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# Informatica# Strutture dati e algoritmi

Progressi nell'indicizzazione a intervalli per schemi di testo

Esplorare indicizzazione efficace per rilevare occorrenze vicine di schemi nelle stringhe.

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Tecniche diTecniche diIndicizzazione GapEfficientistringhe.per le occorrenze di pattern nelleOttimizzare le prestazioni delle query
Indice

Nel mondo dell'informatica, soprattutto quando si parla di stringhe e testo, c'è un grande focus sull'indicizzazione. L'indicizzazione è fondamentalmente prendere una stringa e prepararla in un modo che rende più facile rispondere a domande specifiche su quella stringa. Ci sono diverse soluzioni disponibili per trovare corrispondenze esatte di modelli nelle stringhe, ma a volte abbiamo bisogno di trovare modelli più complessi. Per esempio, potremmo voler trovare occorrenze di due modelli che sono vicini l'uno all'altro in una stringa.

Recentemente, è stato introdotto un tipo di query chiamata occorrenze consecutive con intervallo. In questo caso, vogliamo trovare coppie di due modelli in una stringa che siano vicine tra loro ma separate da una certa distanza. La sfida qui è che creare una struttura efficiente per indicizzare tali query è complicato. Anche con modelli fissi, le soluzioni potrebbero non essere molto efficienti, anche se ci sono alcuni limiti superiori stabiliti per la loro complessità.

Per affrontare questi problemi, l'attenzione si è spostata su testo rappresentato come un programma a linea retta (SLP). Questo è un modo strutturato per descrivere le stringhe usando un insieme di regole. Utilizzando gli SLP, vogliamo creare un indice che occupi uno spazio ragionevole e possa rispondere rapidamente alle query, entro limiti specifici.

Nel problema base dell'indicizzazione, vogliamo elaborare una stringa in modo da poter facilmente trovare modelli specifici in essa. Per una stringa di una certa lunghezza, abbiamo strutture come l'albero dei suffissi e l'array dei suffissi. Queste strutture sono efficienti in termini di spazio e ci permettono di trovare query in un tempo che è anche efficiente rispetto alla lunghezza del modello. Oggi esistono molte soluzioni che bilanciano in modo efficiente spazio e tempo quando si indicizzano stringhe, che sono discusse in vari sondaggi nel campo.

Tuttavia, nelle applicazioni pratiche, è essenziale supportare query più generalizzate oltre le corrispondenze esatte. Ad esempio, potremmo voler localizzare sottostringhe che si adattano a un'espressione regolare. Risultati recenti hanno mostrato che per certe congetture matematiche, anche se preprocessiamo con tempo polinomiale, non possiamo rispondere rapidamente a query di espressioni regolari.

Una linea di indagine particolarmente interessante nell'indicizzazione è come elaborare stringhe per coppie di modelli. Questo è stato esplorato per la prima volta nel contesto del recupero documenti, dove l'obiettivo è preparare una collezione di stringhe per query che chiedono se contengono entrambi i modelli o contengono un modello evitando un altro.

Le soluzioni più veloci esistenti per tali problemi richiedono un tempo proporzionale alla lunghezza totale di tutte le stringhe coinvolte. Questa complessità temporale solleva domande sull'efficienza, soprattutto man mano che aumenta la lunghezza delle stringhe. I ricercatori hanno trovato collegamenti tra questi problemi e altri problemi matematici, che aiutano a spiegare perché ottenere prestazioni migliori nelle query possa essere una sfida.

Un'area di esplorazione particolarmente rilevante proviene da lavori che chiedono come preprocessare una stringa per trovare occorrenze che sono più vicine tra loro. L'obiettivo principale è creare una struttura che possa restituire rapidamente risultati per query relative a questa prossimità. Questo lavoro recente ha stabilito un collegamento con la moltiplicazione di matrici booleane che sottolinea quanto possa essere difficile migliorare sia i tempi di preprocessamento che quelli delle query.

Questo documento mira ad approfondire il nuovo problema di indicizzazione chiamato indicizzazione con intervallo per occorrenze consecutive. Qui, consideriamo query che coinvolgono due modelli e un intervallo specifico, dove dobbiamo trovare coppie di occorrenze che sono vicine. Alcuni ricercatori hanno identificato strutture che gestiscono in modo efficiente casi limitati, ma estendere queste a scenari più ampi potrebbe essere difficile a causa delle complessità e delle limitazioni esistenti.

Man mano che approfondiamo il problema dell'indicizzazione con intervallo per occorrenze consecutive, ci spostiamo su come gestire l'Indicizzazione Compressa. C'è stata una ricerca significativa nel progettare indici che tengono conto del testo compresso. Gli indici compressi si concentrano sul mantenere i dati in uno spazio più piccolo pur potendo rispondere alle query in modo efficiente. Questo è particolarmente importante quando il metodo di compressione può descrivere una lunga stringa usando meno bit.

Il programma a linea retta, di cui abbiamo già parlato, serve come un modo elegante per ottenere questo tipo di compressione. Gli SLP usano grammatica senza contesto per descrivere le stringhe in modo efficiente e permettono un accesso rapido a singoli caratteri. La ricerca mostra che è possibile abbinare modelli in stringhe rappresentate in questo modo compresso.

Sebbene siano stati fatti vari miglioramenti in termini di velocità delle query mantenendo un uso efficiente dello spazio, non è sempre chiaro se una stringa altamente comprimibile possa essere elaborata senza impatti sull'efficienza. Alcuni problemi possono mostrare che anche quando abbiamo stringhe compresse, potremmo dover fare ancora affidamento sulla lunghezza originale della stringa per certe operazioni, rendendo difficili i miglioramenti di velocità.

