Progressi nella scoperta di farmaci grazie al machine learning
Nuovo metodo migliora le previsioni nello sviluppo di farmaci usando dati combinati da diversi settori.
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Indice
- Il Ruolo del Machine Learning nella Scoperta di Farmaci
- L'importanza dei Dati
- Prevedere gli Effetti Usando Due Domini
- Metodi Tradizionali di Transfer Learning
- Un Nuovo Approccio: Rete Neurale a Messaggi Simbiotici
- Come Funziona l'SMPNN?
- Confronto delle Prestazioni
- Applicazioni nel Mondo Reale
- Sfide e Direzioni Future
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
Negli ultimi anni, gli scienziati hanno cercato nuovi modi per scoprire farmaci in modo più efficiente. Un metodo promettente è usare modelli al computer che possono aiutare a esplorare e analizzare milioni di composti chimici diversi. Questo metodo può far risparmiare tempo e risorse nello sviluppo di nuovi trattamenti per le malattie.
Il Ruolo del Machine Learning nella Scoperta di Farmaci
Il machine learning è un tipo di intelligenza artificiale che aiuta i computer a imparare dai Dati. Nella scoperta di farmaci, gli scienziati possono usare il machine learning per prevedere come si comporteranno diversi composti. Esaminando le proprietà chimiche, i ricercatori possono capire meglio quali composti potrebbero funzionare come farmaci. Però, creare un modello affidabile richiede un grande insieme di dati su composti conosciuti e i loro effetti. Questa cosa può essere difficile visto che non tutti i composti sono stati testati in laboratorio.
L'importanza dei Dati
I dati sono fondamentali in qualsiasi ricerca scientifica, soprattutto nella scoperta di farmaci. I ricercatori spesso si affidano a set di dati esistenti che contengono informazioni su come si comportano certi composti. Però, la disponibilità di dati di alta qualità può variare molto tra le diverse aree. Per esempio, potrebbe essere più facile raccogliere dati sugli effetti dei composti su batteri piuttosto che su funghi o altri organismi. Questo solleva una domanda importante: come possono i ricercatori sfruttare al meglio i dati che hanno mentre cercano di prevedere come funzioneranno i composti in aree con pochi dati?
Prevedere gli Effetti Usando Due Domini
Per affrontare questa sfida, gli scienziati possono usare una tecnica chiamata transfer learning. Questo comporta prendere conoscenze da un'area (o dominio) dove hanno molti dati e applicarle a un'altra area dove hanno meno informazioni. Per esempio, i ricercatori possono avere un grande set di dati su come un certo composto influisce sui batteri. Potrebbero poi usare queste informazioni per fare previsioni su come quel composto potrebbe comportarsi contro i funghi.
Metodi Tradizionali di Transfer Learning
Tradizionalmente, gli approcci di transfer learning si sono concentrati sull'addestramento di modelli usando dati di un dominio e poi affinando questi modelli per un secondo dominio. Però, questi metodi spesso affrontano delle limitazioni e il successo può variare a seconda della complessità di entrambi i domini.
Un Nuovo Approccio: Rete Neurale a Messaggi Simbiotici
In risposta a queste limitazioni, i ricercatori hanno sviluppato un nuovo metodo chiamato Rete Neurale a Messaggi Simbiotici (SMPNN). Questo approccio permette a diversi modelli addestrati su dati di due domini separati di comunicare e lavorare insieme. Creando nuovi percorsi per lo scambio di informazioni, l'SMPNN può aiutare a risolvere eventuali conflitti tra modelli che potrebbero sorgere a causa di fonti di dati diverse.
Come Funziona l'SMPNN?
L'SMPNN combina essenzialmente modelli di diversi domini, permettendo loro di condividere intuizioni l'uno con l'altro. Così facendo, i ricercatori possono attingere ai punti di forza di entrambi i modelli, portando a previsioni migliori su come i composti si comporteranno in certe situazioni.
Quando applicano l'SMPNN, i ricercatori raccolgono dati da entrambi i domini e conducono esperimenti aggiuntivi. In questo modo, possono dimostrare quanto bene il nuovo modello prevede l'attività antifungina di un composto basandosi sulla sua attività antibatterica.
Confronto delle Prestazioni
Per verificare l'efficacia dell'approccio SMPNN, i ricercatori lo hanno confrontato con metodi tradizionali di transfer learning. I risultati mostrano che l'SMPNN ha superato i metodi standard fornendo previsioni più coerenti e accurate. Questo suggerisce che mettere insieme modelli provenienti da diversi domini può portare a prestazioni complessive migliori nella previsione del comportamento dei composti.
