Nuove scoperte sulle malattie batteriche delle piante
La ricerca svela interazioni complesse tra batteri che influenzano le malattie delle patate.
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Indice
I batteri possono causare malattie nelle piante usando strumenti speciali per danneggiare il loro ospite e ottenere nutrienti per la crescita. Alcuni patogeni batterici sono specializzati e possono infettare solo determinate piante, mentre altri sono più versatili e possono infettare una vasta gamma di piante. Questo porta a scenari di malattia differenti, dove alcune malattie sono causate da un tipo di batteri, mentre altre derivano da un mix di diversi tipi di batteri che lavorano insieme. Quando più tipi di batteri causano una malattia, sorgono domande su come interagiscono. Competono, collaborano o agiscono in modo egoistico all'interno della pianta infetta? Non è ancora chiaro se questi comportamenti accadano principalmente a livello di specie o a livello di ceppo individuale.
Le malattie delle piante causate da batteri con un'ampia gamma di ospiti, come i batteri della marcia molle noti come Pectobacteriaceae, offrono un'opportunità unica per studiare queste domande. Questo gruppo di batteri include diversi tipi come Pectobacterium, Dickeya e Musicola, ed è noto per infettare molte piante diverse. Questi batteri attaccano le piante usando enzimi per scomporre le cellule vegetali, il che porta alla decomposizione e ammorbidimento dei tessuti. L'abilità di questi batteri di infettare una vasta gamma di piante li rende minacce significative, causando grandi perdite economiche in agricoltura. Tra questi batteri, alcune specie possono infettare molte tipi di piante, mentre altre si trovano principalmente su piante specifiche.
Nel caso delle patate, una coltura molto popolare, la presenza di batteri della marcia molle può causare malattie come il blackleg e la marcia molle. Il blackleg si riferisce all'annerimento della base dei fusti di patate, mentre la marcia molle significa che le patate raccolte possono marcire completamente. Queste malattie possono essere estremamente dannose, portando a significative perdite di raccolto. Sono state identificate diverse specie di batteri della marcia molle nelle patate, compresi alcuni che sono diventati più comuni nel tempo, sostituendo altri. Le ragioni dietro a questo cambiamento nei modelli di specie dominant non sono ancora chiaramente comprese.
Focus della ricerca attuale
L'obiettivo di questa ricerca è capire come le infezioni miste di queste specie batteriche influenzano la malattia e i suoi sintomi nei tuberi di patate. Per indagare, i ricercatori hanno creato 16 gruppi diversi di batteri, ciascuno composto da due specie diverse, con tre ceppi da ciascuna specie. Questi gruppi sperimentali di batteri sono stati introdotti in tuberi di patate o in mezzi di crescita, e i cambiamenti nelle popolazioni batteriche sono stati monitorati nel tempo.
Gli esperimenti miravano ad analizzare la competizione e la Cooperazione tra i diversi ceppi in questi gruppi misti. Esaminando come i batteri crescevano, interagivano e causavano la malattia, i ricercatori speravano di ottenere informazioni sulle dinamiche di queste infezioni miste.
Metodi usati nello studio
Ceppi batterici e preparazione
I ceppi batterici utilizzati in questo studio sono stati selezionati per la loro capacità di essere identificati usando un marcatore genetico specifico. Alcuni ceppi erano più facili da differenziare rispetto ad altri a causa delle loro somiglianze genetiche. I batteri sono stati coltivati in condizioni di laboratorio, e le loro popolazioni sono state regolate a una densità specifica prima di mescolarli in gruppi per gli esperimenti.
Impostazione sperimentale
I gruppi misti di batteri sono stati introdotti in tuberi di patate o in mezzi di crescita. I ricercatori hanno monitorato la crescita e le interazioni di questi batteri nel tempo. Hanno osservato quanti batteri erano presenti all'inizio e alla fine dell'esperimento, e se i gruppi misti portavano a diversi tipi o quantità di sintomi nei tuberi di patate.
Analisi statistica
Per analizzare i dati, sono stati usati strumenti statistici per valutare le differenze nella crescita e nei sintomi della malattia tra i diversi mix batterici e le infezioni di specie singole. Questo ha aiutato a rivelare come la presenza di una specie possa influenzare il successo o il fallimento di un'altra specie durante l'infezione.
Estrazione e sequenziamento del DNA
Per capire quali batteri erano presenti nei gruppi misti, i ricercatori hanno estratto il DNA dai campioni e lo hanno sequenziato. Questo profilo genetico ha permesso loro di vedere come le proporzioni di diverse specie cambiavano nel corso dell'esperimento. Confrontando le popolazioni iniziali e finali, potevano valutare come la competizione e la cooperazione modellassero la comunità batterica.
Risultati degli esperimenti
Risultati nei tuberi di patate
I risultati hanno mostrato che quando specie singole venivano introdotte nei tuberi di patate, c'era una vasta gamma di sintomi e risultati di crescita. Alcune specie, come P. aquaticum, producevano pochissimi sintomi rispetto ad altre. In generale, il numero di batteri cresceva significativamente all'interno dei tuberi, e il tasso di crescita era legato alla gravità dei sintomi di decomposizione. Tuttavia, quando P. aquaticum veniva miscelato con altre specie, non influenzava in modo significativo i sintomi totali rispetto alle infezioni di specie singole.