Nel nostro approccio all'indicizzazione con intervallo per occorrenze consecutive, consideriamo un caso che coinvolge stringhe compresse. Quando la stringa è rappresentata da un SLP, possiamo creare una struttura che gestisce in modo efficiente le query. Per una stringa descritta da un SLP specifico, possiamo utilizzare uno spazio proporzionale alla dimensione di quel SLP e mantenere tempi di accesso rapidi.

Sebbene possa sembrare che ottenere uno spazio ridotto e tempi rapidi per le query contraddica le congetture matematiche esistenti, c'è ancora una domanda aperta riguardo ai limiti raggiungibili. Ci si chiede come migliorare l'efficienza dello spazio senza sacrificare la velocità delle query quando le distanze coinvolte nelle occorrenze non sono fisse.

Nel corso di questo studio, assumiamo generalmente un modello computazionale particolare dove lo spazio si riferisce al numero di unità di memoria utilizzate. Una stringa è semplicemente una sequenza di caratteri, e descriviamo le caratteristiche associate alle stringhe, inclusi cosa significa per una Sottostringa verificarsi e alcuni concetti correlati.

In termini semplici, una sottostringa è semplicemente un pezzo di una stringa. Ad esempio, nella stringa "hello", "hel" è una sottostringa. Quando ci riferiamo a occorrenze, intendiamo i punti nella stringa principale dove si può trovare una sottostringa.

Il concetto di occorrenze consecutive si riferisce a istanze in cui una sottostringa segue l'altra senza interruzioni da altre sottostringhe nel mezzo. Tali occorrenze possono fornire importanti spunti nell'analisi del testo. Ad esempio, un'occorrenza potrebbe essere considerata "vicina" se cade entro un certo intervallo di distanza da un'altra occorrenza.

Nella teoria delle stringhe, anche la periodicità di una stringa gioca un ruolo importante. Se una stringa ha un periodo, significa che la stringa si ripete a intervalli regolari. Questo è utile in molte applicazioni come la compressione e il pattern matching.

Andando avanti, discuteremo gli aspetti tecnici di come implementare praticamente questi concetti. Uno degli strumenti essenziali in questo lavoro è un trie compatto, che è una struttura simile a un albero utilizzata per memorizzare una collezione di stringhe in un modo che consente un recupero efficiente basato sui prefissi.

Il trie è costituito da nodi ed edge, dove gli edge rappresentano caratteri nelle stringhe. Strutturando i dati in questo modo, possiamo trovare in modo efficiente intervalli di stringhe che iniziano con un determinato prefisso. In particolare, costruiremo trie su misura per le nostre esigenze specifiche per fornire una memorizzazione efficiente e risposte rapide alle query.

Nel fulcro di questo lavoro, descriveremo come gestire le occorrenze rilevanti di sottostringhe nel contesto di stringhe più grandi. Svilupperemo una struttura dati che consente diversi tipi di query efficienti, permettendo una facile segnalazione delle occorrenze e un posizionamento efficiente.

Mentre lavoriamo nei dettagli, uno dei principali obiettivi sarà mantenere un tempo di query rapido mantenendo compatta la struttura dei dati. L'obiettivo è consentire vari tipi di query che possano restituire risultati rapidamente rimanendo efficienti in termini di spazio utilizzato.

Quando esaminiamo come elaborare le stringhe in modo efficiente, discuteremo anche come gestire i casi in cui dobbiamo trovare occorrenze di due modelli che sono in prossimità. Invece di cercare semplicemente delle corrispondenze, vogliamo capire come queste occorrenze interagiscono e come possiamo trovarle in modo efficiente all'interno di un corpo di testo più ampio.

Incorporando tecniche intelligenti e applicando osservazioni matematiche, possiamo creare una robusta struttura di indicizzazione che affronta le sfide poste dalla query di stringhe compresse per co-occorrenze ravvicinate. Il design finale garantirà che la complessità temporale rimanga gestibile, consentendo di rispondere efficacemente alle query.

Attraverso la nostra indagine, concluderemo con osservazioni e potenziali direzioni future per la ricerca. Comprendendo le complessità e i miglioramenti potenziali, apriamo la strada allo sviluppo di tecniche avanzate di indicizzazione nel campo dell'elaborazione delle stringhe.

Fonte originale

Titolo: Compressed Indexing for Consecutive Occurrences

Estratto: The fundamental question considered in algorithms on strings is that of indexing, that is, preprocessing a given string for specific queries. By now we have a number of efficient solutions for this problem when the queries ask for an exact occurrence of a given pattern $P$. However, practical applications motivate the necessity of considering more complex queries, for example concerning near occurrences of two patterns. Recently, Bille et al. [CPM 2021] introduced a variant of such queries, called gapped consecutive occurrences, in which a query consists of two patterns $P_{1}$ and $P_{2}$ and a range $[a,b]$, and one must find all consecutive occurrences $(q_1,q_2)$ of $P_{1}$ and $P_{2}$ such that $q_2-q_1 \in [a,b]$. By their results, we cannot hope for a very efficient indexing structure for such queries, even if $a=0$ is fixed (although at the same time they provided a non-trivial upper bound). Motivated by this, we focus on a text given as a straight-line program (SLP) and design an index taking space polynomial in the size of the grammar that answers such queries in time optimal up to polylog factors.

Autori: Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya, Teresa Anna Steiner

Ultimo aggiornamento: 2023-04-03 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://arxiv.org/abs/2304.00887

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2304.00887

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia arxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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