ミスが多くなって遺伝子編集の効率が悪くなる。

研究者たちはリーシュマニアでの遺伝子編集をもっと成功させる方法を探してるんだ。その中で面白いアプローチがhyBE4maxシトシンベースエディター(CBE)を使うこと。これを使うと、大きなブレイクを起こさずにDNAの特定の文字を変えることができるんだ。この方法は、もっと複雑な手続きをすることなく遺伝子を破壊するのに効果的だって示されてる。

現在の方法の限界

ベースエディターには利点もあるけど、リーシュマニアに使う場合には限界があるんだ。一つの大きな問題は、異なる種類のリーシュマニアがベースエディターに対して異なる反応を示すこと。中には、編集をするのに長い時間がかかる種もあって、速い結果を求める研究者には理想的じゃないんだ。

他の種類のRNA干渉、つまりRNAiを使って遺伝子の機能を探るのも選択肢だけど、この方法は特定のリーシュマニアの種にしか適してないから、あまり有用じゃない。

最近の進展

これらの問題に対処するために、研究者たちは現在の遺伝子編集方法を改善しようとしてる。新しいT7 RNAポリメラーゼ(RNAP)プロモーターのバージョンを見つけたんだ。これによってCBEの発現がもっと効果的になる。この新しいプロモーターは、ベースエディターをDNAの正しい場所に導くガイディングRNAの表現を良くして、寄生虫の成長に悪影響を与えることなく、成功したDNA編集を促進するんだ。

CBEの発現を最適化するだけでなく、研究者たちは特定のポイントでDNAを切るのを助ける新しいCas12aヌクレアーゼのバージョンも使ってる。これをCBEと組み合わせることで、リーシュマニアのDNAにガイディングRNAを届けたり統合したりする新しいシステムを開発したんだ。

遺伝子編集の効率を改善する

研究者たちは成功した遺伝子編集の率を高めるために前進を遂げたんだ。改良されたCBEとCas12aを一緒に使うことで、編集がどれだけうまくいくかが大幅に向上したんだ。これによって、短い時間でより多くの細胞を変更できるようになったから、大規模な研究には重要だよ。

研究者たちはまた、以前は複数の編集ツールを一つの細胞に入れようとしたとき、DNAがどのように変わったのかが混乱することが多かったってことを発見した。でも新しいシステムでは、一つの編集ツールを各細胞に効果的に統合できるから、実験結果がもっと明確になるんだ。

テストと特性評価の役割

新しいシステムが整った後、研究者たちはそれが望んだ結果を達成するのにどれだけ効果的かをテストする必要があったんだ。特定の遺伝子をターゲットにしてその機能を破壊できるかをチェックした。例えば、寄生虫の動きに必要なPF16という遺伝子に焦点を当てて、この遺伝子をターゲットにしたときに編集された寄生虫が正しく動けなくなったのを観察して、編集が成功したことを確認したんだ。

未来の応用

新しいツールを使った遺伝子編集システムの改善は、未来の研究にワクワクする可能性をもたらしたんだ。この強化された能力で、研究者たちは以下のようなより広範な応用を探ることができるようになったんだ:

  1. 大規模な遺伝子機能研究:新しい遺伝子編集技術を使えば、多くの遺伝子を同時にテストすることができる。これにより、寄生虫の生存に必要な遺伝子や病気を引き起こす能力に関与している遺伝子を特定するのに役立つ。

  2. 薬剤耐性研究:特定の変異をゲノムに導入することで、これらの変化が現在の治療に対する耐性にどのように寄与するかをよりよく理解できる。この知識は、より効果的な治療法の開発につながるかもしれない。

  3. 複雑な特性の理解:複数の遺伝子をターゲットにすることで、異なる特性がどのように関連し合っているか、またそれらが生物の遺伝子によってどう制御されているかを研究できるようになる。

  4. 遺伝子モデルの作成:このシステムを使って病気のモデルを作ることができるから、ワクチンや新しい治療法の開発に役立つんだ。

結論

リーシュマニアにおける遺伝子編集は、最近の技術の進展のおかげで大きく進歩したんだ。hyBE4max CBEとCas12aヌクレアーゼの組み合わせが、寄生虫のゲノムの編集の効率と正確性を向上させた。このことは、リーシュマニアの生物学や人間との相互作用をより深く理解するための新しい研究の機会を開くんだ。これらの技術が進化し続けることで、リーシュマニアによって引き起こされる病気の新しい治療法を発見する可能性がますます期待できるよ。

オリジナルソース

タイトル: Improved base editing and functional screening in Leishmania via co-expression of the AsCas12a ultra variant, a T7 RNA Polymerase, and a cytosine base editor

概要: The ability to analyse the function of all genes in a genome is highly desirable, yet challenging in Leishmania due to a repetitive genome, limited DNA repair mechanisms and lack of RNA interference in most species. While our introduction of a cytosine base editor (CBE) demonstrated potential to overcome these limitations (Engstler and Beneke (2023)), challenges remained, including low transfection efficiency, variable editing rates across species, parasite growth effects, and competition between deleterious and non-deleterious mutations. Here, we present an optimized approach addressing these issues. We identified a T7 RNAP promoter variant ensuring high editing rates across Leishmania species without compromising growth. A revised CBE single-guide RNAs (sgRNAs) scoring system was developed to prioritize STOP codon generation. Additionally, a triple-expression construct was created for stable integration of CBE sgRNA expression cassettes into a Leishmania safe harbor locus using AsCas12a ultra-mediated DNA double-strand breaks, increasing transfection efficiency by [~]400-fold to one transfectant per 70 transfected cells. Using this improved system for a small-scale proof-of-principle pooled screen, we successfully confirmed the essential and fitness-associated functions of CK1.2, CRK2, CRK3, AUK1/AIRK, TOR1, IFT88, IFT139, IFT140 and RAB5A in L. mexicana, demonstrating a significant improvement over our previous method. Lastly, we show the utility of co-expressing AsCas12a ultra, T7 RNAP and CBE for hybrid CRISPR gene replacement and base editing within the same cell line. Overall, these improvements will broaden the range of possible gene editing applications in Leishmania species and will enable a variety of loss-of-function screens in the near future.

著者: Tom Beneke, N. H. May, A. Schmid, E. Meiser

最終更新: 2024-12-07 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.28.582587

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.28.582587.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。

類似の記事