Strategie innovative per colpire KRAS nel trattamento del cancro
La ricerca ha svelato nuovi metodi per colpire le mutazioni di KRAS nei tumori aggressivi.
― 5 leggere min
Indice
- Sfide nel targetizzare RAS per lo sviluppo di farmaci
- Un nuovo approccio allo sviluppo di farmaci
- Creazione di una libreria di potenziali molecole farmacologiche
- Analisi delle molecole selezionate
- Testare l'efficacia delle molecole selezionate
- Vantaggi di questo metodo
- Direzioni future e limitazioni
- Conclusione
- Fonte originale
Le Proteine RAs sono molecole piccole che giocano un ruolo chiave nel segnale cellulare. Possono passare tra due stati: uno "attivo" quando sono legate al GTP e uno "inattivo" quando legate al GDP. Quando sono nella loro forma attiva, le proteine RAS interagiscono con diversi percorsi nella cellula che regolano crescita e sopravvivenza. Tuttavia, quando mutate, queste proteine possono rimanere nello stato attivo, portando a una crescita cellulare incontrollata e al cancro. Una delle mutazioni più comuni si verifica in un tipo di RAS chiamato KRAS. Questa forma mutata si trova in molti tumori aggressivi come quelli del pancreas, del colon, del polmone e del seno.
Sfide nel targetizzare RAS per lo sviluppo di farmaci
Sviluppare farmaci per targetizzare RAS è stato complicato. Lo spazio dove una piccola molecola di farmaco potrebbe attaccarsi è occupato da GTP o GDP, che sono entrambi saldamente legati e presenti in alte quantità nelle cellule. Questo rende difficile sostituirli con un farmaco. La maggior parte dell'attività della proteina RAS dipende dalle interazioni con altre proteine, ma queste superfici di interazione sono spesso piatte e meno definite, rendendole difficili da targetizzare con piccole molecole. Anche se sono stati creati alcuni candidati farmaci per targetizzare forme mutate di KRAS, problemi come disponibilità limitata e rapida resistenza al trattamento continuano a rappresentare ostacoli.
Un nuovo approccio allo sviluppo di farmaci
Per superare queste sfide, i ricercatori stanno cercando di creare molecole sintetiche più grandi che possano interagire con le superfici delle proteine KRAS in modo più efficace. Queste molecole possono essere prodotte usando un metodo chiamato chimica automatizzata del fosforamidite, che è tipicamente usato nella produzione di DNA. Adattando questo metodo, gli scienziati mirano a sviluppare nuovi tipi di molecole che possano legarsi alle proteine KRAS in un modo che impedisce loro di interagire con altre proteine importanti coinvolte nella crescita del cancro.
Creazione di una libreria di potenziali molecole farmacologiche
Il primo passo in questo nuovo approccio prevede di sintetizzare una libreria di diversi monomeri di fosforamidite, che sono i mattoni per creare molecole più grandi. Una varietà di monomeri può fornire diverse proprietà chimiche alle molecole risultanti. Questi mattoni vengono poi collegati insieme attraverso un processo conosciuto come sintesi one-bead-one-sequence. Questa tecnica consente di creare un grande numero di molecole uniche in un singolo esperimento.
Una volta formata la libreria, gli scienziati applicano un metodo chiamato sorting di bead attivato dalla fluorescenza (FABS) per identificare quali molecole si legano efficacemente alle proteine KRAS. In questo processo, le bead contenenti le molecole vengono mescolate con proteine KRAS etichettate fluorescentemente, permettendo ai ricercatori di misurare quali bead mostrano un forte legame. Dopo vari round di selezione, rimangono solo i migliori candidati.
Analisi delle molecole selezionate
Dopo il processo di selezione, le molecole rimanenti vengono analizzate usando una tecnica chiamata spettrometria di massa. Questo aiuta a determinare la struttura e la sequenza delle molecole selezionate. Comprendendo quali molecole si legano meglio a KRAS, gli scienziati possono identificare candidati per ulteriori test come potenziali farmaci.