Crescita batterica nei mezzi di cultura
Quando i batteri venivano coltivati in mezzi liquidi, i ricercatori hanno scoperto che le miscele contenenti P. aquaticum avevano tassi di crescita più elevati rispetto a quelle con P. versatile. Le sequenze di DNA hanno confermato che P. aquaticum e P. versatile erano in grado di coesistere con altre specie in determinate condizioni. Tuttavia, l'esito delle miscele batteriche era diverso quando i batteri venivano coltivati nei tuberi di patate, mostrando che l'ambiente gioca un ruolo critico nel determinare quali specie prosperano.
Infezioni miste
In diversi casi, la competizione per le risorse tra le diverse specie batteriche era evidente. Alcune specie superavano altre mentre certe combinazioni permettevano la coesistenza. I risultati indicavano una rete complessa di interazioni in cui alcuni batteri potrebbero rilasciare sostanze che inibiscono la crescita di altri, mentre alcuni potrebbero beneficiare indirettamente dalla presenza di altre specie.
Discussione dei risultati
Implicazioni per la gestione delle malattie
Questo studio dimostra quanto sia importante considerare le interazioni tra diverse specie batteriche quando si gestiscono le malattie vegetali. Comprendere le dinamiche di competizione e cooperazione tra i ceppi batterici può aiutare a progettare strategie migliori per controllare le infezioni. Ad esempio, sapere quali ceppi batterici sono probabili dominanti in condizioni specifiche può informare le decisioni sulla gestione delle colture e sui trattamenti.
Influenza ambientale
Gli esperimenti hanno evidenziato che l'ambiente influisce significativamente sul comportamento batterico. Ciò che funziona in un contesto di laboratorio, come i mezzi liquidi, potrebbe non riflettere ciò che accade in una pianta. La struttura del tessuto vegetale, la presenza di nutrienti e la competizione per le risorse plasmante il modo in cui i patogeni si comportano e interagiscono. Questo significa che la ricerca dovrebbe considerare condizioni reali per prevedere meglio gli esiti delle infezioni batteriche nelle colture.
Competizione a livello di ceppo
Un altro punto chiave è che la competizione si verifica spesso a livello di ceppo piuttosto che solo a livello di specie. Diversi ceppi all'interno della stessa specie possono comportarsi in modo molto diverso a seconda della loro struttura genetica e della loro capacità di produrre composti tossici o resisterli. Questo suggerisce che la gestione delle malattie batteriche potrebbe richiedere un approccio più sfumato che consideri le differenze tra i ceppi.
Conclusione
Questa ricerca fa luce sulle complesse interazioni tra le specie batteriche che causano malattie nelle piante. Studiando come queste specie competono e cooperano in diversi ambienti, otteniamo una comprensione migliore delle dinamiche delle infezioni in colture come le patate. I risultati sottolineano la necessità di strategie integrate di gestione delle malattie che tengano conto della diversità dei ceppi batterici e dei loro comportamenti in contesti reali. La ricerca continua in quest'area è essenziale per sviluppare modi efficaci per gestire le malattie delle piante e proteggere la produzione agricola.
Titolo: Bacterial pathogens dynamic during multi-species infections
Estratto: Soft rot Pectobacteriacea (SRP) gathers more than 30 bacterial species that collectively rot a wide range of plants by producing and secreting a large set of plant cell wall degrading enzymes (PCWDEs). Worldwide potato field surveys identified 15 different SRP species on symptomatic plants and tubers. The abundance of each species observed during outbreaks varies over space and time and the mechanisms driving species shift during outbreak are unknown. Furthermore, multi-species infections are frequently observed and the dynamics of these coinfections are not well understood. To understand the dynamics of coinfections, we set up 16 different synthetic communities of 6 SRP strains to mimic coinfections. The bacteria present in each tested community were representative of 2 different species, with 3 strains per species. These communities were inoculated in potato tubers or on synthetic media and their outcome was followed by amplification and Illumina sequencing of the discriminatory housekeeping gene gapA. We also compared disease incidence and bacterial multiplication in potato tubers during mixed-species infection and single-species infection. A species that was unable to induce disease in potato was efficiently maintained and eventually became dominant in some of the communities tested, indicating that cheating can shape dominant species. Modeling indicates that the cost of PCWDEs production and secretion, the rate of potato degradation and the diffusion rate of degraded substrate could favor the cheater species. Interaction outcomes differed between potato tuber and synthetic medium, highlighting the driving effect of environmental conditions, with higher antagonistic interactions observed in potato tubers. Antagonistic interactions were strain specific and not species specific. Toxicity interference was also observed within some communities, allowing the maintenance of strains otherwise sensitive to toxic compounds. Overall, the results indicate that intraspecific competition, cooperation through trophic interaction and toxicity interference contribute to the maintenance of SRP diversity. The implications of these processes for epidemiological surveillance are discussed.
Autori: Marie-Anne Barny, S. Thieffry, C. Gomes de Faria, E. Thebault, J. Pedron
Ultimo aggiornamento: 2024-04-17 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.12.06.570389
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.12.06.570389.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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