自然の化学を活用して新しい薬を作る
科学者たちは革新的な薬の開発のために自然の化合物を設計している。
Nika Sokolova, Angelina Osipyan, Lili Zhang, Matthew R. Groves, Sandy Schmidt, Kristina Haslinger
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目次
天然物質(NPs)は、自然に隠された宝物みたいなもので、薬を作るのに役立つ化合物を含んでるんだ。この化合物たちは数百万年も進化してきて、新しい薬のインスピレーションになってる。でも、これらの自然の不思議を直接使うのは難しいことが多い。体の中でうまく働かないことが多いし、構造が複雑すぎてラボで改良するのも難しいんだ。そこで、科学者たちはこれらの自然化合物の基本的なフレームワークを新しい薬の発見の出発点として使おうとしてる。
興味深い2-キノリンの骨格
科学者たちが注目している面白い構造の一つが2-キノリンって呼ばれるもの。これは特定の天然物質に見られ、特にミカン科の植物に多いんだ。現在市場に出ているいくつかの薬の基盤にもなっていて、用途も色々ある。これまでに科学者たちは、感染症、アルツハイマー病、がん、糖尿病と戦うのに有望な2-キノリンの合成バージョンをたくさん作り出してきた。
面白いことに、2-キノリンの構造には特別な光吸収特性があって、これが薬に限らず、光る材料や金属を検出するセンサーの作成にも役立ってる。まるで2-キノリンは化学の世界でマルチタスクしてるみたいだね!
2-キノリンの創造の旅
ラボで2-キノリンを作るために、研究者たちは色々な方法を考案した。一般的に見つかるタイプの2-キノリンは、特定の天然酵素であるタイプIIIポリケチドシンターゼ(T3PKS)によって作られる4-ヒドロキシ-1-メチル-2-キノリンなんだ。この酵素は、マロニル-CoAという化合物とN-メチルアントラニル-CoAという別の化合物を組み合わせて働く。その結果、最終的に目的のキノリンを形成する特別な化合物ができるんだ。
でも、これらのキノリンを作る酵素の研究はあまり進んでいなくて、どうやって働くのか、新しい誘導体を作るためにどう使えるのか、まだまだ学ぶべきことがたくさんある。
有望な酵素を探す
最近の研究では、科学者たちが37種類の真菌T3PKSを調べて、様々な出発材料に対してどれだけ働くことができるかを見たんだ。驚くことに、半分の酵素がN-メチルアントラニル-CoAという化合物をキノリン構造に変換できたよ。そこから、研究者たちはさらに研究するために最も効果的だった二つの酵素を選んだんだ。これらの酵素をバイ菌の酵素と組み合わせると、いろんな新しいキノリン誘導体を作り出した。
さらに、これらの酵素が他の酸も受け入れられることを発見し、異なるタイプの化合物が形成されることに繋がった。この酵素の驚くべき柔軟性が、新しい抗菌バージョンのキノリン化合物を作る新たな方法への扉を開いたかも。これらの発見は、持続可能な方法でこれらの有益な化合物を生産するための今後の努力に役立つかもしれない。
酵素のテスト
研究者たちはまず、選ばれた二つのT3PKSがアントラニル酸のさまざまな誘導体でどれだけ働けるかを学ぼうとした。彼らは、すべてを一つの反応にまとめられる巧妙な方法を使った。N-メチルアントラニル酸を使って、二つの酵素がほぼ完全にそれをキノリン化合物に変えることができることがわかった。
次に、他の誘導体をテストしたけど、成功のレベルは様々だった。完全に変換されたものもあれば、部分的にしか変換されなかったものもあった。まるで「何が合うかを当てるゲーム」のようなテストは、異なる出発材料を使って目的のキノリンを作る方法に関する洞察を得る手助けになった。
その後、研究者たちは異なる関連化合物でこれらの酵素を挑戦し、様々なタイプの化合物を生み出せるかを見た。クマリンやチオクマリンの形はできたけど、期待していたほど生産的ではなかった。
大きな賞を狙う:4-メトキシー-1-メチル-2-キノリン
様々な誘導体を見ているうちに、研究者たちは4-メトキシー-1-メチル-2-キノリンという特定の化合物に注目した。この化合物は、様々な病気の治療において可能性があるとされている。研究者たちは、彼らの作っているキノリンからもう一つのステップで製造できることに気づいた。興奮して、彼らはこの変換を完了するための適切な酵素を探し始めた。
O-メチルトランスフェラーゼ(OMT)の検索で、バイ菌や植物の酵素の中からいくつかの候補を発見した。彼らは、E. coliという一般的なラボのワークホースでこれらの酵素を発現させて、キノリンを目的の化合物にメチル化できるかを見た。喜んだことに、テストした5つの酵素のうち3つが目標の化合物を生成することができた。
最適化の技術
4-メトキシー-1-メチル-2-キノリンを作る方法を見つけた研究者たちは、そこで止まっちゃいけないとわかってた。彼らは最終製品の収率を最適化するためにプロセスのあらゆる部分を調整し始めた。いくつかの試行錯誤を通じて、pHや特定の化学物質の量を変更することが出力を大幅に向上させることができると発見したんだ。
ラボでは、一つのポットでのカスケードを実施した。これは、化学反応のための料理技術みたいなもので、全ての酵素と必要な成分を一つのポットにまとめて最終製品を作り出した。最適化の後、目的の化合物の収率は10倍も向上した!まるで悲しいスープから、しっかりとしたシチューに変わったみたいだった。
実際に機能させるためのテスト