Testare l'efficacia delle molecole selezionate
Una volta identificate le molecole promettenti, queste subiscono un processo di validazione. I ricercatori si assicurano che queste molecole possano effettivamente interrompere l'interazione tra KRAS e le sue proteine partner. Questo viene fatto usando un semplice saggio, dove le molecole vengono testate in un ambiente controllato per vedere se interferiscono effettivamente con l'attività delle proteine KRAS.
I risultati mostrano che diverse delle molecole testate, conosciute come fosfoestamers, possiedono una forte capacità di interrompere le funzioni di KRAS. Non solo hanno mostrato alta affinità di legame, ma lo hanno fatto senza influenzare la versione normale (wild-type) della proteina KRAS. Tra i fosfoestamers testati, alcuni hanno mostrato un forte legame selettivo con forme mutate di KRAS, suggerendo il loro potenziale uso come terapie mirate per il cancro.
Vantaggi di questo metodo
Questo nuovo approccio offre diversi vantaggi. Il processo di selezione è rapido ed efficiente, richiedendo solo poche settimane per essere completato rispetto ai metodi tradizionali, che possono richiedere molto più tempo. La capacità di identificare inibitori efficaci contro proteine difficili da targetizzare, come KRAS, è particolarmente preziosa, specialmente considerando l'importanza delle mutazioni RAS in molti tipi di cancro.
Direzioni future e limitazioni
Sebbene questa ricerca abbia mostrato risultati promettenti, ci sono ancora sfide da affrontare. La dimensione e le proprietà delle molecole identificate potrebbero non rientrare nei criteri tradizionali per i farmaci, il che potrebbe limitarne l'efficacia come terapie. Tuttavia, c'è crescente riconoscimento nella comunità di sviluppo farmaci del potenziale di molecole che non aderiscono alle regole convenzionali.
Inoltre, potrebbero essere necessarie esplorazioni di metodi di somministrazione alternativi per garantire che queste molecole più grandi possano entrare efficacemente nelle cellule. Il panorama in rapido cambiamento dello sviluppo dei farmaci significa che nuove strategie continueranno a emergere, portando potenzialmente a nuove opzioni di trattamento per i pazienti affetti da cancro.
Conclusione
I ricercatori stanno facendo passi significativi nello sviluppo di farmaci mirati alla proteina KRAS mutata, che gioca un ruolo cruciale in molti tipi di cancro. Creando una libreria di molecole sintetiche e impiegando tecniche di selezione innovative, hanno identificato diversi candidati che mostrano promesse nell'inibire le interazioni proteiche dannose. Questa ricerca rappresenta una potenziale nuova via per trattare i tumori associati alle mutazioni RAS, offrendo speranza per opzioni di trattamento migliorate in futuro.
Titolo: Sequence-defined oligophosphoesters for selective inhibition of the KRAS G12D/RAF1 interaction
Estratto: Rat Sarcoma (RAS) genes are the most frequently mutated genes in cancer, with KRAS being the most predominant oncogene, yet they have proved extremely difficult to drug because they operate primarily through protein-protein interactions (PPIs) which lack an obvious pocket for small molecules. Sequence-defined synthetic oligomers could combine the precision and customisability of synthetic molecules with the size requirements to address entire protein-protein interaction surfaces. We have adapted the phosphoramidite chemistry of oligonucleotide synthesis to produce a library of nearly one million non-nucleosidic oligophosphoester sequences - phosphoestamers - and used a fluorescent-activated bead sorting (FABS) process to select oligomers that inhibit the interaction between KRASG12D (the most prevalent, and undrugged, mutant) and RAF, a downstream effector of RAS whose activation results in cell proliferation. Hits were identified using tandem mass spectrometry, and validation showed effective inhibition with IC50 values as low as 25 nM, and excellent selectivity for the mutant over the wild type form. These findings could lead to new drugs against cancers driven by mutant RAS, and provided proof-of-principle for the phosphoestamer platform against PPIs in general.
Autori: Christopher D Serpell, B. Claringbold, S. Vance, A. R. Paul, M. D. Garrett
Ultimo aggiornamento: 2024-03-19 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.12.584553
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.12.584553.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.