Approcci Innovativi per l'Analisi delle Immagini Mediche
Usare la composizionalità per migliorare il machine learning nell'imaging medico.
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Indice
Nell'imaging medico, capire le immagini come le risonanze magnetiche e le TAC in modo rapido e preciso è fondamentale per la diagnosi e il trattamento. Anche se le macchine possono analizzare queste immagini usando l'apprendimento profondo, spesso hanno bisogno di un sacco di dati etichettati per imparare in modo efficace. Al contrario, gli umani possono identificare strutture importanti in queste immagini con molto meno aiuto. Questa capacità di imparare in fretta e adattarsi a nuove immagini è dovuta a come i nostri cervelli elaborano i modelli delle immagini. Gli attuali modelli di apprendimento automatico non replicano completamente questa capacità.
Questo articolo esplora un nuovo approccio per migliorare il modo in cui le macchine imparano ad analizzare le immagini mediche utilizzando il concetto di Composizionalità. La composizionalità si riferisce all'idea che i modelli complessi possono essere compresi come combinazioni di elementi più semplici. Nel nostro caso, la usiamo per sviluppare modelli che possono generalizzare meglio tra diverse attività di imaging medico. L'obiettivo finale è creare modelli che possano identificare efficacemente le strutture anatomiche in vari scenari di imaging con meno sforzo di etichettatura.
L'importanza della Composizionalità nell'Imaging Medico
Quando si analizzano le immagini mediche, i modelli di apprendimento profondo hanno bisogno di grandi quantità di dati etichettati per addestrarsi correttamente. Tuttavia, gli umani possono imparare rapidamente a identificare l'anatomia cruciale con una guida minima. Questa differenza evidenzia la necessità di nuovi metodi che imitino le capacità umane nel riconoscimento delle immagini. La composizionalità può aiutare a migliorare il processo di apprendimento permettendo ai modelli di utilizzare parti identificabili più semplici delle immagini e combinarle in un tutto. Ad esempio, se un modello impara le caratteristiche relative al cuore, può applicare quella conoscenza quando identifica il cuore in nuove immagini.
La composizionalità aiuta anche a rendere il processo di apprendimento più interpretabile, permettendoci di capire su quali caratteristiche si stanno concentrando i modelli. Questa interpretabile è critica nelle applicazioni mediche dove comprendere le decisioni del modello può guidare le pratiche cliniche.
In questo lavoro, ci concentriamo su una proprietà chiamata equivarianza composizionale. Questa proprietà suggerisce che le rappresentazioni apprese da un modello dovrebbero cambiare in modo prevedibile quando cambiano le corrispondenti caratteristiche anatomiche nelle immagini. Assicurandoci che i modelli aderiscano alla composizionalità, puntiamo a migliorare le loro prestazioni nell'identificare le strutture anatomiche.
Metodologia
Per studiare come utilizzare la composizionalità nella segmentazione delle immagini mediche, proponiamo un framework basato su kernel von-Mises-Fisher (vMF) apprendibili. Questo framework mira a garantire che le rappresentazioni create dal modello riflettano la struttura composizionale delle immagini. Abbiamo in programma di esaminare come diversi approcci di apprendimento possano aiutare a forzare l'equivarianza composizionale in vari ambienti di addestramento.
Categoriamo gli ambienti in tre tipi: non supervisionati, debolmente supervisionati e semi-supervisionati. Ogni impostazione sarà studiata per vedere quanto bene i modelli possono imparare a identificare i componenti delle immagini mediche.
Impostazione Non Supervisionata
In un'impostazione non supervisionata, il modello impara senza dati etichettati. L'obiettivo è identificare gruppi di dati che condividono caratteristiche comuni. Applicando un approccio di clustering, il modello può allineare le rappresentazioni apprese con i punti centrali di questi cluster. Anche se inizialmente non sa quali siano le caratteristiche anatomiche specifiche, può comunque iniziare a scoprire relazioni tra i punti dati basate sulle loro somiglianze.
Impostazione Debolmente Supervisionata
In un'impostazione debolmente supervisionata, vengono forniti etichette parziali. Ad esempio, il modello può solo sapere se un certo componente, come il cuore, è presente in un'immagine. Queste informazioni extra aiutano il modello a imparare rappresentazioni che correlano con la presenza o l'assenza di organi. In questo modo, il modello può iniziare a identificare caratteristiche specifiche anche con una guida limitata.
Impostazioni Semi-Supervisionate
L'approccio Semi-supervisionato consente al modello di utilizzare sia dati etichettati che non etichettati durante l'addestramento. Ad esempio, il modello può apprendere da un piccolo numero di immagini etichettate mentre sfrutta anche numerose immagini non etichettate. Questa impostazione consente al modello di catturare meglio le relazioni tra i diversi punti dati, migliorando le prestazioni complessive nell'identificare le strutture anatomiche.
Inoltre, esploriamo la pseudo supervisione incrociata, dove due modelli vengono addestrati insieme, con uno che utilizza le previsioni dell'altro come guida. Questo metodo collaborativo aiuta a perfezionare il processo di apprendimento e fornisce ulteriori informazioni sulle rappresentazioni delle caratteristiche.
Costruzione dei Modelli
Per implementare il nostro framework, iniziamo progettando modelli che possano estrarre caratteristiche dalle immagini mediche. I modelli utilizzano i kernel vMF per rappresentare le caratteristiche profonde in uno spazio di dimensioni inferiori. Ogni posizione nell'immagine corrisponde a un vettore di caratteristiche che può essere trasformato in base alle rappresentazioni apprese.