Applicazioni nel Mondo Reale
La ricerca si è principalmente concentrata sulla previsione dell'attività antifungina basata su dati batterici. Questo è significativo perché sia i batteri che i funghi sono obiettivi essenziali per lo sviluppo di farmaci. La possibilità di attingere a conoscenze dai batteri può accelerare la ricerca di trattamenti antifungini.
Il metodo SMPNN è versatile e può essere applicato ad altre aree scientifiche oltre alla scoperta di farmaci. Potrebbe essere utile in campi come la scienza ambientale, dove i dati potrebbero essere limitati per certi organismi o condizioni.
Sfide e Direzioni Future
Anche se l'SMPNN mostra un approccio promettente per la scoperta di farmaci e l'integrazione dei dati, ci sono delle sfide che i ricercatori devono affrontare. Un problema chiave è la necessità di dati di alta qualità provenienti da entrambi i domini. Senza un set di dati robusto, le previsioni fatte dall'SMPNN potrebbero non essere affidabili.
Le future ricerche potrebbero concentrarsi sull'arricchimento dei set di dati e sul miglioramento dei processi di transfer learning. Raffinando questi modelli e ampliando le loro applicazioni, i ricercatori possono continuare a far progredire la scoperta di farmaci e potenzialmente portare a scoperte nello sviluppo dei trattamenti.
Conclusione
Il metodo SMPNN rappresenta un passo entusiasta in avanti nella scoperta di farmaci. Fondendo dati provenienti da più domini, può aiutare gli scienziati a fare previsioni sui composti in modo più accurato ed efficiente. Man mano che il campo continua a evolversi, approcci come l'SMPNN giocheranno probabilmente un ruolo cruciale nella scoperta di nuovi trattamenti e nella risoluzione di domande mediche irrisolte. Questa innovazione nel machine learning e nell'integrazione dei dati potrebbe cambiare il modo in cui i ricercatori affrontano la scoperta di farmaci per molti anni a venire.
Titolo: Symbiotic Message Passing Model for Transfer Learning between Anti-Fungal and Anti-Bacterial Domains
Estratto: Machine learning, and representation learning in particular, has the potential to facilitate drug discovery by screening billions of compounds. For example, a successful approach is representing the molecules as a graph and utilizing graph neural networks (GNN). Yet, these approaches still require experimental measurements of thousands of compounds to construct a proper training set. While in some domains it is easier to acquire experimental data, in others it might be more limited. For example, it is easier to test the compounds on bacteria than perform in-vivo experiments. Thus, a key question is how to utilize information from a large available dataset together with a small subset of compounds where both domains are measured to predict compounds' effect on the second, experimentally less available domain. Current transfer learning approaches for drug discovery, including training of pre-trained modules or meta-learning, have limited success. In this work, we develop a novel method, named Symbiotic Message Passing Neural Network (SMPNN), for merging graph-neural-network models from different domains. Using routing new message passing lanes between them, our approach resolves some of the potential conflicts between the different domains, and implicit constraints induced by the larger datasets. By collecting public data and performing additional high-throughput experiments, we demonstrate the advantage of our approach by predicting anti-fungal activity from anti-bacterial activity. We compare our method to the standard transfer learning approach and show that SMPNN provided better and less variable performances. Our approach is general and can be used to facilitate information transfer between any two domains such as different organisms, different organelles, or different environments.
Autori: Ronen Taub, Tanya Wasserman, Yonatan Savir
Ultimo aggiornamento: 2023-04-14 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://arxiv.org/abs/2304.07017
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2304.07017
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia arxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.
Link di riferimento
- https://doi.org/10.1038/418453a
- https://doi.org/10.1038/s41573-019-0024-5
- https://doi.org/10.1007/978-1-4419-1428-6
- https://doi.org/10.1038/nature14539
- https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5b00559
- https://doi.org/10.1021/acs.jcim.9b00237
- https://doi.org/10.1186/s40537-016-0043-6
- https://doi.org/10.1186/s13321-020-00430-x
- https://doi.org/10.1109/TNNLS.2023.3250324
- https://doi.org/10.1007/978-3-030-40245-7
- https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2020.05.009
- https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.9b00959
- https://doi.org/10.1016/j.aiopen.2021.01.001
- https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.9b02147