今、研究者たちは新たな挑戦に直面した:このプロセスを生きたバイ菌の中で機能させること。これは、より安価で効率的にプロセスを進めるために重要だった。彼らは、E. coliをこのタスクに使うことにしたんだ、その遺伝子がよく知られていて、安全に扱えるから。
いくつかのプラスミド(細胞の取扱説明書みたいなもので)を試した後、彼らは目的の化合物を生成することができる細菌株を作ることに成功した。初期の収率は少なかったけど、徐々にいくつかのクリエイティブな変更で改善が見られたんだ。それはまるで新しいチャレンジと報酬が待ち受けるビデオゲームのようで、目標に近づくことができた。
成功の結晶化
研究者たちは作業を続ける中で、生化学的なプロセスだけに留まらず、使っている酵素をよりよく理解したいと思ってた。結晶化を通じて、酵素の構造がどのように見えるかを特定できたんだ。これは重要な情報で、酵素の形を理解することで、科学者たちがより良く機能させる方法を考え出す手助けになるよ。
主要な酵素の一つの結晶構造を見たら、効率を高めるために修正できることに気づいた。それはまるでギターの調整みたいで、小さな調整がパフォーマンスに大きな違いをもたらすんだ。
大きな視点:医学への意味
この研究は単なる楽しい科学プロジェクトじゃなくて、新しい薬の開発に可能性を秘めてる。微生物で自然化合物生産の経路をエンジニアリングする方法を作ることで、科学者たちは新薬をより効率的かつ手頃に製造できるように導けるかもしれない。薬の開発が不確実な未来に向かう中で、重要な化合物を持続可能な方法で生産することは必須だよ。
結論:天然物の宝庫
要するに、天然物は新しい薬の開発のための広大な機会を提供してるけど、それを使う際の課題もある。研究者たちは革新的なアプローチを通じて、有価な化合物の生成を改善するために大きな進展を見せたんだ。継続的な作業と探求を通じて、自然の不思議をあらゆる病気の効果的な治療に変える未来は明るいと感じるよ。いつの日か、これらのプロセスをパッケージ化して、生命を救う薬をどんなラボのキッチンでも作れるレシピ本にできるかもしれないね!
だから、科学に乾杯!小さな発見が命を救うイノベーションに繋がる、そんな世界を目指して!
オリジナルソース
タイトル: A biocatalytic platform for the production of substituted 2-quinolones and (thio)coumarins
概要: 2-quinolones are privileged scaffolds for drug discovery that are relatively rare in nature. Here, we characterise two promiscuous fungal polyketide synthases AthePKS and FerePKS, which we had previously found to produce quinolones in vitro. We challenged the enzymes with several substituted anthranilic acid derivatives, revealing their ability to produce precursors of pharmaceutically relevant quinolones. We also discovered that AthePKS and FerePKS accept other 2-substituted benzoic acids, leading to the formation of coumarin and thiocoumarin scaffolds. We applied AthePKS in an artificial enzymatic cascade towards an antimicrobial 4-methoxy-1-methyl-2-quinolone and demonstrated its in vivo feasibility by successfully expressing the pathway in Escherichia coli. Lastly, we determined the crystal structure of AthePKS, suggesting hotspots for enhancing its catalytic efficiency by enzyme engineering. Our results provide a framework for further engineering of enzymatic routes towards privileged heteroaromatic scaffolds and derivatives thereof.
著者: Nika Sokolova, Angelina Osipyan, Lili Zhang, Matthew R. Groves, Sandy Schmidt, Kristina Haslinger
最終更新: 2024-12-23 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.20.629698
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.20.629698.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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