Il processo di estrazione implica identificare componenti anatomici rilevanti affinché il modello possa imparare quali caratteristiche corrispondono a strutture specifiche. Questo approccio aiuta il modello a sviluppare una comprensione più chiara delle immagini.
Una volta estratte le caratteristiche, utilizziamo procedure di addestramento nelle varie impostazioni menzionate in precedenza. Combinando dati etichettati con processi di clustering e attivazione, creiamo un modello che può prevedere efficacemente le maschere di segmentazione per diversi componenti anatomici.
Valutazione delle Prestazioni del Modello
Per valutare l'efficacia dei nostri modelli, eseguiamo esperimenti estesi su diversi set di dati di imaging medico. La nostra valutazione include un confronto dei modelli proposti con metodi di base forti che si sono dimostrati efficaci in compiti simili.
Durante la valutazione, osserviamo diverse metriche di prestazione, tra cui i punteggi di Dice e le distanze di Hausdorff, che misurano l'accuratezza della segmentazione. Punteggi più alti indicano migliori prestazioni nell'identificare correttamente le strutture anatomiche nelle immagini.
Risultati degli Esperimenti
Negli esperimenti, i modelli che utilizzano l'approccio della composizionalità hanno dimostrato prestazioni significativamente migliori in diversi scenari. Ad esempio, i modelli addestrati nell'impostazione semi-supervisionata hanno costantemente superato quelli in condizioni completamente supervisionate, soprattutto quando i dati etichettati erano limitati.
I risultati hanno anche mostrato che i modelli che beneficiavano di una supervisione debole e della presenza di informazioni strutturali producevano risultati comparabili a quelli addestrati con dataset etichettati più ampi. Questa scoperta supporta l'ipotesi che incorporare la composizionalità nel processo di apprendimento consenta al modello di generalizzare meglio tra vari compiti e dataset.
Interpretabile e Generalizzazione
Un aspetto chiave del nostro approccio è quanto bene le rappresentazioni apprese dai modelli possano essere interpretate. Dopo l'addestramento, abbiamo esaminato quali caratteristiche erano attivate per diverse immagini mediche. Abbiamo trovato che le attivazioni erano di fatto più interpretabili rispetto ai modelli tradizionali, il che significa che potevamo risalire alle decisioni del modello a modelli anatomici specifici.
Questa interpretabile è cruciale perché consente ai professionisti medici di comprendere e fidarsi delle previsioni del modello. Inoltre, migliora l'affidabilità complessiva dei sistemi automatizzati nelle pratiche cliniche.
In termini di generalizzazione, i modelli hanno mostrato buone prestazioni su più dataset con condizioni variabili. Ad esempio, anche quando le immagini provenivano da diverse strutture mediche o contenevano malattie diverse, i modelli addestrati utilizzando rappresentazioni composizionali identificavano comunque efficacemente l'anatomia rilevante.
Conclusione
In sintesi, questo lavoro dimostra come sfruttare la composizionalità possa migliorare significativamente l'analisi delle immagini mediche. Sviluppando modelli che utilizzano l'equivarianza composizionale, abbiamo ottenuto buone prestazioni in diverse impostazioni, comprese quelle non supervisionate, debolmente supervisionate e semi-supervisionate.
Le nostre scoperte suggeriscono che migliorare la capacità dei modelli di comprendere ed elaborare le strutture anatomiche attraverso rappresentazioni composizionali porta a una maggiore accuratezza e interpretabilità. Man mano che il campo dell'imaging medico continua a evolversi, adottare queste tecniche promette di migliorare i processi diagnostici e di migliorare la cura dei pazienti.
Le ricerche future dovrebbero concentrarsi su un ulteriore perfezionamento di questi modelli ed esplorare le loro applicazioni in diversi compiti di imaging medico. Le intuizioni ottenute da questo lavoro possono aprire la strada a sistemi più sofisticati che assistano i professionisti sanitari nella fornitura di diagnosi tempestive e accurate.
Titolo: Compositionally Equivariant Representation Learning
Estratto: Deep learning models often need sufficient supervision (i.e. labelled data) in order to be trained effectively. By contrast, humans can swiftly learn to identify important anatomy in medical images like MRI and CT scans, with minimal guidance. This recognition capability easily generalises to new images from different medical facilities and to new tasks in different settings. This rapid and generalisable learning ability is largely due to the compositional structure of image patterns in the human brain, which are not well represented in current medical models. In this paper, we study the utilisation of compositionality in learning more interpretable and generalisable representations for medical image segmentation. Overall, we propose that the underlying generative factors that are used to generate the medical images satisfy compositional equivariance property, where each factor is compositional (e.g. corresponds to the structures in human anatomy) and also equivariant to the task. Hence, a good representation that approximates well the ground truth factor has to be compositionally equivariant. By modelling the compositional representations with learnable von-Mises-Fisher (vMF) kernels, we explore how different design and learning biases can be used to enforce the representations to be more compositionally equivariant under un-, weakly-, and semi-supervised settings. Extensive results show that our methods achieve the best performance over several strong baselines on the task of semi-supervised domain-generalised medical image segmentation. Code will be made publicly available upon acceptance at https://github.com/vios-s.
Autori: Xiao Liu, Pedro Sanchez, Spyridon Thermos, Alison Q. O'Neil, Sotirios A. Tsaftaris
Ultimo aggiornamento: 2023-06-17 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://arxiv.org/abs/2306.07783
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2306.07783
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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